ChEMBLを使おう

1. ChEMBLの話
@fmkz___

2. 自己紹介
• kzfm (@fmkz___)
– blog.kzfmix.com
– Shizuoka.py
• Python歴は6年くらい
– WAFはFlask(最近Django)
– Pandas+ggplot素敵☆

3. ChEMBLとは
h"p://cbi-­‐society.org/home/documents/
seminar/2009to12/CBI_Ikeda_511_d.pdf

4. インハウスにChEMBLがあるメ
リット☆
• セキュリティ的に安心
– 思う存分クエリを投げられる
– PPだとコンポーネントのエンドポイントいじれ
ばOKらしい
• 速いし、負荷もかけられる
– 快適
• webのインターフェースにない検索も出来
る
– doi使ったりblastと組み合わせたりとか

5. 例1) ChEMBL-MMP
• 1.3 million MMPs
• 1291 proteins
• 206 measurement
types
• 7431 journals
h"ps://github.com/kzfm/pychembldb/blob/master/examples/mmp/recreaFon.py
5

6. D1 receptorのホモログ
6

7. 今日やること
• DBMSのインストール
– 今回はPostgreSQL
– ChEMBL_17のMySQLのダンプはバグってい
るので使用しないほうがよい
• Pythonのインストール
– pip
– pychembldb
• その他
– Flask
– BioPython(blast)

8. はじめましょう☆
• ChEMBL導入
– http://blog.kzfmix.com/entry/
1389565991
• pychembldb導入
– http://blog.kzfmix.com/entry/
1389589262
•

9. ここからはお題

10. 文献情報
(doi/Ftle)
Schema
実験情報
(アッセイ/値)
ターゲット情報
（cell/配列/種）
化合物情報
(構造/prop)
承認薬
情報
メカニズム/結合
情報
結合サイト
情報
(ドメイン/位置の始
めと終わり)

11. ディレクトリリスト

12. 参考サイト
• SQLAlchemy
– http://docs.sqlalchemy.org/en/rel_0_9/
• Flask
– http://flask.pocoo.org/docs/
• Blast
– http://bonohu.jp/blog/2013/06/08/
localblastinmountainlio/
– http://motdb.dbcls.jp/?
AJACS32%2Fbono#e17b6eed
• BioPython
– http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/
Tutorial.html

13. お題１
• Glycogen synthase
kinase-3(GSK3)に対するアッセイの
中でヒトを対象に行われたものを選ぶ

14. お題2
• 問題1でアッセイに供された化合物の活性
値とsmilesを知りたい

15. お題3
• Glycogen synthase
kinase-3(GSK3)に対するアッセイの
参照元のpubmed_idとジャーナル名を
知りたい

16. お題4
• pubmedidが15686883の文献中に
記載されている化合物の重み付きQEDス
コアが知りたい

17. お題5
• ChEMBLのターゲット用のblastdbが
欲しい、そして思う存分相同性検索がした
い
• （ヒント）BLASTとBioPythonをイン
ストールしましょう
– http://bonohu.jp/blog/
2013/06/08/
localblastinmountainlio/

18. お題6
• ChEMBLのウェブサービスをローカルに
実装したい
– https://www.ebi.ac.uk/chembl/ws
• ここではFlaskを使ってみましょう
– http://www.kzfmix.com/flaski/

19. 答え

20. お題1(答)
>>> for target in
chembldb.query(Target).filter_by(pref_name="Glycogen synthase
kinase-3"):
...
for assay in target.assays:
...
if assay.assay_organism == "Homo sapiens":
...
print assay.description

21. お題2(答)
• forループを回す
>>> for target in
chembldb.query(Target).filter_by(pref_name="Glycogen synthase
kinase-3"):
...
for assay in target.assays:
...
if assay.assay_organism == "Homo sapiens":
...
for activity in assay.activities:
...
print activity.published_value,
activity.compound.molecule.structure.canonical_smiles

22. お題3(答)
>>> for target in
chembldb.query(Target).filter_by(pref_name="Glycogen synthase
kinase-3"):
...
for assay in target.assays:
...
print assay.doc.pubmed_id, assay.doc.journal

23. お題4(答)
>>> for journal in
chembldb.query(Doc).filter_by(pubmed_id=15686883):
...
for assay in journal.assays:
...
for act in assay.activities:
...
print act.compound.molecule.property.qed_weighted

24. お題5(答)
• https://github.com/kzfm/
pychembldb/blob/master/
examples/blast/chemblast.py

25. お題6(答)
• https://github.com/kzfm/
pychembldb/blob/master/
examples/chemblapi/app.py