Mg

342 views

Published on

CV visualization of theses.

0 Comments
0 Likes
Statistics
Notes
  • Be the first to comment

  • Be the first to like this

No Downloads
Views
Total views
342
On SlideShare
0
From Embeds
0
Number of Embeds
3
Actions
Shares
0
Downloads
2
Comments
0
Likes
0
Embeds 0
No embeds

No notes for slide

Mg

  1. 1. Marek GiebułtowskiPersonal DetailsPlace of birth: Brzesko, PolandCitizenship: Polishmgiebu@gmail.com+48506272050Education: • 2010 MSc in High Energy Physics at the Jagiellonian University in Krakow www.fais.uj.edu.pl and Institute of Nuclear Physics in Krakow www.ifj.edu.pl: Atmospheric Effects in Hybrid Detection of Extensive Atmospheric Showers • 2009 MSc in Computational Chemistry, Studies in Mathematics and Natural Sciences at the Jagiellonian University in Krakow www.chemia.uj.edu.pl: Localization of Molecular Orbitals — Regionally Localized Molecular Orbitals Membership in the Association of the Science Popularizers „Logos” www.spnlogos.plWorkshops and Practicums • 7.2010 Mathematica Summerschool in Porto/Portugal: Condensed Matter and Two-dimensional Physics • 6.2009 European Summerschool in Strasbourg/France: The Secrets of Atomic Nuclei • 5.2008 Measuring radiation in vicinity of Chernobyl power plant (students’ project) • 7.2007–9.2007 Internship in Paul Scherrer Institut in Villigen, Department of Ultra Cold Neutrons • 2003–2004, Polish Children’s Fund Fellowship (stipend for gifted children) • 10.2002 Participating Yumelange experiment in Institut de Recherses Subatomiques in StrasbourgLanguages and Computer Skills • fluent (C1 level) English , basis of German, native Polish • Python, C++, Mathematica, SQL, LTEX A • HTML, XML, PHP, • Linux (Ubuntu, Fedora), Windows • Driving Licence B
  2. 2. VISUALIZATION OF RESULTS CHEMISTRY
  3. 3. VISUALIZATION OF RESULTS PHYSICSEnergy Error vs Zenital Angle Simulated Cascades Reconstructed Cases View From Top Calibration Curve Cases After Cuts
  4. 4.  From Diffuse Reflection of Ultracold Neutrons from Low Roughness Surfaces in Euro Phys.. This kind of samples I was working on at PSI.
  5. 5. 0.1 e s´ G˛ sto´c elektronowa merówWyniki lokalizacji wygodnie jest ukaza´ w postaci czastkowej g˛ sto´ci elektrono- c ˛ e swej powiazanej z danym merem, czyli warstwy macierzy D ˛ OAO . G˛ sto´ c mozna e s´ ˙przedstawia´ jako macierz, w której rz˛ dy i kolumny reprezentuja poszczególne c e ˛ ˙ ˙ c e s´orbitale. Mozna tez prezentowa´ g˛ sto´c w formie izopowierzchni w bazie prze-strzennej. ˙ Ponizej przedstawiono g˛ sto´ci elektronowe układów 4H2 O, pi˛ cio- i pi˛ t- e s e enastomerowej poliglicyny oraz liniowego dekanu. Domy´lna warto´cia izopo- s ˛ s ˛wierzchni g˛ sto´ci elektronowej jest 0, 01. e s0.1.1 Poliwoda Rysunek 1: Poliwoda STO-3G Rysunek 2: Poliwoda 6-311G ˙ Nie ma widocznej róznicy mi˛ dzy czastkowymi g˛ sto´ciami wody w bazach e ˛ e sSTO-3G i 6-311G , je´li g˛ sto´ci te prezentowane sa w przestrzeni R3 -(rys.2 s e s ˛ ˙i rys.1 ). Z powodu róznych rozmiarów bazy, macierzowe wizualizacje 4H2 O ˙ ˛ eSTO-3G i 6-311G (rys.3 i rys.5 ) róznia si˛ . W przypadkach obu baz doszłodo dobrej lokalizacji (rys.4 i rys.6 ). 1
  6. 6. Rysunek 3: Poliwoda STO-3G macierzowo e s´Rysunek 4: G˛ sto´c elektronowa poliwody STO-3G rozseparowana na pojedyn-cze czasteczki ˛ 2
  7. 7. Rysunek 5: Poliwoda 6-311G macierzowo e s´Rysunek 6: G˛ sto´c elektronowa poliwody STO-3G rozseparowana na pojedyn-cze czasteczki ˛ 3
  8. 8. 0.1.2 DekanNa przykładzie dekanu 6-311G przedstawiono rozkład g˛ sto´ci elektronowej e s ˙ acych oraz dla antywiazacych(rys. 7, 8, 9). Or-dla orbitali jednocentrowych, wiaz ˛ ˛ ˛˙˛ ˛˙ ˛ ˛˙ ˛bitale wiazace i antywiazace sa dobrze zlokalizaowane. Orbitale zaj˛ te jednocen- ˛ e ˙ e ˙ ctrowe zwykle sa dobrze zlokalizowane, ale moze si˛ zdazy´ nieco słabsza lokali- ˛zacja np. dla lokalizacji pierwszego meru dekanu metoda mer-mer-łacznik(rys.8 ). ˛ ˛ e s´G˛ sto´c powiazana z orbitalami wirtualnymi (rys.7 ) jest najsłabiej zlokalizowana, ˛ ˙ ˙ale koncentruje si˛ w poblizu rozwazanego meru. e Rysunek 7: G˛ sto´ci elektronowe fragmentów dekanu 6-311G e sg˛ sto´ci czastkowe od lewej: wirtualnych orbitali zlokalizowanych jednocentrowych, orbitalu wia˙ acego, zaj˛ - e s ˛ ˛z ˛ etych orbitali zlokalizowanych jednocentowych, orbitalu antywia˙ acego ˛z ˛ 4
  9. 9. Rysunek 8: G˛ sto´ci elektronowe dekanu 6-311G i oraz g˛ sto´ci czaskowe e s e s ˛powiazane z jego fragmentami ˛ ˛z ˛ ˛z ˛ n ´ orbital antywia˙ acy(lewy górny), orbital wia˙ acy(prawy górny), mer kra´ cowy(lewy dolny), mer srodkowy(prawy dolny) Rysunek 9: Warstwy DOAO e s´ e s´Z lewej: G˛ sto´c orbitali jednocentrowych; Z prawej: G˛ sto´c orbitali wia˙ acych, co drugiego ˛z ˛ 5
  10. 10. 0.1.3 Poliglicyna - warstwy DOAONa przykładzie pi˛ ciomerowej poliglicycyny 6-31G porównano lokalizacje hur- etowe z uwzgl˛ dnieniem i bez uwzgl˛ dnienia wiaza´ kowalencyjnych mi˛ dzy me- e e ˛ n e e s´ e s´rami. Prawie cała g˛ sto´c elektronowa, to g˛ sto´c powiazana z orbitalami jedno- ˛ e s´ ˙centrowymi, wi˛ c pełna g˛ sto´c elektronowa (metoda hurtowa), niewiele rózni si˛ e eod g˛ sto´ci elktronowej powiazanej tylko z orbitalami jednocentrowymi (metoda e s ˛hurtowa PPlik) (rys.10 ). e s´ G˛ sto´c elektronowa powiazana z wiazaniami kowalencyjnymi jest wyra´ nie ˛ ˛ z ˙ e´ ´zlokalizowana na wiazaniach, ale, w odróznieniu od dekanu, cz˛ sc takiej g˛ sto´ci ˛ e sznajduje si˛ na elektroujemnych sasiadach(na tlenie) lub jest wyciagni˛ ta w ich e ˛ ˛ e e s ˛˙ ˛kierunku(azotu) (rys.11 ). G˛ sto´ci orbitali antywiazacych sa zlokalizowane, jed- ˛ ˙ ˙nak ich kształt jest bardziej złozony, niz ich odpowiedników dla alkanów ( rys.7 ˛ c ˙i rys.11 ). Nie wykazuja one, cho´ by zblizonej, symetrii obrotowej wokół osiwiazania (rys.11 ). ˛ e s´ Rysunek 10: G˛ sto´c elektronowa peptydu pi˛ ciu glicyn 6-31G eZ lewej: Prosta lokalizacja hurtowa nr 3; Z prawej: Lokalizacja hurtowa Pplik, tylko orbitale jednocentrowe e s ˛ e ˛˙ ˛Rysunek 11: G˛ sto´ci czastkowe peptydu pi˛ ciu glicyn. Orbitale wiazace(z lewej) ˛˙ ˛i orbitale antywiazace (z prawej) 6
  11. 11. 0.1.4 Poliglicyna - porównanie dokładno´ci lokalizacji s ˙Przykład pi˛ tnastomerowej poliglicyny 6-31G słuzy do porównania wyników elokalizacji mer po merze, hurtowej oraz hurtowej Pplik. W metodzie mer po merze ˙ s´moze doj´c propagujacego si˛ bł˛ du niewła´ciwego przyporzadkowania orbitali do ˛ e e s ˛merów. Zwykle jednak (rys.12 ) niewielkie kawałki g˛ sto´ci ko´ cowych merów e s nznajduja si˛ na poprzednich merach. W przypadku lokalizacji hurtowej (rys.13 ) ˛ e e s´ ˙g˛ sto´c, oprócz lokalizacji na danym merze, jest takze zlokalizowna na niekoniecz-nie sasiednim wiazaniu kowalencyjnym. Dla lokalizacji hurtowej pPlik rys.14 g˛ - ˛ ˛ e s ˛ ˙sto´ci czastkowe w rozwazanym przypadku były najlepiej zlokalizowane spo´ród sporównanych metod. Na rysunku 15 przedstawiono wyninki lokalizacji hurtowej e´pi˛ tnastomerowej poliglicyny. Jedyny istotny defekt takiej lokalizacji to cz˛ sciowe elokalizowanie g˛ sto´ci dalszych merów na pierwszym wiazaniu kowalencyjnym. e s ˛ e s´ eRysunek 12: G˛ sto´c pi˛ tnastego meru poliglicyny 6-31G metoda mer po merze e s´ e Rysunek 13: G˛ sto´c pi˛ tnastego meru poliglicyny 6-31G metoda hurtowa 7
  12. 12. e s´ eRysunek 14: G˛ sto´c pi˛ tnastego meru poliglicyny 6-31G metoda hurtowaPplik e s´Rysunek 15: G˛ sto´c elektronowa poliglicyny podzielona na g˛ sto´ci czastkowe; e s ˛metoda hurtowa 8
  13. 13. 0.1.5 Poliglicyna-dodatekPrzedstawiono wyniki lokalizacji dla pi˛ ciomeru glicyny 6-31G . e Rysunek 16: Poliglicyna 6-311G mer 1 Rysunek 17: Poliglicyna 6-311G mer 2 9
  14. 14. Rysunek 18: Poliglicyna 6-311G mer 3Rysunek 19: Poliglicyna 6-311G mer 4 10
  15. 15. Rysunek 20: Poliglicyna 6-311G mer 5 11

×