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環境試料からの核酸精製キット ミニカタログ(ZYR ： ZYMO RESEARCH／#5764) | フナコシ株式会社
- 1. Soil / Feces Environmental DNA / RNA Isolation & Purification Fungi / Bacteria Plant / Seed 環境試料からのDNA/RNA抽出・精製キット 日本総代理店 植物／種子 菌類／バクテリア 土壌／糞便
- 2. Quick-DNA Fungal/Bacterial Kit Quick-RNA Fungal/Bacterial Kit Quick-DNA Tissue/Insect Kit Quick-RNA Tissue/Insect Kit Quick-DNA Plant/Seed Kit Quick-RNA Plant Kit Quick-DNA Fecal/Soil Kit Quick-RNA Fecal/Soil Kit 遺伝子工学の手法を用いた微生物叢の研究・解析はMicrobiomicsと呼ばれます。この一連の操作は，試料の収集，核酸 抽出，シークエンシングおよび解析のステップより構成されますが，この過程において様々なエラーや偏りが発生し， 最終的に誤った微生物叢プロファイルとなるリスクがあります。Zymo Research 社では，ZymoBIOMICS と呼ばれる Microbiomics専用の製品群を開発し，各ステップにおける様々なリスクの排除に有効な製品を提供しています。 用 途 品 名 製品概要 掲載ページ Microbiomic Standards ZymoBIOMICS Microbial Community Standard 10種類の不活性化した微生物（細菌および真菌）の混合物／ 各種微生物DNAの混合物。微生物叢およびメタゲノミクス研究用。 3 DNA/RNA Extraction ZymoBIOMICS DNA/RNA Mini Kit 試料中の細菌，真菌類，原生動物，藻類，ウイルス，ミトコンドリアおよび 宿主のDNA/RNAをバイアスなく，効率的に抽出・精製するキット。 4～7 Sample Collection DNA/RNA Shield Collection Tubes 様々な試料中の核酸を，室温下で長期間保持できるDNA/RNA Shieldが 予め充填された試料採取用チューブ。 8 Library Prep & Sequencing ZymoBIOMICS PCR PreMix 3’末端トランスフェラーゼ活性を有するホットスタートDNAを含め，PCRに 必要な試薬の全てを含んだ溶液。細菌ゲノムDNAのコンタミネーションが 25μl当たり10コピー数以下であることを検証済み。 9 Femto DNA Quantification Kit 1 μlの試料中に含まれるわずか20 fgのDNAを，qPCRにより簡便， 迅速に定量できるキット。 BashingBead は高密度セラミックを使用。核酸への物理的・化学的ダメージは 最小限に抑えながら，破砕・溶解が困難な試料から効率的に核酸を精製できます。 精製用のカラムにはClean-Spin 技術を使用。バッファー類の溶液が残存しない デザインで，純度に優れた核酸を精製できます。 Zymo社 他社 植物・種子微生物 組織／昆虫 糞便・土壌p.10 p.11 p.11p.10 各種環境試料からPCRやRT-PCRなどに直接使用できる核酸を迅速に抽出・精製することができるキットです。 Quick-DNA / RNA Kit キット構成品は単品でも購入できるため，不足したコンポーネントの補充が可能です。 特別なフィルター技術により，精製後の核酸からPCRを阻害する腐食酸やフルボ酸， ポリフェノールなどの物質を効率的に除去できます。 本カタログに掲載の核酸抽出・精製キットの特長 BashingBeadを用いた試料の効率的な破砕・溶解と，Zymo-Spinカラムを用いた核酸精製および PCR阻害物質の除去により，簡単なステップで迅速に核酸抽出を行うことができます。
- 3. ZymoBIOMICS Microbial Community Standard http://www.funakoshi.co.jp/contents/65367 微生物叢の標準試料として有用な微生物／DNA混合物 次世代シークエンシングを用いた微生物叢およびメタゲノミクス研究において，微生物叢標準品として有用な 10種類の微生物混合物／各種微生物DNAの混合物です。 品 名 商品コード 包 装 価格（￥） ZymoBIOMICS Microbial Community Standard D6300 0.75 ml 49,000 ZymoBIOMICS Microbial Community DNA Standard D6305 200 ng 20,000 D6306 2,000 ng 39,000 [メーカー：ZYR] ZymoBIOMICS Microbial Community DNA Standardを 16S rRNAシークエンシング法のコントロールとして使用 16S v3-4領域に対するプライマーを用いて，16S rRNA-seq法の最適化を検討 した。 左：標準的なワークフローによる解析結果 右：同じプライマーセットを用いて，最適化したプロトコルによって解析した結果 左側のパネルで見られるノイズは，主にPCRによる人工産物やコンタミネーション によるもので，最適化されたワークフローではこれらの増幅が抑制された。 微生物種 ゲノム サイズ 倍数 性 GC 含量 16/18S コピー数 グラム 染色性 理論含有量 (％) ゲノムDNA 16S rRNA* Pseudomonas aeruginosa 6.77 Mb 1 66.2％ 4 － 12.0 4.6 Escherichia coli 5.47 Mb 1 56.8％ 7 － 12.0 10.0 Salmonella enterica 4.83 Mb 1 52.2％ 7 － 12.0 11.3 Lactobacillus fermentum 2.08 Mb 1 52.8％ 5 ＋ 12.0 18.8 Enterococcus faecalis 3.01 Mb 1 37.5％ 4 ＋ 12.0 10.4 Staphylococcus aureus 2.93 Mb 1 32.7％ 5 ＋ 12.0 13.3 Listeria monocytogenes 2.95 Mb 1 38.0％ 6 ＋ 12.0 15.9 Bacillus subtilis 3.98 Mb 1 43.8％ 8 ＋ 12.0 15.7 Saccharomyces cerevisiae 13.3 Mb 2 38.4％ 109 Yeast 2.0 － Cryptococcus neoformans 18.9 Mb 2 48.2％ 60 Yeast 2.0 － * 理論16S rRNA遺伝子含量は，理論ゲノムDNA含量から以下の計算式によって 算出したものです。 16S copy number = total genomic DNA (g) × unit conversion constant (bp/g) / genome size (bp) × 16S copy number per genome. ●微生物叢プロファイリングおよびメタゲノミクス研究に有用な， 10種類の不活性化した微生物（グラム陰性細菌3種類， グラム陽性 細菌5種類，酵母菌2種類） の混合物です 。 ●16S rRNAシークエンシング，ショットガン・メタゲノミクスシーク エンシングを用いてロット毎の微生物構成を確認しています。 ●DNA/RNA Shield溶液中で不活性化および溶菌処理済み です。また，溶菌が容易な微生物と困難な微生物の両方を 含むため，DNA抽出方法のバイアスの評価に用いることが できます。 ●外来DNA含有量は＜0.01％で，不純物はほとんど含まれて いません。 特長 使用例 ●微生物叢およびメタゲノミクス解析に有用な，10種類の微生物 から抽出，精製したゲノムDNAの混合物です。 ●16S rRNA-Seq，ショットガン・メタゲノミクスシークエンシングを 用いてロット毎の微生物構成を確認しています。 ●外来DNA含有量は＜0.01％で，不純物はほとんど含まれて いません。 ZymoBIOMICS Microbial Community Standard ショットガン・メタゲノミックシークエンシング用ライブラリー作成方法の検討用 コントロールとしてZymoBIOMICS Microbial Community DNA standardを使用 ショットガン・メタゲノミックシ－クエンシング用ライブラリーを他社ライブラリー 調製キットまたはZymo Research社の独自の方法の2通りの方法で調製した。 ショットガン・シークエンシングはMiSeqを用いたペアエンド・シークエンシング （2×150 bp）を実施した。 GC含量が15～85％と広い範囲をカバーするStaphylococcus aureus （平均GC 含量32.7％）とPseudomonas aeruginosa （平均GC含量66.2％）の2種類のゲノム を用いて， 10種類の微生物遺伝子のマッピングによりシークエンシング範囲に おけるGC含量への影響を調べた。正規化カバー率の数値は，各ゲノムの平均 シークエンシングカバー率の数値の正規化により算出した。 Zymo Research社の独自の方法ではGC含量のバイアスがほとんど見られな かったが，他社製品の結果では，低GC域と高GC域の両方でバイアスが生じて いるのが分かる。 ゲノムDNAショットガン・シークエンシングと16Sシークエンシング法の コントロールとして使用 ■ Community Standardに含まれる微生物 Regular Workflow Optimized Workflow ・Ultra-clean reagents ・Ultra-clean processes ・Limit PCR cycles ・Good MiSeq run ・Uchime filtration ・Others gDNA by Shotgun Sequencing 16S Counts by 16S Sequencing 100％ 90％ 80％ 70％ 60％ 50％ 40％ 30％ 20％ 10％ 0％ 100％ 90％ 80％ 70％ 60％ 50％ 40％ 30％ 20％ 10％ 0％ ■ Bacillus subtilis ■ Listeria Monocytogenes ■ Staphylococcus aureus ■ Enterococcus faecalis ■ Lactobacillus fermentum ■ Salmonella enterica ■ Escherichia coli ■ Peudomonas aeruginosa ■ Saccharomyces cerevisiae ■ Cryptococcus neoformans Theoretical DNA Standard Microbial Standard Theoretical DNA Standard Microbial Standard 10000 8000 6000 4000 2000 0 25000 20000 15000 10000 5000 0 4.0 3.5 3.0 2.5 2.0 1.5 1.0 0.5 0.0 4.0 3.5 3.0 2.5 2.0 1.5 1.0 0.5 0.0 20 30 40 50 60 70 80 900 10 20 30 40 50 60 70 他社製品 他社製品 Zymo社 Zymo社 他社製品 他社製品 Zymo社 Zymo社 GC Contents GC Contents NormalizedCoverage NormalizedCoverage Frequency Frequency -3- ZymoBIOMICS Microbial Community DNA Standard Psedomonas aeruginosa (66.2％ GC)Staphylococcus aureus (32.7％ GC)
- 4. ZymoBIOMICS DNA Kit http://www.funakoshi.co.jp/contents/65463 様々な試料からバイアスのないDNAが高収率で得られるキット 哺乳動物の糞便，土壌，植物／種子，細菌／真菌細胞，バイオフィルムや水などの試料に含まれる細菌，真菌 類，原生動物，藻類，ウイルス，ミトコンドリアおよび宿主のDNAを抽出するキットです。グラム陽性／陰性バク テリア，真菌類，原生動物，藻類，ウイルスなどを効果的に溶解し，阻害物質を含まないDNAが得られます。 微生物叢およびメタゲノム解析に最適です。 品 名 使用回数 商品コード 包 装 価格（￥） ZymoBIOMICS DNA Micro Kit with lysis matrix 50 preps D4301 1 kit 57,000 without lysis matrix 50 preps D4305 1 kit 39,000 ZymoBIOMICS DNA Mini Kit with lysis matrix 5 preps D4300T 1 kit 8,000 50 preps D4300 1 kit 57,000 without lysis matrix 50 preps D4304 1 kit 39,000 ZymoBIOMICS-96 DNA Kit without lysis matrix 2×96 preps D4307 1 kit 120,000 with BashingBead lysis rack 2×96 preps D4303 1 kit 179,000 with BashingBead lysis tube 2×96 preps D4309 1 kit 179,000 ZymoBIOMICS-96 Magbead DNA Kit without lysis matrix 2×96 preps D4306 1 kit 123,000 with BashingBead lysis rack 2×96 preps D4302 1 kit 182,000 with BashingBead lysis tube 2×96 preps D4308 1 kit 182,000 製品ラインナップと仕様 [メーカー：ZYR] 操作方法概略 ライセートをZymo-Spin IV Spin Filter に添加しフィルター処理 Inhibitor-free DNA 遠 心 遠 心 Bead入りチューブに試料を 添加し，試料破砕装置で処理 遠心 回収試料をZymo-Spin Ⅳ-HRC spin filterに添加，PCR阻害物質を除去 遠 心 上清をZymo-Spin ⅢC-Z column に添加しDNAを洗浄 ■ ZymoBIOMICS DNA Mini Kit -4- 品名 Microprep Miniprep 96 Kit 96 MagBead Kit 使用回数 50 preps 50 preps 2×96 preps 2×96 preps フォーマット スピンカラム 96 well 破砕方法＊ BashingBead lysis tube BashingBead lysis rack 抽 出 試 料 哺乳類糞便 ≦100 mg ≦200 mg ≦100 mg 土壌 ≦100 mg ≦250 mg ≦100 mg ≦200 mg 細胞 湿重量 5～20 mg 50～100 mg 5～20 mg 5～20 mg 細菌 2×108 cells 1×109 cells 1×108 cells 2×108 cells 酵母 2×107 cells 1×108 cells 1×107 cells 2×107 cells 哺乳動物 2×106 cells 1×107 cells 1×106 cells 2×106 cells 水，スワブ試料 250μl，あるいは水試料をろ過したフィルター DNA/RNA Sheild保存試料 250μl 250μl 200μl 250μl DNA結合量 最大5μg 最大25μg 最大5μg 最大10μg 精製DNAサイズ 平均15～20 kb 適用 PCR, アレイ，16S rRNAジーンシークエンシング，ショットガン・シークエンシングなど ■ ZymoBIOMICS-96 Kit ZR BashingBead Lysis Rack / Tubeに試料とBeadsを添加し， 試料破砕装置で処理 遠 心 上清を96-well plateに添加， Binding bufferと混合しVortex Collection plateをセットしたZymo-Spin I-96-Z Plateに上清を添加，DNAを2回 洗浄。Elution plateをセットする。 遠 心 Elution plateをセットした Zymo-Spin I-96-Z Plateに 回収したDNA溶液を添加 Inhibitor-free DNA 遠心 * 破砕用ビーズ・試薬（lysis matrix）が付属しない製品もあります。また，96 Kitと96 MagBead Kitはビーズ入りチューブで破砕する製品もあります（下記参照）。 ※ 16S rRNA遺伝子のqPCRにより，キットに微生物の混入がほぼ無いこと（溶出液1μl中にバクテリアゲノムのコピー数が3以下）を確認しています。
- 5. -5- 本製品，HMP Protocol*または他社製品を用いて，ZymoBIOMICS Microbial Community StandardからDNAを抽出，精製した。 v3-4領域を標的とするプライマーを用いて，各DNA試料から16S rRNAを増幅し， Illumina-MiSeq（2×250 bp）により解析した。組成のプロファイルは，ZymoBIOMICS Microbial Community Standardに含まれる8種類の異なる細菌種の 既知16S rRNA遺伝子に対する単位複製配列解析後の配列数に基づいて決定した。 4種類のDNA抽出，精製法で唯一本製品だけが，理論値に近いバイアスのない プロファイルを示した。 * Human Microbiome Project fecal DNA extraction protocol 使用例 糞便80 mgから本製品または他社製品（A, B, C）を用いてDNAを抽出し（100μl）， そのうち6μlを1.0% (w/v)アガロース／EtBrゲルで各3回分析した。 L：1 kb ラダーマーカー 本製品では，特にPCR阻害物質の多い試料を用いた場合でも阻害物質を含ま ないDNAを得ることができる。 本製品または他社製品を用いてPCR阻害物質を多く含む試料から回収した 溶出液のPCRへの影響をリアルタイムPCRで評価した。各キットの溶出液が 10％または35％となるように，Brettanomyces DNAを25 ng含む反応液に 添加し，PCR阻害物質の残存を検証した。Brettanomyces DNAの増幅の遅延 または非増幅の結果は，PCR阻害物質の除去が不十分であることを示す。 4種類の方法でヒト糞便200μlから抽出したDNAをPBS(10％ m/v)に懸濁し， 16S rRNAジーンシークエンシングを行った。本製品で抽出したDNAは，収率向上 が顕著であり（上図），また溶解しにくいグラム陽性菌の存在比が大きくなり （下図），溶解しにくい試料からでも効率的にDNAが抽出できることがわかる。 ■ Bacillus subtilis (G+) ■ Listeria Monocytogenes (G+) ■ Staphylococcus aureus (G+) ■ Enterococcus faecalis (G+) ■ Lactobacillus fermentum (G+) ■ Salmonella enterica (G+) ■ Escherichia coli (G+) ■ Peudomonas aeruginosa (G+) Supplier BSupplier AHMP ProtocolTheoretical ZymoBIOMICS DNA Mini Kit 100％ 90％ 80％ 70％ 60％ 50％ 40％ 30％ 20％ 10％ 0％ MicrobialComposition(16SCounts) Unbiased Biased Supplier A B C Zymo- BIOMICSL ZymoBIOMICS Supplier A Supplier B Supplier C ■ 10% Eluate ■ 35% Eluate Proteobacteria (G+) Firmlcutes(G+) Bacteroidetes(G+) Actinobacteria(G+) DNAyield(μg)MicrobialComposition(phylum) 100％ 80％ 60％ 40％ 20％ ZymoBIOMICS HMP Protocol Supplier A Supplier B 12 8 4 ■ ZymoBIOMICS DNA Miniprep Kit NoAmplification NoAmplification NoAmplification NoAmplification 阻害物質を多量に含む試料からのDNAの回収の比較 本製品および他社製品を用いてPCR阻害物を多く含む試料からDNAを回収し， リアルタイムPCRにより評価した。PCR反応液は10％（緑色）または35％（黄色） の溶出液を含み，Brettanomyces DNAを10 ng添加した。 BrettanomycesのDNA の増幅遅延は阻害物質除去効率が低いことによるPCRの阻害を示す（N=8）。 80 mgの糞便を，各製品のプロトコルに従って処理した。各DNAは，100μlの ZymoBIOMICS DNase/RNase Free Waterを用いて溶出し，その6μlを 1.0％（w/v）のアガロース／EtBrゲル中で分析した（N=3）。 L：1 kb ladder ■ ZymoBIOMICS 96 MagBead DNA Kit 20 mgの糞便から精製したDNAのA260 / 230値の比較 本製品を用いて得られた精製DNAはA260 / 230値≧1.80で，他社製品と比較して 高品質なDNAが得られることが示された。 Inhibitor-free Inhibition Zymo 他社製品 2.00 1.80 1.60 1.40 1.20 1.00 0.80 0.60 0.40 0.20 0.00 A260/230 E.coli O157:H7 H.Pylori 本製品を用いたE. coli およびH. pylori からのDNAの効率的な抽出 1×106個の志賀毒素産生大腸菌を添加した糞便およびH. pylori を添加した 糞便を段階希釈し，各試料から本製品を用いてDNAを抽出した後，qPCRにより 増幅した（N=8）。結果，希釈率1000：1でも効果的なDNA精製およびqPCRに よる増幅ができた。 45 40 35 30 25 20 1X 10X 100X 1000X Healthy Stool Dilution Factor ■10％ Elute ■35％ Elute 31 30 29 28 27 26 25 24 Ct Ct NoDetection ZymoBIOMICS 他社製品
- 6. ZymoBIOMICS RNA Mini Kit http://www.funakoshi.co.jp/contents/65370 様々な試料からバイアスのないRNAが高収率で得られるキット 哺乳動物の糞便，土壌，植物／種子，細菌／真菌細胞，バイオフィルムや水などの試料に含まれる細菌，真菌 類，原生動物，藻類，ウイルス，ミトコンドリアおよび宿主のRNAを抽出するキットです。グラム陽性／陰性バク テリア，真菌類，原生動物，藻類，ウイルスなどを，効果的に溶解し，阻害物質を含まない核酸が得られます。 微生物叢およびメタゲノム解析に最適です。 品 名 商品コード 包 装 価格（￥） ZymoBIOMICS RNA Mini Kit 50 preps R2001 1 kit 83,000 仕様 [メーカー：ZYR] 操作方法概略 Inhibitor-free RNA 遠心 DNA/RNA Shield - Lysis Tubeに試料を 添加し，試料破砕装置で処理 遠心 回収試料をZymo-Spin Ⅳ-HRC spin filterに添加，RT-PCR阻害物質を除去 遠心 上清をZymo-Spin ⅢCG columnに 添加しDNAを除去，洗浄 -6- 使用回数 50 preps フォーマット スピンカラム 測定試料 ・哺乳動物の糞便：≦200 mg ・土壌：≦250 mg ・植物／種子：≦200 mg ・細菌／真菌：50～100 mg（湿重量） （細菌：109 cells，酵母：108 cells，哺乳動物細胞：107 cells） ・水：250μlまたは水試料をろ過したフィルター RNA結合量 最大100μg 精製RNAサイズ ≧17 nucleotides 適用 RT-PCR，ハイブリダイゼーション，シークエンシングなど 本製品またはA社RNA抽出キットを用いて ヒトの糞便からRNAを抽出し，Agilent 2200 TapeStationで比較分析を行った。 本製品を用いて抽出したRNAは，A社キット に比べて品質が高いことがわかる。 左図：本製品およびA社製品を用いて，ヒトの糞便から単離されたRNAを， RT-PCRおよびPCRで増幅後（約150 bpフラグメント）にAgilent 2200 TapeStationによって分析した結果。PCRにおけるバンドの欠如は DNAフリーのRNAであることを示す。 右図：本製品に含まれるZymo-Spin IV-HRC Spin Filter使用時または 不使用時のRNAの増幅速度の比較。増幅サイクルの速さの違いは， PCRの阻害物質が完全に除去されていることを示す。 A社 Zymo RIN® 4.3 RIN® 3.9 RIN® 8.4 RIN® 8.6 6000 4000 2000 1000 500 200 25 Zymo-Spin IV-HRC treated sample Un-treated sample RT-PCR PCR Zymo A Zymo A 1500 1000 700 500 400 300 200 100 50 25 Cycle Fluorescence 使用例 ●破砕には核酸保存用試薬DNA/RNA Shieldが充填された チューブ（#R1103）を使用しており，試料中の核酸の安定した 保存も可能です。
- 7. Agilent 2200 TapeStationにより 分析した結果， 本製品で抽出した DNAおよびRNAは，インタクトな 状態であることがわかる。 -7- A DNA& RNA DNA 48500 15000 7000 4000 3000 2500 2000 1500 1200 900 600 400 250 100 6000 4000 2000 1000 500 200 25 RNA ヒトの糞便中の全核酸を本製品を用いて抽出し， 溶出液を1％ TAE/アガロース/EtBr ゲルで分離 した。A：1 kbラダーマーカー ZymoBIOMICS DNA/RNA Kit http://www.funakoshi.co.jp/contents/65370 全核酸の抽出とDNAとRNAを分けて抽出するプロトコルに対応 哺乳動物の糞便，土壌，植物／種子，細菌／真菌細胞，バイオフィルムや水などの試料に含まれる細菌，真菌 類，原生動物，藻類，ウイルス，ミトコンドリアおよび宿主の核酸を抽出するキットです。同一の試料からDNAと RNAの両方を抽出・精製することができます。微生物種にほとんど影響することなく溶解でき，阻害物質を含ま ない核酸が得られます。微生物叢およびメタゲノム解析に最適です。 品 名 商品コード 包 装 価格（￥） ZymoBIOMICS DNA/RNA Mini Kit 50 preps R2002 1 kit 106,000 仕様 [メーカー：ZYR] 使用回数 50 preps フォーマット スピンカラム 測定試料 ・哺乳動物の糞便：≦200 mg ・土壌：≦250 mg ・植物／種子：≦200 mg ・細菌／真菌：50～100 mg（湿重量） （細菌：109 cells，酵母：108 cells，哺乳動物細胞：107 cells） ・水：250μlまたは水試料をろ過したフィルター 核酸結合量 最大100μg 精製核酸サイズ ≧17 nucleotides 適用 PCR/RT-PCR, アレイ，16S rRNAシークエンシング， ショットガン・シークエンシング，ハイブリダイゼーションなど DNA/RNA Shield Lysis Tube に試料を添加し，試料破砕 装置で処理 遠心 Collection Tubeをセットした Spin away Filterに上清を添加* 全核酸の抽出 上清をZymo-Spin ⅢCG column に添加し洗浄 回収試料をZymo-Spin Ⅳ-HRC spin filter に添加，PCR/RT-PCR阻害物質を除去 Inhibitor-free DNA&RNA 遠心遠心 遠心 Spin away FilterはDNA精製に，フロースルー はZymo-SpinⅢCGに添加しRNA精製に使用。 各カラムを洗浄 遠心 回収したDNAまたはRNAをそれぞれを Zymo-Spin Ⅳ-HRC spin filterに添加， PCR/RT-PCR阻害物質を除去 Inhibitor-free DNA or RNA 遠心 DNA/RNAを分けて抽出 遠心 ＊抽出方法によって操作が異なります。 操作方法概略 使用例 ●破砕には核酸保存用試薬DNA/RNA Shieldが充填された チューブ（#R1103）を使用しており，試料中の核酸の安定した 保存も可能です。
- 8. 適応試料 商品 コード 容量・サイズ DNA/RNA Shield量 試料量 全種類 R1102 2 mlチューブ 1 ml ≦100μl 微生物 R1103 R1104 2 mlチューブ （Lysis用ビーズを含む） 1 ml ≦100μl 組織 R1105 ≦100μl 血液 R1150 16×100 mm真空チューブ 6 ml 3 ml 糞便 R1101 15 mlチューブ 9 ml 約1 mg/1 ml 口腔，鼻腔， 喉表面 R1106 R1107 5 mlチューブ 1 ml ≦100μl R1108 R1109 2 ml ≦200μl ●採取した試料（細胞，組織，血液，血漿，血清，唾液，尿， 糞便など）のバイアスのない正確な遺伝情報および発現プロ ファイルを，室温で長時間保存できます。 ●室温下（4～25℃）でDNAは1年以上，RNAは1か月まで保存 可能です。-20℃／-80℃では，より長期間の保存が可能です。 ●ほとんどのDNAおよびRNA精製キットに適応します。 ●細胞を効果的に溶解し，またヌクレアーゼやウイルスなどの 感染因子を不活性化します。 DNA/RNA Shield Collection Tube http://www.funakoshi.co.jp/contents/65363 DNA/RNA安定化試薬入り試料採取用チューブ 様々な試料中の核酸を室温下でも安定的に保存できるDNA/RNA Shieldが，予め充填されたチューブです。微生物／ 組織ライセート，環境試料，血液，糞便，器具や実験台などの表面からスワブで採取した試料など各種試料に適応 した製品があります。保存したDNAおよびRNAは，沈殿や試薬の除去操作の必要なく，採取試料から直接単離できます。 品 名 商品コード 包 装 価格（￥） DNA/RNA Shield Collection Tube R1102 50 pieces 19,000 Microbe Lysis Tube, DNA/RNA Shield R1103 50 pieces 49,000 Microbe Lysis Tube, DNA/RNA Shield, w/Swab R1104 50 pieces 59,000 Tissue Lysis Tube, DNA/RNA Shield R1105 50 pieces 28,000 Blood Collection Tube, DNA/RNA Shield R1150 50 pieces 88,000 Fecal Collection Tube, DNA/RNA Shield R1101 10 pieces 18,000 Collection Tube w/Swab, DNA/RNA Shield (1 ml) R1106 10 pieces 16,000 R1107 50 pieces 74,000 Collection Tube w/Swab, DNA/RNA Shield (2 ml) R1108 10 pieces 15,000 R1109 50 pieces 68,000 [メーカー：ZYR] 唾液および糞便中の核酸は，室温下，DNA/RNA Shield中で効果的に安定化 される。コントロールDNAおよびRNAを添加した唾液，糞便をDNA/RNA Shield 中で室温保存し，上図中の経過日数で核酸を精製し，(RT)qPCRによって解析 した。コントロールとしてHSV-1とHIV (AcroMetrix, Life Technologies)を用いた。 DNA/RNA Shieldを使用し，室温下で1か月間保存した試料の微生物叢の 推移を解析した。上図に示した経過日数の試料からDNAをZymoBIOMICS DNA Mini Kit(#D4300) を用いて抽出し，16S rRNA遺伝子に対する微生物 叢の構成のプロファイリングを行った（Genus Composition)。 DNA/RNA Shieldを用いた場合（右図），試料は安定的に保存され，微生物 叢構成に変化は見られなかった。 感染性病原体（ウイルス，細菌，酵母）を含む試料をDNA/RNA Shield またはPBSで5分間処理し，不活化をプラークアッセイ（ウイルス）および グロースアッセイ（細菌・酵母）で確認した。 Saliva Stool With ShieldWithout Shield 特長 採血用チューブ（A）に血液を採取し*，Blood Collection Tube（B）に10秒以上 かけて試料を移す。ホルダーを取り外す前に，血液の流れが完全に止まった ことを確認する。採血後直ちに，チューブをゆっくりと10回反転して均一化する。 試料は，輸送またはすぐにDNA／RNA精製を行うことができる。 * 血液は，Tubeに直接採取せず，別の採血管に採取して下さい。 清浄な容器に糞便試料を採取し，Collection Tubeにスプーン一杯分の試料 （約1 gまたは約1 ml）を回収する。フタを閉めて，容器を10回反転させて懸濁液 を作る*。残りの糞便試料を廃棄し，手をよく洗浄する。 * 試料によっ ては再懸 濁が困 難 な場合があ ります 。懸濁 後の試 料は安 定です。 通常，攪拌中に発泡を伴います。 キットに含まれるスワブで試料（口腔表面）を採取し，採取用チューブの 溶液中にスワブを差し込む。スワブのプラスチックハンドル部分は切除して 廃棄し，フタを閉めてチューブを数回反転させる。その後試料は，輸送または 保存してDNAまたはRNAの精製を行うことができる。 操作方法概略 使用例 ■ Blood Collection Tube (#R1150） ■ Fecal Collection Tube (#R1101) ■ Swab and Collection Tube (#R1106, #R1107) -8- 0 day 1 day 1 week 1 month 0 day 1 day 1 week 1 month Virus Bacteria Yeast Complete Inactivation Virus:logpfu/mlBacteria/yeast:logcfu A B A B Step1 Step2 Step3 Step4 Step5 DNA RNA DNA RNA
- 9. ZymoBIOMICS PCR PreMix http://www.funakoshi.co.jp/contents/65371 コピー数の少ないDNAの増幅に有効なPCR PreMix 3’末端トランスフェラーゼ活性を有するホットスタートポリメラーゼのほか，PCRに必要なすべての試薬が 含まれており，水，プライマーおよびテンプレートDNAを添加し95℃で10分間加温するだけでPCRを行えます。 細菌ゲノムDNAの混入が極めて少なく（≦10 copies/25 μl Mix），コピー数が少ないDNAの検出などに有用 です。 ●キットには，DNase/RNase free waterが含まれています。 ●キットに含まれるホットスタートポリメラーゼは3’末端トランス フェラーゼ活性を有し，増幅したDNAにA（デオキシアデノシン） を付加することからTAクローニングに用いることができます。 ●反応液（全量50μl）中には，2 unit *のZymoBIOMICS DNA polymeraseを含んでいます。 ＊ 1 unitは，72℃，30分間で10 nM dNTPsの酸不要型への取り込みに必要な 酵素量と定義します。 品 名 商品コード 包 装 価格（￥） ZymoBIOMICS PCR Premix 50 tests E2056 1 kit 16,000 200 tests E2057 1 kit 45,000 [メーカー：ZYR] 左：Lactobacillus fermentum のゲノムDNAを10倍ごとに段階希釈し，50μlの 反応容量当たりSYTO 9を2.5μMずつ添加した。16S rRNA遺伝子増幅に より，45サイクルのqPCRにおいて2 fg以下の細菌ゲノムDNAの定量が可能 であった。 右：2.5μMのSYTO9を反応溶液50μl に添加した後，テンプレート無しの16S rRNA遺伝子の増幅によって定量した。リアルタイムPCRを45サイクル実施 し，細菌のコンタミネーション量を決定した。 特長 Femto Human/Bacterial/Fungal DNA Quantification Kit http://www.funakoshi.co.jp/contents/61807 qPCRによるヒト／細菌／真菌類のgDNA定量キット 1μlの試料中に含まれるヒト，細菌または真菌類のわずか20 fgのDNAを，qPCRにより簡便かつ迅速に定量 できるキットです。感度と特異性が高く，試料中に他の生物由来のDNAが含まれる場合でもそれぞれの 生物種由来のDNAを定量できるため，次世代シークエンシングやメタゲノム分析などに最適です。 品 名 商品コード 包 装 価格（￥） Femto Human DNA Quantification Kit E2005 1 kit 40,000 Femto Bacterial DNA Quantification Kit E2006 1 kit 40,000 Femto Fungal DNA Quantification Kit E2007 1 kit 40,000 [メーカー：ZYR] 特長 ●1μlの試料中のわずか20 fgのDNAが定量できます。 ●特異性が高いため，標的以外の生物種のDNAが混入しても 標的生物種のDNAの検出または定量に影響しません。 ●qPCR Premixには，蛍光色素SYTO 9が含まれています。 ●多くのリアルタイムqPCR装置に適応できます。 ●測定試料：生体液，培養液／環境試料から精製したDNA ●検出限界：ヒト⇒1コピー以下，E. coli ⇒5コピー以上 酵母（Saccharomyces cerevisiae）⇒2コピー以上 使用例 異なる試料から抽出，精製したDNAのFemto Bacterial DNA Quantification Kit (#E2006)を用いた増幅試験例 使用例 -9- Standard Curve of Bacterial DNA Water Controls 45.0 40.0 35.0 30.0 25.0 20.0 15.0 CT R2=0.99985 50.0 45.0 40.0 35.0 30.0 25.0 20.0 15.0 CT DNA Milli-Q Integral Water ZymoBIOMICS DNase/RNase Free Water ■ チンチラの糞 ■ 汚泥 ■ 土壌 ■ 大腸菌培養液 ■ 細菌DNA標準 ■ テンプレートなし（コントロール） Fluorescence History Cycles Fluorescence(465-510) 400.0 380.0 360.0 340.0 320.0 300.0 280.0 260.0 240.0 220.0 200.0 180.0 160.0 140.0 120.0 100.0 80.0 60.0 40.0 20.0 0.0 11 12 14 16 18 20 22 24 26 28 30 32 34 36 38 40 2 ng 200 pg 20 pg 2 pg 200 fg 20 fg 2 fg
- 10. Quick-DNA Fungal / Bacterial Kit http://www.funakoshi.co.jp/contents/448 キットの種類 MicroPrep MiniPrep MidiPrep 96 kit 使用回数 50 preps 50 preps 25 preps 2×96 preps フォーマット スピンカラム 96 well 試 料 量 真菌，細菌（湿重量） 10～20 mg 50～100 mg 250～500 mg 10～20 mg 細菌（細胞数） 2×108 109 5×109 2×108 酵母（細胞数） 2×107 108 5×108 2×107 軟組織 40 mg 200 mg 1 g 40 mg DNA回収量 ≦5μg ≦25μg ≦125μg ≦5μg 最小溶出液量 10μl 25μl 150μl 25μl 精製DNAサイズ ≦40 kb 100 bp～40 kb 操作時間 15分 20分 40分 商品コード D6007 D6005 D6105 D6006 包装 1 kit 1 kit 1 kit 1 kit 価格（￥） 30,000 30,000 73,000 108,000 Saccharomyces cerevisiae (芽胞)およびE.coli からDNAを抽出した。 本製品で抽出したDNAは高品質で構造的に無傷であることがわかる。 M 本製品 他社製品 芽胞 E.coli 芽胞 E.coli 本製品 ： MiniPrep Kit（#D6005） M ： 1 kbラダーマーカー [メーカー：ZYR] -10- キットの種類 MicroPrep MiniPrep 使用回数 50 preps 50 preps フォーマット スピンカラム 試 料 量 真菌，細菌（湿重量） 10～20 mg 50～100 mg 細菌（細胞数） 2×108 109 酵母（細胞数） 2×107 108 RNA回収量 ≦10μg ≦50μg 最小溶出液量 6μl 25μl 操作時間 10分 商品コード R2010 R2014 包装 1 kit 1 kit 価格（￥） 47,000 47,000 本製品（MicroPrep）または他社 製品を用いて，プラスミドDNAを 含むE.coli からRNAを抽出した。 [メーカー：ZYR] Quick-RNA Fungal / Bacterial Kit http://www.funakoshi.co.jp/contents/3553 微生物 溶菌が困難な真菌類，グラム陽性／陰性細菌，藻類または原虫から DNA/RNAを抽出・精製できます。有機溶媒やプロテアーゼは使用しません。 [メーカー：ZYR] Drosophila sp.からRNAを抽出し， 電気泳動を行った (duplicate)。 http://www.funakoshi.co.jp/contents/3553 Quick-RNA Tissue / Insect Kit [メーカー：ZYR] 昆虫およびマウスの試料からゲノムDNAを精製し，電気泳動を行った。 Lane1：1 kb DNA size marker Lane4：D.melanogaster lavae n=10 Lane7：Cricket Lane10：Mouse Liver Lane2：D. melanogaste n=10 Lane5：D.melanogaster lavae n=20 Lane8：1 kb DNA size marker Lane11：Mouse Tail snip Lane3：D. melanogaste n=20 Lane6：Darkling Beetle larva Lane9：Mouse Kidney Quick-DNA Tissue / Insect Kit http://www.funakoshi.co.jp/contents/1204 キットの種類 MicroPrep MiniPrep 96 kit 使用回数 50 preps 50 preps 2×96 preps フォーマット スピンカラム 96 well 試料量 10 mg 50 mg 10 mg DNA回収量 ≦5μg ≦25μg ≦5μg 最小溶出液量 10μl 25μl 25μl 精製DNAサイズ ≦40 kb 100 bp～40 kb 操作時間 15分 40分 商品コード D6015 D6016 D6017 包装 1 kit 1 kit 1 kit 価格（￥） 30,000 30,000 108,000 キットの種類 MicroPrep 使用回数 50 preps フォーマット スピンカラム 試料量 10 mg RNA回収量 ≦10μg 最小溶出液量 6μl 操作時間 10分 商品コード R2030 包装 1 kit 価格（￥） 47,000 組織・昆虫 超高密度BashingBeadを用いて，昆虫，節足動物，哺乳動物組織など の試料から核酸を抽出・精製するキットです。 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11
- 11. ヒト，トリ，ラット，マウス，ウシなどの糞便や土壌から直接DNA を抽出・精製できます。 キットの種類 MicroPrep MiniPrep MidiPrep 96 kit 使用回数 50 preps 50 preps 25 preps 2×96 preps フォーマット スピンカラム 96well 試 料 量 糞便 ≦150 mg ≦375 mg ≦80 mg 土壌 ≦250 mg ≦5 g 真菌，細菌（湿重量） 10～20 mg 50～100 mg ≦250～500mg 水試料 試料回収フィルター － DNA回収量 ≦5μg ≦25μg ≦125μg ≦5μg 最小溶出液量 10μl 50μl 150μl 50μl 精製DNAサイズ ≦40 kb 100 bp～40 kb 操作時間 15分 25分 50分 商品コード D6012 D6010 D6110 D6011 包装 1 kit 1 kit 1 kit 1 kit 価格（￥） 41,000 41,000 88,000 125,000 ラット糞便試料からDNAを抽出し， 電気泳動を行った(triplicate)。 本製品 (Miniprep Kit) 他社製品 A B [メーカー：ZYR] -11- 土壌・糞便 糞便または粘土や砂，泥炭などの土壌試料からバクテリア，菌類，藻類， 原虫など様々な微生物やウイルスのゲノムDNAを抽出・精製できます。 [メーカー：ZYR] 250 mgの汚泥から精製したArthrobacter属 のtotal RNAを電気泳動した。 キットの種類 MicroPrep 使用回数 50 preps フォーマット スピンカラム 適用試料 の例 土壌や汚泥，沈渣，糞便（哺乳動物や鳥類など）， 微生物，菌類 試料量 250 mg RNA回収量 10μg 最小溶出液量 6μl 操作時間 10分 商品コード R2040 包装 1 kit 価格（￥） 63,000 1 kb DNA Ladder Total RNA Quick-DNA Fecal / Soil Microbe Kit http://www.funakoshi.co.jp/contents/496 Quick-RNA Fecal / Soil Microbe Kit http://www.funakoshi.co.jp/contents/4801 本製品を用いて10 mgの新鮮葉組織から RNAを抽出した。 Sample 1はSample 2の2倍量を泳動した。 [メーカー：ZYR] キットの種類 MiniPrep 使用回数 50 preps フォーマット スピンカラム 試料 葉，茎，芽，花，果実，種子 試料量 150 mg RNA回収量 ≦50μg 最小溶出液量 25μl 操作時間 10分 商品コード R2024 包装 1 kit 価格（￥） 55,000 キットの種類 MiniPrep 96 Kit 使用回数 50 preps 2×96 preps フォーマット スピンカラム 96 well 試料 葉，茎，芽，花，果実，種子 試料量（植物・種子） ≦150 mg ≦80 mg カラムへのDNA結合量 ≦25μg ≦5μg 最小溶出液量 25μl 50μl 精製DNAサイズ ≦40 kb 100 bp～40 kb 操作時間 15分 50分 商品コード D6020 D6021 包装 1 kit 1 kit 価格（￥） 41,000 125,000 各種植物・種子からMiniPrep Kit (#D6020)を用いてDNAを抽出，精製した。 Corn Kernel Sunflower SeedM M [メーカー：ZYR] 植物・種子 植物の葉，茎，芽，花，果実，種子などから核酸を抽出・精製できます。 多糖類，ポリフェノール，タンニンのほかPCR阻害物質が除去されます。 sample1 sample2 25S 23S 18S 16S 9.0 6.0 5.0 4.0 3.0 2.5 2.0 1.5 1.0 0.5 Quick-DNA Plant / Seed Kit http://www.funakoshi.co.jp/contents/807 Quick-RNA Plant Kit http://www.funakoshi.co.jp/contents/3553
- 12. ※ 本紙に掲載されている価格は，2017年4月1日現在です。 ※ 仕様は改善のため，予告なく変更することがあります。 ※ 本紙に掲載されている製品はすべて研究用です。臨床用途には使用できません。 ※ ×印の製品は，毒性があるため，取り扱いに注意または厳重な注意が必要です。製品は鍵の 掛かる場所に保管して下さい。添付されているデータシートや商品ラベルをよくお読み下さい。 ※ 本文中“#”以下の英数字は，商品コードを表しています。 ※ 記載されている会社及び商品名は，Zymo Research社の商標または登録商標です。 ※ 表示価格には消費税等は含まれていません。また価格は予告なく変更される場合がありますので，あらかじめご了承下さい。 ※ ご注文の際は，【品名，メーカー(ZYR)，商品コード，包装，数量】をお知らせ下さい。 NOTE 販売店 次世代シークエンサーを用いた微生物叢の メタゲノム解析受託サービス http://www.funakoshi.co.jp/contents/45963 糞便や土壌，唾液など，各種試料に存在する微生物叢（Microbiome）の遺伝子解析を行い， 系統分類，同定を行う受託サービスです。次世代シークエンサーを用いて微生物叢の Taxonomic ProfilingおよびShotgun Sequencingを行います。 ●Taxonomic Profiling ： 16S rRNA遺伝子の可変領域（V3，V4領域）のシークエンシングを行い，微生物叢の分類，同定を行います。 高感度な解析により，希少なバクテリアや古細菌の属を同定できます。 ●Shotgun Sequencing ： ショットガンシークエンシング法により微生物叢のゲノム解析を行い，配列を決定します。 最先端のバイオインフォマティクス解析により，微生物の種を同定できます。 ●論文に使用可能なデータ形式で，解析結果を納品します（下記参照）。 本サービスによりヒト糞便試料中に存在する主要な 微生物種を同定した。 本サービスの16S rRNA遺伝子のシークエンシング結果から 作成した，5種類の試料における微生物叢の組成（属）解析。 サービスの詳細，ご注文方法については，当社受託・特注品担当までお問い合わせ下さい。 ※ご依頼内容に応じて個別にお見積りいたします。お気軽にお問い合わせ下さい。 フナコシ株式会社 http://www.funakoshi.co.jp/ e-mail : info@funakoshi.co.jp 試薬に関して : TEL 03-5684-1620 FAX 03-5684-1775 e-mail : reagent@funakoshi.co.jp 受託に関して : TEL 03-5684-1645 FAX 03-5684-6539 e-mail : jutaku@funakoshi.co.jp 日本総代理店 ■ 1-68 (Tissierellaceae) ■ Prevotella ■ Peptoniphilus ■ Dialister ■ Campylobacter ■ Enterobacteria ■ Actinobaculum ■ Achromobacter ■ Porphyromonas ■ Varibaculum ■ ph2 ■ Other Cheese Human Stool Chinchilla Stool Sludge Soil ZYR-5764 (2017.04)