Plone come framework applicativo in un settore di punta. la bioinformatica

1. Plone per applicazioni web tecnico‑scientifiche
Ivan Rossi – BioDec S.r.l.
Milano, 28/4/2010

2. Cosa fa BioDec ...
Software e consulenza
in Bioinformatica
BioDec S.r.l. Applicazioni web
Via Calzavecchio 20/2
40033 Casalecchio di Reno (BO)
tecnico‑scientifiche
info@biodec.com
www.biodec.com Sistemistica Unix/Linux
Milano, 28/4/2010

3. Gestione dati tecnici: ma perché?
● I tecnici lavorano per
la produzione dei dati,
la loro visualizzazione
e gestione non sono
percepite altrettanto
prioritarie
... però ...
● Spesso i dati devono
essere fruiti da chi
tanto tecnico non è
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4. ... OK, ma quando? ...
● In presenza di dati strutturati
– Sappiamo ogni volta che “forma” hanno
● Quando non tutto deve essere visibile a tutti
– Una parte dei dati sono confidenziali
– Esiste una distinzione di ruoli tra chi accede ai dati
● Quando il processo di analisi è definito
– Esiste un “protocollo” da seguire
● Quando i file Excel è troppo grande o sono >1!
– Gli spreadsheet servono per fare prototipi
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5. ... cioè? Fammi un esempio ...
Gestione dati strumentali (LIMS)
● Monitoraggio apparecchiature, anche distribuite
● Aggregazione dati da sorgenti diverse
● Taratura strumentazioni
● Implementazione di protocolli di analisi
● Calcolo e visualizzazione di dati derivati
● Ricerca dati storici
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6. Esempi
● BioDec BMS: Raccolta di analisi su composti
confidenziali effettuata da fornitore esterno
● BioDec BMS: integrazione dati di laboratorio
(biologia molecolare) con database di
informazioni accessorie
● Haplone: database di dati speciali, che
necessitano del calcolo di quantità derivate
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7. Analisi da fornitore esterno
Requisiti fondamentali
● Fornitore e committente sono in città diverse
(MI e RM): trasmissione crittata via Internet.
● Il fornitore non deve conoscere dettagli sul
composto (patent pending)
● Il fornitore deve avere accesso solo ai composti
di sua competenza.
● Analisi specifica (IHC)
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8. Vediamola
Milano, 28/4/2010

9. BioDec BMS
● Integrazione dati di laboratorio (biologia
molecolare) con database di informazioni
accessorie (proprietà biosequenze)
● Gestione di protocolli di analisi
● Ricerca e organizzazione dati
● Cross-linking tra dati e piattaforma collaborativa
● Browser di biosequenze rilasciato free
(GPL, http://plone4bio.org)
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10. Vediamola
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11. Haplone
● Dati sensibili: dati personali e genetici
● Calcolo di dati derivati (genealogie, aplogruppi)
● Inserimento dati sia manuale che massivo
● Validazione dati inseriti
● Ricerca sottoinsiemi di dati e loro export
● Statistiche sugli insiemi selezionati
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12. Vediamola
Milano, 28/4/2010

13. Grazie per l'attenzione!
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