Transkriptiotekijöiden sitoutumisen mallintaminen

Transkriptiotekijöiden sitoutumisen mallintaminen Kandidaattiseminaari 5.5.2008 Janne Peltola

Central Dogma DNA RNA mRNA mRNA proteiini Transkription ohjaus RNA:n muokkaus RNA:n kuljetus Translaation ohjaus Proteiinien muokkaus proteiini 5.5.2008 Transkriptiotekijöiden sitoutumisen ennustaminen

Transkription ohjaus tehostaja promoottori eksoni ACGTTAGCAAA CCTTTAACCATTG GGGGATCATATA GGTTAACCTTAA RNA-polymeraasi 5.5.2008 Transkriptiotekijöiden sitoutumisen ennustaminen

Transkription reunaehdot ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],5.5.2008 Transkriptiotekijöiden sitoutumisen ennustaminen

DNA-piirre ,[object Object],[object Object],A [ 7 9 4 0 16 7 0 6 0 0 6 0 ] C [ 8 0 2 15 0 0 15 0 0 10 0 0 ] G [ 1 7 10 1 0 9 1 0 16 6 0 16 ] T [ 0 0 0 0 0 0 0 10 0 0 10 0 ] 5.5.2008 Transkriptiotekijöiden sitoutumisen ennustaminen

Piirteiden löytäminen ,[object Object],[object Object],5.5.2008 Transkriptiotekijöiden sitoutumisen ennustaminen

Ennustaminen ,[object Object],[object Object],[object Object],5.5.2008 Transkriptiotekijöiden sitoutumisen ennustaminen ABI4 Agamous AGL3 Ar Arnt-Ahr Arnt ARR10 AllSet35_05_102 1 6 6 3 1 NA 6 AllSet35_05_103 1 11 7 2 NA NA 1 AllSet35_05_1075 NA 6 7 3 NA NA 4 AllSet35_05_1076 2 7 4 3 1 NA 2 AllSet35_05_1077 1 10 3 NA 2 NA 2 AllSet35_05_1078 1 9 7 NA 1 NA NA AllSet35_05_1079 6 9 4 2 2 1 3 AllSet35_05_108 3 7 11 NA 4 NA 2

Päätöspuuryppäät ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],5.5.2008 Transkriptiotekijöiden sitoutumisen ennustaminen

Tulos ,[object Object],[object Object],[object Object],5.5.2008 Transkriptiotekijöiden sitoutumisen ennustaminen RUNX1 0,00251 runt-related transcription factor 1 (acute myeloid leukemia 1; aml1 oncogene) FOXF2 0,001855 forkhead box F2 MZF1_1.4 0,001577 myeloid zinc finger 1 Klf4 0,001435 Kruppel-like factor 4 (gut) BRCA1 0,001331 breast cancer 1, early onset hb 0,001198 hunchback NR3C1 0,001121 nuclear receptor subfamily 3, group C, member 1 GATA3 0,0011 GATA binding protein 3 Fos 0,001057 v-fos FBJ murine osteosarcoma viral oncogene homolog Arnt.Ahr 0,001051 aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator bound with aryl hydrocarbon receptor NHLH1 0,001038 nescient helix loop helix 1 NFIL3 0,001027 nuclear factor, interleukin 3 regulated PBX1 0,000952 pre-B-cell leukemia homeobox 1 HNF4A 0,000908 hepatic nuclear factor 4, alpha

Tiivistelmä Biologinen koe Piirteiden löytäminen Ennustus Sitoutumiskohdat ja ilmentymistasot frekvenssimatriisi mahdollisia transkriptiotekijöitä 5.5.2008 Transkriptiotekijöiden sitoutumisen ennustaminen

Transkriptiotekijöiden sitoutumisen mallintaminen

Recommended

Recommended

More Related Content

More from Janne Peltola

More from Janne Peltola (14)

Transkriptiotekijöiden sitoutumisen mallintaminen

Editor's Notes