Este documento proporciona instrucciones para dibujar estructuras moleculares usando el programa Avogadro. Explica cómo cambiar el color de fondo, duplicar vistas moleculares, seleccionar átomos y tipos de enlace, y dibujar moléculas conectando átomos. También cubre cómo optimizar la geometría molecular y guardar imágenes y archivos de la estructura creada.

1. “Dibujando estructuras moleculares”
Sitio oficial:
http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page
Sitio en la colección 1 a 1 de Educ.ar:
http://escritoriodocentes.educ.ar/datos/cien_avogadro.h

2. La Pantalla:
La primera vez que abran Avogadro
se presentará la siguiente pantalla

3. En la parte superior vemos……
Menú desplegable
Herramientas

4. Para cambiar el fondo de pantalla:
Ir al menú superior, la opción “Ver”
Luego vamos a..
Establecer el color de fondo
Haciendo clic allí……

5. Elijo el
color
Aparece
una paleta
de colores
para elegir
ok

6. Algunos ejemplos de colores de pantalla

7. Pantalla:
En la parte superior podemos ver la información de depuración:
En este caso, dibujé la
Molécula de CH4, que tiene
5 átomos y 4 enlaces covalentes
simples.
En la parte inferior se encuentran los ejes, para
acceder vamos a la opción “Ver” / “Mostrar ejes”

8. Nueva vista
Vamos a la opción
“Ver”
“Nueva vista”
Quedarán solapadas en la parte superior izquierda

9. Duplicar vistas:
Vamos a la opción “Ver”
“Duplicar vistas”

10. Podemos ver dos vistas distintas de la molécula, en este caso tenemos el
propeno, en el segundo dibujo se puede notar la unión covalente doble desde
un mejor ángulo
También se puede apreciar como rotan los ejes de abajo

11. Herramienta dibujo: “El lápiz”
El lápiz es la herramienta que nos va a permitir dibujar átomos y enlazarlos
para generar moléculas.
“Preferencias de herramientas”, nos muestra la configuración del dibujo
Si hacemos clic aquí….

12. Podemos elegir el átomo
Podemos elegir el tipo de enlace:
•Simple
•Doble
•Triple
Si queda tildada coloca los hidrógenos automáticamente.

13. Si hacemos clic en “otro”, aparece la
Tabla periódica de elementos químicos
y podemos elegir otro elemento.

14. Con esta configuración voy Etano
a dibujar carbonos con
enlaces covalentes simples
y los hidrógenos se
ajustan automáticamente.
Con el botón izquierdo genero átomos y luego arrastro con el mouse desde
uno de los átomos hacia el otro.

15. Botón izquierdo del mouse Botón derecho del mouse
•Hacer clic para generar •Hacer clic para
átomos. borrar átomos.
•Arrastrar para generar
enlaces.

16. Optimización de la geometría molecular
Vamos a “Extensiones”/Optimizar Geometría
Aparece este cartel Resultado
final

17. Guardar mi producción:
Archivo/Exportar/Gráficos y lo vamos a guardar cómo imagen png

18. Archivo/Exportar/Gráficos vectoriales y lo vamos a guardar en formato pdf