Suivi Transparence Amphibiens - 2016 - CEN Aquitaine

Suivi de la réduction pour les amphibiens sur la LGV SEA – Transparence amphibiens / LISEA
Conservatoire d’espaces naturels d’Aquitaine - 1

BERTOLINI A. & TARTARY P., 2016. Suivi 2016 de l'efficacité des ouvrages de transparence
écologiques pour les Amphibiens – Suivi des mesures de réduction d’impacts. CEN Aquitaine. LISEA.
25 pages + annexes
.

1
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3
Maitre d’Ouvrage
COSEA / LISEA
Rédaction
Structure : Conservatoire d’espaces naturels d’Aquitaine
Antenne : Gironde
Présidente : Catherine MESAGER
Directeur : -
Chargée de secteur Gironde : Adeline DESTOMBES
Personnel Poste Action Date
BERTOLINI A. Chargée de mission - Ecologue Rédaction initiale – V1 10/05/2016
TARTARY P. Chargée de mission - Ecologue Relecture – V1 11/05/2016
DESTOMBES A. Chargée de secteur Antenne 33 Validation – V1 20/07/2016
BERTOLINI A. Chargée de mission - Ecologue Correction – V2 27/10/2016
TARTARY P. Chargée de mission - Ecologue Relecture – V2 28/10/2016
DESTOMBES A. Chargée de secteur Antenne 33 Validation – V2 08/11/2016
Crédits photographiques
Page de garde :
1 : PPF 2952, Crapaud commun (Bufo bufo), © Pascal TARTARY
2 : PPF 2957, © Pascal TARTARY
3 : PPF 2951, Crapaud calamite (Bufo calamita), © Amélie BERTOLINI
Versions
Version Actions Date Destinataire
V1 Rédaction initiale 20/07/2016 -
V1 Envoi LISEA 20/07/2016 Thierry CHARLEMAGNE (LISEA)
Delphine QUINTARD (LISEA)
V2 Rédaction initiale 27/10/2016 -
V2 Envoi LISEA 09/11/2016 Thierry CHARLEMAGNE (LISEA)
Delphine QUINTARD (LISEA)
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Table des matières
I. Protocole ......................................................................................................................................... 9
I.1. Généralité................................................................................................................................ 9
I.2. Matériel................................................................................................................................. 12
I.3. Suivi par capture.................................................................................................................... 12
I.4. Suivi individuel des Urodèles................................................................................................. 13
II. Résultats........................................................................................................................................ 14
II.1. Identification et localisation des passages à petite faune suivis........................................... 14
II.2. Conditions météorologiques................................................................................................. 16
II.3. Suivi de la transparence amphibien ...................................................................................... 16
II.4. Autres résultats ..................................................................................................................... 19
II.5. Limite du protocole ............................................................................................................... 21
III. Discussion et conclusion............................................................................................................ 24
Table des figures
Figure 1 : Exemple de schématisation de la fragmentation de l'aire de gagnage pour une infrastructure
linéaire..................................................................................................................................................... 9
Figure 2 : cartographie de la localisation des passages à petite faune suivis....................................... 11
Figure 3 : Schéma du dispositif de piégeage......................................................................................... 12
Figure 4 : photographie de l'installation de suivi (PPF 2956)................................................................ 12
Figure 5 : Photographie du viaduc......................................................................................................... 14
Figure 6 : Cartographie et photographies des ouvrages du site d'étude.............................................. 15
Figure 7 : Graphique des conditions météorologiques lors du suivi..................................................... 16
Figure 8 : Photographie du Crapaud commun (© P. Tartary)............................................................... 16
Figure 9 : Photographie du Crapaud calamite (© A. Bertolini) ............................................................. 16
Figure 10 : Graphique du nombre de données par jour........................................................................ 17
Figure 11 : Graphique ombrothermique moyen sur 10 jours glissant en lien avec le nombre de capture
............................................................................................................................................................... 17
Figure 12 : Graphique du nombre d'individu par PPF........................................................................... 18
Figure 13 : Nombre d'individus capturé en fonction de la position des seaux..................................... 18
Figure 14 : Photographie des milieux à l'est des PPF 2956 et 2957...................................................... 19
Figure 15 : Cartographie du nombre d'individu relevé par passage à petite faune.............................. 20
Figure 16 : Température et pluviométrie moyenne par période de 10 jours....................................... 21
Figure 18 : Photographie du grillage petite faune et du barbelé entre PPF54 à PPF51........................ 22
Figure 17 : photographie des portiques d'accès à la voirie................................................................... 22
Figure 19 : Photographie de la bâche imperméable dans le marais installé lors des travaux de la ligne
............................................................................................................................................................... 22

Tables des tableaux
Tableau 1 : Secteurs de suivi pré-identifiés............................................................................................. 9
Tableau 2 : Nombre de capture en fonction de l'environnement des PPF........................................... 18
Tableau 3 : Nombre d'individus des espèces autres que les Amphibiens observées dans les pièges.. 19

Introduction
Les activités humaines modifient les milieux naturels. Les paysages sont de véritables mosaïques où
les habitats centraux sont interrompus et fragmentés. Les habitats des espèces sont alors réduits et
isolés. En effet, la viabilité des populations dépend des corridors qui permettent l’échange des
individus. Cette situation d’isolement est l’une des principales causes de l’érosion génétique, par
consanguinité et par dérive génétique, quand l’effectif d’une population devient trop réduit.
L’implantation d’un grand équipement linéaire, telle qu’une ligne à haute vitesse, et les opérations qui
l’accompagnent, peuvent détruire, sur de vastes secteurs, l’équilibre précaire qui s’était établi entre
des populations animales et leurs habitats naturels déjà plus ou moins perturbés. Lors de tels travaux,
il est nécessaire de restaurer les fonctionnalités détruites ou perturbées par de telles installations et
essayer ainsi de compenser la pression exercée sur les populations.
La LGV SEA comptera 340 km de lignes nouvelles entre Tours et Bordeaux. Ce projet a nécessairement
un impact sur la faune, la flore ou l’écoulement des eaux. Après avoir entrepris toutes les évolutions
de tracé pour éviter les impacts majeurs, le projet se doit d’atténuer les impacts négatifs du tracé. Les
impacts résiduels feront l’objet de mesures de réduction d’impacts. A ce titre, COSEA/LISEA a entrepris
le long du tracé, l’installation de passages petite faune sur l’axe LGV qui intersecte de nombreux
habitats fréquentés par les amphibiens.
En Gironde, un secteur comprenant 6 ouvrages a été expertisé en 2016, conformément au protocole
de suivi rédigé collégialement par l’ensemble des associations de protection de la nature travaillant à
la mise en œuvre des suivis écologiques sur la LGV SEA (Annexe 1).
Le présent document fait le bilan du premier suivi 2016 et a pour vocation d’analyser l’intérêt des
passages petite faune et de ce type de suivi.
Contexte et objectifs
Ce suivi s'inscrit dans le cadre de l'article 14-3 et 23 des arrêtés inter-préfectoraux des 24 février et 21
décembre 2012 (Annexe 2) :
 Art 14-3 : "Un suivi devra être appliqué par le pétitionnaire pour démontrer la fonctionnalité
des ouvrages installés [...]".
 Art 23 : "[...] Un suivi de la fonctionnalité des ouvrages de transparence écologique devra être
réalisé. Celui-ci devra être réalisé tous les ans en phase de construction et pendant les 3
premières années suivant la mise en service de la ligne. Il sera ensuite réalisé tous les 5 ans
[...]."
L’objectif du suivi est d'évaluer l'utilisation des ouvrages et l'existence potentielle d'axes de migration
pour les amphibiens en visant les objectifs suivants :
► Mesurer les flux de migration prénuptiaux au niveau de sites à forts enjeux pour ces espèces ;
► Evaluer le succès de franchissement des ouvrages en fonction des espèces ou groupes
d'espèces ;
► Caractériser finement les fréquences de franchissement pour les Urodèles via un suivi
individuel.

Il est connu que les infrastructures linéaires (autoroute, route ou ligne de train) constituent des
éléments de fragmentation des habitats fréquentés par les amphibiens. Cette fragmentation est l’une
des principales causes de disparition pour ce groupe taxonomique. Or, la LGV SEA intersecte de
nombreux habitats de cette nature. Des ouvrages ont ainsi été définis et répondent aux hypothèses
de départ suivantes :
► Les passages petite faune prévus tout au long de la ligne permettront la traversée des individus
de part et d'autre de la ligne ;
► Les ouvrages permettront de préserver des axes de migration (potentiels) transversaux à la
ligne.
Les espèces, en Gironde, visées par ces mesures de réductions sont :
Alyte accoucheur Alytes obstetricans
© P-Y. Gourvil
Crapaud calamite Bufo calamita
© P-Y. Gourvil
Crapaud commun Bufo bufo
© D. Soulet

Grenouille agile Rana dalmatina
© D. Soulet
Grenouilles vertes : Grenouille de Graf,
Grenouille de Lessona, Grenouille de
Perez, Grenouille rieuse, Grenouille
verte
Pelophylax sp.
Pélodyte ponctué Pelodytes punctatus
Rainette méridionale Hyla meridionalis
© P. Tartary
Salamandre tachetée Salamandra salamandra
Triton marbré Triturus marmoratus
© P. Tartary
Triton palmé Lissotriton helveticus
© G. Bailleux

I. Protocole
I.1. Généralité
1) Les amphibiens
Les amphibiens ont un cycle de vie incluant la présence d’habitats terrestres et aquatiques. Ils sont
dépendants de l’agencement du paysage pour effectuer l’ensemble de leur cycle de développement.
L’enjeu est de permettre aux amphibiens de circuler entre leur aire de reproduction (mare, marais…)
et leur aire de gagnage où ils vont effectuer le reste de leur cycle (alimentation, hivernage…). C’est
pourquoi, la matrice paysagère doit être favorable à leur déplacement. Les amphibiens utilisent des
corridors de déplacements préférentiels formés par exemple par les haies, les fossés, l’interface entre
une forêt et une prairie, et plus généralement entre un milieu ouvert et un milieu fermé....
Lors de la fragmentation du paysage par un ouvrage, il est nécessaire de permettre aux amphibiens
de continuer à utiliser l’ensemble de leur aire de gagnage et de reproduction
2) Protocole
Le protocole est mis en œuvre au niveau de 6 sites ou secteurs à fort enjeu amphibiens à l'échelle de
la ligne, soit un par département (Tableau 1). Ce suivi sera mis en place tous les ans en phase de
construction et pendant les 3 premières années suivant la mise en service de la ligne. Il sera ensuite
réalisé tous les 5 ans. Des autorisations de capture avec relâcher immédiat ont été obtenues auprès
de la DREAL Aquitaine (Annexe 3) pour les 2 chargés de mission du suivi de Gironde sur la période du
protocole.
Tableau 1 : Secteurs de suivi pré-identifiés
Département Nom du site Nombre de
passage petite
faune (PPF)
Indre-et-Loire (37) Secteur de Fosse Sèche à Veginé et secteur de Grand Bois à
Sainte Catherine de Fierbois
6
Vienne (86) Raccordement de Fontaine-le-Comte 5
Deux-Sèvres (79) Plibou (secteur du schéma de reconnexion) 5
Charente (16) Cressac (secteur à Sonneur) 6
Charente et Charente-Maritime (16-17) Saint-Vallier 5
Gironde (33) Laruscade (Caboche) 3 PPF + 2 OHD
Figure 1 : Exemple de schématisation de la fragmentation de l'aire de gagnage pour une infrastructure linéaire

L'étude d'impact de la LGV n’a révélé que 2 secteurs à enjeu important pour les amphibiens en
Gironde :
 le secteur de Caboche sur la commune de Laruscade. Malgré des habitats très favorables avec
à la fois un réseau de mares important d’un côté de la ligne et une zone de gagnage en forêt
de l’autre côté, ce secteur ne réunissait pas l’ensemble des conditions nécessaires à
l’installation du matériel de suivi.
 le marais de la Virvée sur la commune de Cubzac-les-Ponts, qui présentait la difficulté d’être
un site de reproduction, dont l’aire de gagnage n’est pas connue.
Un changement a donc été opéré dans le secteur pré-identifié en Gironde. Finalement, le marais de la
Virvée a été préféré au secteur de Caboche, avec 6 passages petite faune sur une portion de moins de
1 km et dans des contextes relativement différents.
3) Le site d’étude
Le marais historique de la Virvée se situe en région Aquitaine, au nord du département de la Gironde
à une quinzaine de kilomètres de Bordeaux. D’une surface de 849 hectares, il se situe à l’extrême sud-
est de la petite région agricole du Blayais, à la confluence des plaines alluvionnaires du bassin versant
du ruisseau de la Virvée et de la Dordogne.
Le site d’étude se situe au cœur du marais historique de la Virvée. Il forme la partie relictuelle du marais
coupé à l’ouest par l’autoroute A10.
Ce secteur s’inscrit dans un ensemble agricole dominé par la céréaliculture intensive. Le site d’étude
est composé d’un marais ouvert dominé par les prairies humides, les mégarphorbiaies, les végétations
de ceinture des bords des eaux et ponctué de mares, et d’un marais fermé caractérisé par la présence
en tâche de forêts de saules, de chênes et d’ormes.

Figure 2 : cartographie de la localisation des passages à petite faune suivis

I.2. Matériel
Pour réaliser ce suivi, il a été nécessaire de mettre en place un dispositif de piégeage (Figure 3) à
l’extrémité des passages petite faune. Ce dispositif est constitué :
 de 3 seaux de capture : 2 pour capturer les animaux souhaitant prendre le passage petit
faune et 1 pour capturer les animaux à la sortie de l’ouvrage ;
 de filets petite faune pour rendre hermétique le dispositif et conduire les animaux vers les
seaux de capture ;
 de piquets, de fil de fer et d’agrafes pour maintenir le dispositif en place.
Figure 3 : Schéma du dispositif de piégeage
I.3. Suivi par capture
A chaque ouvrage suivi, la capture se fait par seaux enterrés
en sortie d’ouvrage. Trois seaux par ouvrage sont positionnés
avec une bâche verticale pour rendre l’ouvrage hermétique
et inciter les amphibiens à se diriger vers les seaux (Figure 3
et Figure 4). La mise en place des installations de suivi a été
effectuée le 26 janvier 2016 par le CEN Aquitaine avec l’appui
d’Alain Bigot de l’APAVE.
Sur les trois seaux, deux permettent le relevé des amphibiens
qui veulent traverser l’ouvrage. L’autre seau permet de
relever les amphibiens venant de traverser l’ouvrage. Les
seaux ont été préalablement percés pour permettre à l’eau
d’être évacuée.
Les seaux ont été relevés quotidiennement dans la matinée pendant la saison de migration
printanière sur 45 jours consécutifs de mi-février à fin mars. Les amphibiens tombés dans les seaux
sont identifiés, sexés dans la mesure du possible, et dénombrés, puis déplacés de l’autre côté de la
bâche pour leur permettre de poursuivre leur « migration ». Le suivi a commencé le 16 février 2016
et s’est fini le 1er
avril 2016. Le dernier jour les seaux ont été refermés, puis enlevés.
Passage petite faune
Sens de migration Sens de migration
Seau de capture
Grillage petite
faune
Bâche
Figure 4 : photographie de l'installation de suivi (PPF
2956)

I.4. Suivi individuel des Urodèles
A chaque relevé lorsque des Tritons crêtés Triturus cristatus ou des Salamandres tachetées
Salamandra salamandra sont capturés, ils sont photographiés (face ventrale pour le Triton et face
dorsale pour la Salamandre). Cela permettra la réalisation d’un catalogue référentiel des individus
répertoriés sur les sites de captures et dans le sens de franchissement de l’ouvrage. L’objectif est de
pouvoir retrouver dans ce référentiel, à chaque saison de capture, les individus déjà contactés. Ce
protocole, basé sur le principe de la capture-marquage-recapture, permettra à chaque saison
d’estimer la population qui utilise les passages sous voirie.
Ces données collectées permettront aussi d’estimer plus finement les temps d’analyses et
d’interprétation des résultats pour les années suivantes.

II. Résultats
II.1. Identification et localisation des passages à petite faune suivis
En 2016, 6 passages à petite faune (PPF) ont été identifiés sur le marais de la Virvée pour être intégrés
au suivi.
Les PPF 2951 à 2954 ont été installés dans des conditions de marais relictuel, qui supporte une
végétation de zones humides de part et d’autre de la ligne (Figure 6 et Annexe 3). Quant aux PPF 2956
et 2957, ils se situent dans un contexte beaucoup moins favorable pour les amphibiens, en tout cas sur
la partie est (Figure 6 et Annexe 3). De ce côté, les PPF donnent directement sur un chemin
d’exploitation puis sur de grandes cultures, drainées par des fossés. Le côté ouest de la ligne reste
encore marqué par une végétation naturelle avec un degré d’humidité moins marqué, que les PPF plus
au nord (Figure 6). Au-delà du côté ouest l’autoroute A10 marque une autre séparation avec le reste
du marais.
Au nord du PFF 2951 et au sud du 2954 se situe 2 ouvrages (Figure 6). Au nord du PFF 2951 se situe un
viaduc de 150 mètres de long (Figure 5), tandis qu’au sud du PPF 2954 il y a un pont rail au-dessus du
ruisseau du l’Estey verdun.
Figure 5 : Photographie du viaduc

Figure 6 : Cartographie et photographies des ouvrages du site d'étude

II.2. Conditions météorologiques
Sur la période du suivi du 16 février au 1er
avril 2016, la moyenne journalière des températures était
de 9°C (Tmin=-3.9°C ; Tmax=23.4°C). Il a plu en moyenne 3 mm par jour (Pmin= 0 mm ; Pmax= 24.8 mm).
II.3. Suivi de la transparence amphibien
Le suivi a permis de contacter 2 espèces et 8 individus. Les deux espèces rencontrées sont le Crapaud
commun (Bufo bufo - Figure 8) et le Crapaud calamite (Bufo calamita - Figure 9).
Figure 7 : Graphique des conditions météorologiques lors du suivi
Figure 8 : Photographie du Crapaud commun (© P. Tartary) Figure 9 : Photographie du Crapaud calamite (© A. Bertolini)

Le 23 février 2016, le premier contact a été fait avec un Crapaud calamite (Figure 10). Le lendemain un
Crapaud commun et un Crapaud calamite ont été piégés. Du 25 février au 8 mars aucune observation
n’a été faite. Lors des passages du 9, 16, 30 et le 31 mars un Crapaud calamite a été contacté à chaque
passage. L’effort de capture sur la période du suivi est de 0.17 capture/nuit.
L’analyse du nombre de capture en fonction des conditions météorologiques (Figure 11) sur les 10
jours précédents la capture, montre que les premières captures ont eu lieu lorsque la température
remontait (Tmoy= 7.4°C), tandis que la pluviométrie était plutôt faible (Pmoy = 4.9 mm). Alors que les
dernières captures de la dernière moitié de mars ont eu lieu quand la pluviométrie était au plus faible
(Pmoy=2.3 mm) et les températures augmentaient (Tmoy mi-mars = 9.4 °C ; Tmoy fin mars = 11.9 °C).
Sur la période de suivi, le faible nombre de données de présence-absence des Amphibiens ne semble
pas corréler à la température ni à la pluviométrie. Les conditions météorologiques ne semblent a priori
pas influencer l’analyse de la transparence de l’ouvrage.
0
1
2
3
Nombred'individusrelevés
Date
Figure 10 : Graphique du nombre de données par jour
Figure 11 : Graphique ombrothermique moyen sur 10 jours glissant en lien avec le nombre de capture
0
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0
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6
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mars
Pluviométrie(mm)
Température(°C)
nombres d'individus Moyenne pluviométrie moyenne température

Un maximum d’individus a été capturé (Nind=3) sur le passage à petite faune le plus au nord (PPF 2951).
Ce sont ensuite les passages 2952 et 2953 où 2 individus ont été capturés. Sur le passage 2956, un seul
individu a été observé. Enfin, sur les ouvrages PPF 2957 et 2954, aucun individu n’a été recensé.
L’effort moyen de capture 2016 par piège et par nuit est donc de 0.03 individu/piège/nuit. L’effort
maximum est observé sur le PFF 2951 avec un effort de capture de 0.065 individu/piège/nuit.
Concernant le sens de migration (Figure 13), tous les individus contactés (Nind=8) ont été observés dans
les seaux extérieurs à l’ouvrage. Les Amphibiens ont donc été contactés lorsqu’ils ont cherché à
traverser l’ouvrage d’est en ouest.
En observant la localisation des individus capturés en fonction des habitats naturels entourant les lieux
de piégeage (Figure 15), les captures ont eu lieu principalement sur les 3 passages à petite faune au
nord de la zone d’étude. Les milieux naturels liés à ces 3 passages sont des roselières de part et d’autre
de l’ouvrage (Tableau 2 , Annexe 3). Tandis que les autres passages, où il y a eu moins de capture, sont
entourés notamment par la grande culture à l’ouest de l’ouvrage (Figure 14). On note tout de même
la capture d’un Crapaud calamite sur le PPF 2956.
Tableau 2 : Nombre de capture en fonction de l'environnement des PPF
Identifiant habitat à l’ouest Habitat à l’est Nombre d’individus
capturés par PPF
PPF2951 Roselière Roselière 3
PPF2954 Roselière Boisement humide 0
PPF2956 Prairie humide eutrophe Grande culture 1
PPF2957 Prairie humide eutrophe Grande culture 0
Figure 12 : Graphique du nombre d'individu par PPF
0
2
4
6
Extérieur Nord Extérieur Sud Intérieur ouvrage
Nombre d'individus capturés en fonction de la position des seaux
Figure 13 : Nombre d'individus capturé en fonction de la position des seaux
0
1
2
3
4
PPF 2951 PPF 2952 PPF 2953 PPF 2954 PPF 2956 PPF 2957
Nombred'individus
relevés
Nom du PPF
Crapaud commun
Crapaud calamite

Très peu de captures ont été effectuées sur le linéaire de suivi pour la transparence écologique des
ouvrages. L’effort moyen de capture 2016 par piège et par nuit est de 0,03 individu/piège/nuit. Les
captures ont été effectuées dans un seul sens de l’est vers l’ouest.
Au vu de la cartographie des habitats naturels (Figure 15, Tableau 2 et Annexe 3), il semblerait
que le nombre d’échanges soit plus important dans la zone où les passages à petite faune
permettent de circuler entre deux secteurs favorables aux amphibiens, c’est-à-dire entre les
deux secteurs à roselière. Rappelons que les passages à petite faune PPF2956 et PPF2957
aboutissent à l’est sur le chemin d’accès au marais qui est longé par un grand fossé de drainage
pour l’exploitation agricole (Figure 14). Cet accès est donc très défavorable pour les Amphibiens.
II.4. Autres résultats
Lors du piégeage d’autres espèces ont pu être observées dans les seaux (Tableau 3) : quelques lézards
des murailles, et plusieurs micromammifères. Au total ce sont 23 individus qui ont été observés.
Tableau 3 : Nombre d'individus des espèces autres que les Amphibiens observées dans les pièges
Numéro de l'ouvrage
Espèces autres PPF
2951
PPF
2952
PPF
2953
PPF
2954
PPF
2956
PPF
2957
Total
Lézard des murailles 2 3 1 6
Micromammifères indéterminés 3 1 4
Campagnole 1 1 1 3
Mulot 1 1 1 3
Musaraigne 1 1 1 3 6
Souris 1 1
Total 1 8 4 3 2 5 23
Dans la zone de marais, 16 individus toutes espèces confondues ont souhaité traverser les passages. 7
individus ont été observés dans les pièges en lien avec la grande culture présente sur le site.
Même si un minimum d’individus d’Amphibiens a traversé les passages au niveau de la culture,
les passages semblent profiter aux espèces de micromammifères présents sur le site, ainsi
qu’aux reptiles.
Figure 14 : Photographie des milieux à l'est des
PPF 2956 et 2957

Figure 15 : Cartographie du nombre d'individu relevé par passage à petite faune
Représentation du nombre d’individus par passage petite
faune en 2016

II.5. Limite du protocole
Plusieurs autres facteurs ont pu entrer en compte limitant la bonne mise en œuvre du protocole.
1) Les conditions météorologiques
Les suivis ont démarré le 16 février 2016. D’après la Figure 16, début janvier aurait été favorable à la
migration des Amphibiens avec une température moyenne de 8.8°C (T min = -2.3°C ; T max =14.5°C) et
une pluviométrie journalière moyenne de 10.6 mm (P min = 0 mm ; P max = 38.5 mm). Alors qu’à la fin
janvier début février, nous avions une température journalière moyenne de 10.1°C (T min = -3.9°C ; T
max =14.9°C) et une pluviométrie journalière moyenne de 4.5 mm (P min = 0 mm ; P max = 27.6 mm). Les
températures ont été plus douces début janvier et la pluviométrie un peu plus importante : ces
conditions favorables pour les Amphibiens ont pu faciliter leur sortie d’hibernation, en déclenchant
plus précocement leur migration.
En lien avec ce pic de conditions favorables du mois de janvier, la sortie d’hibernation, et donc la
migration, ont peut-être été déclenchées plus tôt en 2016, ce qui pourrait expliquer une faible
présence d’Amphibiens dans les pièges en février/mars, corrélés aux variations de températures ou
de pluviométries (cf. II.3 Suivi de la transparence amphibiens). Les suivis auraient dû démarrer plus
tôt en 2016 en corrélation avec les conditions météorologiques permettant peut-être de capturer
plus d’individus en migration. Mais en cette première année de suivi le calendrier logistique du
chantier ne l’a pas permis. En 2017, il faudra être vigilant aux conditions météorologiques pour
permettre d’adapter la période de capture au mieux à la période de migration.
2) Les conditions de mise en place du protocole
Il est nécessaire, dans le but d’observer les échanges par les passages à petite faune, que le linéaire de
clôture soit bien hermétique au passage des amphibiens. En 2016, la phase de chantier et le suivi
coïncidant, toutes les conditions nécessaires à la bonne mise en place du suivi n’ont pas pu être
Figure 16 : Température et pluviométrie moyenne par période de 10 jours

réunies. L’aménagement des grillages petites faunes et amphibiens permettent de guider les espèces
vers les passages sous la voie. Mais les grillages petite faune ont été installés de chaque côté de
l’ouvrage qu’à partir du 11 mars 2016. Du 16 février au 11 mars, tous les individus souhaitant traverser
la ligne de l’ouest vers l’est n’ont pas été guidés directement vers les passages et ont pu essayer de
traverser directement la ligne. Ils ont été probablement bloqués par le grillage petite faune à l’est (de
l’autre côté de la ligne) installé juste avant le début du suivi. De plus, il existe un portique (Figure 17)
où aucun grillage petite faune n’a été mis en place, laissant ainsi un espace suffisant au passage des
Amphibiens sur la voirie.
Par ailleurs, entre le PPF2954 et le PPF2951, le grillage petit
faune et le barbelé limitant l’action de sape des sangliers sur
la clôture n’ont pas été enterré (Figure 18). Cette situation a
pu limiter le déplacement des Amphibiens le long du grillage pour accéder aux passages sous voirie.
La pose d’un barbelé sur le secteur à hauteur d’Amphibiens reste problématique car elle peut entrainer
des blessures importantes, conduisant à la mort.
La présence de la barrière imperméable (Figure 19) mise en place lors des travaux et qui n’a pas été
retiré, pour limiter la présence d’animaux sur le chantier, a pu influencer l’accessibilité des passages
petite faune lors de ce suivi.
Figure 19 : Photographie de la bâche imperméable dans le marais
installé lors des travaux de la ligne
Figure 188 : Photographie du grillage
petite faune et du barbelé entre PPF54 à
PPF51
Figure 177 : photographie des portiques d'accès à la voirie

De plus la présence du viaduc à proximité, ainsi que l’estacade du l’estey Verdun, compromet aussi
l’imperméabilité nécessaire au suivi sur les passages petite faune. L’absence de suivi sur ces 2 ouvrages
en même temps que le piégeage par seaux, ne permet pas de savoir si les Amphibiens les utilisent et
dans quelle proportion (par rapport aux passages petite faune installés).
Un autre point limite l’interprétation des résultats. Il manque d’information historique, et notamment
d’une pré-étude (un temps 0) pour évaluer avant les travaux l’état des populations initiales
d’Amphibiens présentes sur le marais. En effet, il se peut que la densité des populations historiques
présentes sur le secteur soit faible et donc que peu d’individus circulaient déjà entre ces deux zones
du marais. Le faible taux de capture ne signifierait pas forcément que les passages petite faune ne
fonctionnent pas.
Enfin, un doute persiste sur la nécessité qu’ont les amphibiens à devoir traverser la ligne à cet endroit.
En effet, la LGV est venu scinder en deux la zone de reproduction, mais n’a peut-être pas coupé d’axes
de migration. Ainsi, les populations présentes n’ont peut-être pas la nécessité de devoir traverser la
ligne pour leur reproduction.
Sans données antérieures initiales aux travaux, il est difficile d’interpréter les résultats 2016 du suivi
de la transparence amphibiens.

III. Discussion et conclusion
Les impacts résiduels suite aux mesures d’évitement et de réduction ont fait l’objet de mesures
compensatoires. A ce titre, COSEA/LISEA a entrepris le long du tracé l’installation de passages petite
faune sur l’axe LGV pour réduire la fragmentation des habitats fréquentés par les Amphibiens.
L’objectif du suivi est d'évaluer l'utilisation des ouvrages et l'existence potentielle d'axes de migration
pour les Amphibiens.
Lors du suivi de la transparence des amphibiens sur le marais de la Virvée en Gironde, seuls 8 individus
ont été capturés. La transparence de l’ouvrage semble donc limitée. Il semblerait que les migrations
aient été plus nombreuses sur les trois passages au nord qui séparent deux zones de marais.
Néanmoins plusieurs biais ont pu être mis en évidence dans ce rapport pouvant influencer sur la
transparence et l’interprétation des résultats.
Tout d’abord le manque d’informations historiques quant à la répartition et la taille des populations
originelles sur le site avant les travaux. En effet, un faible effectif et de faible migration avant les
travaux auraient pu indiquer que l’ouvrage n’a pas modifié la fréquence de migration entre les deux
secteurs séparés par l’ouvrage. Tandis qu’à l’inverse de fortes populations et de fort taux de migration
antérieurs auraient pu indiquer une transparence limitée sur l’ouvrage.
Concernant la météo, elle a été plus clémente en amont du démarrage du suivi, ce qui a pu influer sur
une sortie précoce de l’hibernation des individus, limitant ainsi les captures lors du suivi les mois
suivants.
Enfin, les modalités de mise en place des différents grillages à petite faune ont pu limiter leur influence
sur le déplacement et la capture des Amphibiens, ainsi qu’une bâche installée lors des travaux et non
retirée, limitant aussi le déplacement des individus. Les résultats semblent montrer que le décalage
entre le planning de la mise en place du grillage à petite faune a eu une influence sur la capture, au vu
du nombre supérieur de capture dans les seaux externes. Les individus capturés venaient du côté où
le grillage à petite faune était bien en place.
En l’absence d’information sur les zones de gagnage et de reproduction au-delà de l’A10, et en
prenant en compte les différents points cités ci-dessus, l’observation du sens de migration de
l’est vers l’ouest semble en 2016 avoir été conditionné par l’absence des clôtures et grillages
petite faune. Cette hypothèse pourra être vérifiée dès 2017, comme le chantier est terminé. Les
bonnes conditions de suivi devraient donc être réunies.
Les résultats actuels tendent à indiquer une faible transparence de l’ouvrage et tend à se questionner
pour le groupe Amphibiens du bien-fondé du choix de la « solution mixte » (viaduc et remblai) dans le
secteur du marais de la Virvée. En effet, la solution « tout viaduc » semble ici plus opportune pour
faciliter les échanges entre populations et pour la migration des Amphibiens. Même si pour ce groupe
un doute persiste, il semblerait qu’en zone agricole le groupe des micromammifères profite des
passages installés pour traverser la voirie.
Il semble aussi nécessaire, au vu des premiers résultats, de mieux connaître l’importance de l’axe de
migration des Amphibiens présent sur le marais de la Virvée, pour pouvoir évaluer correctement les
premiers résultats obtenus dans ce suivi.

Cette première année de mise en place du protocole en parallèle avec le chantier en cours,
rend difficile la conclusion quant à la transparence de la ligne LGV. Le suivi doit être poursuivi
pour obtenir une vision plus claire de l’utilisation par les Amphibiens des passages petite faune
installés. On peut envisager que le taux de capture sera plus fort à partir de 2017 après la
finalisation du chantier.
La méthodologie de suivi mis en place en 2016 semble adaptée. La mise en place de la bâche et des
seaux au niveau des passages petite faune est suffisamment perméable pour permettre la capture des
Amphibiens dans les deux sens de déplacement. Pour la continuité du suivi les prochaines années,
quelques préconisations devront être mises en place afin de limiter les biais du protocole et
d’améliorer le suivi :
 Suivre les conditions météorologiques dès le début du mois de janvier pour définir au plus tôt
le démarrage du suivi,
 Etendre la période de suivi en fonction de la date de départ du suivi pour continuer d’observer
la période nuptiale,
 Etendre la période de suivi sur la saison postnuptiale (les immatures ayant un pouvoir de
dispersion plus important).
 Enlever les bâches liées aux travaux antérieurs pour permettre une meilleure transparence des
ouvrages,
 Vérifier en amont du suivi la bonne mise en place des grillages à petite faune et leur
enterrement,
 Mener une campagne d’évaluation de la densité des individus dans le marais au moment de la
reproduction pour mieux comprendre les résultats,
 Suivre la transparence du viaduc et du pont rail de l’estey Verdun semblerait aussi opportun
pour voir si ces derniers servent, sur ce secteur, à la migration des amphibiens, ou s’il y a tout
aussi peu de passage. Un suivi peut être mis en place mais il demanderait des méthodes
lourdes à mettre en place et coûteuses (balise argos, radio-tracking, transpondeur).
L’état global des milieux impactés par les travaux est un autre point à soulever. De nombreux déchets
ont été retrouvés le long de la voirie dans le marais, notamment liés aux travaux de voiries (piquets,
grillage laissé dans les fossés, résidus de grillage, résidus de plastique…). Pour éviter que le pied de
remblai ne soit dans l’eau, un drainage a été fait vers l’estey Verdun au niveau de la fin de piste,
néanmoins il est légèrement plus bas que le marais et a donc un effet drainant sur l’ensemble du
marais. Le « tout viaduc » aurait permis d’éviter le drainage de la zone en gardant un écoulement
optimum et un stockage des eaux, notamment lors des hautes eaux, nécessaires au bon
fonctionnement de l’écosystème du marais.

ANNEXES
Table des annexes
ANNEXE 1 : Protocole du suivi de l’efficacité des ouvrages de transparences écologiques pour les
Amphibiens 27
ANNEXE 2 : Extrait de l’arrêté préfectoral du 24 février 2012 30
ANNEXE 3 : Arrêté portant dérogation de capture et relâcher d’espèces animales protégées 32
ANNEXE 4 : Photographie des milieux rattachés aux passages à petites faunes étudiés 35

ANNEXE 1 : Protocole du suivi de l’efficacité des ouvrages de
transparences écologiques pour les Amphibiens
B1
Suivi de l'efficacité des ouvrages de transparence écologiques pour les
Amphibiens
Suivi de la fonctionnalité des ouvrages de transparence écologique
FINALITE
Taxon(s) concerné(s) Amphibiens
Contexte
Ce suivi s'inscrit dans le cadre de l'article 14-3 et 23 des arrêtés inter-préfectoraux
des 24 février et 21 décembre 2012 :
Art 23: "[...]Un suivi de la fonctionnalité des ouvrages de transparence écologique
devra être réalisé. Celui-ci decra être réalisé tous les ans en phase de construction et
pendant les 3 premières années suivant la mise en service de la ligne. Il sera ensuite
réalisé tous les 5 ans [...]."
Art 14-3: "Un suivi devra être appliqué par le pétitionnaire pour démontrer la
fonctionnalité des ouvrages installés [...]'.
Hypothèse de départ
L'axe LGV intersecte de nombreux habitats fréquentés par les amphibiens et
constitue un élément de fragmentation des ces habitats, une des principales cause de
disparition pour ces espèces. Les hypothèses de travail sont les suivantes:
→ Les passages petites faune prévus tout au long de la ligne permettront la traversée
des individus de part et d'autre de la ligne;
→ Les ouvrages permettront de préserver des axes de migration (potentiels)
transversaux à la ligne.
Objectif(s)
Il s'agit d'évaluer l'utilisation des ouvrages et l'existence potentielle d'axes de
migration pour les amphibiens en visant les objectifs suivants:
→ Mesurer les flux de migration pré-nuptiaux au niveau de sites à forts enjeux pour
ces espèces;
→ Evaluer le succès de franchissement des ouvrages en fonction des espèces ou
groupes d'espèces;
→ Caractériser finement les fréquences de franchissement pour les urodèles via un
suivi individuel.
Indicateurs de suivi
→ Nombre d’espèces franchissant les ouvrages suivis
→ Nombre d’individus franchissant les ouvrages suivis
→ Nombre d'individus par espèce franchissant les ouvrages
→ Taux de recapture des Tritons crêtés et Salamandre tachetées
Zone géographique Régions Centre, Poitou-Charentes et Aquitaine
MODALITES DE MISE EN ŒUVRE
Maîtrise d'ouvrage LISEA
Opérateurs
SEPANT/CEN Centre/Vienne Nature/ DSNE/ Charente Nature/ Nature
Environnement 17/CEN Aquitaine

Partenaires /
Synergies et mise en
réseau d'action
/
MODALITES OPERATIONNELLES
Protocole /
échantillonnage
→ Le protocole est mis en oeuvre au niveau 6 sites ou secteurs à fort enjeu
amphibiens à l'échelle de la ligne par soit un par département:
Département Nom du site
Nombre de
PPF
37
Secteur de Fosse Sèche à Veginé et
secteur de Grand Bois à Saint Catherine
de Fierbois
6
86 Raccordement de Fontaine-le-Comte 5
79
Plibou (secteur du schéma de
reconnection)
5
16 Cressac (secteur à Sonneur) 6
16-17 Saint-Vallier 5
33 Laruscade (Caboche) 5
→ Suivi par capture: Capture par seaux entérrés en sortie d'ouvrage et relévés
quotidiennement au lever du jour pendant la saison de migration printanière.
Identfication et dénombrement des individus capturés.
Les seaux seront perforés pour que l'eau s'évacue. Une branche sera posée pour
permettre la sortie des micro-mammifères.
→ Suivi individuel des Triton crêté et Salamandre tachetée : Identification
individuelle des individus capturés par photographie (faces ventrales pour le Triton
crêté et faces dorsales pour la Salamandre) et réalisation d'un catalogue référentiel
des individus répertoriant les sites de capture et les sens de franchissement. La
première année permettra de stocker les données collectées (saisie des données et
photo), de mettre en place le catalogue référentiel et d'estimer plus finement des
temps d'analyse et d'interprétation pour les années suivantes.
Matériel Seaux de capture, Filets petite faune, piquets, agrafes, pièges à empreintes

Période annuelle de
réalisation
J F M A M J J A S O N D
Durée et fréquence
Tous les ans en phase chantier et les 3 premières années suivant la mise en
service de la ligne, puis tous les 5 ans sur la durée de la concession
Contraintes et points
de vigilance
Accessibilité des ouvrages (côté extérieurs des clôtures définitives).
Procédures
administratives
Autorisation de capture Amphibiens et Reptiles
Evaluation du temps
Evaluation du temps par structure et par an:
Suivi par capture:
→ 2j pour préparation-pose
→ 33,75j pour les relevés (soit 0,75 jour x 45 passages)
→ 3j pour l'analyse des résultats
Un temps spécifique (non estimé à ce jour) est à prévoir pour la rédaction du
rapport.
→ 2j pour relecture et correction du rapport
Suivi individuel Triton crêté et Salamandre tachetée:
→ 0,5j pour la saisie
→ Temps d'analyse à définir pour 2016 en fonction des résultats de 2015
TOTAL: 41,25 jours par an et par structure

ANNEXE 2 : Extrait de l’arrêté préfectoral du 24 février 2012

ANNEXE 3 : Arrêté portant dérogation de capture et relâcher
d’espèces animales protégées

ANNEXE 4 : Photographies des milieux rattachés aux
passages à petite faune étudiés
Identification
du passage à
petite faune
Milieux côté est Milieux côtés ouest
PPF 2951
PPF 2952
PPF 2953

PPF 2954
PPF 2956
PPF 2957

Suivi Transparence Amphibiens - 2016 - CEN Aquitaine

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