ce cours s'adresse aux étudiants graduant en médecine et en pharmacie, il regroupe des notions de base sur la famille des Mycobactériaceae et sur la principale pathologie qu'ils causent : La tuberculose.

1. DR T.DJERBOUA
Pharmacien maitre assistant en microbiologie
Faculté de médecine Mouloud Maammeri
Chef de service du
laboratoire central de biologie clinique
Hôpital BELLOUA-CHU TIZI-OUZOU.
UNIVERSITE MOULOUD-MAAMERI DE TIZI-
OUZOU
FACULTE DE MEDECINE
DEPARTEMENT DE MEDECINE
COURS DE 3ème ANNEE MEDECINE
MODULE DE MICROBIOLOGIE
BACTERIOLOGIE
LES
MYCOBACTERIES
Hôpital Belloua, ancien SANATORIUM

2. PLAN
1.INTRODUCTION
2.OBJECTIFS PEDAGOGIQUES
3.CLASSIFICATION ET HABITAT NATUREL
4.CARACTERES BACTERIOLOGIQUES
5.FACTEURS DE PATHOGENICITE
6.POUVOIR PATHOGENES DES MYCOBACTERIES
7.SENSIBILITE AUX ANTIBIOTIQUES
8.DIAGNOSTIC ET PREVENTION DES INFECTION A MYCOBACTERIES
9.CONCLUSION

3. II.OBJECTIFS PEDAGOGIQUES
*Apprécier la diversité des Mycobactéries et leurs impact en médecine humaine
*Connaitre les principaux Genres/Espèces rencontrés en clinique
*Connaitre les spectre clinique et les principales pathologies causées par les Mycobactéries a pouvoir pathogène specifique
*Connaitre l’état actuel de la sensibilité aux antituberculeux et l’ampleur du problème posé par la résistance
*Connaitre les moyens diagnostic de la tuberculose
*Connaitre les moyens de lutte et de prévention de la tuberculose

4. I.INTRODUCTION
cependant ,elle regroupe des bactéries à l’ origine d’autres pathologies comme la lèpre, l’ulcère de
Buruli et des infections opportunistes diverses de l’immunodéprimé.
La famille des Mycobacteriaceae est surtout connue pour l’agent de la Tuberculose
Les infections a mycobactéries sont un problème de santé publique de part le monde, en
particulier dans les pays en voie de développement et chez les personnes de bas niveau socio-
économique
Ce type de bactéries, en raison de leurs propriétés bactériologique peuvent être très difficiles a
traités et sont ainsi une priorité mondiale en matière de prévention.

5. III. CLASSIFICATION ET HABITAT NATUREL
Selon le « Bergey’s Manual of Systematics of Archaea and Bacteria” (2015)
P Actinobacteria
CActinobacteria
OCorynebacteriales
F Mycobacteriaceae
G 1 seul : Mycobacerium
E plus de 190 espèces sommairement en:
E pathogènes strictes :
1) Agents de la Tuberculose : M. tuberculosis +++, M.bovis, M.africanum …
2) Agents de la Lèpre : M.leprae
3) Agent de l’ulcère de Buruli : M.ulcerans
…etc
E opportunistes = MYCOBACTERIES ATYPIQUES très nombreuses espèces, a l’origine d’infections opportuniste diverses
EKansassi
EAvium
Eabcessus…
 Les agents de la tuberculose et de la lèpre se retrouvent essentiellement chez les sujet humains et animaux atteints qui en
sont le principale réservoir et vecteur
 les mycobactéries atypiques ont différentes niches écologiques et sont largement répondues dans la nature notamment le
milieu aquatique et zones humides
 Ce sont des bactéries sensibles aux désinfectants et aux antiseptiques (Alcools, dérivés halogénés…)

7. A) MORPHOLOGIE:
il s’agit de bacilles ayant une paroi a structure
complexe, non colorables au Gram, la
coloration les plus utilisée sont celle de Ziehl-
Neelsen et l’Auramine.
Cette structure particulièrement imperméable ,
est a l’origine de :
• Au centre de la virulence et de L’interaction
hôte-bactérie
• A l’origine de la lenteur de la pathologie
• A l’origine de la lenteur de la culture
• A l’origine de la résistance naturelle a la
quasi-totalité des antibactériens usuels
IV.CARACTERISTIQUES BACTERIOLOGIQUES

8. A) MORPHOLOGIE:
Principe de la coloration des mycobactéries :
En raison de la structure de leurs paroi, ces bactéries
peuvent retenir certains colorants meme en cas de
traitement prolongé par des agents de décoloration colle
l’acide sulfurique et l’alcool =) BACILLES ACIDO-
ALCOOLO RESISTANTS (BAAR)
Cette propriété est mise a profit dans les prélèvements
pour colorer spécifiquement les mycobactéries tout en
décolorant les autres bactéries qui ne seront pas visibles
IV.CARACTERISTIQUES BACTERIOLOGIQUES
1) COLORATION DE ZIEHL-NEELSEN : coloration a
chaud d’un frottis avvec de la Fsuchine phéniquée
de Ziehl, (10 minutes) suivie d’une double
décoloration a l’acide sulfurique et a l’alcool (07
minutes) puis d’une contre coloration au bleu de
méthylène
2) COLORATION a l’Auramine: même principe , sauf
que le Colorant est une molécule fluorescente =)
lecture au Microscope a fluorescence

9. Coloration de Ziehl-Neelsen d’une biopsie
Réaction granulomateuse et bacilles
intracellulaires
Coloration de Ziehl-Neelsen d’un crachat
Il s’agit d’une Tuberculose pulmonaire dite « a
microscopie positive »
Ce sont des patients fortement contagieux
Les bacilles apparaissent fin, droits ou légèrement
incurvés parfois branchés.
Entre autre ces bactéries sont immobiles, non sporulés et
parfois capsulés

10. Coloration de Ziehl-Neelsen d’une biopsie
Cutanée : Mycobacterium leprae
Coloration a l’Auramine
Mycobacterium tuberculosis

11. B) CARACTERES CULTURAUX :
Il s’agit d’une bactérie Fastidieuse, très exigeante, qui pousse sur
milieux enrichis
Le milieu solide le plus utilisé est le Lowenstein-Jensen (LJ)
Il existe des milieux liquide (ex Middelbrook 7H9)
Ces milieux ne sont pas sélectifs, les prélèvements poly
microbiens passent par une étape de décontamination.
C’est un Germe aérobie stricte, cultivant de préférence a 37°
Les cultures sont longues et peuvent prendre jusqu’à 03 mois.
Les colonies sont de couleur chamois ayant un aspect
caractéristique en « choux fleur »
La culture a été améliorée par l’avènement d’automates de
culture
IV.CARACTERISTIQUES BACTERIOLOGIQUES
Middelbrook 7H9Lowenstein-Jensen

12. Cultures de M.tuberculosis sur LJ

13. C) CARACTERES D’IDENTIFICATION :
IV.CARACTERISTIQUES BACTERIOLOGIQUES
grande diversité métabolique
Certains tests comme la catalase, l’exploration du métabolisme bactérien,la résistance
a certains inhibiteurs, les exigences vitaminiques, la pigmentation spontanée ou provoquée
… sont effectués mais dans Conditions différentes de celles des bactéries usuelles
En raison de leurs caractère laborieux de ces tests, l’identification antigénique et génomique est favorisée
Ce dernier permet a la fois l’identification de l’espèce ainsi que la recherche des gènes de résistance
aux antituberculeux

14. Détection rapide de l’antigène MPT64 par
immunochromatographie
PCR multiplex en temps réel
Identification et recherche des résistances type
GeneXpert

15. V.FACTEURS DE VIRULENCE
il s’agit d’une bactérie intracellulaire facultative. L’interaction et la survie dans les phagocyte fait partie intégrante de
son cycle de vie. M.tuberculosis ne possède pas les facteurs de pathogénicité habituellement retrouvé chez les
autres bactéries les processus d’adhésion, d’invasion et de résistance à la défense immunitaire implique d’autres
interactions plus complexes.
*l’adhésion et l’invasion implique la possession de molécules mimant des fonctions immunitaires comme le C3-R et
le FC-R des Ig pour faciliter son opsonisation et sa phagocytose.
*survie et multiplication intracellulaire : implique l’inhibition de l’activité bactéricide du phagocyte en empêchant la
fusion phagosome-lysosome (Cord FACTOR) d’une part et la résistance aux molécules bactéricides grâce à leurs
paroi riche en lipides et des enzymes inactivant les radicaux libres d’autre part (catalase, super-oxyde dismutase…)
*Au total ; M.tuberculosis interagit de manière complexe avec son hôte favorisant à la fois la destruction des tissus
de l’hôte en nuisant au minimum à la bactérie expliquant le contraste observé entre l’intensité de la réaction
immunitaire et la charge bactérienne importante.
Ces interactions expliquent aussi que la maladie sévit chez les personnes au système immunitaire fragilisé.
la charge bactérienne infectante est très faible, semble être de moins de 10 bacilles.

18. LA TUBERCULOSE
EPIDEMIOLOGIE
M.tuberculosis est aussi bien retrouvé chez l’homme que
chez l’animal. La transmission interhumaine se fait via les
sujets présentant une maladie active et éliminant le
germe en grande quantité dans leurs secretions
respiratoires.
*selon l’OMS en 2014: 9.6 M de nouveaux cas, 12% HIV+
et une écrasante majorité dans les pays en voie de
développement. Les cas détectés et notifiés ne
représenteraient que 2/3 des cas totaux.
Dans la même année : 1.1 M de décès, 480 000 de cas de
tuberculose résistante
En Algérie : 22.000 cas déclarés dont 8445 pulmonaires
et 13708 extra-pulmonaire
L’incidence annuelle de la tuberculose contagieuse en
2014 : 10/100.000 habitants (pays endémique à incidence
moyenne)
*le jeune adulte est le plus touché (20-40 ans) et la forme
ganglionnaire (cervicale/pulmonaire) constitue la forme la
plus fréquente.
*la résistance est autours de 1% (2005)

19. LA TUBERCULOSE
PHYSIOPATHOLOGIEla porte d’entrée est le plus souvent pulmonaire
+++
Gouttelettes de Pflugge

20. PHYSIOPATHOLOGIEla porte d’entrée est le plus
souvent pulmonaire +++
• au niveau des alvéoles la bactérie se multiplie
et est phagocytée, si l’activation immunitaire
est réussie, on assiste à la formation d’un
granulome qui jugule l’infection.
*dans le cas contraire les lésions progressent et
sont riches en bactéries qui entretiennent le
processus
*l’ouverture des lésions vers les bronches
aboutissent a la forme contagieuse de la
tuberculose pulmonaire.
*à partir du foyer pulmonaire la maladie peut
disséminer via le sang (dans les macrophages
non activés) dans tout l’organisme et soit rester
latente soit réactiver donnant une tuberculose
extra pulmonaire

22. CLINIQUE :
1)La tuberculose pulmonaire : principale localisation
• la primo infection pulmonaire est asymptomatique dans 90% des cas
évolue favorablement avec mémoire immunitaire (IDR+).
• dans le cas restant l’infection évolue vers une tuberculose pulmonaire
active, se manifestant par des signes d’imprégnation tuberculeuse
(fièvre persistante inexpliquée, sueurs nocturnes, perte de poids,
perturbations biologique et altération de l’état général), les signes
pulmonaires sont dominés par la toux et parfois l’hémoptysie quand la
maladie progresse.
• à ce stade et sans traitement : mortalité 50%, mode chronique 25%,
guérison 25% (chiffres très variables d’une région a une autre). Le
traitement améliore considérablement le pronostic de la maladie.
Atteinte apicale (oxygene +++)
Tuberculose miliaire pulmonaire

23. • 2) La tuberculose extra-pulmonaire : fréquente chez
sujets fragilisés : miliaire tuberculseuse. Atteinte des
séreuses (pleurésie, méningite, péritonite, péricardite),
ganglions lymphatiques, appareil ostéo-articulaire
de Pott), appareil génito-urinaire…
TUBERCULOSE GANGLIONNAIRE
PLEURESIE TUBERCULEUSE
TUBERCULOSE CEREBRALE

24. Sensibilite aux antibiotiques
M.tuberculosis est résistant à la plupart des antibiotiques utilisée en
routine. Il existe un groupe de molécules spécifiquement actives dites :
antituberculeux (ATT)
Sommairement, les antituberculeux sont classées en :
*Antituberculeux de 1ère ligne : utilisée en 1ère intention. On distingue
les ATT majeurs Rifampicine, isoniazide et Streptomycine. Sont très
bactéricides et permettent une stérilisation rapide des lésions
rendant ainsi le sujet non contagieux.
Les autres sont l’Ethambutol et le pyrazinamide (formes
intracellulaires dormantes) qui ont une action bactéricide
complémentaire
*Les antibiotiques de 2ème ligne : sont utilisée chez les patient
résistants au traitement et sont représentés par les aminosides
(kanamycine/amikacine) les fluoroquinolones
(ofloxacine/ciprofloxacine/moxifloxacine)) ainsi que la cyclosérine , le
para-amino salycilate et l’éthionamide…

25. DIAGNOTIC DE LA TUBERCULOSE
PRELEVEMENTS: crachats+++ , 3 sont recueillis sur 3 jours jours successifs , le premier lors de la 1ère consultation
Le crachat se fait de préférence le matin , a jeun et dans un effort de tous
Pour les patients ne pouvant pas cracher (femme, enfant en bas age), un tubage gastrique est effectuée pour recueillir les
secrétions avalés pendant la nuit
Autres: Aspiration bronchique, LBA, PDP…
Les prelevements doivent etre gardes a l’abri de la lumière !
Extra-pulmonaires : liquides pleuraux, articulaires, LCR, biopsies, ponction d’abcès,…
DIAGNOSTIC DIRECT :
*examen direct :
Tuberculose pulmonaire : l’examen directe est l’examen de référence , elle permet le diagnostic et le suivi des patients
*Coloration Ziehl-Neelsen a partir des crachats
TBM+ : tuberculose pulmonaire a microscopie positive : contagieuse+++
TBM- : tuberculose pulmonaire a microscopie négative : contagion – =) CULTURE
Tuberculose extra pulmonaire : la culture est l’examen de référence
*les extra pulmonaires on ne fait pas de Ziehl-Neelsen (paucibacillaires le plus souvent)

26. DIAGNOTIC DE LA TUBERCULOSE
*culture et tests de sensibilité aux antituberculeux sur Lowenstein-Jensen ou autre
En raison de son caractère fastidieux et dangereux, En Algérie, elle n’est pas obligatoire pour les crachats a microscopie
positive
Elle l’est en cas de :
-Forte suspicion de tuberculose pulmonaire avec microscopie négative sur les 3 crachats
-tuberculose extra-pulmonaire
Les Tests de sensibilité aux antituberculeux quand a eux sont indiqués au cas ou il existe une rechutes une non réponse
au traitement ou reprise de la croissance bactérienne après une phase de diminution de la charge bactérienne dans les
crachats (recherche d’une résistance au traitement)
Cette recherche ce fait soit par méthode phénotypique (méthode des proportions) ou génotypique. (recherche directe
des gènes de résistance )

27. Methode des proportions Detection directe des gènes
mutants

28. DIAGNOTIC DE LA TUBERCULOSE
Diagnostic indirect
Regroupe :
1) l’intradermoréaction a la tuberculine
2) La recherche d’une tuberculose latente chez le sujet
candidat a une immunodepression thérapeutique

29. PREVENTION DE LA TUBERCULOSE
*prélèvements : pulmonaires +++, les etxra pulmonaires selon la localisation
Isolement du patient infecté contagieux jusqu’à négativation des crachats
Suivi des patients contacts et chimioprophylaxie en cas de facteurs de risque de tuberculose grave
(nouveau née…)
Respect des règles d’hygiènes et des règles de sécurité respiratoire
Hygiène des mains
Aération et exposition au soleil des locaux (bactérie sensible aux UV)
Gesstion des déchets
correction des facteurs d’immunodepression (malnutrition…)
Surveillance rigoureuse du traitement et sensibilisation des patients a la complaisance au traitement