1. Bibliothèque nationale de France, Dominique Perrault
par Timothy Brown Flickr Licence CC BY 2.0
Comment effectuer une
veille documentaire et rechercher des
références bibliographiques (et des pages
Web) dans le domaine de la santé
Brest
CHEM
15/02/2018
Philippe Eveillard
BIbliothèque nationale de France, Dominique Perrault par
Timothy Brown Licence Creative Commons CC BY 2.0
3. La recherche
Références biblio et pages Web
Les références
bibliographiques
• Elles concernent des articles
publiés dans la presse médicale
• Trois banques de données
bibliographiques donnent accès
aux références de ces articles :
PubMed (presse médicale
internationale)
LiSSa (presse médicale
francophone)
Google Scholar (presse
médicale internationale).
Les pages Web
• Elles sont autonomes et
rédigées spécifiquement pour le
Web
• Une sélection des pages Web
« santé » est rassemblée dans
Doc’CISMeF.
• Le « tout venant » du Web
santé est accessible en
interrogeant Google, sans
garantie de la qualité des
contenus.
4. Pick up fights &instruction-5 par an iconoclast Licence CC BY 2.0
PubMed et LiSSa:
même langage
même grammaire
même « philosophie »
… même combat
5. La recherche
Les banques de données biblio.
Google Scholar
• est à part car son langage
n’a aucune spécificité : c’est
le langage courant (l’anglais
pour les références
anglaises ; et le français
pour les références
françaises)
• Est aussi à part car la
fiabilité dune partie de son
contenu est bien inférieure
à celle des banques de
données bibliographiques
classiques.
PubMed et LiSSa :
ont le même langage
• MeSH version originale pour PubMed
• MeSH version française pour LiSSa
et la même grammaire
• combinaison d’un descripteur et d’un
qualificatif (affiliation)
• champ (de nature ou de localisation)
pour chaque mot clé
• gestion « algébrique » des opérateurs
booléens AND, OR, NOT
Langage et grammaire sont détaillés dans
les diapositives suivantes
6. PubMed et LiSSa
Le langage
Le descripteur asthme
dans une de ses
arborescences du
thesaurus MeSH
maladies
maladies de l’appareil resp.
maladies des bronches
asthme
asthme à l’effort
asthme induit par l’aspirine
asthme professionnel
état de mal asthmatique
Les articles de PubMed et de LiSSa
sont indexés avec les termes d’un
vocabulaire contrôlé : le thesaurus
MeSH (VO pour l’un; VF pour l’autre).
Dans ce thesaurus, les mots clés
(appelés descripteurs) ont entre eux
des relations hiérarchiques.
Le thesaurus se présente ainsi sous la
forme d’une arborescence de
descripteurs avec des branches
maitresses, des branches secondaires
et des branches terminales (v.
exemple ci-contre).
7. PubMed et LiSSa
Comment parler le MeSH ?
Dans PubMed
• MeSH database est l’outil de
traduction du langage courant
en langage MeSH (VO).
• MeSH Database est dans la
page d’accueil de PubMed, en
haut de la 3è colonne.
• Dans la fenêtre d’interrogation
de MeSH Database, entrer le
mot clé dont vous recherchez
l’équivalent MeSH (le mot clé
doit être en anglais).
Afficher le résultat et choisir le
« bon descripteur ».
Dans LiSSa
• Tenter la traduction
automatique.
Dans la fenêtre d’interrogation de
LiSSa entrer cancer colorectal.
Dans les propositions vous avez
« tumeurs colorectales ». C’est le
descripteur MeSH.
• Autre façon : solliciter HeTop
Dans la fenêtre d‘interrogation de
HeTop entrer : gonarthrose
Résultat : gonarthrose (VF)
: Osteoarthritis, knee (VO)
8. PubMed et LiSSa
La grammaire – l’affiliation
Une recherche dans
PubMed ou LiSSa sans
affiliation est un non-
sens.
Pour s’en convaincre il suffit
d’afficher les index* des
références et de constater que
tous les index contiennent une
affiliation.
* Dans PubMed, l’index est dans
la référence au format abstract
* Dans LiSSa : l’index est sous
le résumé (+ indexation)
Affiliation
Une affiliation descripteur/qualificatif :
- est au cœur de toutes les équations
de recherche dans PubMed et LiSSa;
- est une combinaison entre un
descripteur et un qualificatif ;
- se formule avec un slash entre le
descripteur et le qualificatif;
- n’a nul besoin d’un champ pour être
considéré comme une affiliation ;
- est le principal obstacle à
l’apprentissage de la formulation
dans PubMed et LiSSa;
- justifie (en partie) le recours aux
« constructeurs de requête ».
9. PubMed et LiSSa
Affiliation : les solutions de facilité
Dans PubMed
MeSH Database peut se transformer en
constructeur de requêtes (exemple
pour 2 affiliations)
Entrée d’un mot clé du langage
courant (en anglais) dans la fenêtre
Choix du « bon » descripteur
Choix du qualificatif adéquat (cocher)
Placer l’ensemble dans le
constructeur (add to search builder)
Entrée du 2è mot clé dans la fenêtre
Choix du « bon » descripteur
Choix du qualificatif adéquat (cocher)
Add to search builder
Search PubMed
Dans LiSSa
Faire appel au constructeur de requêtes
(CRBM, en bas de l’accueil) qui relie des
affiliations entre elles.
Entrer un terme dans la fenêtre
d’interrogation
Profiter de la traduction automatique en
langage MeSH (VF)
Activer « options du terme » et choisir
un qualificatif
Ajouter à la requête
Effacer le 1er terme. Entrer un 2è terme
Options du terme – choisir un qualificatif
Ajouter à la requête - choisir l’opérateur
Voir les résultats
10. PubMed et LiSSa
La grammaire – les champs
Les principaux champs
Auteur [au] ou .au
Langue [la] ou .la
Type de publication [pt]
Date de publication [dp] ou .an
Descripteur [mh] ou .mr
Descripteur majeur [mh]
Titre de périodique [ta]
Mot du titre [ti] ou .ti
Mot du titre et du résumé [tiab]
Mot de la notice [tw] ou .tx
Les champs
Les champs indiquent :
- la nature d’un mot clé (langue,
type de publication; auteur ; titre
de périodique)
- ou sa localisation (mot du titre,
mot du titre et du résumé ou mot
de la notice).
Les champs sont formulés à la suite du
mot clé et en plaçant leur abréviation
entre crochets (PubMed) ou après un
point (LiSSa).
« un mot clé sans champ c’est n’importe quoi ou n’importe où »
11. PubMed et LiSSa
Les champs : les solutions de facilité
Dans PubMed
• Dans le cadre de gauche de la
page de résultat figurent les
filtres (les principaux mots clés
qui bénéficient d’un champ) :
les types de publication
les accès (free full text)
les dates de publication
et plus encore…
… show additional filters
• L’activation d’un filtre l’intègre
automatiquement dans la
requête sans qu’il soit besoin
d’indiquer son champ.
Dans LiSSa
• Afficher dans LiSSa les résultats
d’une équation de recherche
formulée grâce au constructeur de
requêtes CRBM.
• Activer le logo situé en haut et à
droite de la page de résultat
• Sélectionner l’intitulé « affiner »
• Cocher les cases souhaitées dans
le liste des filtres.
12. La recherche
La grammaire – les opérateurs
Les parenthèses
• Aucune parenthèse n’est
justifiée quand les
opérateurs sont les mêmes.
• En revanche, elles
s’imposent pour OR et pour
NOT dès que les opérateurs
sont différents.
• Pour les gérer correctement
révisez l’algèbre de la
classe de 5è.
Ils relient entre eux les termes de l’équation
• AND croise
bronchitis [mh] AND asthma [mh] affiche toutes les
références dans l’index desquelles figurent les 2
descripteurs
• OR unit
bronchitis [mh] OR asthma [mh] affiche toutes les
références dans l’index desquelles figure bronchitis,
toutes celles dont l’index contient asthma et toutes
celles dont l’index contient les deux
• NOT exclut
bronchitis [mh] NOT asthma [mh] affiche toutes les
références dans l’index desquelles figure bronchitis, à
l’exception de celles dont l’index contient asthma
13. PubMed et LiSSa
Les opérateurs et les parenthèses
OR
• Aucune parenthèse n’est
justifiée si tous les opérateurs
sont des OR.
• Quand ce n’est pas le cas, les
termes encadrant l’opérateur
OR sont mis entre parenthèses,
sauf quand OR est le premier
opérateur de l’équation.
Asthma [mh] OR Bronchitis [mh] AND Child [mh]
Child [mh] AND (asthma [mh] OR bronchitis [mh])
NOT
• Aucune parenthèse n’est justifiée si
tous les opérateurs sont des NOT.
• Quand ce n’est pas le cas :
- une parenthèse ouvrante est
placée avant la partie de l’équation
concernée par l’exclusion,
- et une parenthèse fermante l’est
après le terme exclu.
Des exemples de parenthèses sont dans les équations de
veille (V. plus loin)
15. PubMed et LiSSa
PubMed « facile »
Dans MeSH Database
• Entrer un mot clé (en anglais)
dans la fenêtre d’interrogation
• Choisi le « bon » descripteur
dans la page de résultat
• Choisir le qualificatif
correspondant au descripteur
• Solliciter le constructeur de
requête Add to Search Builder
• Croiser (opérateur AND) une ou
deux autres affiliations
• Search PubMed
Dans la page de résultat
Dans le cadre de gauche :
• Sélectionner les filtres nécessaires
pour affiner la requête.
• Pour activer un filtre cliquer sur son
intitulé.
Pour le désactiver, cliquer à nouveau
dessus.
• Dautres filtres que ceux affichés sont
disponibles. Pour les afficher, cliquer
sur « show additional filters ».
• Activés, les filtres s’implémentent
automatiquement dans l’équation.
16. PubMed et LiSSa
LiSSa « facile »
Dans le CRBM, croiser 2
ou 3 affiliations
• Entrer un terme dans la fenêtre
• Choisir le « bon » descripteur
• Choisir le qualificatif (options
du terme)
• Ajouter
• Entrer un 2è terme
• Choisir le « bon » descripteur et
le qualificatif adéquat
• Ajouter
• Voir le résultat
• Sélectionner LiSSa
Dans LiSSa
• Cliquer sur le logo situé en haut et
à droite de la page de résultat
• Sélectionner « affiner »
• Choisir (selon les besoins)
le type de publication
le texte gratuit
l’année de publication
le périodique
17. L’exploration du
Web médical se
fait dans
Doc’CISMeF
WOrld Wide Web par Carlos Pacheco Licence Creative Commons CC BY
18. Pages Web/Doc’CISMeF
Le catalogue des « pages santé »
La page d’accueil de
CISMeF donne accès :
- au formulaire de requête de
Doc’CISMeF ;
- au module de terminologie
HeTOP;
- au constructeur de requêtes
bibliographiques médicales
CRBM ;
- à la banque de données de
la littérature médicale
scientifique francophone
LiSSa.
Doc’CISMeF héberge plus de
120 000 pages santé
francophones.
Chacune d’entre-elles est :
- indexée en langage MeSH
version française ;
- « étiquetée » par type de
publication (article de
périodique ; recommandations
; information patient ; thèse…)
19. Pages Web/Doc’CISMeF
Toutes les pages sont en accès libre
La presse médicale
• La presse médicale française
est quasi inexistante dans
CISMeF
• Seule figure la presse
médicale en provenance des
pays francophones comme :
- la Belgique (Minerva);
- la Suisse (Le Revue
Médicale Suisse);
- le Canada (Le Médecin de
famille canadien).
Les pages retrouvées dans
Doc’CISMeF proviennent en
grande partie des Sociétés
savantes et des institutions.
Trois axes sont privilégiés :
- l’enseignement (ECN);
- la médecine « evidence-
based » (recommandations) ;
- l’information des patients et
du grand public.
20. Pages Web/Doc’CISMeF
Deux modules de recherche
Autotraduction
Dans les fenêtres
d’interrogation des 2 modules
de recherche (simple et
avancée), il suffit d’entrer les
premières lettres du terme
pour afficher une liste de
propositions.
Dans cette liste, vous devez
sélectionner (clic de souris)
un des termes proposés pour
l’entrer dans la fenêtre.
L’exploration de Doc’CISMeF
peut se faire :
- dans le module de recherche
simple avec la possibilité de
« filtrer » le résultat,
- ou dans le module de
recherche avancée en croisant
deux descripteurs ou un
descripteur et un qualificatif
(exemple coxarthrose et
chirurgie).
21. Pages Web/Doc’CISMeF
Les sources garantissent la fiabilité
Netscoring et HON
De façon plus accessoire par
rapport au choix des
sources, CISMeF adhère aux
principes de qualité de
l’information en santé sur
l’Internet développés par le
NETscoring et la grille de la
fondation Health On the Net
(HON).
En recensant principalement les
sites des institutions et ceux
des sociétés savantes et en y
puisant l’essentiel de ses pages,
DocCISMeF en garantit la
fiabilité du contenu.
L’indexation des pages, faite par
des professionnels de la
documentation, en garantit la
qualité. Un atout pour celui qui
explore le catalogue.
22. Pages Web/Doc’CISMeF
Doc’CISMeF « facile »
Recherche simple
• Entrer un terme dans la fenêtre
• L’automate fait une proposition
de termes MeSH
• Choisir le « bon », celui qui
correspond à votre requête
• Dans le cadre de gauche de la
page de résultat s’affichent les
filtres qui permettent de limiter
le requête.
• Sélectionner
Recherche avancée
• Système de multifenétrage
• Ce système offre la possibilité de
combiner (croiser) plusieurs
termes (mots clés, qualificatifs,
titre…) et de filtrer le résultat
comme dans la recherche simple.
• C’est l’opportunité de formuler
une équation plus précise que
dans la recherche simple.
23. Pages Web/Google
Par défaut : Google
Les avantages
• Extrême simplicité des
requêtes (usability)
• Extrême sensibilité des
requêtes lié au type
d’indexation des pages
• Extrême diversité des
ressources (qui vont de la
naturopathie à la collaboration
Cochrane)
Les inconvénients
• Difficulté à « contrôler »
précisément les requêtes.
• Bruit+++ (un grand nombre des
liens affichés ne sont pas en
adéquation avec la requête)
• Le meilleur côtoie le pire justifiant
de faire le tri, ce qui n’est pas
l’occupation la plus plaisante.
24. Pages Web/Google
Google « comme un pro »
Quelques artifices
Limiter vos résultats aux
pages en PDF ou en PPT,
cela « renforce » le côté
scientifique du lien.
Pour cela, après votre mot
clé vous formulez :
- file type:PPT
- ou filetype PDF
asthme filetype : PDF
Pour obtenir le meilleur de Google sur le
plan « documents santé » :
• Interroger le moteur de recherche
comme un professionnel de santé en
utilisant le langage ad hoc.
• Vérifier le titre et la source du lien.
La source vous parait-elle fiable ?
Le titre correspond-il à votre requête ?
• Privilégier la précision en croisant
plusieurs mots clés. Cela limitera le tri.
26. Les méthodes :
le pull et le push
Pull & push par John Ragai Licence CC BY 2.0
27. La veille
Le pull et le push
Le pull
• Le pull consiste à TIRER
l’information de son
emplacement sur le Web.
• La façon la plus élégante de le
faire est d’accrocher un fil RSS
à une page Web évolutive, celle
dont vous voulez suivre
l’évolution, afin d’être prévenu
(et de la visiter) quand un
nouveau document y est publié.
Le push
• Le push consiste à demander à ce
que l’information soit POUSSEE
dans votre boite aux lettres
électronique.
• Des services auxquels vous vous
abonnez sont chargés de cette
« poussée » (cet envoi) :
- soit régulièrement (tous les
jours, toutes les semaines …)
- soit dès sa mise en ligne
28. Pages Web/Google
L’outil de base de la veille : le flux RSS
La gestion de vos
Flux RSS
Elle peut être confiée à :
• votre navigateur avec une
préférence pour Explorer
ou Firefox
• un lecteur de flux
• un agrégateur de flux
comme Netvibes
Note : Microsoft Edge ne
gère pas les flux RSS
• Un flux RSS (ou parle aussi de fil RSS)
est un lien avec une page évolutive (une
page dont le contenu change
fréquemment).
• Les pages évolutives ne manquent dans
les pages Web « santé » :
la page « dernières publications » du
site de la Haute Autorité de santé
la page « points épidémiologiques de
l’Institut de veille sanitaire
la page du blog « rédaction médicale
et scientifique » d’Hervé Maisonneuve.
• Les pages de veille bibliographique
dans PubMed.
29. La veille… c’est les autres
Show par Roger Reuver Licence CC BY 2.0
We are the Web
Kevin Kelly dans Wired (2005)
30. La veille
La veille est dans les liens des tweets
et les billets des blogs
Les liens des tweets
• Les tweets sont des messages
courts qui, en règle, sont
accompagnés d’un lien
L’information est dans ce lien.
• Les internautes dont vous
suivez les tweets sont vos
followings. Vous devez les
choisir de façon judicieuse et
avec parcimonie.
• Privilégiez ceux qui twittent de
l’information plutôt que ceux
qui bavardent.
Les billets des blogs
• Le club des médecins blogueurs
rassemble la majorité des blogs
des professionnels de santé.
• Les billets sont de bonne qualité et
abordent les problèmes cliniques,
éthiques et professionnels.
• Il y a 3 façons de gérer votre veille
sur le site du club :
vous vous abonnez au club
vous accrochez un fil RSS au site
vous vous abonnez à une
sélection des blogs du club.
31. La veille
A la recherche de Mister Following
Vous avez un following – starter
• Vous avez un collèque, un ami ou
une connaissance qui twitte dans
votre domaine de prédilection.
• Vous repérez sa propre liste de
followings.
• Vous recherchez dans cette liste
les twittos (les « compte
Twitter ») qui pourraient faire
partie de vos followings.
• Vous testez les tweets de ces
followings pendant 2 à 3
semaines.
• vous les adoptez ou non au
terme de cette surveillance.
Vous n’avez pas de following-
starter
• Vous rédigez des tweets en
rapport avec vos centres d’intérêt
pendant plusieurs semaines.
• C’est la seule façon d’avoir des
followers (des « suiveurs »).
• Quand vous en avez 4 ou 5 ,
regardez leurs followings et
repérez ceux qui pourraient aussi
être les vôtres.
• Testez les tweets de ces
followings pendant plusieurs
semaines.
• Adoptez-les ou non.
32. La veille dans les
banques de données
les périodiques
et les pages Web
L’espace presse par marlenedd Licence Creative Commons CC BY 2.0
33. La veille
Références et périodiques
Dans PubMed
• Mission impossible : TROP
COMPLIQUE
• En cause : la coexistence dans
PubMed de références indexées
et de références non indexées.
• Ces 2 types de références ne
s’interrogent pas de la même
façon.
• Les références les plus récentes
sont dans la partie non indexée.
Dans les périodiques
• Plutôt le pull que le push !
• Un grand nombre de périodiques
médicaux proposent l’envoi
régulier de leur sommaire dans
votre boite aux lettres.
A moins d’avoir une boite dédiée
à cet envoi ce n’est pas la
meilleure idée.
• Il est préférable d’accrocher un fil
RSS à la page sommaire et d’aller
la consulter régulièrement.
34. La veille
Dans les pages Web
Les Agences sanitaires
HAS : 9 flux RSS (actualités,
communiqués, avis…)
InVS : 8 flux RSS (points
épidémiologiques, rapports,
communiqués de presse…).
Ansm : un seul flux RSS :
alertes
INCa : 11 flux en 2 séries
• Cela concerne principalement les
espaces documentaires des Agences
sanitaires.
• Celles-ci vous proposent un ou plusieurs
flux RSS en rapport avec leurs pages
évolutives (notamment les pages
« actualités » ou « alertes »).
• Le repérage du logo RSS est
relativement aisé. Il est localisé dans la
page d’accueil, soit en bas, soit en haut
de la page.
35. MERCI
à Nancy Duarte http://urlz.fr/6wgs
qui a inspiré les maquettes de ce slidedoc
et aux photographes qui ont mis leurs photos
à la disposition des internautes dans Flickr
sous licence Creative Commons CC BY 2.0
Timothy Brown http://urlz.fr/6weM
an iconoclast http://urlz.fr/6wf2
Transformer18 http://urlz.fr/6wg0
Carlos Pacheco http://urlz.fr/6wgi
John Ragai http://urlz.fr/6wfv
Roger Reuver http://urlz.fr/6wfr
marlenedd http://urlz.fr/6wfj
