Metabolomics: an interpreting tool to understand kidney graft recipients grou...
Workshop di Chemiometria 2011 - Abano Laziale
1. Chemiomet-R-ia
Dott. Marco Calderisi, PhD
m.calderisi@chemiometria.it
Workshop del Gruppo di Chemiometria
Albano Laziale 26-28 Maggio 2011
2. Cosa è R
R è contemporaneamente sia un linguaggio che un soft ware per
l’analisi statistica
R è un ambiente costituito da un insieme di funzioni, librerie,
oggetti, che possono essere utilizzati per:
la gestione di basi di dati
l’analisi statistica dei dati
la produzione di grafici
R è open-source, cross-platform e gratuito
3. R - storia
R può essere considerato come una implementazione di S (ambiente/
linguaggio per l’analisi dei dati), che è una linguaggio sviluppato presso i
BELL Laboratories della AT&T nel 1976
All’inizio degli anni ‘90 R. Gentleman e R. Ihaka (University of
Auckland, NZ) iniziano lo sviluppo di R
Nel 1997 è nato l'R Development Core Team, gruppo formato da
statistici di tutto il mondo che si occupano dello sviluppo e della
distribuzione del programma
Il codice sorgente di R è disponibile come "Free Soft ware" il cui utilizzo
è regolato dalla GNU General Public License della Free Soft ware
Foundation
4. R - descrizione
Vi è un nucleo centrale che contiene l’interprete di R e alcune
funzionalità di base
Tutte le altre funzionalità sono rese disponibili attraverso
pacchetti
Alcuni pacchetti (circa 25) sono presenti nella distribuzione base:
base, utils, stats, datasets, graphics, grDevices, methods, boot,
cluster, codetools, foreign, KernSmooth, lattice, mgcv, nlme, rpart,
sur vival, MASS
Vi sono poi circa 2000 pacchetti, resi disponibili da utilizzatori di
R (i Contributed Packages), che riguardano "tutto il resto"
7. R - files
I dati sono contenuti in un file *.RData, che è equivalente al
*.mat di Matlab
Le funzioni, gli script e tutto il resto sono contenuti in un file
*.R, che è equivalente al file *.m di Matlab
Le figure non sono salvate in un formato proprietario. E’ infatti
possibile sceglierne il formato in cui salvarle (jpeg, tiff, pdf, ps...)
8. R - links
Home page
The R Project for statistical computing:
http://www.r-project.org/
Download
The Comprehensive R Archive Net work (CRAN):
http://cran.r-project.org/
CRAN Task Views
http://cran.r-project.org/web/views/
9. R - libri
I due principali testi a cui fare riferimento sono:
Chemometrics with R - Multivariate Data Analysis in the
Natural Sciences and Life Sciences di Ron Wehrens (Springer).
Package: ChemometricsWithR
Introduction to Multivariate Statistical Analysis in
Chemometrics di Kurt Varmuza e Peter Filzmoser (CRC Press).
Package: chemometrics
10. R - blog
R-bloggers, is a blog aggregator of content collected from
bloggers who write about R (in English): http:/ /www.r-
bloggers.com/
Due blog in italiano:
Rante (comunità di utenti) http://rante.org/
Chemiomet[R]ia - il blog di chemiometria.it:
www.chemiometria.wordpress.com
15. R - db & server
R dialoga direttamente con database, lanciando query
(RmySQL) e creando dataframe su cui lavorare
R può risiedere su di un server ed essere gestito in remoto
(Rack e rApache)
