1. 1
Unitat de Farmacologia i Farmacognòsia - Facultat de Farmàcia
1. Introducció
al docking
molecular
MOLECULAR DOCKING: 1. Introducció Curs 2020-2021
Prof. Dr. Francisco Pérez García
Departament de Tecnologia
Institut Pompeu Fabra
Martorell
Datura stramonium
2. 2
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Objectius
• Saber si alguns productes naturals de plantes medicinals
xineses emprades com injecció per tractar el COVID-19
s’uneixen a una proteïna del virus SARS-CoV-2, concretament
la proteasa principal (main protease)
• Comparar l’energía d’unió en kcal/mol de diferents compostos
amb arxiu csv de swissdock.ch i la t de Student amb llenguatge R
• Comparar els aminoàcids de les diferents proteases del protein
Data bank 7BRO, 6Y2E, 7CWC, 6LU7(treure lligand) i altres,
que s’uneixen amb els teus productes naturals i d’altres autors
• Comparar resultats amb la bibliografia PÒSTER CIENTÍFIC
3. 3
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Xuebijing
4. 4
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
HPLC Xuebijing
5. 5
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Compostos a analitzar
6. 6
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular Xuebijing
7. 7
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Proteïnes
Estudiats al tema 4 de proteïnes del
llibre de Biologia de Santillana,
al igual que estructures secundaries
i dominis.
8. 8
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Aminoàcids
9. 9
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Aminoàcids
10. 10
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Aminoàcids
11. 11
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Aminoàcids
12. 12
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Aminoàcids
13. 13
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Aminoàcids
14. 14
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
15. 15
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Proteïnes
16. 16
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Aminoàcids
17. 17
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Entrada virus
18. 18
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Cicle virus
19. 19
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Dominis
Proteasa
principal
del virus
SARS-CoV-2
20. 20
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Docking
21. 21
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Docking
22. 22
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Proteasa
23. 23
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Proteasa
24. 24
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Proteasa
25. 25
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Proteasa
26. 26
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Protein Data Bank
27. 27
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Ligand
28. 28
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Ligand
29. 29
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Ligand
30. 30
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Ligand
31. 31
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Ligand
32. 32
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Ligand
33. 33
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Ligand
34. 34
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Ligand
35. 35
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Chimera
36. 36
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Avogadro
37. 37
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Chimera
Programa Chimera vs Nou programa Chimera X
38. 38
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Tutorial Chimera
39. 39
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Chimera
40. 40
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Chimera
41. 41
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Chimera
42. 42
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
ChimeraX
43. 43
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
ChimeraX
44. 44
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
ChimeraX
45. 45
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Chimera
46. 46
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Chimera
47. 47
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Chimera
48. 48
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Chimera
49. 49
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Chimera
50. 50
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Chimera
51. 51
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Chimera
52. 52
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Chimera
53. 53
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Chimera
54. 54
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Chimera
55. 55
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Chimera
56. 56
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Chimera
Afegir H als lligands i guardar com en format mol2
Afegir càrregues a les proteines i guardar en format pdb
57. 57
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Swissdock
58. 58
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Swissdock
59. 59
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Swissdock
60. 60
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Swissdock
61. 61
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Swissdock CSV
62. 62
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Swissdock CSV
63. 63
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Swissdock CSV
64. 64
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Swissdock CSV
65. 65
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Swissdock CSV
66. 66
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Swissdock CSV
67. 67
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Swissdock CSV