SlideShare a Scribd company logo
Немцева Елена Владимировна Биология клетки: биофизика Сибирский федеральный университет Институт фундаментальной биологии и биотехнологии 2011 3
Интернет в помощь! Сайт по дисциплине :  www.nemtseva.professorjournal.ru Зарегистрируйтесь вот там
Лекция 3 Триггерные и автоколебательные биологические системы
Грубое и негрубое равновесие Типы стационарных точек «Грубое» равновесие «неГрубое» равновесие Типы динамического поведения биологических систем  1 № Re Im Тип особой точки  1  2  1  2 название  0    0 =0 =0 Устойчивый узел  0    0 =0 =0 Неустойчивый узел  0    0 =0 =0 Седло  0    0  0  0 Устойчивый фокус  0    0  0  0 Неустойчивый фокус =0 =0  0  0 Центр 6. 1. 2. 3. 4. 5.
Пример 8.  Модель Вольтерра «хищник-жертва» Условия : x –  жертва,  y  - хищник,  1  – коэффициент размножения жертвы,  2  – коэффициент естественной смертности хищника  1  – коэфф. смертности жертв после встречи с хищником  1  –  коэфф. размножения хищников после встречи с жертвой Описание динамики этой системы : Ненулевое стац. состояние : Показатели   1,2 : «Центр» Типы устойчивости особых точек Типы динамического поведения биологических систем  2 x y  1  1  2  2
Пример 8.  Модель Вольтерра «хищник-жертва» -  УЛУЧШЕНИЕ Условия : x –  жертва,  y  - хищник,  1  – коэффициент размножения жертвы,  2  – коэффициент естественной смертности хищника  1  – коэфф. смертности жертв после встречи с хищником  1  –  коэфф. размножения хищников после встречи с жертвой  3  и   4  – коэфф. смертности вследствие «тесноты» Описание динамики этой системы : При условии  Устойчивый фокус  или  Устойчивый узел Типы устойчивости особых точек Типы динамического поведения биологических систем  3 x y  1  1  2  2
Пример 8.  Модель Вольтерра «хищник-жертва» -  УЛУЧШЕНИЕ Параметры   3  и   4   –  управляющие ,   изменяют тип устойчивости стационарного состояния. Типы устойчивости особых точек Типы динамического поведения биологических систем  4
Важная особенность биологических систем – переключение из одного режима функционирования в другой ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],Биологические триггеры Триггерные и автоколебательные биологические системы   5
Система с тремя особыми точками Сепаратриса  –  разделяет области притяжения устойчивых точек Триггерная система  – система, обладающая двумя или более устойчивыми стационарными состояниями, между которыми возможны переходы.  Биологические триггеры Триггерные и автоколебательные биологические системы   6
Триггер – переключатель Способы переключения Перевести систему из состояния  а  в состояние  с  можно, например, резко увеличив значение  х  (чтобы пересечь сепаратрису). Силовой (специфический) метод Биологические триггеры Триггерные и автоколебательные биологические системы   7
Параметрический (неспецифический) метод С изменением параметра фазовый портрет претерпевает последовательность превращений. На стадии ( III )   устойчивый узел ( а ) и седло ( b ) сливаются в одну полуустойчивую точку седло‑узел. На стадии ( IV ) в системе остается лишь одно устойчивое стационарное состояние  ( c ) , к которому и сходятся все фазовые траектории.  Способы переключения триггера С изменением параметра фазовый портрет претерпевает последовательность превращений. На стадии ( III )   устойчивый узел ( а ) и седло ( b ) сливаются в одну полуустойчивую точку седло‑узел. На стадии ( IV ) в системе остается лишь одно устойчивое стационарное состояние  ( c ) , к которому и сходятся все фазовые траектории.  ( II ) ( III ) ( IV ) ( I ) Биологические триггеры Триггерные и автоколебательные биологические системы   8
Параметрический (неспецифический) метод Изменение переменных при параметрическом переключении триггера. Способы переключения триггера Биологические триггеры Триггерные и автоколебательные биологические системы   9
Пример.  Модель процессов дифференциации тканей Каждая клетка обладает набором возможных устойчивых стационарных режимов, но в данный момент функционирует лишь один из них Биологические триггеры Триггерные и автоколебательные биологические системы   10
Пример.  Модель процессов дифференциации тканей P 1 ,  P 2 - концентрации продуктов, величины  A 1 ,  A 2 ,  B 1 ,   B 2 ,  выражаются через параметры своих систем. Показатель степени  m   показывает, сколько молекул активного репрессора (соединений молекул продукта с молекулами неактивного репрессора, который предполагается в избытке) соединяются с опероном для блокировки синтеза  m РНК  . Замена переменных, переписанная система: Биологические триггеры Триггерные и автоколебательные биологические системы   11
Пример.  Модель процессов дифференциации тканей При  m =1  система имеет единственное устойчивое стационарное состояние ( а ).  При  m =2  в системе три стационарных состояния, два из которых ( а  и  с ) – устойчивые узлы, а третье ( b ) – седло.  При  m     2  и определенных значениях отношения  L 1  /  L 2  >     система приобретает триггерные свойства. Значение параметра    является бифуркационным, причем бифуркация имеет триггерный характер (образуется седло). Отношение  L 1 / L 2  служит управляющим параметром, изменение значения  L 1 / L 2 >    которого может привести к смене стационарного режима в системе. Величина параметров  L 1 ,  L 2  зависит от многих биохимических характеристик: скорости снабжения субстратами, активности ферментов, времени жизни ферментов,  mRNK  и продуктов и проч. .  Биологические триггеры Триггерные и автоколебательные биологические системы   12
Колебания в биологических системах Триггерные и автоколебательные биологические системы   13
Автоколебательная система  – система, в которой устанавливаются и поддерживаются незатухающие колебания за  счет сил, зависящих от состояния самой системы, причем амплитуда таких колебаний определяется свойствами самой системы, а не начальными условиями.  Колебательные процессы Триггерные и автоколебательные биологические системы   14
Колебательные процессы Устойчивый ( а ) и неустойчивые ( б  и  в ) предельные циклы на фазовой плоскости Триггерные и автоколебательные биологические системы  15
Пример. Модель гликолиза Модель Хиггинса Получили следующую систему диф. уравнений: Параметры устойчивости: Колебательные процессы Триггерные и автоколебательные биологические системы   16
Модель гликолиза Кинетика изменения концентраций Ф6Ф и ФДФ и фазовый портрет при разных значениях управляющего параметра: Колебательные процессы бесколебательный процесс (узел на фазовой плоскости), α   =   0.25;  r   = 1   затухающие колебания (устойчивый фокус на фазовой плоскости) α = 4;  r   = 0.2   Триггерные и автоколебательные биологические системы  17
Модель гликолиза Кинетика изменения концентраций Ф6Ф и ФДФ и фазовый портрет при разных значениях управляющего параметра: Колебательные процессы релаксационные колебания с постоянной амплитудой и фазой, (предельный цикл почти треугольной формы на фазовой плоскости ) α = 8;  r   = 0.5   колебания с постоянной амплитудой и фазой, близкие к гармоническим (предельный цикл на фазовой плоскости), α = 6;  r   = 0.2.   Триггерные и автоколебательные биологические системы  18
1 . Какие типы фазового портрета характеризуют «грубые», а какие «негрубые» равновесия? Что означает «грубость» в данном контексте? Вопросы для самоконтроля по теме 2 . Сколько устойчивых состояний имеет триггерная динамическая система? 3 . Какие существуют способы переключения триггерной системы  из одного состояния в другое? 5 . Какой фазовый портрет характерен для автоколебательных процессов? 6 . Дифференциальные уравнения какого вида характеризуют триггерные и автоколебательные системы? 4 . Что такое автоколебания? Чем определяются амплитуда автоколебаний? Триггерные и автоколебательные биологические системы  19

More Related Content

More from nemelev (11)

Otchet_lab_2013
Otchet_lab_2013Otchet_lab_2013
Otchet_lab_2013
 
Биофизика2011-13
Биофизика2011-13Биофизика2011-13
Биофизика2011-13
 
Биофизика2011-12
Биофизика2011-12Биофизика2011-12
Биофизика2011-12
 
Биофизика2011-10
Биофизика2011-10Биофизика2011-10
Биофизика2011-10
 
Биофизика2011-9
Биофизика2011-9Биофизика2011-9
Биофизика2011-9
 
Биофизика2011-8
Биофизика2011-8Биофизика2011-8
Биофизика2011-8
 
Биофизика2011- 7
Биофизика2011- 7Биофизика2011- 7
Биофизика2011- 7
 
Биофизика2011- 6б
Биофизика2011- 6бБиофизика2011- 6б
Биофизика2011- 6б
 
Биофизика2011-6а
Биофизика2011-6аБиофизика2011-6а
Биофизика2011-6а
 
Биофизика201-5
Биофизика201-5Биофизика201-5
Биофизика201-5
 
Биофизика2011-2
Биофизика2011-2Биофизика2011-2
Биофизика2011-2
 

Биофизика2011-3

  • 1. Немцева Елена Владимировна Биология клетки: биофизика Сибирский федеральный университет Институт фундаментальной биологии и биотехнологии 2011 3
  • 2. Интернет в помощь! Сайт по дисциплине : www.nemtseva.professorjournal.ru Зарегистрируйтесь вот там
  • 3. Лекция 3 Триггерные и автоколебательные биологические системы
  • 4. Грубое и негрубое равновесие Типы стационарных точек «Грубое» равновесие «неГрубое» равновесие Типы динамического поведения биологических систем 1 № Re Im Тип особой точки  1  2  1  2 название  0  0 =0 =0 Устойчивый узел  0  0 =0 =0 Неустойчивый узел  0  0 =0 =0 Седло  0  0  0  0 Устойчивый фокус  0  0  0  0 Неустойчивый фокус =0 =0  0  0 Центр 6. 1. 2. 3. 4. 5.
  • 5. Пример 8. Модель Вольтерра «хищник-жертва» Условия : x – жертва, y - хищник,  1 – коэффициент размножения жертвы,  2 – коэффициент естественной смертности хищника  1 – коэфф. смертности жертв после встречи с хищником  1 – коэфф. размножения хищников после встречи с жертвой Описание динамики этой системы : Ненулевое стац. состояние : Показатели  1,2 : «Центр» Типы устойчивости особых точек Типы динамического поведения биологических систем 2 x y  1  1  2  2
  • 6. Пример 8. Модель Вольтерра «хищник-жертва» - УЛУЧШЕНИЕ Условия : x – жертва, y - хищник,  1 – коэффициент размножения жертвы,  2 – коэффициент естественной смертности хищника  1 – коэфф. смертности жертв после встречи с хищником  1 – коэфф. размножения хищников после встречи с жертвой  3 и  4 – коэфф. смертности вследствие «тесноты» Описание динамики этой системы : При условии Устойчивый фокус или Устойчивый узел Типы устойчивости особых точек Типы динамического поведения биологических систем 3 x y  1  1  2  2
  • 7. Пример 8. Модель Вольтерра «хищник-жертва» - УЛУЧШЕНИЕ Параметры  3 и  4 – управляющие , изменяют тип устойчивости стационарного состояния. Типы устойчивости особых точек Типы динамического поведения биологических систем 4
  • 8.
  • 9. Система с тремя особыми точками Сепаратриса – разделяет области притяжения устойчивых точек Триггерная система – система, обладающая двумя или более устойчивыми стационарными состояниями, между которыми возможны переходы. Биологические триггеры Триггерные и автоколебательные биологические системы 6
  • 10. Триггер – переключатель Способы переключения Перевести систему из состояния а в состояние с можно, например, резко увеличив значение х (чтобы пересечь сепаратрису). Силовой (специфический) метод Биологические триггеры Триггерные и автоколебательные биологические системы 7
  • 11. Параметрический (неспецифический) метод С изменением параметра фазовый портрет претерпевает последовательность превращений. На стадии ( III ) устойчивый узел ( а ) и седло ( b ) сливаются в одну полуустойчивую точку седло‑узел. На стадии ( IV ) в системе остается лишь одно устойчивое стационарное состояние ( c ) , к которому и сходятся все фазовые траектории. Способы переключения триггера С изменением параметра фазовый портрет претерпевает последовательность превращений. На стадии ( III ) устойчивый узел ( а ) и седло ( b ) сливаются в одну полуустойчивую точку седло‑узел. На стадии ( IV ) в системе остается лишь одно устойчивое стационарное состояние ( c ) , к которому и сходятся все фазовые траектории. ( II ) ( III ) ( IV ) ( I ) Биологические триггеры Триггерные и автоколебательные биологические системы 8
  • 12. Параметрический (неспецифический) метод Изменение переменных при параметрическом переключении триггера. Способы переключения триггера Биологические триггеры Триггерные и автоколебательные биологические системы 9
  • 13. Пример. Модель процессов дифференциации тканей Каждая клетка обладает набором возможных устойчивых стационарных режимов, но в данный момент функционирует лишь один из них Биологические триггеры Триггерные и автоколебательные биологические системы 10
  • 14. Пример. Модель процессов дифференциации тканей P 1 , P 2 - концентрации продуктов, величины A 1 , A 2 , B 1 , B 2 , выражаются через параметры своих систем. Показатель степени m показывает, сколько молекул активного репрессора (соединений молекул продукта с молекулами неактивного репрессора, который предполагается в избытке) соединяются с опероном для блокировки синтеза m РНК . Замена переменных, переписанная система: Биологические триггеры Триггерные и автоколебательные биологические системы 11
  • 15. Пример. Модель процессов дифференциации тканей При m =1 система имеет единственное устойчивое стационарное состояние ( а ). При m =2 в системе три стационарных состояния, два из которых ( а и с ) – устойчивые узлы, а третье ( b ) – седло. При m     2 и определенных значениях отношения L 1  /  L 2  >   система приобретает триггерные свойства. Значение параметра  является бифуркационным, причем бифуркация имеет триггерный характер (образуется седло). Отношение L 1 / L 2 служит управляющим параметром, изменение значения L 1 / L 2 >  которого может привести к смене стационарного режима в системе. Величина параметров L 1 , L 2 зависит от многих биохимических характеристик: скорости снабжения субстратами, активности ферментов, времени жизни ферментов, mRNK и продуктов и проч. . Биологические триггеры Триггерные и автоколебательные биологические системы 12
  • 16. Колебания в биологических системах Триггерные и автоколебательные биологические системы 13
  • 17. Автоколебательная система – система, в которой устанавливаются и поддерживаются незатухающие колебания за счет сил, зависящих от состояния самой системы, причем амплитуда таких колебаний определяется свойствами самой системы, а не начальными условиями. Колебательные процессы Триггерные и автоколебательные биологические системы 14
  • 18. Колебательные процессы Устойчивый ( а ) и неустойчивые ( б и в ) предельные циклы на фазовой плоскости Триггерные и автоколебательные биологические системы 15
  • 19. Пример. Модель гликолиза Модель Хиггинса Получили следующую систему диф. уравнений: Параметры устойчивости: Колебательные процессы Триггерные и автоколебательные биологические системы 16
  • 20. Модель гликолиза Кинетика изменения концентраций Ф6Ф и ФДФ и фазовый портрет при разных значениях управляющего параметра: Колебательные процессы бесколебательный процесс (узел на фазовой плоскости), α   =   0.25; r   = 1 затухающие колебания (устойчивый фокус на фазовой плоскости) α = 4; r   = 0.2 Триггерные и автоколебательные биологические системы 17
  • 21. Модель гликолиза Кинетика изменения концентраций Ф6Ф и ФДФ и фазовый портрет при разных значениях управляющего параметра: Колебательные процессы релаксационные колебания с постоянной амплитудой и фазой, (предельный цикл почти треугольной формы на фазовой плоскости ) α = 8; r   = 0.5 колебания с постоянной амплитудой и фазой, близкие к гармоническим (предельный цикл на фазовой плоскости), α = 6; r   = 0.2. Триггерные и автоколебательные биологические системы 18
  • 22. 1 . Какие типы фазового портрета характеризуют «грубые», а какие «негрубые» равновесия? Что означает «грубость» в данном контексте? Вопросы для самоконтроля по теме 2 . Сколько устойчивых состояний имеет триггерная динамическая система? 3 . Какие существуют способы переключения триггерной системы из одного состояния в другое? 5 . Какой фазовый портрет характерен для автоколебательных процессов? 6 . Дифференциальные уравнения какого вида характеризуют триггерные и автоколебательные системы? 4 . Что такое автоколебания? Чем определяются амплитуда автоколебаний? Триггерные и автоколебательные биологические системы 19