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Estructura y función de las proteínas
Configuración: arreglo espacial de los átomos en una proteína. ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object]
Cada enlace peptídico (C-N) tiene carácter de doble enlace debido a la resonancia y  no puede rotar. N-C y C-C pueden rotar en ángulos designados ɸ (phi) y  ψ  (psi), respectivamente.
Al graficar los angulos  ɸ y  ψ  se obtiene una gráfica de  Ramachandran . Residuos de L-Ala.  Las partes azules representan rotaciones posibles
right-handed  helix Estructura secundaria:  α  Hélice.
Cinco fenómenos pueden afectar la  estabilidad de la hélice : 1) Repulsión electrostática entre grupos R de aa cercanos, (2) Amontonamiento de grupos R adyacentes, (3) Interacciones entre grupos R lejanos, (4) La presencia de residuos de Pro y Gly, y (5) Interacción de residuos de aa a los extremos de la hélice y el dipolo que forma.
Hojas  β  paralelas  (misma dirección)  y antiparalelas  (direcciones contrarias) Estructura secundaria:  β .
Estructura secundaria: Giros y vueltas. Giros  β
Ramachandran de varias estructuras.
Probabilidad relativa de que un aa dado aparezca en la estructura terciaria.
En resumen: La estructura secundaria es el arreglo regular de residuos de aa en un segmento de un polipeptido, en el cual cada residuo esta espacialmente relacionado a sus segmentos vecinos. Las estructuras secundarias más comunes son la alfa hélice, la conformación  β  y los giros  β .
Estudio de las Proteínas
Cromatografía
Cromatografía de intercambio Iónico
Cromatografía de exclusión de tamaño.
Cromatografía de Afinidad
HPLC
Electroforesis
SDS- PAGE Electroforesis en geles de poliacrilamida
 
Determinar peso molecular
Electroforesis en 2D.
Electroforesis en 2D.
Proteína Total  Punto Isoeléctrioco Gradiente de pH Peso Molecular
Punto Isoelectrico Peso molecular Gel 2D
 
 
Actividad y actividad específica . Actividad:  se refiere a las unidades totales de enzima en una solución Actividad especifica:  el numero de unidades de enzima por miligramo de proteína. Canicas rojas representan enzimas
En resumen Las proteínas se separan y se purifica gracias a las diferencias en sus propiedades. Una amplia gama de técnicas cromatográficas hace uso de diferencias de tamaño, afinidades de unión, carga, y otras propiedades. Estos incluyen intercambio iónico, exclusión por tamaño, la afinidad, y cromatografía de líquidos de alto rendimiento. Electroforesis separa las proteínas sobre la base de la masa o carga.  Electroforesis en gel de SDS e isoelectroenfoque se pueden utilizar por separado o en combinación para una mayor resolución. Purificación puede ser monitoreada analizando actividad específica
Secuenciación de polipeptidos
Ruptura de puentes disulfuro
 
Romper,  secuenciar y ordenar
Síntesis química de un péptido en un soporte insoluble .
 
Dada su estructura terciaria y cuaternaria, las proteínas se clasifican en: Proteínas Fibrilares y Proteínas Globulares
Estructura del Pelo El pelo es un arreglo de muchas filamentos de queratina.
Colageno
Estructura de fibras de colágeno
Estructura de la seda.
Las proteínas globulares son compactas y variadas.
Estructura secundaria de mioglobina de ballena.
Grupo Hemo .
Estructura tridimensional de proteínas globulares.
 
Structural domains in the polypeptide troponin C.
Arreglos de estructura secundaria que conforman la terciaria. SUPERSECUNDARIA
 
 
 
Formación de dominios grandes a partir de dominios pequeños.
Organización de proteínas basado en dominios Todo con alfa hélices
Todo con Betas
Alfa / Betas
Alfa + Beta
Estructura cuaternaria Deoxihemoglobina
Simetría cíclica en proteínas
Viral capsids. (a) Poliovirus Capside viral, poliovirus Virus del mosaico del tabaco
En resumen: La estructura terciaria es la estructura tridimensional completa de un polipéptido. Dos clases de proteínas según su estructura terciaria: Fibrosas y globulares. Proteínas fibrosas, son principalmente estructurales, tienen elementos simples repetidos. Proteína globular, Estructura terciaria complicada. Compactas. Su estructura se puede estudiar analizando subestructuras estables (supersecundarias). Las regiones de un polipéptido que se pueden plegar establemente e independientemente son llamados dominios. La estructura cuaternaria resulta de las interacciones entre subunidades de proteínas multiméricas. Las subunidades se relacionan por simetría rotacional o helical.
Desnaturalización de proteínas.
Renaturalización de proteínas
Vía de plegamiento
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GroEL/GroES
Tarea: Bioquímica interactiva Proteínas

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