Mikrobiyoloji 2.hafta ders notlarıdır. www.biyoloji.pro adresinden tüm ders notlarına ulaşabilirsiniz.

1. Mikrobiyoloji 2.hafta
www.biyoloji.in l Senin Biyolojin
Hazırlayan : Aras Tuğcu

2. Bir bakteri hücresinde neler vardır?
 Bakteri hücresi prokaryotik bir organizmadır.Bildiğiniz gibi
prokaryot hücrelerin zarla çevrili çekirdek ve ribozom dışında
organeli yoktur.
 Bir kromozom ve Dna’nın yoğunlaştığı bölgesi vardır.
 Birkaç istisna dışında Hücre Duvarına Sahiptirler.
 Sitoplazmik bir zara sahiptirler.(ökaryot hücrelerle ortaktır.)
 Dna dışında plazmitleri vardır.(plazmit:kromozom dışında
bulunan dna parçasıdır.)
 Bazılarında filegella ve bazılarında h.duvarı dışında kapsül
vardır.(dipnotçuk:kapsül hastalık yapıcı bakterilerde bulunur.)
 Bazı bakterilerde ise endospor vardır.
 Bir ökaryot hücrenin ise nükleusu vardır.(zarla
çevrilidir.)çekirdekçik ve diğer tüm organellere
sahiptir.(endoplazmik retikulum , mitokondri v.s)

3. Bakteri hücrelerinin detaylı
incelenmesi
 Bir bakteri hücresinin uzunluğu 3-5 mikrometre iken
ökaryotlarda bu uzunluk 8 mikrometre civarındadır.
 Mikroorganizmaların küçük olmasının avantajları kolayca
hareket edip üreyebilmeleridir.
 Virüsler ise bakterilerden daha küçük canlılardır.(boyutları
0.065 mikrometredir)
 Virüsler metabolik olarak aktif değildirler , bir canlı hücreye
enfekte edildiğinde çoğalırlar.Virüsler ışık mikroskobunda
görünmezler sadece elektron mikroskobunda görünüler.
 Virüsler mikropları,bakterileri ve bunun gibi tüm canlıları
enfekte ederler.örnek olarak uçuk virüsü,AIDS(hıv virüsü)
gibi.
 Bakteriyofajlara gelince ise bunlar baş,boyun ve hücreye
tutundukları uzantılara sahiptirler.
 Bakterilerde çift zincirli halkasal Dna (uzun)2 ucu kapalıdır.

4. Bakteri hücrelerinin detaylı
incelenmesi
 Bakteriler sıkı bir şekilde paketlenir ve her zaman n (haploid)
kromozomludur.
 Bir bakteri hücresinde bir kromozom ve onun plazmidi yer
alır.
 Plazmid ne işe yarar ? Bakteri kromozomu gibi çift zincirlidir
ve Dnası vardır.Çoğu bakteri hücresinde vardır sadece birkaç
ökaryot mayada vardır.Bakteriye genetik olarak
konjugasyonda,Antibiyotiğe karşı direnç kazandırır.Plazmid
üzerinde bazı genler vardır ve bu günler üzerinden protein
sentezlenir.Bazı enzimleri kodlayarak hücreye giren
Antibiyotiği parçalar.Plazmidi olmayan bakterilere göre
rekabette avantaj sağlar.Plazmid üzerinde Avantaj sağlayan
genler bulunur.
 Bir bakteriden plazmid çıkarılırsa ölmez , kromozom
çıkırılırsa ölür.Plazmid bakteriden bakteriye aktarılabilir.

5. Bakteri hücrelerinin detaylı
incelenmesi
 Ayrıca plazmidden gen klonlamada
faydalanılır.(Aktaracağımız gen bunlarla aktarılır.)
 Bakteri hücresinde çekirdeğe benzer yapı nükleoid adını
alırken ökaryotlarda nükleus adını alır.
 Bakteri kromozomu üzerinde genler vardır.Bu genler bir
protein kodlar.Sentezi yapan birim ise rRNA , mRNA ,
tRNA’dır.

6. Bir bakteri hücresi değerlendirilirken ;
 Genom : Hücredeki bütün DNA ya denir.Genetik bilginin
toplamını içerir.
 E.coli’nin genomu yaklaşık 4.68 milyon baz çifti içerir.İnsanda bu
oran 1000 kat daha fazladır. E.coli’nin 4.68 milyon baz çiftini
gene çevirirsek 4300 tane gen elde ederiz.İnsan bazında ise bu
genler 7 kat daha fazladır.
 Bir bakteri hücresi genlerinin %90’ını kullanır ve proteine
çevirir.İnsan ise %30’unu kullanır ve proteine çevirir.İnsanın
daha az kullanmasının nedeni ise bakteriler küçük ve etkili
şekilde kullanırlar ve Ökaryotlarda intron ve ekzon bölgeleri
vardır bunlardan işe yaramayanlar mRNA sentezlendikten sonra
kesip çıkartılır.Prokaryotlarda intron ve ekzon bölgeleri
neredeyse yok denecek kadar az olduğundan bunlarda bu işlem
yapılmaz.
 Tek bir E.coli hücresinde 1900 farklı protein vardır.Bu
proteinlerin hepsi her zaman sentezlenmez gerekli olduğu
zaman sentezlenir.Bunun için gerekli bilgi DNA üzerinde her
zaman vardır.

7. Domain ( bacteria ,
archea,eukarya)
 Domain oluşturmayla ilgili çalışmalar 1980’li yıllarda başladı.
 Yaşam ağacı : organizma arasındaki akrabalık ilişkileri için
vardır.Moleküler verilerden yola çıkarak oluşturulmuştur.
Yaşam ağacı 16sRRNA filogenetik ağacı olarak
geçmektedir.(Dipnotçuk: filogenetik organizma arasındaki
akrabalık ilişkilerini açıklar.)
 16sRRNA muhabbeti ise şöyledir ; rRNA bilindiği gibi
ribozomların yapısında bulunmaktadır.Ökaryotlarda
80sRRNA bulunurken , prokaryotlarda 70sRRNA vardır.
 Neden rRNA seçildi ?  hepsinde ortak olduğu için
seçildi.Hepsinde aynı işlevi gördüğü için seçildi(organizma
bazında)
 Biz aslında rRNA yı kullanmıyoruz. rRNA yı kodlayan gen
bölgesini kullanıyoruz.Yani rRNA yı kodlayan 16sRDNA yı
kopyalayıp 1600 baz çifti dizisi çeşitli aletlerle çıkartılıp
kullanılır.

8.  Prokaryotlarda 16sRRNA bulunurken , ökaryotlarda bu
18sRRNA şeklinde bulunur.Bu veriler bütün organizmaların
gen dizileri alt alta konularak çıkarıldı.
 Bu yöntem ne işe yarar?  Adını bilmediğimiz veya yeni
bulduğumuz bakteri izole edilerek o bakterinin adını
bulabiliriz ve tanıma ve akrabalık ilişkilerini
oluştururuz.(Dipnotçuk : Bu işlem bilgisayar programıyla
yapılır izole ettiğiniz bakteri %97 nin üstünde bir oranda
çıkarsa bulduğunuz bakteri var olan bir bakteridir , %97 nin
altında çıkarsa yeni bir bakteri bulmuşsunuz demektir.)
 Bu teknik nasıl uygulanır? Organizmadan DNA izole
edilir.(gerekli olmayan hücrenin içerisindeki bütün madde
atılır.)  PCR ( polimeraz zincir reaksiyonu) ile istediğimiz
geni çoğaltabiliriz. 16sRDNA yı cihaz kendisi verir.(bunun için
gerekli cihazlar vardır.)  3 ayrı organizmaya ait veriler
girilirse bilgisayar programıyla karşılaştırılınca sonuçlar
karşımıza çıkar.

9.  Bildiğiniz gibi 3 ayrı domain var bunlar ; bacteria, archea ve
eukarya bunlardan bacteria grubu içerisinde mitokondri ve
kroloplast vardır bunun nedeni ise endosimbiyotik teori ile
açıklanır. Daha önce bahsettiğimiz yaşam ağacının köklerine
inildiğinde ise ilk zamanların çok sıcak olduğu
anlaşılır.(hipertermofillerin bulunması nedeniyle)
 Prokaryotlarda şu anda bulunan tür sayısı 11500 dür.(aslında bu
sayı çok daha fazladır fakat bütün organizmalar üretilemediği
için şuan bu kadar bulunmuştur.) Ökaryotlarda ise bu sayı çok
daha fazladır.Yeni türler bulmak için direk topraktan dna
izolasyonu yapılır ve baz dizileri elde edilir.
 Ökaryotlarda yine demin bahsettiğimiz yaşam ağacının kök
kısmında parazit grubu yer alır.(buda parazitlerin ökaryotlarda ilk
ortaya çıktığını göstermektedir.)
 Bakterilerde fizyolojik(enerjiyi elde etmek için) açıdan çeşitlilik
ise şöyledir;
  organik kimyasallar ( kemoorganotrof)  ışığı kullanarak
enerji elde etmek için ( fototroflar) sadece prokaryotlarda
kemonitotrofi yani inorganik kimyasallardan enerji üretimi vardır.

10.  Kendi karbonlu bileşiklerini yapanlar ise ; ototrofi ( organik
maddesinden CO2 sentezi yapan) ve hetotrofi ( besinleri
hazır alan)
 Aşırı mikroorganizma üreyen yerler (ekstramofil) ise şöyledir;
  Hipertermofil ( en az 80 derece ürerler ve 121 derecede
gelişen prokaryotik hücreler vardır)
 Psiklofil ( Soğuk severler en iyi 4 derecede gelişirler.)
  Asidofil ( asit ortamında ürerler en iyi ph 0,7 de gelişirler.
Dipnotçuk : H2SO4’ten bile daha asidik ortamda
gelişirl.H2SO4 kuvvetli bir asittir.)
 Alkalifil ( yüksek ph severler yani bazik ortamda ürerler.ph
8.5 de en iyi gelişimlerini gösterirler soda gölü örnek olarak
verilebilir.)
 Barofil ( basınç sevenlerdir.)
 Halofil ( çok tuzlu ortamlarda bulunurlar.%25 tuz
yoğunluğunda bulunabilirler örnek olarak tuz gölü verilebilir.)
 E.coli ise 37 derecede gelişir.(mezofilik ortam)

11. Bu ders slaytı www.biyoloji.in sitesi
tarafından yapılmıştır.
Facebook Sayfamız
www.facebook.com/seninbiyolojin
Her türlü soru ve önerileriniz için
seninbiyolojin@gmail.com adresine mail
atabilirsiniz.