Slide edna

半田佳宏
（株式会社生物技研）
環境DNA解析の基礎と
生物技研の取り組み
分子生物科学セミナー＠群馬大学
（2018/05/21）

本発表の内容
０．環境DNAと次世代シーケンサーとは？
１．環境DNAを用いた水生昆虫の生態調査
２．環境DNAを用いたコイの遺伝的多様性解析

環境DNA (Environmental DNA; eDNA) とは？
環境中に遊離されたウロコや糞、細胞片などに由来するDNA
．．
・
・
・
・
・
・
・
・
・
・
・

環境DNAを用いた解析方法
〜採水からDNA抽出まで〜
環境水(1L程度)から
生物由来の細胞?を
濃縮する。
ステリベクス 0.22um
(濾過フィルター)
細胞溶解液を添加し、
細胞?からDNAを
取り出し、精製する。
eDNA
粘液やウロコ、細胞など

環境DNAを用いた解析方法
〜DNA解析〜
n  種特異的解析
PCR法、LAMP法、リアルタイムPCR法、デジタルPCR法など
n  網羅的解析
次世代シーケンサーを用いた方法など
細菌
イセエビ
ホタテ
ヒト
マグロ
アマモタイ
さまざまな生物に由来するeDNA

種特異的解析 (定性的実験)
〜環境DNAが使用された最初の論文〜
Ficetola et al., 2008.
ウシガエル(外来種)特異的なプラ
イマーを設計し、ウシガエルDNA
をPCRで特異的に増幅した。

種特異的解析 (空間的・定量的実験)
Yamamoto et al., 2016.

網羅的解析を可能にした技術
〜DNAメタバーコーディング法〜
•  商品名
•  価格
生物種
DNA配列
-CATTGCGAGGCAGCA
GCAGTATTTGCGGTT-
超並列でDNA配列を解読できる機器
次世代シーケンサー(NGS)DNAバーコーディング法
バーコード
MiSeq (Illumina社)

DNAバーコーディング法
生物種を決定できない理由
n  形態の差がない。
n  体の一部しかない。
DNA配列(可変領域)から
生物種を決定する方法
　トンボマダラ　　トンボコバネシロチョウ
（トンボマダラ科）　　（シロチョウ科）

真正細菌
ゲノムDNA
種同定に使用される代表的なDNA配列 (可変領域)
ミトコン
ドリアDNA
葉緑体DNA
rbcL (植物)
matK
(植物)
COI (動物)
16S rRNA
12S rRNA
(MiFish;魚類)
16S rRNA
(細菌)
真核生物
ゲノムDNA 18S rRNA
ITS1 ITS2
(真菌類)
28S rRNA
D-loop
(種内変異）
(真核生物)
可変領域：生物種によって配列が異なる領域
cytB

可変領域と共通領域
AGTGCTAGTCAATTGGCG-
GACGTAGCTAGCTAAGTACGTAGA
プライマープライマー
CATGTAGTTGTCGTCA TCGTAGTACGATCGTACGACTAGT
CATGTAGTTGTCGTCA
CATGTAGTTGTCGTCA
CATGTAGTTGTCGTCA
CATGTAGTTGTCGTCA
CATGTAGTTGTCGTCA
CATGTAGTTGTCGTCA
CATGTAGTTGTCGTCA
CATGTAGTTGTCGTCA
CATGTAGTTGTCGTCA
AGTGCTAGTCAATTGGCG-
AGTGCTAGTCAATTGGCG-
AGTGCTAGTCAATTGGCG-
AGTGCTAGTCAATTGGCG-
AGTGCTAGTCAATTGGCG-
AGTGCTAGTCAATTGGCG-
AGTGCTAGTCAATTGGCG-
AGTGCTAGTCAATTGGCG-
AGTGCTAGTCAATTGGCG-
TACGAAGCTGGCTA-GTACGGAGC
GACGTAGCTAGCTAGGTACGTAGA
CACATAGCTAGCTAAGTACGTACA
GACGTTGGTGGCTATGTACGTAGA
GACCTGGCTAGCTAA-TACGAAGA
GTGGTAGCTGGCT-AGTAGGTAGA
生物種A
生物種B
生物種C
生物種D
生物種E
生物種F
生物種G
生物種H
生物種I
生物種J
共通領域
(保存配列)
共通領域
(保存配列)
可変領域
TCGTAGTACGAT
CGTACGACTAGT
生物種A ?
配列解読
可変領域の外側に共通配列をもつ (ユニバーサルプライマーの設計場所)
データベース
比較

DNAメタバーコーディング法
•  環境中には、さまざまな生物種から
放出されたDNAが存在する。
•  増幅された多くの可変領域の配列を
決定し、種同定を行う方法。
AGTGCTAGTCAATTGGCG-
ユニバーサルプライマーユニバーサルプライマー
CATGTAGTTGTCGTCA
CATGTAGTTGTCGTCA
CATGTAGTTGTCGTCA
CATGTAGTTGTCGTCA
CATGTAGTTGTCGTCA
CATGTAGTTGTCGTCA
CATGTAGTTGTCGTCA
CATGTAGTTGTCGTCA
CATGTAGTTGTCGTCA
CATGTAGTTGTCGTCA
CATGTAGTTGTCGTCA
AGTGCTAGTCAATTGGCG-
AGTGCTAGTCAATTGGCG-
AGTGCTAGTCAATTGGCG-
AGTGCTAGTCAATTGGCG-
AGTGCTAGTCAATTGGCG-
AGTGCTAGTCAATTGGCG-
AGTGCTAGTCAATTGGCG-
AGTGCTAGTCAATTGGCG-
AGTGCTAGTCAATTGGCG-
AGTGCTAGTCAATTGGCG-
AGTGCTAGTCAATTGGCG-
GACGTAGCTAGCTAGGTACGTAGA
CACATAGCTAGCTAAGTACGTACA
GACCTAGTAAGC-AAGTACGTAGA
CACGTAGCTATCTTAGTACCTAGA
GACGTTGGTGGCTATGTACGTAGA
GACCTGGCTAGCTAA-TACGAAGA
GTGGTAGCTGGCT-AGTAGGTAGA
生物種A
生物種B
生物種C
生物種D
生物種E
生物種F
生物種G
生物種H
生物種I
生物種J
生物種K
生物種L
共通領域
(保存配列)
共通領域
(保存配列)
可変領域
クジラ
イセエビ
ホタテ
ヒト
マグロ
クラゲタイ
さまざまな生物に由来するeDNA

サンガー法と次世代シーケンサー(NGS)の
解析方法の違い
さまざまな生物DNAから
増幅された可変領域
(従来法)サンガー法を用いた配列決定
1.  クローニング
2.  大腸菌を形質転換
3.  シングルコロニー
4.  プラスミドDNAの精製
5.  シーケンシング反応
6.  シーケンシング解析
NGSを用いた配列決定
1.  (ライブラリー作製)
2.  シーケンシング解析
単一のDNA
にすること
が必須

次世代シーケンサー(イルミナ社)による
超並列のDNA解読
同時にそれぞれ可変領域の配列を解読することが可能
フローセル DNAがフローセル内で
1分子1分子に分かれる
蛍光スポット1つ1つがサン
ガーシーケンシング1反応分

第一次世代第二次世代第三次世代第四次世代第五次世代
主な製品
(発売年)
3730xl
(2002)
・NovaSeq 6000
(2017)
・MiSeq (2011)
PacBio
Sequel (2016)
RS II (2011)
Ion Proton
(2012)
MinION
(2012?, 2016)
特徴蛍光検出
・超並列
・蛍光検出
・一分子
・蛍光検出
・配列品質低い
・超並列
・半導体
・解析時間早い
・超並列
・一分子
・半導体
・配列品質低い
読み取り塩基 700-800 bp
・2x150 bp
・2x300 bp
Ave: 30 kb
MAX: >90 kb
2x200 bp
Ave: < 2 kb
MAX: < 40 kb
1runあたりの
データ量
700-800 bp
・3 Tb (Nova)
・15 Gb(MiSeq)
- 10 Gb 10 Gb 10-20 Gb
リード数
(配列数)
1
・200億(Nova)
・5000万(MiSeq)
-40万 6000-8000万 - 440万
ラン時間 1-2 hr
・45 hr (Nova)
・56 hr (MiSeq)
- 20 hr 2-4 hr - 48 hr
次世代シーケンサーの種類

各次世代シーケンサーの性能比較配列数
1
10
100
1000
10000
100000
1000000
10000000
100000000
1000000000
10000000000
100000000000
1000000000000
100 1000 10000 100000
配列長 [bp]
Long read sequencer
(PacBio Sequel)
(MinION)
Short read sequencer
(NovaSeq 6000)
(MiSeq)
(Ion Proton)
3730xl
Short read sequencer
アンプリコン解析(環境DNA解析・菌叢解析)・遺伝子発現解析など
Long read sequencer
ゲノム解析・構造多型・全長cDNAシーケンシングなど

次世代シーケンサーの性能向上
1.E+00
1.E+02
1.E+04
1.E+06
1.E+08
1.E+10
1.E+12
1980 1990 2000 2010 2020
1日で解読できる塩基数[bp/day]
NovaSeq
454
ABI3730
HiSeq2500
10年で3000倍
年名称塩基配列取得データ解析費用
2001
ヒトゲノム計画
10年 3年約3000億円
2018 2日 1-2日 2-10万円
NGSの登場
半導体の価格は18ヶ月ごと
に半分になるムーアの法則

環境DNAを使った網羅的解析
〜魚類ユニバーサルプライマーMiFish〜
Miya et al., 2015.

バケツ一杯の水から生息している魚種を判定できる
Miya et al., 2015.

おさらい終了
ここから本題です。

旅行に行くなら、どちらに行きますか？
A. さまざまな生物が生息している場所 B. 単一の生物しか生息していない場所

旅行に行くなら、どちらに行きますか？
A. さまざまな生物が生息している場所 B. 単一の生物しか生息していない場所
世界的にAのような場所は失
われ、将来的にBのような場
所が増えると予想されている。

生物多様性の減少が深刻
生物
多様性
生態系
生物種
遺伝子
生態系サービス
土壌形成水・食料
酸素の供給レジャー
人類の活動
温暖化化学汚染
乱獲外来・移入種
人
類
損失
提供依存
影響
1.0% 6.1%
9.3%
12.9%
6.5%
48.4%
15.8%
IA
IB
II

The IUCN (国際自然保護連合) Red List of Threatened Species ver 2017-3.
評価総種数
91,303種
具体例）絶滅危惧種の増加
28.3%

野生生物の絶滅の現状を把握できていない
The IUCN Red List of Threatened Species ver 2017-3.
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100

絶滅危惧種
未評価
その他
哺乳類や鳥類、両生類、裸子植物しか正確に評価できていない。
生物種の割合[%]

これまでの生態調査(生物種多様性の調査)
・専門的な経験と知識・網羅性の欠如
・多くの労力と時間・金銭的負担
解決策として、環境DNAが注目されている。

目的；生物技研の位置付け
生物技研
環境コンサル
市民
大学・官公庁
大学
技術開発
環境DNAを用いた技術開発と普及のため、
水生昆虫を含む節足動物相の分析技術の開発
・技術提供
・委託分析
相談
生物多様性の
維持・管理

節足動物ユニバーサルプライマーgInsectの開発
1.  NCBIから節足動物(昆虫類とクモ類、甲殻類)の完全長ミトコン
ドリアDNA(1,278種、2,719配列)をダウンロードした。
2.  MAFFT(ver7.310)を使用してアライメントを行った。正確にア
ライメントされなかった配列を取り除き、最終的に2,659配列
を用いてプライマーを設計した。
3.  節足動物以外のDNAが増幅しにくく、節足動物のみで配列保存
性が高い領域(16S rRNA)にプライマーを設計した。
注) 節足動物の英語はArthropodaだが、一般受けしないのでInsectを使用している。
AGTGCTAGTCAATTGGCG-
CATGTAGTTGTCGTCA
CATGTAGTTGTCGTCA
CAGGTACTAGTGGTTG
AGTGCTAGTCAATTGGCG-
AGTGCTAGTCAATTGGCG-
GTTGGTTGTCAATTCGCG-
節足動物A
節足動物B
節足動物C
哺乳動物

節足動物ユニバーサルプライマーgInsect
gInsect-U-F G A T A G A A A C C A A C C T G G C T
A 1 2657 3 2655 13 2658 2657 2612 0 0 2132 2655 0 2 0 1 20 1 0
T 1 0 2654 2 19 0 0 40 2 46 2 1 88 0 2659 3 0 12 2657
G 2657 2 2 2 2625 1 2 7 2 0 508 2 2 0 0 2653 2638 2 0
C 0 0 0 0 2 0 0 0 2655 2612 16 0 2569 2657 0 0 0 2643 0
gInsect-U-R T A T A G G G T C T T C T C G T C
A 0 2653 43 2643 0 0 0 0 0 0 0 138 0 0 0 0 0
T 2659 4 2575 0 0 0 0 2654 0 2657 2653 7 2655 23 0 2654 1
G 0 2 0 16 2659 2659 2659 4 2 2 2 6 0 0 2659 0 0
C 0 0 41 0 0 0 0 1 2657 0 4 2508 4 2636 0 5 2658
Primer region
(保存領域)
Primer region
(保存領域)
節足動物に属する生物種
カバイロカワラセセリ
(セセリチョウ科)
コバネマキバサシガメ
(カメムシ目)
可変領域

環境DNAの網羅的解析の流れ
〜採水からDNA抽出まで〜
採水
- 1L 程度の水(淡水や海水)
濾過
- 吸引濾過(0.7 um GF/F)
- ステリベクス(0.22 um)
DNAの抽出
- 細胞溶解処理(protease K)
DNAの精製
-ビーズ精製(Mpure)
ステリベクスによる濾過
DNA精製DNA抽出

〜ライブラリー作製〜
ゲノムDNA
1st tailed PCR
2nd tailed PCR
PCR
gInsect-U-F
gInsect-U-R
シーケンシング配列遺伝子特異的配列
サンプル識別配列
1st PCR産物
アダプター配列
PCR
Index1 Fw配列 P5 P7Rv配列 Index2 2nd PCR産物
(ライブラリー) シーケンシング
配列
シーケンシング
配列
可変領域

〜シーケンシング解析〜
Index1 Fw配列
P5 P7
Rv配列 Index2
プライマー
結合部位
プライマー
結合部位
リード１の配列決定(301 bp)
プライマーの結合と
シーケンシング解析(リード1)
リード2の配列決定(301 bp)
プライマーの結合と
シーケンシング解析(リード2)
Paired-end解析
2nd PCR産物
(ライブラリー)
約340 bp

〜データ解析; OTU解析〜
OTU_1
OTU_2
OTU_3
OTU_4
:
データベース配列
代表配列 BLAST検索
(配列比較)
DNA配列とそれ
に対応する生物
の種名が登録さ
れている。
生物種の推定
OTU_1
代表配列
結合配列
配列相同性
97％以上
OTU_2
OTU_3
配列相同性
97％以下
配列相同性
97％以下
OTUの作成
生リード
低品質配列の除去と
配列の結合
生物種の推定
OTU:操作的分類単位
GCTGCGATGC
AGCTACGTGCTGCGGGCG
GCGATTCAAAGCGAGGCGG
AGAAAAAGTTATGCGAGCG
CGCGAGAGGCAGTATTATC
GCGCGGCGGAGCGAGTATA
配列情報が膨大
(−10万配列/サンプル)
品質の悪いリード
結合配列
短いリード

gInsectを使用した節足動物の調査
魚類と比較して、節足動物のDNA配列
データベースは整備されていない。
豊平川＠神奈川県 (河川水) 野島公園＠横浜市 (海水)

節足動物のDNAデータベース(16S rRNA)を構築
形態分類
生物種の特定
DNA配列取得
通常の方法
デメリット：
1.  成長や環境によって形態が異なる
場合がある。
2.  分類の専門的知識が必要である。
3.  形態が同じで、種同定できない。
今回の方法
生物分類群の推定
環境DNA
DNAメタ
バーコディング法
デメリット：
1.  生物種の特定はできない。
2.  非特異的配列?がある。
網羅的にDNA配列を取得
系統推定
(配列相同性95%以下)
サンプリング
サンガー
シーケンシング
標準配列

0.05
KT345952.1_Arthropoda_Insecta_Orthoptera_Phaneropteridae_Ruidocollaris
KY680277.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Cicadellidae_Kolla
AM779599.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Coccinellidae_Adalia
GB000065.1_Arthropoda_unknown__Arthropoda_unknown_unknown_unknown_unknown_
AY585765.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Corixidae_Agraptocorixa
GB000177.1_Diptera_unknown__Arthropoda_Insecta_Diptera_unknown_unknow_
KT225297.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Stratiomyidae_Ptecticus
AB285563.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Staphylinidae_Oxyporus
GB000006.1_Scolytidae_unknown__Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Scolytidae_unknown_
GB000077.1_Hymenoptera_unknown__Arthropoda_Insecta_Hymenoptera_unknown_unknown_
JX987292.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Cerambycidae_Monochamus
KT225299.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Empididae_Rhamphomyia
KP455482.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Curculionidae_Eucryptorrhynchus
JF909979.1_Arthropoda_Malacostraca_Decapoda_Dotillidae_Ilyoplax
GB000124.1_Arthropoda_unknown__Arthropoda_unknown_unknown_unknown_unknow_
EU263919.1_Arthropoda_Insecta_Orthoptera_Pyrgomorphidae_Atractomorpha
GB000014.1_Diptera_unknown__Arthropoda_Insecta_Diptera_unknown_unknown_
JQ272702.1_Arthropoda_Insecta_Orthoptera_Tetrigidae_Alulatettix
KY039118.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Membracidae_Tricentrus
GB000228.1_Chironomidae_unknown__Arthropoda_Insecta_Diptera_Chironomidae_unknow_
GB000224.1_Lepidoptera_unknown__Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_unknow_unknow_
KY817243.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Cicadellidae_Scaphoideus
KJ159909.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Saturniidae_Samia
KP307017.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Arctiidae_Lemyra
KC005712.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Calliphoridae_Phormia
EU494297.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Ephydridae_Ephydra
GB000205.1_Insecta_unknown__Arthropoda_Insecta_unknown_unknown_unknow_
KX035204.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Scolytidae_Trypophloeus
MF807224.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Curculionidae_Pachyrhinus
MF198407.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Chrysomelidae_Gastrolina
GU372498.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Lycaenidae_Taraka
KY039116.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Cicadellidae_Alobaldia
AB110236.1_Arthropoda_Insecta_Ephemeroptera_Dipteromimidae_Dipteromimus
EU623447.1_Arthropoda_Insecta_Orthoptera_Tetrigidae_Tetrix
GU994783.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Lymantriidae_Lymantria
GB000212.1_Lepidoptera_unknown__Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_unknown_unknow_
EU427336.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Lygaeidae_Geocoris
KX057713.1_Arthropoda_Insecta_Orthoptera_Tettigoniidae_Hexacentrus
KX505856.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Lygaeidae_Neolethaeus
KF131580.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Hydrophilidae_Paracymus
GB000128.1_Trichoptera_unknown__Arthropoda_Insecta_Trichoptera_unknown_unknow_
MG182695.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Pentatomidae_Gonopsis
AF154789.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Syrphidae_Melanostoma
AB752308.1_Arthropoda_Malacostraca_Decapoda_Raninidae_Ranina
JQ305693.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Crambidae_Cnaphalocrocis
GB000019.1_Hemiptera_unknown__Arthropoda_Insecta_Hemiptera_unknown_unknown_
GU936204.1_Arthropoda_Insecta_Ephemeroptera_Baetidae_Baetis
KY039122.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Aphrophoridae_Aphrophora
JX185879.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Nymphalidae_Lopinga
KT780654.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Staphylinidae_Lathrobium
JX185866.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Nymphalidae_Clossiana
AB232956.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Curculionidae_Ceutorhynchus
KX087254.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Staphylinidae_Carpelimus
KJ185131.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Noctuidae_Eutelia
KT780674.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Staphylinidae_Scaphisoma
AY425182.2_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Gerridae_Aquarius
LC155623.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Nymphalidae_Oeneis
KY039134.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Aphrophoridae_Peuceptyelus
KT780647.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Staphylinidae_Euryusa
GB000005.1_Coleoptera_unknown__Arthropoda_Insecta_Coleoptera_unknown_unknown_
NC-012569.1_Arthropoda_Malacostraca_Decapoda_Portunidae_Scylla
AY585774.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Naucoridae_Ilyocoris
KT780653.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Staphylinidae_Ischnosoma
GU372496.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Lycaenidae_Shijimiaeoides
KF717095.1_Arthropoda_Insecta_Trichoptera_Hydropsychidae_Hydromanicus
MG190360.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Cicadellidae_Empoasca
AJ831588.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Sesiidae_Sesia
MF383367.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Curculionidae_Sympiezomias
KT780676.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Staphylinidae_Sepedophilus
KT780630.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Staphylinidae_Atrecus
AY585777.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Aphelochiridae_Aphelocheirus
AF473540.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Miridae_Lygus
GU372503.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Hesperiidae_Thymelicus
KP216766.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Bombycidae_Bombyx
GB000090.1_Hemiptera_unknown__Arthropoda_Insecta_Hemiptera_unknown_unknow_
AB285547.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Silphidae_Eusilpha
KJ396197.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Nolidae_Risoba
KT970061.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Tipulidae_Paradelphomyia
KJ027516.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Pleidae_Paraplea
AY318879.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Reduviidae_Reduvius
GB000151.1_Tipulidae_unknown__Arthropoda_Insecta_Diptera_Tipulidae_unknow_
KM576860.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Crambidae_Glyphodes
KP207596.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Pentatomidae_Rubiconia
GB000142.1_Ephemeroptera_unknown__Arthropoda_Insecta_Ephemeroptera_unknown_unknow_
GB000206.1_Hymenoptera_unknown__Arthropoda_Insecta_Hymenoptera_unknown_unknow_
KT153024.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Sphingidae_Ampelophaga
JX185910.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Nymphalidae_Lasiommata
KX216853.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Lygaeidae_Panaorus
AF154753.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Syrphidae_Ceriana
KP718817.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Hepialidae_Thitarodes
AF514470.1_Arthropoda_Insecta_Orthoptera_Mogoplistidae_Ornebius
AJ231164.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Chrysomelidae_Dicladispa
KF501046.1_Arthropoda_Maxillopoda_Thracica_Balanidae_Megabalanus
KT945156.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Cerambycidae_Obrium
JQ739179.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Dinidridae_Coridius
GB000031.1_Chironomidae_unknown__Arthropoda_Insecta_Diptera_Chironomidae_unknown_
GU372506.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Hesperiidae_Burara
KF752445.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Reduviidae_Peirates
MF041978.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Chrysomelidae_Rhadinosa
FN806955.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Chironomidae_Rheotanytarsus
GB000222.1_Sphingidae_unknown__Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Sphingidae_unknow_
KT780673.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Staphylinidae_Scaphidium
EU494301.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Drosophilidae_Phortica
AF154801.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Syrphidae_Microdon
KT272852.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Muscidae_Eudasyphora
KF131586.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Hydrophilidae_Hydrophilus
KP027400.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Geometridae_Operophtera
AB332108.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Scarabaeidae_Dasylepida
KX087349.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Carabidae_Stomis
KR336554.1_Arthropoda_Malacostraca_Decapoda_Sesarmidae_Sesarmops
AY639937.1_Arthropoda_Malacostraca_Amphipoda_Hyalidae_Parhyale
GU372497.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Lycaenidae_Scolitantides
KX087246.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Cerambycidae_Brachyta
GB000223.1_Sphingidae_unknown__Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Sphingidae_unknow_
KU896785.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Tingidae_Perissonemia
KC333655.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Delphacidae_Nilaparvata
GB000280.1_Arthropoda_unknown__Arthropoda_unknow_unknow_unknow_unknow_
EU427334.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Plataspidae_Coptosoma
FN806959.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Chironomidae_Tanytarsus
KC512914.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Delphacidae_Sogatella
LC221567.1_Arthropoda_Malacostraca_Decapoda_Callianassidae_Nihonotrypaea
GU372489.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Lycaenidae_Arhopala
KT443883.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Crambidae_Parapoynx
HQ897685.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Pyralidae_Corcyra
HG793808.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Noctuidae_Mythimna
NC-014058.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Arctiidae_Hyphantria
GB000110.1_Decapoda_unknown__Arthropoda_Malacostraca_Decapoda_unknown_unknow_
AB026613.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Veliidae_Pseudovelia
KJ173908.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Hypsidae_Asota
GB000120.1_Collembola_unknown__Arthropoda_Insecta_Collembola_unknown_unknow_
KX035163.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Scolytidae_HypothenemusKX087322.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Nosodendridae_Nosodendron
KR822683.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Geometridae_Jankowskia
JN861751.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Trichoceridae_Paracladura
GQ302689.1_Arthropoda_Malacostraca_Isopoda_Idoteidae_Idotea
KX035145.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Silvanidae_Silvanus
KR815449.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Nymphalidae_Idea
KR025478.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Chrysomelidae_Galeruca
KX035132.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Monotomidae_Monotoma
KX087316.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Scarabaeidae_Melolontha
GB000009.1_Staphylinidae_unknown__Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Staphylinidae_unknown_
KX907844.1_Arthropoda_Insecta_Hymenoptera_Cephidae_Janus
AB127062.1_Arthropoda_Insecta_Odonata_Epiophlebiidae_Epiophlebia
KU343211.1_Arthropoda_Malacostraca_Decapoda_Macrophthalmidae_Macrophthalmus
MG747645.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Sphingidae_Macroglossum
AF154784.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Syrphidae_Graptomyza
EU494408.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Drosophilidae_Mycodrosophila
MF498769.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Tingidae_Stephanitis
AB285554.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Silphidae_Diamesus
KY689131.1_Arthropoda_Insecta_Mantodea_Mantidae_Hierodula
DQ023039.1_Arthropoda_Insecta_Hymenoptera_Formicidae_Cardiocondyla
JX880068.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Delphacidae_Laodelphax
EU494410.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Drosophilidae_Scaptodrosophila
NC-012617.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Flatidae_Geisha
GB000100.1_Coleoptera_unknown__Arthropoda_Insecta_Coleoptera_unknown_unknow_
GU372495.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Lycaenidae_Niphanda
NC-005944.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Aphrophoridae_Philaenus
KX087269.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Curculionidae_Curculio
KR347439.1_Arthropoda_Insecta_Orthoptera_Acrididae_Gonista
NC-014673.1_Arthropoda_Insecta_Phasmida_Phasmatidae_Micadina
EU427335.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Pyrrhocoridae_Dysdercus
EU494414.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Drosophilidae_Zaprionus
MG049917.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Delphacidae_Peregrinus
KM978917.1_Arthropoda_Malacostraca_Decapoda_Atyidae_Paratya
AY317204.1_Arthropoda_Insecta_Hymenoptera_Chalcididae_Brachymeria
KC465748.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Pieridae_Anthocharis
MF946562.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Chrysomelidae_Cassida
EU669991.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Chironomidae_Echinocladius
KX092658.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Buprestidae_Habroloma
KT808465.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Melioidae_Lytta
KX087289.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Nitidulidae_Epuraea
NC-013254.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Mordellidae_Mordella
KT780658.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Staphylinidae_Medon
MF805778.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Pentatomidae_Picromerus
GB000271.1_Insecta_unknown__Arthropoda_Insecta_unknow_unknow_unknow_
KX844723.1_Arthropoda_Malacostraca_Decapoda_Atyidae_Halocaridinides
GU372422.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Nymphalidae_Araschnia
AJ831625.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Zygaenidae_Zygaena
KX505853.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Saldidae_Macrosaldula
KP729178.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Pyralidae_Plodia
FJ823227.1_Arthropoda_Insecta_Hymenoptera_Bethylidae_Cephalonomia
EU427339.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Malcidae_Malcus
NC-019597.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Ricaniidae_Ricania
KU167550.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Cicadellidae_Bothrogonia
AJ831599.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Zygaenidae_Pidorus
AB110269.1_Arthropoda_Insecta_Ephemeroptera_Siphlonuridae_Siphlonurus
JN861745.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Ptychopteridae_Bittacomorphella
AB971912.1_Arthropoda_Insecta_Trichoptera_Limnephilidae_Limnephilus
AB285537.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Silphidae_Oiceoptoma
GB000003.1_Noctuidae_unknown__Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Noctuidae_unknown_
AY585766.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Corixidae_Glaenocorisa
JX185893.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Nymphalidae_Neptis
KU946971.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Limacodidae_Monema
KX087337.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Anthribidae_Platystomos
KX087243.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Carabidae_Blethisa
AF157313.1_Arthropoda_Insecta_Dermaptera_Forficulidae_Forficula
GU372484.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Lycaenidae_Wagimo
GB000016.2_Tipulidae_unknown__Arthropoda_Insecta_Diptera_Tipulidae_unknown_
AF425335.1_Arthropoda_Malacostraca_Decapoda_Paguridae_Pagurus
KR080490.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Crambidae_Loxostege
KX035209.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Scolytidae_Pityophthorus
KX087237.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Elateridae_Anostirus
KX092660.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Buprestidae_Trachys
JX185919.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Nymphalidae_Limenitis
KF131593.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Hydrophilidae_Hydrocassis
GB000143.1_Phaneropteridae_unknown__Arthropoda_Insecta_Orthoptera_Phaneropteridae_unknow_
GU372480.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Lycaenidae_Antigius
NC-021416.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Arctiidae_Amata
JX412826.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Brachinidae_Brachinus
GU372470.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Pieridae_Colias
MG010370.1_Arthropoda_Malacostraca_Amphipoda_Talitridae_Platorchestia
KX035205.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Scolytidae_Trypodendron
KC887527.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Reduviidae_Oncocephalus
GU372499.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Hesperiidae_Aeromachus
FJ478173.1_Arthropoda_Insecta_Hymenoptera_Cephidae_Cephus
AY601276.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Saturniidae_Antheraea
KX907843.1_Arthropoda_Insecta_Hymenoptera_Cephidae_Hartigia
KF131592.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Hydrophilidae_Dactylosternum
HQ215537.1_Arthropoda_Insecta_Hymenoptera_Formicidae_Solenopsis
JN970941.1_Arthropoda_Insecta_Collembola_Neanuridae_Anurida
GU372479.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Lycaenidae_Ussuriana
KM244679.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Arctiidae_Cyana
KT780665.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Staphylinidae_Ocypus
JQ917910.1_Arthropoda_Insecta_Orthoptera_Mecopodidae_Mecopoda
JX156333.1_Arthropoda_Malacostraca_Decapoda_Atyidae_Neocaridina
AB187570.1_Arthropoda_Malacostraca_Decapoda_Potamidae_Geothelphusa
JF907591.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Nabidae_Gorpis
EU494303.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Drosophilidae_Leucophenga
MG669122.1_Arthropoda_Insecta_Trichoptera_Hydropsychidae_Hydropsyche
KX035206.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Scolytidae_Hylastes
GU372478.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Lycaenidae_Artopoetes
FR669150.1_Arthropoda_Insecta_Neuroptera_Ascalaphidae_Libelloides
KM046492.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Tenebrionidae_UlomoidesKX035160.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Callirhipidae_Horatocera
KF131588.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Hydrophilidae_Pachysternum
JX185908.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Nymphalidae_Inachis
KJ001714.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Miridae_Adelphocoris
KX035196.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Scolytidae_Xylosandrus
KC756280.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Tingidae_Corythucha
KF590553.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Nymphalidae_Ypthima
GB000107.1_Cicadellidae_unknown__Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Cicadellidae_unknow_
KY129954.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Cicadellidae_Japananus
KX087307.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Salpingidae_Lissodema
MF974243.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Sphingidae_Psilogramma
GU372473.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Lycaenidae_Lycaena
EU826088.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Rhopalidae_Stictopleurus
GB000052.1_Arthropoda_unknow__Arthropoda_unknown_unknown_unknown_unknown_
AB127073.1_Arthropoda_Insecta_Odonata_Platycnemididae_Copera
JN970979.1_Arthropoda_Insecta_Collembola_Entomobryidae_Pseudosinella
KY798412.1_Arthropoda_Insecta_Orthoptera_Tetrigidae_Formosatettix
JX185897.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Nymphalidae_CoenonymphaKF590542.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Nymphalidae_Athyma
EU427340.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Aradidae_Neuroctenus
KX132085.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Coccinellidae_Calvia
KX673196.1_Arthropoda_Insecta_Dermaptera_Anisolabididae_Euborellia
AB159086.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Noctuidae_Plusia
KC659955.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Hesperiidae_Erynnis
FJ685650.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Pentatomidae_Halyomorpha
GU372442.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Lycaenidae_Coreana
KX087324.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Staphylinidae_Ontholestes
GB000018.1_Arthropoda_Insecta__Arthropoda_Insecta_unknown_unknown_unknown_
KM244688.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Crambidae_Nomophila
KY039113.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Cicadellidae_Yanocephalus
KT780672.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Staphylinidae_Rybaxis
EU494300.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Drosophilidae_Amiota
KX827002.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Geometridae_Ectropis
KT780662.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Staphylinidae_Neobisnius
AB285535.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Silphidae_Dendroxena
KJ476729.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Nymphalidae_Ideopsis
GB000004.1_Lepidoptera_unknown__Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_unknown_unknown_
KU884326.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Brahmaeidae_Brahmaea
AF436049.1_Arthropoda_Malacostraca_Decapoda_Porcellanidae_Petrolisthes
KT186102.1_Arthropoda_Insecta_Plecoptera_Perlidae_Kamimuria
KT780640.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Hydrophilidae_Cryptopleurum
GB000025.1_Decapoda_unknown__Arthropoda_Malacostraca_Decapoda_unknown_unknown_
KT878382.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Dixidae_Dixella
KX426346.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Crambidae_Pycnarmon
AB285555.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Silphidae_Nicrophorus
KT780625.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Sphindidae_Aspidiphorus
JX412733.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Lycidae_Dictyoptera
AB026611.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Veliidae_Rhagovelia
KC878511.1_Arthropoda_Malacostraca_Decapoda_Grapsidae_Pachygrapsus
AB285564.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Staphylinidae_Agelosus
AJ391530.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Bombyliidae_Villa
JX185902.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Nymphalidae_Damora
KR024406.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Cicadellidae_Idioscopus
KJ684986.1_Arthropoda_Insecta_Hymenoptera_Trigonalidae_Taeniogonalos
KT225301.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Athericidae_Suragina
KR604721.1_Arthropoda_Insecta_Plecoptera_Capniidae_Apteroperla
JN861749.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Chironomidae_Chironomus
AB285541.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Silphidae_Phosphuga
JX185867.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Nymphalidae_Fabriciana
AB159087.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Noctuidae_Trichoplusia
AF397501.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Scolytidae_Orthotomicus
KX087338.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Carabidae_Pogonus
AF170961.1_Arthropoda_Insecta_Odonata_Calopterygidae_Calopteryx
KT780669.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Staphylinidae_Philonthus
FJ456949.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Notonectidae_Enithares
FJ455506.1_Arthropoda_Malacostraca_Decapoda_Varunidae_Eriocheir
FN806930.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Chironomidae_Parapsectra
NC-014492.1_Arthropoda_Malacostraca_Amphipoda_Caprellidae_Caprella
AF425323.1_Arthropoda_Malacostraca_Decapoda_Diogenidae_Clibanarius
KT780633.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Staphylinidae_Bolitobius
FJ169955.1_Arthropoda_Insecta_Mecoptera_Panorpidae_Neopanorpa
JX233805.1_Arthropoda_Insecta_Blartaria_Blattellidae_Blattella
AB026604.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Gerridae_Metrocoris
FN806924.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Chironomidae_Micropsectra
KX035207.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Scolytidae_Dryocoetes
KX087249.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Chrysomelidae_Bromius
NC-018351.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Dryophthoridae_Sphenophorus
FN806953.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Chironomidae_Paratanytarsus
KX786285.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Cicadellidae_Maiestas
LC075025.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Lucanidae_Nigidius
KF131594.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Hydrophilidae_Pelthydrus
KY039128.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Cicadellidae_Exitianus
AY826481.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Chrysomelidae_Acanthoscelides
AF154776.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Syrphidae_Eristalinus
JQ780816.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Aradidae_Aneurus
GB000088.1_Thracica_unknown__Arthropoda_Maxillopoda_Thracica_unknown_unknow_
KJ623250.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Crambidae_Maruca
FJ456941.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Corixidae_Sigara
KX943411.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Chrysomelidae_Cryptocephalus
KY039146.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Cicadellidae_Orosius
AB026598.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Gerridae_Neogerris
KF131587.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Hydrophilidae_Hydrochara
MF351622.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Chrysomelidae_Agonita
GB000023.1_Orthoptera_unknown__Arthropoda_Insecta_Orthoptera_unknown_unknown_
MG669124.1_Arthropoda_Insecta_Trichoptera_Hydropsychidae_Potamyia
KC894961.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Crambidae_Elophila
KT878721.1_Arthropoda_Malacostraca_Decapoda_Grapsidae_Grapsus
KX943401.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Chrysomelidae_Oulema
KT780632.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Staphylinidae_Bisnius
JN970975.1_Arthropoda_Insecta_Collembola_Isotomidae_Parisotoma
GU194592.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Miridae_Polymerus
KR233479.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Crambidae_Haritalodes
MG049916.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Delphacidae_Changeondelphax
AY585763.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Corixidae_Cymatia
KY039135.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Cicadellidae_Phlogotettix
AB285565.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Staphylinidae_Stenus
JX412813.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Lycidae_Libnetis
FN806960.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Chironomidae_Tanytarsini
KF364622.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Lucanidae_Prosopocoilus
AF154759.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Syrphidae_Chalcosyrphus
GU372446.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Lycaenidae_Chrysozephyrus
AB285546.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Silphidae_Thanatophilus
NC-024644.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Crambidae_Chilo
JX412769.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Chrysomelidae_Lema
JX412852.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Mycteridae_Hemipeplus
KF590535.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Nymphalidae_Yoma
KY123687.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Cicadellidae_Japanagallia
EU494332.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Drosophilidae_Drosophila
KT970063.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Tipulidae_Rhipidia
GU372475.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Lycaenidae_Japonica
KU899137.1_Arthropoda_Malacostraca_Decapoda_Penaeidae_Solenocera
GB000008.1_Staphylinidae_unknown__Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Staphylinidae_unknown_
NC-014694.1_Arthropoda_Insecta_Phasmida_Phasmatidae_Entoria
AB026607.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Gerridae_Halobates
MF152830.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Noctuidae_Athetis
KX087286.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Carabidae_Elaphrus
KT337662.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Thyrididae_Pyrinioides
AJ831611.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Zygaenidae_Pryeria
NC-025325.1_Arthropoda_Malacostraca_Decapoda_Mictyridae_Mictyris
AF234794.1_Arthropoda_Maxillopoda_Thracica_Chthamalidae_Chthamalus
NC-018049.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Lycaenidae_Celastrina
GU372501.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Hesperiidae_Carterocephalus
KX087304.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Carabidae_Lebia
AF154799.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Syrphidae_Paragus
MF596492.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Lasiocampidae_Dendrolimus
KY364372.1_Arthropoda_Insecta_Neuroptera_Myrmeleontidae_Gatzara
KX087318.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Mordellidae_Mordellochroa
KP637170.1_Arthropoda_Malacostraca_Decapoda_Penaeidae_Metapenaeus
JF437925.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Nymphalidae_Apatura
KF717094.1_Arthropoda_Insecta_Trichoptera_Phryganeidae_Eubasilissa
KT780626.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Staphylinidae_Astenus
KT345949.1_Arthropoda_Insecta_Orthoptera_Pseudophyliidae_Phyllomimus
KJ636057.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Crambidae_Hellula
NC-019608.1_Arthropoda_Malacostraca_Decapoda_Thalassinidae_Thalassina
AB285559.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Silphidae_Ptomascopus
KY495724.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Muscidae_Muscina
KM881633.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Sarcophagidae_Sarcophaga
KU302814.1_Arthropoda_Malacostraca_Decapoda_Penaeidae_Parapenaeopsis
KC470083.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Sphingidae_Sphinx
KT893460.1_Arthropoda_Insecta_Blartaria_Epilampridae_Opisthoplatia
JX119051.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Nymphalidae_SasakiaGU372471.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Pieridae_Leptidea
JQ910985.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Belostomatidae_Lethocerus
KT266831.1_Arthropoda_Insecta_Hymenoptera_Formicidae_Polyrhachis
MF497822.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Carabidae_Scarites
NC-014695.1_Arthropoda_Insecta_Phasmida_Phasmatidae_Phraortes
JQ743671.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Scutelleridae_Eucorysses
KP071469.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Crambidae_Pseudargyria
FJ456945.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Hydrometridae_Hydrometra
KU870700.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Lasiocampidae_Euthrix
AM779601.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Coccinellidae_Anisosticta
KX108765.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Limacodidae_Parasa
AY585757.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Ochteridae_Ochterus
KX087292.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Anobiidae_Gastrallus
KT251040.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Chironomidae_Polypedilum
KM244697.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Geometridae_Celenna
EU494299.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Ephydridae_Scatella
JX839706.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Malcidae_Chauliops
KX035142.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Carabidae_Tachyta
NC-036220.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Hesperiidae_Tagiades
EU427341.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Anthocoridae_Orius
GB000027.1_Chironomidae_unknown__Arthropoda_Insecta_Diptera_Chironomidae_unknown_GB000230.1_Chironomidae_unknown__Arthropoda_Insecta_Diptera_Chironomidae_unknow_
NC-014688.1_Arthropoda_Insecta_Phasmida_Phasmatidae_Megacrania
KX035226.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Scolytidae_Tomicus
KX087255.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Hydrophilidae_Cercyon
KR189008.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Hesperiidae_Hasora
HM235722.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Nabidae_Alloeorhynchus
KX505854.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Berytidae_Metatropis
JX185887.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Nymphalidae_Brenthis
AY425208.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Gerridae_Limnoporus
KJ170899.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Miridae_Trigonotylus
KX023302.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Melioidae_Epicauta
KM112084.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Cerambycidae_Xylotrechus
KX108766.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Notodontidae_Clostera
AF154813.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Syrphidae_Psilota
GU372485.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Lycaenidae_Rapala
AJ831605.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Zygaenidae_Rhagades
JQ743676.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Acanthosomatidae_Sastragala
KJ507132.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Lymantriidae_Gynaephora
KU748516.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Cicadellidae_Trocnadella
JX185885.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Nymphalidae_Minois
HM071001.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Reduviidae_Agriosphodrus
KY645960.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Cicadellidae_Macrosteles
JX412726.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Hydrophilidae_Amphiops
KT780648.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Staphylinidae_Eusphalerum
GU323362.1_Arthropoda_Insecta_Orthoptera_Phaneropteridae_Elimaea
GB000161.1_Diptera_unknown__Arthropoda_Insecta_Diptera_unknown_unknow_GB000160.1_Diptera_unknown__Arthropoda_Insecta_Diptera_unknown_unknow_
AB127059.1_Arthropoda_Insecta_Odonata_Libellulidae_Pantala
GB000087.1_Thracica_unknown__Arthropoda_Maxillopoda_Thracica_unknown_unknow_
AF397470.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Scolytidae_Ips
KU379658.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Syrphidae_Eupeodes
GB000022.1_Insecta_unknown__Arthropoda_Insecta_unknown_unknown_unknown_
KU896786.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Tingidae_Phatnoma
JN689221.1_Arthropoda_Malacostraca_Decapoda_Sergestidae_Acetes
KY196412.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Noctuidae_Eudocima
KX057733.1_Arthropoda_Insecta_Orthoptera_Phaneropteridae_Holochlora
NC-011302.1_Arthropoda_Insecta_Orthoptera_Gryllotalpidae_Gryllotalpa
KY856825.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Psychidae_Mahasena
KT225291.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Tabanidae_Atylotus
KX462904.1_Arthropoda_Malacostraca_Decapoda_Penaeidae_Fenneropenaeus
KY783909.1_Arthropoda_Insecta_Orthoptera_Eneopteridae_Truljalia
KT780664.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Staphylinidae_Nudobius
KX087303.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Anobiidae_Lasioderma
KX087284.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Bostrychidae_Dinoderus
AF514505.1_Arthropoda_Insecta_Orthoptera_Acrididae_Locusta
KJ410747.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Nolidae_Gabala
KF591912.1_Arthropoda_Insecta_Collembola_Hypogastruridae_Ceratophysella
KJ432280.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Noctuidae_Catocala
KX943426.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Chrysomelidae_Clytra
GB000016.1_Tipulidae_unknown__Arthropoda_Insecta_Diptera_Tipulidae_unknown_
KF927042.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Saturniidae_Actias
KU726823.1_Arthropoda_Malacostraca_Decapoda_Atyidae_Caridina
GB000049.1_Hydropsychidae_unknown__Arthropoda_Insecta_Trichoptera_Hydropsychidae_unknown_
HQ441232.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Aradidae_Brachyrhynchus
EU494304.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Drosophilidae_Chymomyza
KU603468.1_Arthropoda_Malacostraca_Decapoda_Astacidae_Pacifastacus
KT750964.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Pyralidae_Galleria
AJ831598.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Zygaenidae_Neochalcosia
JN861750.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Trichoceridae_Trichocera
KT362742.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Noctuidae_Paragabara
KU877167.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Pyralidae_Ephestia
KT182067.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Cucujidae_Cryptolestes
AF180047.1_Arthropoda_Insecta_Mecoptera_Panorpidae_Panorpa
JF440342.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Notodontidae_Phalera
KM244681.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Arctiidae_Nyctemera
KX087355.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Mordellidae_Tomoxia
KM605250.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Sepsidae_Nemopoda
KT780649.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Staphylinidae_Gabronthus
KU753807.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Miridae_Creontiades
HQ335344.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Culicidae_Anopheles
KT896744.1_Arthropoda_Malacostraca_Decapoda_Xanthidae_Leptodius
DQ023051.1_Arthropoda_Insecta_Hymenoptera_Formicidae_Monomorium
KM453724.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Crambidae_Tyspanodes
DQ533708.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Muscidae_Stomoxys
KY274846.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Coreidae_Clavigralla
KT780667.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Staphylinidae_Oxypoda
AF154822.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Syrphidae_Triglyphus
NC-010969.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Rhagophthalmidae_Rhagophthalmus
EU734850.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Carabidae_Calosoma
JX913736.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Calliphoridae_Chrysomya
AB556946.1_Arthropoda_Insecta_Hymenoptera_Formicidae_Pristomyrmex
AF154773.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Syrphidae_Dideopsis
MG669126.1_Arthropoda_Insecta_Trichoptera_Hydropsychidae_Cheumatopsyche
FN806961.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Chironomidae_Virgatanytarsus
KF709449.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Pyralidae_Lista
JN861743.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Tipulidae_Tipula
KT780172.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Hepialidae_Endoclita
JQ780818.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Aradidae_Aradus
AB285536.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Silphidae_Necrodes
JX412759.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Staphylinidae_Omalium
KT970060.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Tipulidae_Cylindrotoma
GU372493.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Lycaenidae_Lampides
KF590540.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Nymphalidae_Polyura
MG772559.1_Arthropoda_Malacostraca_Decapoda_Penaeidae_Marsupenaeus
KY825744.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Pyralidae_Euzophera
KX035135.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Carabidae_Amara
KP347976.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Crambidae_Evergestis
GU372438.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Nymphalidae_Argynnis
KX822016.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Lasiocampidae_Kunugia
AB354089.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Coccinellidae_Epilachna
KY039138.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Cicadellidae_Typhlocyba
KX087340.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Monotomidae_Rhizophagus
KT345950.1_Arthropoda_Insecta_Orthoptera_Phaneropteridae_Kuwayamaea
MF943248.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Nitidulidae_Aethina
KX035153.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Rhipiphoridae_Pelecotoma
KP327714.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Pyralidae_Hypsopygia
KF859965.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Crambidae_Paracymoriza
KJ629167.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Hesperiidae_Potanthus
KC414791.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Noctuidae_Ctenoplusia
KX943506.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Chrysomelidae_Phyllotreta
HQ645959.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Reduviidae_Sirthenea
KT780671.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Staphylinidae_Rugilus
EU622524.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Papilionidae_Luehdorfia
KT164658.1_Arthropoda_Insecta_Hymenoptera_Andrenidae_Andrena
KT780666.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Staphylinidae_Olophrum
AY572232.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Hyblaeidae_Hyblaea
KJ739310.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Crambidae_Spoladea
KJ584365.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Lygaeidae_Kleidocerys
KU589292.1_Arthropoda_Malacostraca_Decapoda_Sesarmidae_Clistocoeloma
AY425221.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Gerridae_Gerris
KT225302.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Xylomyidae_Xylomya
AJ391524.1_Arthropoda_Insecta_Diptera_Bombyliidae_Ligyra
DQ666840.1_Arthropoda_Malacostraca_Decapoda_Cambaridae_Cambaroides
KT164621.1_Arthropoda_Insecta_Hymenoptera_Colletidae_Hylaeus
KC758703.1_Arthropoda_Insecta_Neuroptera_Ascalaphidae_Ascalohybris
HQ696578.1_Arthropoda_Insecta_Mecoptera_Bittacidae_Bittacus
KX057734.1_Arthropoda_Insecta_Orthoptera_Gryllacrididae_Phryganogryllacris
GU372481.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Lycaenidae_Favonius
AF436047.1_Arthropoda_Malacostraca_Decapoda_Upogebiidae_Upogebia
AB110267.1_Arthropoda_Insecta_Ephemeroptera_Ameletidae_Ameletus
KX035144.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Carabidae_Trechoblemus
AY585753.1_Arthropoda_Insecta_Hemiptera_Nepidae_Nepa
NC-010522.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Geometridae_Phthonandria
EF622227.1_Arthropoda_Insecta_Lepidoptera_Saturniidae_Saturnia
JX412792.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Propalticidae_Propalticus
KX057732.1_Arthropoda_Insecta_Orthoptera_Tettigoniidae_Pseudorhynchus
KT428893.1_Arthropoda_Insecta_Coleoptera_Dryophthoridae_Rhynchophorus
環境中から未登録の節足動物DNAを解読
群馬県や神奈川県、沖縄県などの
河川と海(計23地点)
カメムシ目
ハエ目
トビムシ目
チョウ目
エビ目
コウチュウ目
ハチ目
分類群
標準配列
(1属1配列)
未登録配列
(相同性95%以下)
全体 541 247
コウチュウ目 128 17
チョウ目 126 20
カメムシ目 87 14
ハエ目 64 100
エビ目 29 7
バッタ目 18 2
ハチ目 13 7
トビケラ目 6 5
トビムシ目 4 6
その他 75 69
clustalw2を用いた系統樹
分類群: 門, 綱, 目, 科, 属, 種

おまけ：有尾類ユニバーサルプライマー
gSalamanderの開発
1.  NCBIから有尾類 (サンショウウオ類とイモリ類)の完全長ミトコ
ンドリアDNA(267配列)をダウンロードした。
2.  MAFFT(ver7.310)を使用してアライメントを行った。正確にア
ライメントされなかった配列を取り除き、最終的に257配列か
らプライマーを設計した。
3.  有尾類のみで配列保存性が高い領域(12S rRNA)にプライマーを
設計した。

おまけ：有尾類ユニバーサルプライマー
gSalamander
gSalamander
-U-F
C A C C G C G G T T A T A C G A G A
A/
G
A C
A 0 247 0 0 0 0 0 0 0 0 257 13 257 0 1 257 40 250 165 236 0
T 2 0 0 0 0 0 0 0 257 257 0 241 0 0 0 0 0 0 0 0 3
G 0 10 0 0 257 0 257 257 0 0 0 1 0 0 256 0 217 7 92 21 0
C 255 0 257 257 0 257 0 0 0 0 0 2 0 257 0 0 0 0 0 0 254
gSalamander
-U-R
C T C A A A G G A C T T G G C G G T G C
A 0 0 0 257 257 256 0 6 257 0 0 0 0 6 0 0 0 0 6 0
T 17 257 4 0 0 0 0 0 0 1 244 257 0 0 1 0 0 253 0 4
G 0 0 0 0 0 1 257 251 0 0 0 0 257 251 0 257 257 0 249 0
C 240 0 253 0 0 0 0 0 0 256 13 0 0 0 256 0 0 4 0 253
日枝神社＠厚木市
生物名配列
相同性[%]
リード数
ムハンフトイモリ 96.1 29,767
アカハライモリ 95.7 21,770
※お客様のデータなので、発表で
きないが、サンショウウオ類DNA
も増幅できます。

おまけ：二枚貝ユニバーサルプライマー
gClamの開発
1.  NCBIから二枚貝の完全長18S rRNA(198配列)をダウンロードした。
　※無脊椎動物は。複雑なミトコンドリアDNA配列をしているため、
　アライメントができない。
2.  MAFFT(ver7.310)を使用してアライメントを行った。正確にアラ
イメントされなかった配列を取り除き、最終的に198配列からプ
ライマーを設計した。
3.  二枚貝のみで配列保存性が高い領域(18S rRNA)にプライマーを設
計した。

おまけ：二枚貝ユニバーサルプライマーgClam
gClam-U-F A T G C C T A C C A T G G T G/TA/G T A A C
A 174 0 0 0 9 0 195 1 0 189 1 0 0 0 0 34 0 182 193 0
T 0 186 0 0 0 177 0 0 0 0 190 0 0 195 147 7 177 8 1 0
G 3 9 195 0 22 0 0 0 0 6 0 195 195 0 33 153 0 1 0 0
C 18 0 0 195 164 18 0 194 195 0 4 0 0 0 15 1 18 3 0 195
gClam-U-R C T T G A C/T T G A G T G C/T C/T T C G G G
A 0 0 0 4 193 1 0 0 196 0 0 0 0 0 0 0 0 19 2
T 1 198 198 0 0 53 186 0 0 0 195 0 122 75 178 7 0 0 16
G 0 0 0 190 5 0 0 198 2 198 0 197 0 0 0 0 198 179 168
C 197 0 0 4 0 144 12 0 0 0 3 1 76 123 2 191 0 0 12
海の公園＠横浜市生物名配列相同性[%] リード数
アサリ 100 13,151
マテガイ 100 1,875
ホトトギスガイ 100 559
イワホリガイ科の一種 100 102

まとめ
1. 生態調査のために使用するユニバーサルプライマーgInsect(節
足動物)とgSalamander(有尾類)、gClam(二枚貝)を開発した。
2. 節足動物のDNA配列データベースの整備のため、環境DNA中か
ら未登録の247配列を取得し、系統推定を行った。
さらに多くのサンプル地点で解析を行い、節足動物DNA配列を
充実させるとともに、より詳細な系統推定を行い、
データベースの整備を行う。

生物多様性の減少が深刻
環境適応
病原耐性
具体例）遺伝的多様性の減少
野生種
・移入種
・外来種
交雑/駆逐
生物
多様性
生態系
生物種
遺伝子
生態系サービス
土壌形成水・食料
酸素の供給レジャー
人類の活動
温暖化化学汚染
乱獲外来・移入種
人
類
損失
提供依存
影響

．．
・
・
・
・
・
・
・
・
・
・
・
遺伝的多様性の重要性
見た目で判断
できず、分析が困難
病原体に強い
美味しい
動きが遅い
遺伝的多様性の把握と情報整備が重要な課題
不味い(移入種)
外来種
交配
捕食
認知度が低い。

コイの遺伝的多様性解析
Mabuchi et al., 2008.
6集団(28ハプロタイプ)
対象領域：D-loop領域(910 bp)
塩基置換速度が速く、種内系統や
遺伝的多様性分析に適している領域

目的
環境DNAを用いた遺伝的多様性解析の確立

方法）環境DNAを用いた遺伝的多様性解析
対象領域：
コイのD-loop領域(530 bp)
PCR時の増幅ミスやシーケンシン
グエラーを排除するため、複数の
反復(計15反復)を解析した。
環境DNA
1 反復
1
2
3
4
2 反復
5
6
7
8
3 反復
9
10
11
12
4反復
13
14
15
16
1st PCR
2nd
PCR
例) 1塩基でも異なれば、別のハプロタイプ

北公園
@神奈川県
渡良瀬遊水地
@群馬県
検出した
ハプロタイプ
7,832 12,549
すべての反復で
検出した
ハプロタイプ
71 50
データベース※
(28+8)
北公園
(71)
渡良瀬遊水地
(50)
結果）環境DNAを用いたコイの遺伝的多様性解析
※淡水魚遺伝的多様性データベース
1
3
8 6
35
59 26

6.98
79.36
1.15
11.44 1.07
Clade A
Clade B
Clade C
Clade D
Clade E
Clade New
Clade A
Clade E
Clade C
Clade B
Clade D
Clade F
Novel clade
新たな集団の発見
渡良瀬
12.28
84.94
2.78
Clade A
Clade B
Clade C
Clade D
Clade E
Clade New
北公園
7集団
(147ハプロタイプ)
%
%

まとめ
1.  コイの遺伝的多様性は、これまで報告されているより
複雑であることを明らかにした。また、新たなクレー
ドと119ハプロタイプを同定した。
環境DNAを用いることで、高感度に遺伝的多様性を解析
できることを明らかにした。今後、多種・多地点の
サンプルを解析することで、さらなる集団や
ハプロタイプが発見されると示唆される。

Slide edna

Recommended

Recommended

More Related Content

Featured

Featured (20)

Slide edna