Bioinformatica - Facultad Biologia - Universidad Biologia

1. Profesores:
Jose
F.
Sanchez
(Dept.
Gené+ca,
Micro.
y
Estadís+ca)
-­‐-­‐
jfsanchezherrero@ub.edu
Josep
Tarragó
(Dept.
Bioq
y
Biomed.
Molecular)
-­‐-­‐
jtarragocelada@ub.edu

2. Bloque
II

3. Bloque
II

4. Genoteca
DNA

5. Genoteca
DNA

6. Procariotas
vs.
Eucariotas

7. DNA
–
Transcript
–
mRNA
-­‐
CDS

8. DNA
–
Transcript
–
mRNA
-­‐
CDS
NO!!!
NO!!!
NO!!!
NO!!!

9. Operon

10. 2.2.2
Iden9ficació
de
bacteris
• Dels
resultats
ob+nguts,
quins
són
els
valors
més
rellevants
per
decider
aquesta
similitud?
• Quines
són
les
seqüències
que
s'assemblen
més
a
les
de
la
seqüència
del
DNA
16S?
• A
quines
espècies
poden
pertànyer
aquestes
seqüències
I
quin
criteri
podríem
seguir
per
decidir-­‐ho?
• Quina
funció
tenen
anotada
les
seqüències
homologues
a
la
base
de
dades?
Seqüència
DNA
16S
del
bacteri
aïllat
del
sòl
(amb
ac+vitat
carbohidratasa)

11. 2.2.2
Iden9ficació
de
bacteris

12. 2.2.2
Iden9ficació
de
bacteris
Mínim
95%
per
considerar
que
dues
seqüències
pertanyen
a
una
mateixa
espècie

13. 2.2.2
Iden9ficació
de
bacteris

14. 2.2.3
Predicció
de
gens
en
seqüències
anònimes
Seqüència
Gens?
ORF?
CDS?
Translate
tool
EXPASY
(genèrica)
FgenesB
(genomes
bacterians)
GLIMMER
(procariotes)
MIT
genscan
(eucariotes)
Diverses
eines:
• Quantes
ORFs
trobem
a
cadascuna
de
les
possibles
pautes
de
lectura?
• Quina
és
la
longitud
de
les
ORFs
més
llargues,
a
quina
pauta
de
lectura
s'han
localitzat?
• Quants
CDS
ens
prediuen
els
diferents
programes
de
predicció
de
gens,
coincideixen
tots
ells
per
detector
anotacions
sobre
les
mateixes
coordenades?
• Perquè
creieu
que
no
ens
podem
refiar
dels
resultats
ob+nguts
amb
el
genscan?
• Quantes
i
quines
ORFs
coincideixen
amb
les
CDSs
predates
pels
programes
de
predicció
de
gens?

15. 2.2.3
Predicció
de
gens
en
seqüències
anònimes
Translate
tool
EXPASY
1
forward
2
forward
3
forward
1
reverse
2
reverse
3
reverse

16. 2.1.3
Predicció
de
gens
en
seqüències
anònimes
FgenesB
Massa
pe+t
BLAST

17. Translate
tool
EXPASY
Si
cliquem
als
dos
ORFs
llargs
1
forward
2
forward

18. 1
forward

19. 2
forward

20. 2.2.4
Cerca
de
senyals
involucrats
en
la
regulació
dels
gens

21. Procariotas
vs.
Eucariotas
2.2.4
Cerca
de
senyals
involucrats
en
la
regulació
dels
gens

22. 2.2.4
Cerca
de
senyals
involucrats
en
la
regulació
dels
gens

23. 2.2.4
Cerca
de
senyals
involucrats
en
la
regulació
dels
gens
DBGP
Promoter
Predic9on
(procariotes
i
eucariotes)
SoWBerry
BPROM
(específic
per
a
genomes
bacterians)

24. DBGP
Promoter
Predic9on
(procariotes
i
eucariotes)
2.2.4
Cerca
de
senyals
involucrats
en
la
regulació
dels
gens
Gen
Endogluconasa:
Start
604
–
End
3525
(+1)
Gen
Cel·∙lulosa
1,4-­‐βcel·∙lobiosidasa:
Start
3677
–
End
6952
(+2)

25. SoWBerry
BPROM
(específic
per
a
genomes
bacterians)
2.2.4
Cerca
de
senyals
involucrats
en
la
regulació
dels
gens
Gen
Endogluconasa:
Start
604
–
End
3525
(+1)
Gen
Cel·∙lulosa
1,4-­‐βcel·∙lobiosidasa:
Start
3677
–
End
6952
(+2)

26. 2.2.5
Clonació
i
expressió
de
gens

27. Vector
de
clonació:
no
de
expressió