a dynamic analysis of the current outbreak in West Africa une analyse dynamique de l'épidémie en Afrique de l'Ouest contact me for more details and english comments contactez-moi pour plus d'information

1. Le point sur Ébola au samedi 25
octobre A
Drs Jan-Cédric* et Øivind** Hansen
* Médecin Coordonnateur Hôpital Asselin-Hédelin – Consultant Senior StratAdviser Ltd agence spécialisée en
communication stratégique de crise dans le domaine de la santé ; ** Médecin Anesthésiste-Réanimateur
L’épidémie de fièvre hémorragique virale (FHV) liée au virus Ébola, souche
"Zaïre"1 qui sévit actuellement depuis le 22 mars 2014 s’est déclarée en
Guinée puis s’est presque immédiatement propagée au Liberia et en Sierra
Leone, pays voisins.
Pour l’instant 3 pays de la zone CEDEAO seulement connaissent
une épidémie évolutive : la Guinée, le Libéria et la Sierra-Leone
le Nigeria et le Sénégal ne sont plus concernés depuis
respectivement le 19 et le 17 octobre 2014
Le Mali a déclaré un cas officiel hospitalisé à Kayes le jeudi 22
octobre 2014.
En Guinée 1 540/904 cas/décès soit une létalité de 58,7 %. La
guinée compte 16 % des cas d’Ébola. L’épicentre de l’épidémie est situé en
zone forestière, au sud-est du pays Guekedou (frontalier avec la guinée),
Macenta, Kissidougou et Nzérékoré (frontalier avec la Côte d’Ivoire) où se
trouve la 2ème plus grande ville du pays, mais d’autres districts sont touchés :
trois districts du Haut-Guinée Diabola, Dinguiraye et Kouroussa, Conakry,
capitale du pays, en Guinée maritime et les préfectures de Télimélé et Boffa,
enfin, Fria et Pita au nord-ouest du pays, Siguiri au nord-est (frontalier avec le
1 Dixon MG, Schafer IJ; Centers for Disease Control and Prevention (CDC). Ebola viral
disease outbreak--West Africa, 2014. MMWR Morb Mortal Wkly Rep. 2014 Jun
27;63(25):548-51.
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2. Mali).
Au Libéria 4 665/2 705 cas/décès soit une létalité de 58,0 %. Le
Libéria compte 47 % des cas d’Ébola. La quasi totalité des 15 Comtés du
pays ont signalés des cas : Grand Cape Mount, Bomi, Bong, Lofa (frontalier
avec la Guinée), Margibi, Montserrado (incluant la capitale Monrovia), Nimba,
Grand Bassa et River Cess. Le compté de Grand Gedeh ne semble pas
présenter de cas d'infection.
En Sierra Leone 3 3706/1 259 cas/décès soit une létalité de 34,0
%. La Sierra Leone compte 37 % des cas d’Ébola. Depuis l’arrivée de
l’épidémie par le district de Kailahun, frontalier avec celui de Guekedou en
Guinée via un voyageur ayant séjourné à Guekedou, ce sont tous les districts
qui sont touchés, y compris la capitale Freetown.
Cette épidémie est atypique :
· Par le nombre de cas : 9 933 à ce jour (+1 515 cas par rapport au
dernier point épidémiologique).
· Par la zone géographique touchée (Afrique de l’Ouest vs Afrique
Centrale) et de son étendue (plusieurs districts de plusieurs pays
limitrophes).
· Par la transmission avérée en zone urbaine (vs zone forestières ou
rurales exclusives des épisodes précédents) en suivant apparemment
les axes commerciaux de la zone (terrestres, maritimes et aériens).
Les cas exportés du Nigeria, du Sénégal et du Mali en sont la
démonstration.
· Par l’existence de cas importés (2 cas aux États-Unis) et de cas
rapatriés (2 cas aux États-Unis, 2 cas en Espagne, 1 cas au Royaume
Uni, 1 cas en France)
25/10/2014 2

3. · Par l’existence du premier cas de contamination intra
Européenne d’une Infirmière ayant traité les deux patients
rapatriés en Espagne
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4. Synthèse au samedi 25 octobre A
Au total, au samedi 25 octobre A, 9 933 cas et 4 876 décès ont été
rapportés à l’OOAS pour la CEDEAO. Le temps de doublement actuel est
toujours de l’ordre de 27-28 jours. Même s’il apparaît un infléchissement du
nombre de cas au global le seuil des 12 000 cas devrait être franchit à la fin
du mois d’octobre (Fig 1).
Fig1. Dynamique desnouveauxcas- Trendof newcases
Infographie : Dr Jan-Cedric Hansen
12000
10000
8000
6000
4000
2000
0
24/10/14
22-Mar
29-Mar
5-Apr
12-Apr
19-Apr
26-Apr
3-May
10-May
17-May
24-May
31-May
7-Jun
14-Jun
21-Jun
28-Jun
5-Jul
12-Jul
19-Jul
26-Jul
2-Aug
9-Aug
16-Aug
23-Aug
30-Aug
6-Sep
13-Sep
20-Sep
27-Sep
4-Oct
11-Oct
18-Oct
Cumul cas
cumul deces
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5. La létalité globale observée continue de chuter. Ce comportement, classique
pour certains virus, est contradictoire avec les observations antérieures sur
Ébola qui montraient une tendance à l’amplification de la létalité au fur et à
mesure du repiquage2. Cependant, depuis le debut du mois d’octobre, elle
semble remonter elle est de 49,1% à ce jour dans les 3 pays affectés (Fig 2).
80%
70%
60%
50%
40%
30%
20%
10%
00%
26-Mar
2-Apr
9-Apr
16-Apr
23-Apr
30-Apr
7-May
14-May
21-May
28-May
4-Jun
11-Jun
18-Jun
25-Jun
2-Jul
9-Jul
16-Jul
23-Jul
30-Jul
6-Aug
13-Aug
20-Aug
27-Aug
3-Sep
10-Sep
17-Sep
24-Sep
1-Oct
8-Oct
15-Oct
22-Oct
24/10/14 Infographie : Dr Jan-Cedric Hansen
létalité
Linear (létalité)
Fig2. Evolu onde la létalité – Lethality trend
On notera que cette létalité basse permet paradoxalement une plus grande
diffusion de l’épidémie puisque la moitié des malades ne décédant pas, ils
sont potentiellement contaminant plus longtemps pour un plus grand nombre
de contacts d’une part, ils viennent grossir la part de la population immunisée
d’autre part. On notera aussi que le nombre de cas pauci-symptomatiques est
toujours inconnu à ce jour. Ce paramètre est pourtant essentiel car il
permettrait de savoir si une partie de la population des pays touchés
2 Ansari AA. Clinical features and pathobiology of Ebolavirus infection. J Autoimmun. 2014
Sep 23. pii: S0896-8411(14)00130-9. doi: 10.1016/j.jaut.2014.09.001.
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6. développe à bas bruit une immunisation qui aboutirait in fine à
« l’endémisation » de l’épidémie dans la région. L’OOAS tente de recueillir
des informations et des statistiques fiables sur ce point mais la tâche est
ardue.
Pour autant, il existe de grandes disparités entre les pays en matière de
létalité (Tableau 1).
Tableau 1
Pays notifiant Cas Décès Taux de létalité
Liberia 4665 2705 58,0%
Sierra-Leone 3706 1259 34,0%
Guinée 1540 904 58,7%
CEDEAO 9933 4876 49,1%
La Sierra-Leone se distingue avec une mortalité 2 fois plus faible que le
Liberia ou la Guinée dans un contexte de cinétique exponentielle (Fig 3). Il
devient important de comparer les stratégies de contrôle de l’épidémie de ces
trois pays pour tenter de comprendre pourquoi la Guinée connaît une
dissémination modérée associée à une très forte mortalité, le Liberia une
dissémination explosive avec une mortalité médiane et la Sierra-Leone une
dissémination intermédiaire avec les 2 autres mais une mortalité
remarquablement basse.
Pour mémoire, les autres maladies à potentiel épidémiques sévissant
actuellement en Afrique de l’Ouest (choléra, Méningite, Rougeole, Fièvre
Jaune et Fièvre de Lassa) avaient cumulés 67 307 cas déclarés (dont 29 777
pour le seul choléra) et 1 338 décès (dont 606 pour la seule méningite) au 17
août 2014 dernière mise à jour disponible de ces données. En 7 mois
l’épidémie d’Ébola a donc tué 3 fois plus que les 6 autres en 8 mois. Pour
les 4 pays directement concernés le nombre de décès documentés pour les 6
maladies à potentiel épidémique surveillées est de seulement 767. L’épidémie
d’Ébola a donc quadruplé le nombre de décès d’origine épidémique pour
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7. ces 4 pays.
25/10/2014 7

8. Au niveau de la cinétique on ne constate pas de modification significative
des comportements : l’épidémie Guinéenne a toujours un comportement
(affine) qui contraste avec celle (exponentielle) de deux des pays touchés par
un cas source voyageur en provenance de l’épicentre, le Libéria et la Sierra-
Léone. Les deux courbes suggèrent une contamination interhumaine
autonomisée que rien ne vient contredire à ce jour (Fig 3). L’amorce du
comportement exponentiel de la courbe Guinéenne notée précédemment ne
semble pas, finalement, se confirmer pour l’instant. On peut aussi tenter
d’expliquer cette difference par une capacité de contention de l’épidemie
différente pour la Guinée. À suivre. Pour ce qui concerne le Nigeria et
le Sénégal qui eux aussi ont reçus un cas source en provenance de
l’épicentre, il semble que l’épidemie soit sous contrôle pour l’instant, devant
l’absence de nouveaux cas répertoriés.
Fig3. Ciné que descasEbola - Ebola caseskine c
Infographie : Dr Jan-Cedric Hansen
24/10/14
5000
4500
4000
3500
3000
2500
2000
1500
1000
500
0
22-Mar 22-Apr 22-May 22-Jun 22-Jul 22-Aug 22-Sep 22-Oct
number of cases
cas Guinée
cas Libéria
cas Sierra-Leone
Comme mis en exergue lors des points épidemiologiques précédents, il
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9. conviendrait d’avoir des éléments cliniques prédictifs de l’évolution des cas
d’Ébola. Par exemple, la durée de la période de latence ou la température à
J4 de l’irruption des premiers signes sont-ils prédictifs de l’issue ? Il
conviendrait de repérer de tels facteurs prédictifs, s’ils existent, pour identifier
les morituri et concentrer les efforts de prise en charge sur ceux qui ont une
bonne probabilité de survie. Symétriquement, il conviendrait de repérer les
formes bénignes ou pauci-symptomatiques pour limiter, là aussi, un
investissement disproportionné en moyens ou en soignants, compte tenu d’un
pronostic favorable d’emblé, même si cela allonge la durée de la maladie ou
de la convalescence. Il convient de colliger les données cliniques disponibles
et de les analyser pour identifier les facteurs pronostic pertinents. MSF qui est
le mieux placé pour fournir de telles données a été sollicité à la suite d’un
précédent point épidémiologique mais n’a pas répondu à ce jour.
Pour ce qui est de la dynamique des nouveaux cas. La fiabilité des
données notamment les difficultés operationelles du reporting peuvent
expliquer, à elles seules, les variations du nombres de nouveaux cas
constatées à ce jour. Ce parametre n’est donc pas étudié pour ce present
point épidemiologique.
Pour ce qui est du cumul de cas depuis 1976. On constate l’explosion
que constitue l’episode actuel (Fig 4). Le seuil du quadruplement du nombre
de cas déclarés depuis 1976 est franchi : 2 387 cas cumulés entre 1976 et
2013, 12 302 cas pour 2014 à ce jour
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10. Fig4. Nombre cumulé de caset de décès
Cumula ve number of cases& deaths
Infographie : Dr Jan-Cedric Hansen
14,000
12,000
10,000
8,000
6,000
4,000
2,000
24/10/14
9 548 : seuil de x4
du nombre de cas
cumulés en 2013
6 360 : seuil de x4
du nombre de décès
cumulés en 2013
0
1976 1978 1980 1982 1984 1986 1988 1990 1992 1994 1996 1998 2000 2002 2004 2006 2008 2010 2012 2014
AxisTitle
Cas
Décés
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11. Pour ce qui est de la file active de patients. Il est proposé de calculer
une estimation du nombre de patients actifs afin de pouvoir guider l’allocation
de ressources entre les idfferents pays touchées. Cette estimation porte sur
les cas déclarés cumulés auxquels on retranche les cas décédés et les cas
non décédés de plus de cinquante jours. Cette limite est proposée sur la base
des publications révèlant une excretion asymptomatique et des revues de
litterature abordant ce sujet3,4. Sur la base de cette estimation on constate
qu’il existe à ce jour environ 3 500 cas soit malade soit convalescents
potentiellement excreteurs (Fig 5).
Fig5. es ma on casEbola ac fs– Es ma onof Ac ve Ebola cases
22-Mar
29-Mar
5-Apr
12-Apr
19-Apr
26-Apr
3-May
10-May
17-May
24-May
31-May
7-Jun
14-Jun
21-Jun
28-Jun
Infographie : Dr Jan-Cedric Hansen
4500
4000
3500
3000
2500
2000
1500
1000
500
0
24/10/14
5-Jul
12-Jul
19-Jul
26-Jul
2-Aug
9-Aug
16-Aug
23-Aug
30-Aug
6-Sep
13-Sep
20-Sep
27-Sep
4-Oct
11-Oct
18-Oct
3 Rodriguez LL, De Roo A, Guimard Y, Trappier SG, Sanchez A, Bressler D, Williams AJ,
Rowe AK, Bertolli J, Khan AS, Ksiazek TG, Peters CJ, Nichol ST. Persistence and genetic
stability of Ebola virus during the outbreak in Kikwit, Democratic Republic of the Congo, 1995.
J Infect Dis. 1999 Feb;179 Suppl 1:S170-6.
4 Kuhn JH. Filoviruses. A compendium of 40 years of epidemiological, clinical, and laboratory
studies. Arch Virol Suppl. 2008;20:13-360.
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12. 25/10/2014 12

13. La repartition des cas par pays peremt d’avoir une estimation plus precise des
moyens necessaires en lits, personnels et consommables pour chaque pays
(Fig 6). On constate près de 450 cas actifs en Guinée, environ 1 500 au
Libéria et pas loin de 1 800 pour la Sierra-Leone.
Fig6. casEbola ac fspar pays– split of Ac ve Ebola casesper country
4500
4000
3500
3000
2500
2000
1500
1000
500
0
11-May
18-May
25-May
1-Jun
8-Jun
15-Jun
22-Jun
29-Jun
6-Jul
13-Jul
20-Jul
27-Jul
3-Aug
10-Aug
17-Aug
24-Aug
31-Aug
7-Sep
14-Sep
21-Sep
28-Sep
5-Oct
12-Oct
19-Oct
24/10/14 Infographie : Dr Jan-Cedric Hansen
Cas ac fs Sierra-Leone
Cas ac fs Libéria
cas ac fs Guinée
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14. Au niveau du rapprochement entre les corridors de communication, les voies
maritimes et aériennes avec les zones des districts touchés on constate
toujours une corrélation assez forte (figure 7). L’observation de la carte laisse
entrevoir des cas non déclarés en Guinée-Bissau et en Côte d’Ivoire. Ils sont
à ce stade probablement classés en cas de Paludisme ou d’autres fièvres
tropicales si ce sont des formmes cliniques pauci-symptomatiques non
mortelles.
On note l’apparition du cas au Mali qui semble respecter la logique des
corridors.
Fig7. PrincipauxCorridorset CentresUrbains–MainCorridors& UrbanArea
Infographie : Dr Jan-Cedric Hansen
3 0 0 k m
2 0 0 m i
© D a n i e l D a l e t
Libéria
Guinée
Côte d’Ivoire
Nigéria
Togo
Mali
Mauritanie
Sénégal
Gambie
Guinée-
Bissau
Burkina Faso
Bénin
Niger
Ghana
Sierra-
Leone
24/10/14
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15. Cas particulier des soignants
Le nombre de soignants contaminés interpelle conjointement l’OOAS, la
SFMC et StratAdviser Ltd (tableau 2). La contamination des soignants peut
etre le fait d’ne contamination sur le lieux d’exercice au contact des patients
ou en dehors du travail.
Pays notifiant Cas Décès
Taux de
létalité
Liberia 187 94 50,3%
Guinée 69 35 50,7%
Senegal 0 0 -
Nigeria - - -
Sierra-Leone - - -
CEDEAO 256 129 50,4%
En ce qui concerne la contamination sur le lieu de travail elle peut survenir
pendant le soin, à la fin du soin et en dehors du soin.
En ce qui concerne l’analyse des images montrant des soignants en train de
s’equiper et de se deséquiper, et des echanges avec des soignants en
mission ou en retour de mission nous avons remarqué :
· que l’usage de masques chirurgicaux semble très répendu ce qui ne
procure pas une protection suffisante
· que le temps de séjour en zone contaminée est trop long car de l’ordre
de 40 minutes ce qui majore la probabilité d’une contamination
· que les procédures de deséquipement telles qu’on les voit comportent
de nombreuses erreurs au regard des standards et recommendations
de la SFMC en la matière
· que les zones contaminées sont contigues aux zones de repos et de
travail
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16. Il conviendrait de recommander :
· l’usage systematique de masques FFP2 pour pénetrer en zone
contaminée
· un temps d’exposition de 20 minutes maximum renouvelable toutes les
heures pour les soignants
· établir une zone d’exclusion plus large separant la zone contaminée de
la zone de vie
· repenser le sas de decontamination et la procédure de deséquipement
en reprenant les bonnes pratiques de la SFMC en matière NRBC
Les discussions au sein du groupe francophone
https://www.linkedin.com/groups/Groupe-Expert-Ebola-SFMC-8156465/about
et au sein du groupe anglophone https://www.linkedin.com/groups/Ebola-outbreak-
management-Group-8150382/about regroupants près de 200
spécialistes en medecine de catastrophe, en prevention de pandémie, en
conception de vaccin, en réponse sanitaire opérationnelle, … issus de
gouvernements, d’agences ou de services publics, d’entreprises spécialisées
publiques ou privées européens, africains de l’ouest et Nord-Americains,
portent essentiellement sur :
1. le risque de contamination aéroportée – à ce jour non formellement
documenté – mais théoriquement possible, ne serait-ce que par les
goutelettes de Pflügge, et pouvant rendre compte du nombre de cas
important parmis les soignants : il a été décidé de recommander le port
de masque FFP2 pour les soignants sur place et de limiter le temps de
prise en charge à 20 min d’affilée pour chaque patient afin de limiter
les risques. Les masques chirurgicaux que l’on voit dans les
reportages sont notoirement insuffisants pour protéger des goutelettes
de Pflügge émisent par les patients. Or l’exposition répétée à un risque
25/10/2014 16

17. faible conduit asymptotiquement à une probabilité de 1. En l’etat c’est
l’explication la plus plausible du nombre anormalement élevé de
soignants contaminés. Pour la prise en charge des cas importés en
Europe et tant qu’ils restent sporadiques, c’est le port de combinaison
filtrantes qui est recommandé.
2. la cinétique inhomogène des 5 pays concernés avec une cinétique
affine pour la Guinée et le Nigeria et une cinétique exponentielle pour
la Sierra-Leone et le Libéria peut s’expliquer par des problèmes de
retard de diagnostic et de receuil des cas et ne pas reflèter fidèlement
la propagation des cas. Cependant une explication épidémiologique
plus satisfaisante serait la bienvenue.
3. la sous déclaration multifactorielle des cas (diagnostics differentiels
nombreux, frein economique et social de l’accès au soin, non respect
des rites sociaux et funéraires “sacrés” pour les individus déclarés
contaminés et donc “beneficie/risque” peu ou pas ecceptable pour
l’interessé et son entourage, …). Une estimation de la part immergée
de l’iceberg fait curellement défaut.
4. l’illusion des mesures de confinement qui sont contournées par les
impératifs socioéconomiques locaux et par la pratique
“institutionalisée” du contournment des régles contre rétribution.
L’exemple du Sénégal en est la parfaite démonstration.
5. le risque de cas importés en Europe via l’immigration clandestine et les
passeurs des autres traffics illicites qui, par nature, contournent tous
les systèmes de contrôle. Ce point semble toujours sous-estimé par les
autorités des pays concernés, probablement parce qu’il est
politiquement difficile à aborder en raison de la stigmatisation possible
d’une population déjà largement précarisée et fragile.
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