Šišmiši su najugroženija skupina sisavaca u Europi, ugroženi gubitkom staništa i upotrebom pesticida. U Hrvatskoj žive tri vrste šišmiša u Markovoj jami, dok je ukupno osam vrsta šišmiša ugroženo. Šišmiši vise glavom dolje zbog lakšeg uzletanja i sigurnosti od grabežljivaca.