1. Prelevents genitaux
Objectifs pedagogiques
1citer 3 types de pathologies infectieuses frequentes chez l’homme
2Citer les principaux agents infectieux impliqués dans les infections genital chez l’homme
3 connaitre les differentes etapes du diagnostic bacteriologique d’une ist
Introduction
Les pathologies génitales infectieuses chez l’homme sont relativement courantes et
correspondent à trois entités nosologiques :
Les ulcérations
Les urétrites
Les infections profondes : prostatites, épididymites, etc…
Il est nécessaire de traiter la (ou les) partenaire(s)
1. .ULCERATIONS
Les ulcérations génitales sont situées sur le gland, le sillon ballano-préputial et plus rarement
sur le penis. Elles peuvent avoir une étiologie virale ou bactérienne.
Comme virus responsible on peut citer le cmv, hsv II
Comme bacterie il s agit du treponeme responsible du chancre syphilitique,des chlamydia
trachomatis serovars L1 ,L2,L3 responsable de la donovanose ou maladie de Nicoloas favre et de
hemophilus ducreyi agent du chancre mou
2. URETRITES
L’urétrite est une inflammation de l’urètre qui se manifeste par un écoulement clair ou
purulent. Elle peut s’accompagner de dysurie, de pollakiurie ou de brûlures mictionnelles. Là
encore,.
Classiquement, on distingue les urétrites gonococciques dues à Neisseria gonorrhoeaeet les
urétrites non gonococciques (UNG) dues à Chlamydia trachomatis et à certains mycoplasmes
(Mycoplasma genitalium, Ureaplasma urealyticum.
3. PROSTATITES, ÉPIDIDYMITES ET ORCHI-ÉPIDIDYMITES
L’étiologie la plus fréquente des prostatites estEscherichia coli, les entérocoques, plus
rarement Pseudomonas aeruginosa.
L’épididymite est l’inflammation de l’épididyme qui peut s’étendre aux testicules constituant
une orchi-épididymite assez souvent observée au cours des oreillons. Le mode de

2. contamination est la voie canalaire ascendante, les germes en cause étant ceux responsables
d’urétrites.
chez la femme
L’appareil génital féminin est composé de deux secteurs anatomiques qui diffèrent par leur
flore naturelle : la vulve, le vagin et l’exocol largement colonisés par les flores commensales,
l’endocol, les cavités utérine, tubaire et péritonéale sont stériles, le col de l’utérus agissant
comme un « verrou microbiologique » très efficace contre l’ascension des bactéries cervico-
vaginales. http://umr5558-mq1.univ-lyon1.fr/coursd1/FloresNormales/FloreVagin
Les bactéries les plus fréquemment impliquées dans les pathologies du tractus génital sont
issues de la flore naturelle digestive.
1. PATHOLOGIES INFECTIEUSES CERCICO-VAGINALES
Les infections génitales se traduisent par un écoulement (vulvite, vaginite, etc…) ou par des
ulcérations. Mais elles peuvent être asymptomatiques. Certaines sont des IST et doivent donc
faire rechercher d’autres IST et une infection du partenaire. La complication la plus fréquente
est la stérilité mais les infections comme les salpingites ou les endométrites peuvent
quelquefois engager le pronostic vital.
En dehors des mycoses et des vulvo-vaginites à Trichomonas vaginalis, des infections
bactériennes diverses sont en cause.
2• Objectifs
L’examen bactériologique des sécrétions et exsudatsgénitaux a plusieurs objectifs :
* séparer les germes pathogènes de la flore genital normale, en particulier chez la femme (voir
tableau 1),* diagnostiquer les infections du tractus génital etles vaginoses développées à partir
des germescommensaux,* diagnostiquer les infections sexuellement transmises(MST),*
apporter une aide au traitement dans la décisiond’instaurer une antibiothérapie, le choix des
antibiotiques,le suivi du traitement et de la guérison,* participer à la prévention des MST avec
l’examendu ou des partenaires et la déclaration de cesmaladies,* les infections virales, en
particulier herpétiques,présentent une grande importance dans ces
contextes mais ne seront pas envisagées ici.
3• Prélèvements
1- Prélèvements dans les deux sexes
Dans les urétrites :
© on effectue un prélèvement endo urétral àl’écouvillon,
© pour rechercher les Chlamydia, il est preferable de procéder à un grattage endo-urétral àla curette ophtalmique
émoussée ou au BactoPick®, bien que certains préconisent l’utilisationd’un écouvillon en dacron ou
alginatemonté sur tige métallique en raison desrisques traumatiques des premiers cités.
Devant une ulcération ano-génitale :
© le recueil de la sérosité se fera au niveau dela base ou des bords de l’ulcère avec un vaccinostyle,une öse, une
curette ou un écouvillon,des biopsies ou une ponction du bubon satellite
pourront être réalisées, de préférence aucabinet du médecin ou à l’hôpital.
S’il existe des pustules :la meilleure technique de prélèvement est lerecueil du contenu à la seringue ou à
l’écouvillon.åLe recueil du premier jet des urines peut êtreintéressant dans les urétrites, en particulier pour
les recherches de Chlamydia par techniques debiologie moléculaire.Unprélèvement anal (éventuellement de
gorge), dans les cas de suspicion de MST, serasouvent utile au diagnostic.
2- Prélèvements du tractus génital
chez la femme
Chez la femme, les prélèvements génitaux se fontsous spéculum avec un éclairage adapté,
sauf pour larecherche de streptocoques du groupe B où le simpleécouvillonnage vulvaire
donne les meilleurs résultats.

3. Dans les vulvo-vaginites, on procède à un écouvillonnagedes sécrétions de l’orifice vaginal
etde la voûte vaginale postérieure.
Dans les bartholinites, l’aspiration à la seringuedu canal ou le prélèvement à l’écouvillon
sontrecommandés.
S’il existe une cervicite, on fera un écouvillonnagede l’endocol, et on recherchera toujours
legonocoque et les Chlamydia à ce niveau.åPour rechercher l’étiologie d’une endométrite,on
fait appel au prélèvement d’endocol et éventuellementà l’aspiration transcervicale parcathéter
qui sont du domaine du spécialiste.åDans les cas d’annexite, le liquide d’abcès seprélève à la
seringue et les cellules tubo-péritonéalespar brossage au cours de l’acte chirurgical.åPour le
matériel intra-utérin, l’examen bactériologiquese fait sur le matériel et sur l’éventuelpus.
3- Prélèvements génitaux masculins
Dans les épididymites et les prostatites, on procèderaà un écouvillonnage urétral, un
prélèvement
de sperme, ou au recueil du premier jet urinaire.åPour le diagnostic des prostatites, on
recueillera
les sécrétions prostatiques après éventuel massageprostatique et/ou le premier jet
urinaire.Dans les orchites, le meilleur matériel est le prélèvementd’abcès à la seringue (par le
chirurgien).
On peut également trouver l’agent responsible dans le sperme.Dans tous les cas, les
prélèvements doivent permettrel’examen direct et l’ensemencement (deuxécouvillons).
Les recherches de Chlamydia et de Mycoplasma n’ontque peu de chance d’aboutir si le
matériel prélevé ne
contient pas de cellules, obtenues par grattage.
4- Transport des prélèvements
Si les prélèvements ne sont pas effectués au laboratoire,ils doivent être transportés rapidement
dans des
milieux de transport appropriés (gonocoque,Chlamydia, Mycoplasma, virus).
4• Examen bactériologique
Les renseignements cliniques et épidémiologiques,l’aspect des lésions et leur localisation
observés au
cours du prélèvement sont indispensables à l’orientationdu diagnostic bactériologique. Ils
conditionnent
la valeur du résultat, qui sera obtenu après examencytobactériologique direct, suivi, selon les
cas,
de culture, techniques de biologie moléculaire etexamen sérologique (non traité dans cet
ouvrage).
1- Examen direct
L’examen cytobactériologique direct des prélèvements
est fonction du contexte clinique :20å Ulcérations :
© L’examen extemporané, au microscope àfond noir, de la sérosité du chancre permet lamise
en évidence de Treponema pallidum.On peut également faire appel à
l’immunofluorescencedirecte, à l’imprégnation argentiqueou à la coloration de Vago.
© La coloration de May-Grunwald-Giemsa defrottis réalisés avec la sérosité d’un chancremou
ou du pus du bubon mettra en evidence des bacilles évoquant Haemophilus ducreyi,en sachant
que cette bactérie est peu colorableau Gram.
© Il ne faut pas oublier la possibilité d’exulcérations,de type herpétique, en rapport avecune
infection à C h l a m y d i a (maladie deNicolas-Favre) ou Mycoplasma (voir ci-dessous).

4. © On pourra exceptionnellement mettre en evidence des corps de Donovan
(Calymmatobacterium
granulomatisou donovani) dansun granulome inguinal survenu 2 à 3 moisaprès un rapport
contaminant.
åUrétrites, cervicites et vaginites :
© Les trois causes les plus fréquentes des vaginitis sont Candida albicans,
Trichomonasvaginalis et les bactéries des vaginoses. Onrecherche systématiquement N. gonor
-rh o e a e, et on ajoute la recherche de
Chlamydia trachomatis dans les urétrites etcervicites.
© Il est important de savoir que Candida albi -cans peut exister chez des femmes
totalementasymptomatiques.
© L’examen macroscopique, la couleur,l’odeur, le pH des sécrétions vaginales sontun
élément important du diagnostic, en particulier
des vaginoses qui associent secretions grisâtres, odeur d’amines de poisson (test àla potasse
10 %) et pH > 4,5.
© L’état frais, entre lame et lamelle rechercherala présence de Trichomonas vaginalis oude
Candida albicans (ce dernier est mieuxmis en évidence après dilution dans la potasseà 10 %
et au contraste de phase).
© Les colorations de May-Grunwald-Giemsa,et éventuellement de Papanicolaou,
permettentl’étude cytologique indispensable :presence de polynucléaires, de cellules
vaginales,de «clue-cells» des vaginoses, deTrichomonas vaginalis, et plus rarementmise en
évidence des cellules à inclusion del’infection à Chlamydia trachomatis.
© La coloration de Gram permet le diagnosticde gonorrhée, de candidose à Candida albicans
et surtout d’étudier la flore bactériennevaginale et son équilibre qui peut être décritpar un
score de I à IV (score I = flore équilibrée,score IV = flore complètement substituée,cf tableau
2).
© Dans la vaginose bactérienne, on observeun déséquilibre de la flore commensale au
profit des anaérobies ou de G a rd n e re l l avaginalis au dépend de la flore de
Döderlein(lactobacilles) : score III ou IV. En pratiquel’examen direct permet le diagnostic de
vaginoseétant donné la difficulté, le coût et les
délais de la mise en culture des bactéries.
© L’immunofluorescence est adaptée à larecherche de Chlamydia trachomatis.
Dans les autres localisations, l’examen directrecherchera :Neisseria gonorrhoeae, Candida
albi -cans, Chlamydia trachomatis.
2- Culture
La culture est impossible pour Treponema pallidum,très difficile pour
Haemophilus ducreyi (sur géloseau sang cuit ou frais enrichie).
Les prélèvements seront ensemencés au minimum
sur :
Gélose au sang cuit avec et sans mélange inhibiteur
(type VCN ou VCAT) pour la recherche de
Neisseria gonorrhoeae incubée en atmosphèrede 10 % de CO2.
Gélose au sang (base Columbia) ± ANC pour la recherche de diverses
bactéries à Gram positif, dont Streptococcus agalactiae,
Staphylococcusaureus.
L’isolement de Gardnerella vaginalis sur gélose au sang humain n’a de
signification qu’accompagné d’une appréciation semi-quantitative.

5. Gardnerellan’est pas le seul germe impliqué dans les vaginoses
(association avec des bactéries anaérobies, Mobiluncus spp).
Une gélose lactosée est utile pour la recherche de divers bacilles à
Gram négatif, en particulier les entérobactéries qui ne seront prises
en considération, dans les urétrites et vaginites, que si ells sont
abondantes, en l’absence d’autres germes. Sur prescription explicite,
d’autres cultures sontmises en oeuvre :
Cultures cellulaires pour l’isolement de Chlamydia trachomatis.
Milieux artificiels enrichis en sérum de veau et en extrait de levure
pour l’isolement et la numér a t i o n de Mycoplasma hominis et de
Ureaplasma urealyticum.
Gélose au sang en anaérobiose dans les endométrites du postpartum,
ou développées sur materiel intra-utérin à la recherche de Prevotella.
Milieux pour mycobactéries dans les endométrites
(rares), les épididymites : Mycobacteriumtuberculosis.
3- Biologie moléculaire
Les techniques d’amplification génique peuvent êtreutilisées, en particulier
pour la recherche deChlamydia à partir des produits pathologiques ou des
urines.De nouvelles techniques se développent pour larecherche des
streptocoques du groupe B ou deNeisseria gonorrhoeae, leur application au
diagnosticclinique reste à valider.
4- Antibiogramme
L’antibiogramme sera systématiquement réalisé dansles infections
endocervicales du haut appareil genital sur les germes pathogènes isolés, sur
les souches degonocoque avec recherche de bêtalactamases.Il n’est pas à
réaliser sur les bactéries colonisant lebas appareil génital en particulier chez
la femme,sauf dans le cas du portage des streptocoques dugroupe B au
cours du troisième trimestre de la grossesseétant donné la possibilité de
prévention desinfections néonatales par une antibioprophylaxiependant
l’accouchement.
5- Conclusion
En dehors des cas où la bactériologie met en evidence un agent pathogène
spécifique en culture pure,l’interprétation des examens des prélèvements
génitauxest toujours difficile, en particulier chez lafemme, du fait de
l’abondance et de la variété de laflore bactérienne du bas appareil génital.