SlideShare a Scribd company logo
1 of 15
Download to read offline
КОНГРЕСС
МОЛЕКУЛЯРНЫЕ ОСНОВЫ КЛИНИЧЕСКОЙ МЕДИЦИНЫ –
ВОЗМОЖНОЕ И РЕАЛЬНОЕ
26 — 28 марта 2015, Санкт-Петербург, Россия
Парадоксы и заблуждения в «спортивной
геномике»
Обсуждение доклада О.С. Глотова
Никита Николаевич Хромов-Борисов
8-952-204-89-49 (Теле2);
8-921-449-29-05 (МегаФон)
Nikita.KhromovBorisov@gmail.com
http://independent.academia.edu/NikitaKhromovBorisov
https://www.researchgate.net/profile/Nikita_Khromov-Borisov
http://www.slideshare.net/ssuserb22936
Парадокс размытости фенотипов
• Фенотипы с низко пенетрантным
плейотропным полигенным наследованием
плохо различимы.
• Если у человека в данный момент болезнь
отсутствует, это не означает, что она никогда у
него не проявится.
• Если человек ведет сидячий образ жизни, это
не означает, что он не смог бы стать элитным
атлетом, если бы занялся спортом.
2
Парадокс контрольной группы
• Из-за размытости фенотипов в геномной медицине
«контрольная группа» по существу является смесью
(в неизвестных пропорциях) субъектов без
склонности к талантам и субъектов с
потенциальными, но непроявленными талантами.
• Это означает, что выборки формируются не по схеме
«случаи-контроли», а по схеме «случаи-когорта», и к
ним нужно применять принципиально иные
процедуры статистического моделирования и
анализа.
3
Эволюционная нейтральность
• С точки зрения эволюционной теории одним из
первейших вопросов, на который должна дать
ответ спортивная геномика, должен звучать так:
• является ли генетический полиморфизм,
выявляемый современной геномикой,
эволюционно нейтральным, сбалансированным,
или же он является отягочающим генетическим
(мутационным) грузом, который почему-то
естественный отбор вовремя не отбраковал?
4
Отношение шансов как мера
нейтральности аллелей
• Статистическая значимость наблюдаемых «ассоциаций» вовсе не
означает их практическую (клиническую) ценность, полезность,
важность.
• В частности мы показали, что когда нижняя граница 95%-го
доверительного интервала для отношения шансов ORL < 2, тогда
предсказательная ценность маркера клинически ничтожна.
• Маркер может худо-бедно претендовать на роль классификатора-
предиктора, если ORL > 5.
• Этому условию удовлетворяют лишь очень немногие генетические
маркеры (например, онко-маркуеры BRCA1, BRCA2, TP53, PTEN).
• Для подавляющего большинства других ассоциаций значения OR
лишь слегка превышают индифферентное значение ORindiff = 1,
хотя и статистически значимы.
• Это означает, что практически они почти нейтральны.
5
Парадокс суммирования баллов
генетического риска
• При суммировании баллов генетического риска (GRS – genetic risk
scores) очень часто аллели объявляются «предрасполагающими»
только на основании того, что они чаще встречаются в группе
элитных спортсменов, чем в группе неспортсменов.
• Мы показали, что в таком случае если число локусов больше 5, то
различия между группами будут фиктивными с P-значением
меньше 0,04.
• Распределение статистики критерия Z будет не нормальным с
математическим ожиданием E(Z) = 0, а полунормальным с
• 𝑬 𝒁 = 𝟐𝒎 𝝅
• где m – число анализируемых локусов.
6
Парадокс множественных сравнений и
отклонения от равновесия
Харди-Вайнберга (РХВ)
• Если число категорий больше двух, то к ним нельзя
применять обычные двухвыборочные критерии, и для
попарных сравнений нужны поправки на их
множественность.
• Кроме того, в спортивной геномике в изучаемых
группах нередко наблюдаются статистически значимые
отклонения от РХВ, основной причиной которых
обычно считаются ошибки генотипирования.
• Печальные примеры: публикации и диссертации
Астратенковой, Ахметова, Баранова, Глотова, Моссе,
Федотовской и др.
7
Эпистаз и нейтрализующая
плейотропия
• Второй важнейший вопрос в спортивной
геномике (генетике предрасположенностей):
• Усиливаются ли, или хотя бы складываются ли,
«вредные» или «полезные» эффекты
предрасполагающих аллелей при их
объединении в одном генотипе или же они
взаимно нейтрализуются, как это имеет место
при сбалансированном генетическом
полиморфизме?
8
Сборная селянка
• Представим, что нам удастся собрать в одном геноме все известные
аллели, предрасполагающие к занятиям определенным видом
спорта.
• Очевидно, что в силу неаддитивности и нейтрализации межгенных и
средовых влияний спортивные способности субъекта с таким
геномом не будут кратными числу предрасполагающих аллелей.
• 200 предрасполагающих аллелей в одном геноме вряд ли приведут к
200-кратному увеличению спортивных характеристик у их носителей.
• Поэтому замена слов «число предрасполагающих аллелей» на слова
«сумма баллов генетического риска» может вводит в заблуждение,
ибо их суммарный вклад не будет равен сумме вкладов каждой из
аллелей по отдельности.
• А в силу разнонаправленной плейотропии этих аллелей не окажется
ли наш «супермен» суперидиотом?
9
Лучше один раз увидеть
• Результаты предсказательной способности
маркеров в спортивной геномике полезно
наглядно представлять в виде графиков
предсказательностей.
• Примеры приведены на рисунках.
10
Lotufo P.A., Chae C.U., Ajani U.A., Hennekens C.H., Manson J.A.E., Male pattern baldness and
coronary heart disease: The Physician's Health Study. Arch. Intern. Med. 2000; 160(2): 165-71.
Simon A., Worthen D. M., Mitas J. A. An evaluation of iridology. JAMA, 1979; 242(1):
1385-1389.
Алопеция и ИБС
Иридодиагностика и почечная
недостаточность
11
127/1224/548/7611
LR[+] = 1,01,41,8; LR[-] = 1,01,061,1
29/59/19/36
LR[+] = 0,71,01,4; LR[-] = 0,71,01,5
Druzhevskaya A.M, Ahmetov I.I., Astratenkova I.V., Rogozkin V.A. 2008. Association of the ACTN3 R577X
polymorphism with power athlete status in Russians . Eur. J. Appl. Physiol., 2008; 103: 631–634.
Кундас Л.А., Жур К.В., Бышнев Н.И. и др. Анализ молекулярно-генетических маркеров, ответственных
за устойчивость к физическим нагрузкам, у представителей академической гребли. Молекулярная и
прикладная генетика: сб. науч. тр. Институт генетики и цитологии НАН Беларуси; (гл. ред. А.В.
Кильчевский). 2013. - Минск: ГНУ «Институт генетики и цитологии НАН Беларуси», Т. 14. – C. 101-105.
Ген ACTN3 и элитные атлеты Ген PPARG и элитные гребцы
12
455/1027/31/170
LR[+] = 1,01,11,1; LR[-] = 1,42,23,7
3/3/21/147
LR[+] = 0,95,840; LR[-] = 1,11,21,6
Banks E., Reeves G., Beral V. et. al. Influence of personal characteristics of individual women on sensitivity and
specificity of mammography in the Million Women Study: cohort study. BMJ, 2004; 329(7464): 477-479.
Kevin P. Delaney K.P., Branson B.M., Apurva Uniyal A. et al. Performance of an oral fluid rapid HIV-1/2 test:
experience from four CDC studies. AIDS, 2006; 20: 1655–1660.
Маммография и рак молочной железы Экспресс-тест OralQuick на ВИЧ
13
629/3885/97/117744
LR[+] = 262729; LR[-] = 5,77,29,3
327/12/1/12010
LR[+] = 4959192141; LR[-] = 451653171
Мания секретности
• Якобы сведения о генетических маркерах,
отвечающих за спортивные задатки, все реже
публикуются в открытой печати и якобы в ряде
стран их относят к категории «для служебного
пользования» (И.Б. Моссе)
• http://mk.by/2012/03/30/57901/
• http://mk.by/page/26/?s=акты+на
• Причина, однако, отнюдь не в «засекречивании»
данных, а скорее всего, более прозаичная:
исследователи все более убеждаются в
бесперспективности ДНК-тестирования и селекции
на его основе элитных спортсменов.
14
Вывод
• Научно слабо обоснованные попытки
практического использования плохо
воспроизводимых результатов плохо
спланированных исследований генетических
«ассоциаций» для выявления и отбора
(евгенической селекции) потенциальных элитных
атлетов, как минимум, преждевременны.
• Пока что нельзя исключить, что такие действия
принесут больше вреда, чем пользы.
• Дай бог, если их последствия будут нейтральными.
15

More Related Content

Similar to парадоксы спортгеномики 2015

Индивидуализации КСЯ. Прогнозирование отклика - путь к безопасности ВРТ
Индивидуализации КСЯ. Прогнозирование отклика - путь к безопасности ВРТИндивидуализации КСЯ. Прогнозирование отклика - путь к безопасности ВРТ
Индивидуализации КСЯ. Прогнозирование отклика - путь к безопасности ВРТ
Yuzko Olexandr
 
Grechanina EYa
Grechanina EYaGrechanina EYa
Grechanina EYa
Smogu
 
Evolutionary medical genomics ppt 2013
Evolutionary medical genomics ppt 2013Evolutionary medical genomics ppt 2013
Evolutionary medical genomics ppt 2013
Nikita Khromov-Borisov
 

Similar to парадоксы спортгеномики 2015 (11)

генетика человека
генетика человекагенетика человека
генетика человека
 
кризис воспроизводимости в биомедицине Rus 2014
кризис воспроизводимости в биомедицине Rus 2014кризис воспроизводимости в биомедицине Rus 2014
кризис воспроизводимости в биомедицине Rus 2014
 
Nemirovchenko_V_Hematology_Forum
Nemirovchenko_V_Hematology_ForumNemirovchenko_V_Hematology_Forum
Nemirovchenko_V_Hematology_Forum
 
850
850850
850
 
826
826826
826
 
Индивидуализации КСЯ. Прогнозирование отклика - путь к безопасности ВРТ
Индивидуализации КСЯ. Прогнозирование отклика - путь к безопасности ВРТИндивидуализации КСЯ. Прогнозирование отклика - путь к безопасности ВРТ
Индивидуализации КСЯ. Прогнозирование отклика - путь к безопасности ВРТ
 
Grechanina EYa
Grechanina EYaGrechanina EYa
Grechanina EYa
 
генетика человека
генетика человекагенетика человека
генетика человека
 
Evolutionary medical genomics ppt 2013
Evolutionary medical genomics ppt 2013Evolutionary medical genomics ppt 2013
Evolutionary medical genomics ppt 2013
 
плодовое программирование
плодовое  программированиеплодовое  программирование
плодовое программирование
 
Garifullin_poster presentation_EAFO
Garifullin_poster presentation_EAFOGarifullin_poster presentation_EAFO
Garifullin_poster presentation_EAFO
 

More from Nikita Khromov-Borisov

химия днк для генетиков 2015
химия днк для генетиков 2015химия днк для генетиков 2015
химия днк для генетиков 2015
Nikita Khromov-Borisov
 
Biometrical problems in population studies ppt 2004
Biometrical problems in population studies ppt 2004Biometrical problems in population studies ppt 2004
Biometrical problems in population studies ppt 2004
Nikita Khromov-Borisov
 
Reproducibility of results in the genetics of predisposition eng 2014
Reproducibility of results in the genetics of predisposition eng 2014Reproducibility of results in the genetics of predisposition eng 2014
Reproducibility of results in the genetics of predisposition eng 2014
Nikita Khromov-Borisov
 

More from Nikita Khromov-Borisov (12)

химия днк для генетиков 2015
химия днк для генетиков 2015химия днк для генетиков 2015
химия днк для генетиков 2015
 
Harmonizing statistical evidences and predictions
Harmonizing statistical evidences and predictionsHarmonizing statistical evidences and predictions
Harmonizing statistical evidences and predictions
 
Evolutionary arguments in medical genomics
Evolutionary arguments in medical genomicsEvolutionary arguments in medical genomics
Evolutionary arguments in medical genomics
 
Syndrome of statistical leniency ppt
Syndrome of statistical leniency pptSyndrome of statistical leniency ppt
Syndrome of statistical leniency ppt
 
Population thinking in studies of genetic predispositions ppt
Population thinking in studies of genetic predispositions pptPopulation thinking in studies of genetic predispositions ppt
Population thinking in studies of genetic predispositions ppt
 
Modern free biostatistical software ppt
Modern free biostatistical software pptModern free biostatistical software ppt
Modern free biostatistical software ppt
 
Half a century with the central dogma of molecular biology ppt
Half a century with the central dogma of molecular biology pptHalf a century with the central dogma of molecular biology ppt
Half a century with the central dogma of molecular biology ppt
 
Format for the population data in forensic genetics ppt
Format for the population data in forensic genetics pptFormat for the population data in forensic genetics ppt
Format for the population data in forensic genetics ppt
 
Catalog of formulae for forensic genetics ppt
Catalog of formulae for forensic genetics pptCatalog of formulae for forensic genetics ppt
Catalog of formulae for forensic genetics ppt
 
Biometrical problems in population studies ppt 2004
Biometrical problems in population studies ppt 2004Biometrical problems in population studies ppt 2004
Biometrical problems in population studies ppt 2004
 
Joshua lederberg ppt
Joshua lederberg pptJoshua lederberg ppt
Joshua lederberg ppt
 
Reproducibility of results in the genetics of predisposition eng 2014
Reproducibility of results in the genetics of predisposition eng 2014Reproducibility of results in the genetics of predisposition eng 2014
Reproducibility of results in the genetics of predisposition eng 2014
 

парадоксы спортгеномики 2015

  • 1. КОНГРЕСС МОЛЕКУЛЯРНЫЕ ОСНОВЫ КЛИНИЧЕСКОЙ МЕДИЦИНЫ – ВОЗМОЖНОЕ И РЕАЛЬНОЕ 26 — 28 марта 2015, Санкт-Петербург, Россия Парадоксы и заблуждения в «спортивной геномике» Обсуждение доклада О.С. Глотова Никита Николаевич Хромов-Борисов 8-952-204-89-49 (Теле2); 8-921-449-29-05 (МегаФон) Nikita.KhromovBorisov@gmail.com http://independent.academia.edu/NikitaKhromovBorisov https://www.researchgate.net/profile/Nikita_Khromov-Borisov http://www.slideshare.net/ssuserb22936
  • 2. Парадокс размытости фенотипов • Фенотипы с низко пенетрантным плейотропным полигенным наследованием плохо различимы. • Если у человека в данный момент болезнь отсутствует, это не означает, что она никогда у него не проявится. • Если человек ведет сидячий образ жизни, это не означает, что он не смог бы стать элитным атлетом, если бы занялся спортом. 2
  • 3. Парадокс контрольной группы • Из-за размытости фенотипов в геномной медицине «контрольная группа» по существу является смесью (в неизвестных пропорциях) субъектов без склонности к талантам и субъектов с потенциальными, но непроявленными талантами. • Это означает, что выборки формируются не по схеме «случаи-контроли», а по схеме «случаи-когорта», и к ним нужно применять принципиально иные процедуры статистического моделирования и анализа. 3
  • 4. Эволюционная нейтральность • С точки зрения эволюционной теории одним из первейших вопросов, на который должна дать ответ спортивная геномика, должен звучать так: • является ли генетический полиморфизм, выявляемый современной геномикой, эволюционно нейтральным, сбалансированным, или же он является отягочающим генетическим (мутационным) грузом, который почему-то естественный отбор вовремя не отбраковал? 4
  • 5. Отношение шансов как мера нейтральности аллелей • Статистическая значимость наблюдаемых «ассоциаций» вовсе не означает их практическую (клиническую) ценность, полезность, важность. • В частности мы показали, что когда нижняя граница 95%-го доверительного интервала для отношения шансов ORL < 2, тогда предсказательная ценность маркера клинически ничтожна. • Маркер может худо-бедно претендовать на роль классификатора- предиктора, если ORL > 5. • Этому условию удовлетворяют лишь очень немногие генетические маркеры (например, онко-маркуеры BRCA1, BRCA2, TP53, PTEN). • Для подавляющего большинства других ассоциаций значения OR лишь слегка превышают индифферентное значение ORindiff = 1, хотя и статистически значимы. • Это означает, что практически они почти нейтральны. 5
  • 6. Парадокс суммирования баллов генетического риска • При суммировании баллов генетического риска (GRS – genetic risk scores) очень часто аллели объявляются «предрасполагающими» только на основании того, что они чаще встречаются в группе элитных спортсменов, чем в группе неспортсменов. • Мы показали, что в таком случае если число локусов больше 5, то различия между группами будут фиктивными с P-значением меньше 0,04. • Распределение статистики критерия Z будет не нормальным с математическим ожиданием E(Z) = 0, а полунормальным с • 𝑬 𝒁 = 𝟐𝒎 𝝅 • где m – число анализируемых локусов. 6
  • 7. Парадокс множественных сравнений и отклонения от равновесия Харди-Вайнберга (РХВ) • Если число категорий больше двух, то к ним нельзя применять обычные двухвыборочные критерии, и для попарных сравнений нужны поправки на их множественность. • Кроме того, в спортивной геномике в изучаемых группах нередко наблюдаются статистически значимые отклонения от РХВ, основной причиной которых обычно считаются ошибки генотипирования. • Печальные примеры: публикации и диссертации Астратенковой, Ахметова, Баранова, Глотова, Моссе, Федотовской и др. 7
  • 8. Эпистаз и нейтрализующая плейотропия • Второй важнейший вопрос в спортивной геномике (генетике предрасположенностей): • Усиливаются ли, или хотя бы складываются ли, «вредные» или «полезные» эффекты предрасполагающих аллелей при их объединении в одном генотипе или же они взаимно нейтрализуются, как это имеет место при сбалансированном генетическом полиморфизме? 8
  • 9. Сборная селянка • Представим, что нам удастся собрать в одном геноме все известные аллели, предрасполагающие к занятиям определенным видом спорта. • Очевидно, что в силу неаддитивности и нейтрализации межгенных и средовых влияний спортивные способности субъекта с таким геномом не будут кратными числу предрасполагающих аллелей. • 200 предрасполагающих аллелей в одном геноме вряд ли приведут к 200-кратному увеличению спортивных характеристик у их носителей. • Поэтому замена слов «число предрасполагающих аллелей» на слова «сумма баллов генетического риска» может вводит в заблуждение, ибо их суммарный вклад не будет равен сумме вкладов каждой из аллелей по отдельности. • А в силу разнонаправленной плейотропии этих аллелей не окажется ли наш «супермен» суперидиотом? 9
  • 10. Лучше один раз увидеть • Результаты предсказательной способности маркеров в спортивной геномике полезно наглядно представлять в виде графиков предсказательностей. • Примеры приведены на рисунках. 10
  • 11. Lotufo P.A., Chae C.U., Ajani U.A., Hennekens C.H., Manson J.A.E., Male pattern baldness and coronary heart disease: The Physician's Health Study. Arch. Intern. Med. 2000; 160(2): 165-71. Simon A., Worthen D. M., Mitas J. A. An evaluation of iridology. JAMA, 1979; 242(1): 1385-1389. Алопеция и ИБС Иридодиагностика и почечная недостаточность 11 127/1224/548/7611 LR[+] = 1,01,41,8; LR[-] = 1,01,061,1 29/59/19/36 LR[+] = 0,71,01,4; LR[-] = 0,71,01,5
  • 12. Druzhevskaya A.M, Ahmetov I.I., Astratenkova I.V., Rogozkin V.A. 2008. Association of the ACTN3 R577X polymorphism with power athlete status in Russians . Eur. J. Appl. Physiol., 2008; 103: 631–634. Кундас Л.А., Жур К.В., Бышнев Н.И. и др. Анализ молекулярно-генетических маркеров, ответственных за устойчивость к физическим нагрузкам, у представителей академической гребли. Молекулярная и прикладная генетика: сб. науч. тр. Институт генетики и цитологии НАН Беларуси; (гл. ред. А.В. Кильчевский). 2013. - Минск: ГНУ «Институт генетики и цитологии НАН Беларуси», Т. 14. – C. 101-105. Ген ACTN3 и элитные атлеты Ген PPARG и элитные гребцы 12 455/1027/31/170 LR[+] = 1,01,11,1; LR[-] = 1,42,23,7 3/3/21/147 LR[+] = 0,95,840; LR[-] = 1,11,21,6
  • 13. Banks E., Reeves G., Beral V. et. al. Influence of personal characteristics of individual women on sensitivity and specificity of mammography in the Million Women Study: cohort study. BMJ, 2004; 329(7464): 477-479. Kevin P. Delaney K.P., Branson B.M., Apurva Uniyal A. et al. Performance of an oral fluid rapid HIV-1/2 test: experience from four CDC studies. AIDS, 2006; 20: 1655–1660. Маммография и рак молочной железы Экспресс-тест OralQuick на ВИЧ 13 629/3885/97/117744 LR[+] = 262729; LR[-] = 5,77,29,3 327/12/1/12010 LR[+] = 4959192141; LR[-] = 451653171
  • 14. Мания секретности • Якобы сведения о генетических маркерах, отвечающих за спортивные задатки, все реже публикуются в открытой печати и якобы в ряде стран их относят к категории «для служебного пользования» (И.Б. Моссе) • http://mk.by/2012/03/30/57901/ • http://mk.by/page/26/?s=акты+на • Причина, однако, отнюдь не в «засекречивании» данных, а скорее всего, более прозаичная: исследователи все более убеждаются в бесперспективности ДНК-тестирования и селекции на его основе элитных спортсменов. 14
  • 15. Вывод • Научно слабо обоснованные попытки практического использования плохо воспроизводимых результатов плохо спланированных исследований генетических «ассоциаций» для выявления и отбора (евгенической селекции) потенциальных элитных атлетов, как минимум, преждевременны. • Пока что нельзя исключить, что такие действия принесут больше вреда, чем пользы. • Дай бог, если их последствия будут нейтральными. 15