GT project examples in Biomed

1. ‫מציגה‬
‫אורי‬ ‫אדית‬,‫פתרון‬ ‫מפתחת‬GT data mining,MSc‫וניהול‬ ‫תעשייה‬ ‫מהנדסת‬,
‫חב‬ ‫של‬ ‫בעלים‬'Procedureware[‫עדכון‬–Datalert startup)‫אשר‬‫מתמחה‬
‫מ‬ ‫בנושא‬-2002.
‫עם‬ ‫פרויקטים‬GT‫בישראל‬,‫ארה‬"‫וסינגפור‬ ‫ב‬,‫בתחומים‬:
‫ביוטק‬
‫מחקר‬
Fraud Detection
‫ואספקה‬ ‫איכות‬ ‫ייצור‬
‫סקרים‬
‫שת‬"‫חולים‬ ‫בתי‬ ‫ומידע‬ ‫לקשישים‬ ‫עזר‬ ‫טכנולוגיות‬ ‫בנושאי‬ ‫פ‬.
‫נתונים‬ ‫כריית‬ ‫של‬ ‫בפורומים‬ ‫חברה‬,‫מהם‬ ‫שניים‬ ‫ומנהלת‬.
20-Dec-2010 ‫השני‬ ‫ברפואה‬ ‫מידע‬ ‫כנס‬–GT data mining for the Biomed Industry
© All Rights Reserved, Edith Ohri 2010
Slide 0

2. GT data mining
‫הביומד‬ ‫לתעשיית‬
‫ה‬ ‫א‬ ‫ו‬ ‫פ‬ ‫ר‬ ‫ב‬ ‫ע‬ ‫ד‬ ‫י‬ ‫מ‬ ‫ס‬ ‫נ‬ ‫כ‬2 0‫מ‬ ‫צ‬ ‫ד‬'2 0 1 0
‫ב‬ ‫ש‬ ‫ו‬ ‫מ‬9–‫ת‬ ‫ו‬ ‫י‬ ‫א‬ ‫ו‬ ‫פ‬ ‫ר‬ ‫ע‬ ‫ד‬ ‫י‬ ‫מ‬ ‫ת‬ ‫ו‬ ‫כ‬ ‫ר‬ ‫ע‬ ‫מ‬
‫י‬‫ר‬‫ו‬‫א‬ ‫ת‬‫י‬‫ד‬‫א‬
‫חברת‬Procedureware
‫טל‬':+972-3-5232164
‫דואל‬:edit@actcom.co.il
© All Rights Reserved, Edith Ohri 2010

3. ‫רפואי‬ ‫ידע‬ ‫הפקת‬
‫בנתונים‬ ‫בסדר‬ ‫לא‬ ‫מה‬?
‫ברורים‬ ‫לא‬
‫מסובכים‬
‫גורמים‬ ‫מרובי‬
‫דינאמיים‬
‫חסרי‬‫פרטים‬
‫חשובים‬...
‫ת‬'...:‫ברירה‬ ‫אין‬,‫צריך‬‫בנתונים‬ ‫להשתמש‬‫כמושהם‬
20-Dec-2010 ‫השני‬ ‫ברפואה‬ ‫מידע‬ ‫כנס‬–GT data mining for the Biomed Industry
© All Rights Reserved, Edith Ohri 2010
2

4. ‫פתרון‬GT data mining
GT‫בעצמו‬ ‫לזהות‬ ‫שמסוגל‬ ‫היחיד‬ ‫החיפוש‬ ‫מנוע‬ ‫הוא‬
‫משפיעים‬ ‫וגורמים‬ ‫התנהגות‬ ‫דפוסי‬,‫שטח‬ ‫נתוני‬ ‫בתוך‬
‫מסובכים‬
‫ל‬ ‫מוסף‬ ‫ערך‬ ‫יש‬ ‫שבהם‬ ‫תחומים‬-GT:
-‫רפואיים‬ ‫שירותים‬
-‫מטופלים‬ ‫מעקב‬
-‫תרופות‬ ‫פיתוח‬
-‫במחלות‬ ‫טיפול‬
-‫מגפות‬ ‫התפשטות‬
-‫אמפיריים‬ ‫מחקרים‬.
20-Dec-2010 ‫השני‬ ‫ברפואה‬ ‫מידע‬ ‫כנס‬–GT data mining for the Biomed Industry
© All Rights Reserved, Edith Ohri 2010
3

5. ‫שירות‬ ‫מודל‬GT
20-Dec-2010 ‫השני‬ ‫ברפואה‬ ‫מידע‬ ‫כנס‬–GT data mining for the Biomed Industry
© All Rights Reserved, Edith Ohri 2010
‫שקף‬5
GT
‫קלט‬:
‫מעקב‬
‫מידע‬ ‫מערכות‬
‫ציוד‬ ‫מערכות‬
‫מחקר‬
‫אינטרנט‬
‫שת‬"‫פ‬
‫פלט‬:
‫חריגים‬ ‫דפוסים‬ ‫איתור‬
‫אינדיקטורים‬
‫מעקב‬
‫מוקדם‬ ‫גילוי‬
‫חיזוי‬ ‫נוסחאות‬

6. 20-Dec-2010 ‫השני‬ ‫ברפואה‬ ‫מידע‬ ‫כנס‬–GT data mining for the Biomed Industry
© All Rights Reserved, Edith Ohri 2010
‫שקף‬6
‫דוגמאות‬

7. ‫יישום‬GT‫מחלת‬ ‫למחקר‬Osteoarthritis
‫מטרות‬:
(1)‫המחלה‬ ‫התקדמות‬ ‫קצב‬ ‫את‬ ‫למצוא‬,
(2)‫ביומרקר‬ ‫להגדיר‬'‫ס‬.
‫של‬ ‫אפשרות‬ ‫מוצגת‬ ‫הנדון‬ ‫במקרה‬‫באינטרנט‬ ‫חופשי‬ ‫מידע‬ ‫ניצול‬.
20-Dec-2010 ‫השני‬ ‫ברפואה‬ ‫מידע‬ ‫כנס‬–GT data mining for the Biomed Industry
© All Rights Reserved, Edith Ohri 2010
7

8. ‫המשך‬–‫למחקר‬ ‫אינטרנט‬ ‫בנתוני‬ ‫שימוש‬
20-Dec-2010 ‫השני‬ ‫ברפואה‬ ‫מידע‬ ‫כנס‬–GT data mining for the Biomed Industry
© All Rights Reserved, Edith Ohri 2010
8
‫הנתונים‬ ‫מקור‬–‫בחיסונים‬ ‫לואי‬ ‫תופעות‬ ‫על‬ ‫לדיווח‬ ‫האמריקאית‬ ‫הרשות‬ ‫אתר‬-
Vaccine Adverse Event Reporting System(VAERS)
‫הקלט‬‫כולל‬1160‫מקרי‬ ‫על‬ ‫דיווחים‬OA‫חיסון‬ ‫עקב‬.
‫רשומה‬ ‫בכל‬8‫בלבד‬ ‫שדות‬,‫החיסון‬ ‫על‬,‫תסמינים‬,‫סוג‬ ‫מכל‬ ‫המקרים‬ ‫והיקף‬.

9. ‫מ‬ ‫קלט‬-VAERS

10. ‫המשך‬–‫מחלה‬ ‫התקדמות‬ ‫קצב‬,Osteoarthritis
‫למציאת‬ ‫הראשונה‬ ‫הדרישה‬ ‫את‬
"‫המחלה‬ ‫התקדמות‬ ‫קצב‬",‫ניתן‬
‫הקלט‬ ‫טבלת‬ ‫מתוך‬ ‫לסכם‬ ‫פשוט‬,
‫התוצאות‬ ‫תרשים‬ ‫והנה‬
‫אחד‬ ‫בשלב‬ ‫מתקדמת‬ ‫המחלה‬
‫כל‬3‫שנים‬.
20-Dec-2010 ‫השני‬ ‫ברפואה‬ ‫מידע‬ ‫כנס‬–GT data mining for the Biomed Industry
© All Rights Reserved, Edith Ohri 2010
10

11. ‫המשך‬–‫ביומרקר‬'‫ס‬,Osteoarthritis
‫עם‬ ‫נתונים‬ ‫כריית‬ ‫הוא‬ ‫הבא‬ ‫השלב‬GT,
‫המשפיעים‬ ‫והגורמים‬ ‫ההתנהגות‬ ‫דפוסי‬ ‫להגדרת‬
(‫הביומרקר‬'‫אלה‬ ‫מהגדרות‬ ‫חלק‬ ‫יהיו‬ ‫ס‬)
20-Dec-2010 ‫השני‬ ‫ברפואה‬ ‫מידע‬ ‫כנס‬–GT data mining for the Biomed Industry
© All Rights Reserved, Edith Ohri 2010
11

12. ‫המשך‬–GT data mining‫ביומרקר‬ ‫גילוי‬ ‫לעזרת‬'‫ס‬
‫נמצאו‬2‫יציבים‬ ‫דפוסים‬:
‫ואנתראקס‬ ‫שפעת‬ ‫נגד‬ ‫חיסונים‬.
‫מסוג‬ ‫צהבת‬ ‫נגד‬ ‫חיסונים‬B,
‫ואבעבועות‬+‫אדמת‬+‫רובלה‬.
20-Dec-2010 ‫השני‬ ‫ברפואה‬ ‫מידע‬ ‫כנס‬–GT data mining for the Biomed Industry
© All Rights Reserved, Edith Ohri 2010
12

13. ‫המשך‬–‫ביומרקר‬'‫ס‬Osteoarthritis
20-Dec-2010 ‫השני‬ ‫ברפואה‬ ‫מידע‬ ‫כנס‬–GT data mining for the Biomed Industry
© All Rights Reserved, Edith Ohri 2010
13
‫המחלה‬ ‫להידרדרות‬ ‫הבאים‬ ‫הסמנים‬ ‫את‬ ‫מציף‬ ‫הדפוסים‬ ‫ניתוח‬:
.1‫ב‬ ‫בעיות‬‫השדרה‬ ‫חוט‬‫אצל‬‫גברים‬‫מבוגרים‬,‫ביותראקס‬ ‫אנתראקס‬ ‫בחיסון‬.
.2‫נשים‬‫צעירות‬‫מסוג‬ ‫צהבת‬ ‫נגד‬ ‫בחיסון‬B‫אבעבועות‬ ‫נגד‬ ‫המשולש‬ ‫החיסון‬ ‫או‬.
.3‫של‬ ‫תסמין‬ ‫כל‬OA‫הבאים‬ ‫החיסונים‬ ‫אחרי‬:
‫מסוג‬ ‫צהבת‬B (Hep-B)
‫אבעבועות‬+‫אדמת‬+‫רובלה‬(MEASLES + MUMPS + RUBELLA)
‫ביותראקס‬ ‫אנתראקס‬(Anthrax Biothrax).

14. ‫המשך‬–Osteoarthritis‫מגדרי‬ ‫אפקט‬
‫נוספים‬ ‫ממצאים‬:
‫כללית‬,‫נשים‬‫רגישות‬
‫מגברים‬ ‫פחות‬,‫לסיכוני‬
OA‫חיסון‬ ‫עקב‬
20-Dec-2010 ‫השני‬ ‫ברפואה‬ ‫מידע‬ ‫כנס‬–GT data mining for the Biomed Industry
© All Rights Reserved, Edith Ohri 2010
14

15. ‫המשך‬–Osteoarthritis,‫הגיל‬ ‫גורם‬
‫נוספים‬ ‫ממצאים‬:
‫הגיל‬‫לסיכוני‬ ‫ביותר‬ ‫הפגיע‬OA
‫הוא‬ ‫בחיסון‬45~
20-Dec-2010 ‫השני‬ ‫ברפואה‬ ‫מידע‬ ‫כנס‬–GT data mining for the Biomed Industry
© All Rights Reserved, Edith Ohri 2010
15

16. ‫המשך‬–Osteoarthritis,‫תת‬-‫מסוכנות‬ ‫קבוצות‬
GT‫תת‬ ‫מאבחן‬-‫קבוצות‬
‫חריגות‬,‫ב‬‫גבוה‬ ‫סיכון‬‫ו‬‫מקרים‬
‫רבים‬
‫אפשרי‬ ‫לא‬ ‫הזה‬ ‫האבחון‬
‫בסטטיסטיקה‬
20-Dec-2010 ‫השני‬ ‫ברפואה‬ ‫מידע‬ ‫כנס‬–GT data mining for the Biomed Industry
© All Rights Reserved, Edith Ohri 2010
16

17. ‫דוגמא‬–‫מטופלים‬ ‫מעקב‬ ‫נתוני‬ ‫ניצול‬
‫ב‬ ‫שהתגלו‬ ‫חדשים‬ ‫סיכון‬ ‫מוקדי‬-GT
(1‫דפוס‬:‫חשיש‬ ‫צרכני‬ ‫ערבים‬ ‫ישראלים‬
‫ואלכהול‬.
(2‫כללי‬ ‫גורם‬" :‫מבוגרים‬ ‫יהודים‬
‫אלמנים‬"‫ידוע‬ ‫בסיכון‬ ‫שאינם‬.
20-Dec-2010 ‫השני‬ ‫ברפואה‬ ‫מידע‬ ‫כנס‬–GT data mining for the Biomed Industry
© All Rights Reserved, Edith Ohri 2010
17
‫נתון‬:
‫כ‬-250‫במעקב‬ ‫מטופלים‬,‫ב‬-2‫רפואיים‬ ‫מרכזים‬.
‫כ‬-50‫שדות‬,‫בריאותית‬ ‫הסטוריה‬ ‫על‬,‫אישיים‬ ‫פרטים‬,‫ואלכהול‬ ‫בסמים‬ ‫שימוש‬ ‫והרגלי‬.

18. ‫דוגמא‬ ‫המשך‬–‫שיטות‬ ‫בשתי‬ ‫המחלה‬ ‫חיזוי‬ ‫השוואת‬
20-Dec-2010 ‫השני‬ ‫ברפואה‬ ‫מידע‬ ‫כנס‬–GT data mining for the Biomed Industry
© All Rights Reserved, Edith Ohri 2010
18
‫הנהוגה‬ ‫בשיטה‬ ‫לחיזוי‬ ‫השוואה‬
GT‫יותר‬ ‫מדויקות‬ ‫תוצאות‬ ‫נותן‬

19. ‫דוגמא‬–GT‫תרופה‬ ‫בפיתוח‬
20-Dec-2010 ‫השני‬ ‫ברפואה‬ ‫מידע‬ ‫כנס‬–GT data mining for the Biomed Industry
© All Rights Reserved, Edith Ohri 2010
19
‫קשים‬ ‫שטח‬ ‫בתנאים‬ ‫נבדקה‬ ‫התרופה‬.
‫למסקנות‬ ‫מהנתונים‬ ‫להגיע‬ ‫ניתן‬ ‫לא‬
‫סטטיסטיות‬.
GT‫זאת‬ ‫בכל‬ ‫מגלה‬,3‫ברורים‬ ‫דפוסים‬
-->‫המסקנות‬

20. ‫דוגמא‬ ‫המשך‬–GT‫חדשה‬ ‫תרופה‬ ‫לגבי‬ ‫במסקנות‬
20-Dec-2010 ‫השני‬ ‫ברפואה‬ ‫מידע‬ ‫כנס‬–GT data mining for the Biomed Industry
© All Rights Reserved, Edith Ohri 2010
20
‫מסקנות‬
(a‫רק‬‫א‬ ‫טיפול‬'(‫המחקר‬ ‫נשוא‬)‫הוא‬
‫אפקטיבי‬
(b‫תופעה‬ ‫נחשפה‬‫חדשה‬‫מחזור‬ ‫עם‬
‫שבועיים‬ ‫של‬,‫את‬ ‫שמסבירה‬
"‫פיזור‬"‫הנתונים‬...
GT‫חדש‬ ‫ידע‬ ‫מוסיף‬

21. ‫מחקר‬ ‫דוגמת‬HPV
‫נתונים‬:
‫מ‬ ‫פחות‬-200‫מעבדה‬ ‫רשומות‬
‫ו‬-10‫שדות‬(‫מלאים‬ ‫לא‬.)
GT:
‫ההתנהגות‬ ‫דפוסי‬ ‫את‬ ‫מוצא‬
-->‫מסקנות‬
20-Dec-2010 ‫השני‬ ‫ברפואה‬ ‫מידע‬ ‫כנס‬–GT data mining for the Biomed Industry
© All Rights Reserved, Edith Ohri 2010
21

22. ‫המשך‬‫מחקר‬ ‫דוגמת‬HPV
‫מסקנות‬
.1‫וירוס‬-16‫ממה‬ ‫מסוכן‬ ‫פחות‬
‫שחושבים‬
.2‫בערכת‬HPV‫חיסונים‬ ‫חסרים‬
(‫במפתיע‬ ‫הסרטן‬ ‫התפרצות‬ ‫רואים‬
‫הסופי‬ ‫בשלב‬)
GT‫ה‬ ‫את‬ ‫ר‬‫קצ‬‫מ‬"‫ק‬‫לשו‬ ‫מן‬‫ז‬"
20-Dec-2010 ‫השני‬ ‫ברפואה‬ ‫מידע‬ ‫כנס‬–GT data mining for the Biomed Industry
© All Rights Reserved, Edith Ohri 2010
22

23. ‫דוגמא‬–‫סמני‬ ‫לפי‬ ‫דיכאון‬ ‫אבחון‬-‫דם‬
20-Dec-2010 ‫השני‬ ‫ברפואה‬ ‫מידע‬ ‫כנס‬–GT data mining for the Biomed Industry
© All Rights Reserved, Edith Ohri 2010
23
‫נתון‬:
‫באינטרנט‬ ‫חופשי‬ ‫מידע‬ ‫מקור‬,
5000‫וכ‬ ‫רשומות‬-50‫מישתנים‬.
GT:
‫ההתנהגות‬ ‫דפוסי‬ ‫בין‬ ‫ברור‬ ‫הבדל‬ ‫יש‬
‫ובנשים‬ ‫בגברים‬.
-->‫משפיעים‬ ‫גורמים‬

24. ‫דוגמא‬ ‫המשך‬–‫סמני‬ ‫לפי‬ ‫דיכאון‬ ‫אבחון‬-‫דם‬
20-Dec-2010 ‫השני‬ ‫ברפואה‬ ‫מידע‬ ‫כנס‬–GT data mining for the Biomed Industry
© All Rights Reserved, Edith Ohri 2010
24
‫דכאון‬ ‫מחלת‬ ‫גורמי‬:
‫של‬ ‫של‬ ‫נמוך‬ ‫ערך‬"Total Iron Binding"
‫אצל‬‫נשים‬‫יותר‬ ‫חזקה‬ ‫המחלה‬,
‫שנים‬ ‫במספר‬ ‫גבוה‬ ‫והגיל‬.
‫לנשים‬ ‫ייחודיים‬ ‫משפיעים‬ ‫גורמים‬:
‫של‬ ‫גבוהה‬ ‫רמה‬Triglycerides
‫בויטמין‬ ‫מחסור‬E...
GT‫ב‬ ‫סמוי‬ ‫מידע‬ ‫חושף‬-databases

25. ‫דוגמא‬-‫מיים‬ ‫מאגרי‬ ‫של‬ ‫אקולוגיה‬
‫במאגר‬ ‫איכות‬ ‫לירידת‬ ‫גורם‬ ‫מה‬ ‫למצוא‬ ‫דרוש‬
‫מיים‬.
GT‫התפעול‬ ‫בנתוני‬ ‫חושף‬,‫תת‬-‫קבוצות‬
‫חריגות‬,‫באיכות‬ ‫הירידה‬ ‫את‬ ‫שמסבירות‬
‫וגם‬
‫מוקדמים‬ ‫סמנים‬.
‫כאן‬ ‫מוצג‬ ‫מהם‬ ‫אחד‬←
‫ה‬ ‫ולפיו‬"‫חריגים‬"‫הם‬
‫סביר‬ ‫חלק‬ ‫למעשה‬
‫כללית‬ ‫מתופעה‬.
GT‫ם‬‫ריגי‬‫ח‬ ‫ח‬‫ענ‬‫פ‬‫מ‬
20-Dec-2010 ‫השני‬ ‫ברפואה‬ ‫מידע‬ ‫כנס‬–GT data mining for the Biomed Industry
© All Rights Reserved, Edith Ohri 2010
‫שקף‬25

26. ‫ברפואה‬ ‫נתונים‬ ‫כריית‬ ‫יישומי‬,‫בעולם‬
◙Clinigene&Strand Life Sciences-‫ביו‬-‫מרקרים‬‫לסכרת‬ ‫סיכון‬ ‫של‬.‫הדבר‬
‫בארה‬ ‫חדש‬ ‫שוק‬ ‫נתח‬ ‫הביא‬"‫והודו‬ ‫ב‬.
◙‫חברת‬Omron-‫רפואי‬ ‫אבחון‬‫לחץ‬ ‫של‬-‫דם‬,‫רפואה‬ ‫ושירותי‬ ‫חולים‬ ‫לבתי‬,
‫בביתם‬ ‫ולמטופלים‬.
◙‫חברת‬Meridian Medical Technologies‫המכשיר‬ ‫עם‬CardioBeeper,
‫מרחוק‬ ‫דיאגנוסטיקה‬,‫כולל‬‫מוקדם‬ ‫אבחון‬‫מחלות‬ ‫של‬.
◙‫בארץ‬:
‫סורוקה‬ ‫רפואי‬ ‫מרכז‬-‫אינדיקטורים‬‫ריאות‬ ‫לדלקת‬
‫בי‬"‫יפה‬ ‫הילל‬ ‫ח‬-‫סיכונים‬ ‫איתור‬
‫בי‬"‫איכילוב‬ ‫ח‬,‫סוראסקי‬ ‫מרכז‬–‫שרות‬ ‫שפור‬
‫חב‬'Perlis–‫לקשישים‬ ‫מונע‬ ‫וטיפול‬ ‫מוקדם‬ ‫אבחון‬,‫ועוד‬.
20-Dec-2010 ‫השני‬ ‫ברפואה‬ ‫מידע‬ ‫כנס‬–GT data mining for the Biomed Industry
© All Rights Reserved, Edith Ohri 2010
26

27. ‫עסקית‬ ‫הזדמנות‬ ‫הוא‬ ‫הנתונים‬ ‫שטפון‬!
GT‫מסוגל‬‫מנתונים‬ ‫ידע‬ ‫ליצר‬‫מפוקחים‬ ‫לא‬,‫באיכות‬
‫מעורבת‬,‫בפרויקט‬ ‫צורך‬ ‫ללא‬‫נתונים‬ ‫ארגון‬.
‫מדעי‬ ‫בסיס‬ ‫על‬ ‫שפותח‬ ‫היחיד‬‫לניצול‬ ‫הניהול‬‫יעיל‬‫של‬
‫מידע‬ ‫משאבי‬.
20-Dec-2010 ‫השני‬ ‫ברפואה‬ ‫מידע‬ ‫כנס‬–GT data mining for the Biomed Industry
© All Rights Reserved, Edith Ohri 2010
27

28. ‫תודה‬
Edith Ohri
‫כן‬‫ד‬‫מעו‬ ‫אל‬‫דו‬: edith@datalert.co.il
‫ב‬ ‫הופיע‬ ‫המקור‬-
http://www.ilsi.org.il/companies_life_science_company.asp?ID=827
20-Dec-2010 ‫השני‬ ‫ברפואה‬ ‫מידע‬ ‫כנס‬–GT data mining for the Biomed Industry
© All Rights Reserved, Edith Ohri 2010
28
~ Thanks for your time ~