SnapGene proporciona una forma sencilla y segura de planificar, visualizar y documentar los procedimientos diarios de biología molecular. El software tiene una interfaz intuitiva que puede realizar visualización de secuencias de ADN, anotación de secuencias, edición de secuencias, clonación, visualización de proteínas y simulación de métodos de clonación comunes.

1. UNIVERSIDAD NACIONAL
DE MOQUEGUA
ESCUELA PROFESIONAL DE
INGENIERÍA AMBIENTAL
SIMULACIÓN DE ELECTROFORESIS EN
GEL DE AGAROSA UTILIZANDO EL PROGRAMA SNAP GENE CON
DATOS DEL ARTÍCULO CIENTÍFICO
“Aislamiento de bacterias con potencial biorremediador y
análisis de comunidades bacterianas de zona impactada por derrame de
petroleo en Condorcanqui – Amazonas – Perú”
CURSO:
BIOTECNOLOGÍA
ESTUDIANTE:
CHIPANA CONDORI, BRAYAN ALEXANDER
CÓDIGO:
2018205085
DOCENTE:
Dr. SOTO GONZALES, HEBERT HERNAN
28 de Octubre del 2021 – ILO

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ÍNDICE
1 INTRODUCCIÓN...................................................................................................3
2 OBJETIVOS..........................................................................................................4
Objetivo General...........................................................................................4
Objetivos Específicos...................................................................................4
3 MARCO TEÓRICO................................................................................................5
Características Clave del Software Snap Gene ..........................................5
Electroforesis................................................................................................5
Gel de Agarosa .............................................................................................6
Centro Nacional para la Investigación Biotecnológica (NCBI) ..................7
GEN 16S ........................................................................................................7
ADN Y ARN....................................................................................................8
Secuenciación del ADN................................................................................8
4 METODOLOGÍA....................................................................................................9
5 RESULTADOS....................................................................................................12
6 CONCLUSIÓN.....................................................................................................13
7 CUESTIONARIO .................................................................................................14
8 REFERENCIAS...................................................................................................19

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1 INTRODUCCIÓN
SnapGene proporciona una forma sencilla y segura de planificar, visualizar y
documentar los procedimientos diarios de biología molecular. El software tiene
una interfaz intuitiva que puede realizar visualización de secuencias de ADN,
anotación de secuencias, edición de secuencias, clonación, visualización de
proteínas y simulación de métodos de clonación comunes. El software también
admite el intercambio de documentos y datos. SnapGene proporciona la forma
más fácil y segura de planificar, visualizar y registrar sus procedimientos diarios
de biología molecular.
Es por eso que los científicos de las principales instituciones y empresas del
mundo confían en la eficiencia de tratamiento de secuenciación de ADN en
SnapGene.

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2 OBJETIVOS
Objetivo General
Contrastar una simulación de electroforesis en aplicaión del comando gel
de agarosa utilizando el programa SnapGene con los datos del artículo
científico “Aislamiento de bacterias con potencial biorremediador y análisis
de comunidades bacterianas de zona impactada por derrame de petróleo
en Condorcanqui – Amazonas – Perú”
Objetivos Específicos
 Aplicar los conceptos básicos sobre la secuenciación de ADN, así como el uso de loS
programas de simulación, en apoyo a plataformas de datos como el NCBI
 Reconocer la interfaz del software SnapGene y sus funcionalidades básicas.

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3 MARCO TEÓRICO
Software Snap Gene
El software a utlizar SnapGene admite una gran cantidad de formatos de archivo
. Como resultado, sus científicos pueden cambiar por completo a SnapGene sin
perder datos, o pueden continuar usando software heredado junto con SnapGene
sinconflictos.
Los archivos. dna de SnapGene se pueden abrir con el visor de SnapGene
gratuito multiplataforma, lo que le permite compartir mapas y secuencias con
abundantes anotaciones con sus colegas.
SnapGene hace que sus manipulaciones de ADN sean fáciles de visualizar y
simular, y le advierte de los errores antes de que sucedan.
Cada manipulación de ADN en SnapGene se registra automáticamente, por loque
puede ver exactamente lo que hizo y recuperar las secuencias de construcciones
ancestrales.
SnapGene genera automáticamente un registro de cada edición de secuencia y
procedimiento de clonación, por lo que no perderá la pista de cómo se hizo una
construcción, incluso después de que un miembro del laboratorio se vaya.
Electroforesis
Aunque su nombre suene a algo desconocido, la electroforesis es una técnica muy
utilizada en los laboratorios y que consiste, en pocas palabras, en la separación de
las moléculas de ADN y ARN por tamaño y mediante corriente eléctrica.
Esta técnica tiene una variedad de usos prácticos, como la medicina forense para
la identificación de personas, el proyecto del genoma humano, la investigación de
proteínas y de mutaciones genéticas y pruebas de diagnóstico clínico.

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Gel de Agarosa
La agarosa es un polímero lineal de galactosa y 3,6-anhidrogalactosa. El gel se
obtiene disolviendo la agarosa en un buffer de TAE o TBE y se funde usando un
microondas, hasta obtener una solución homogénea y transparente. La disolución se
vacía en un molde y se coloca un peine (el peine forma unos pozos donde se
depositan las muestras). Se deja enfriar para polimerizar para formar una matriz
porosa variando el tamaño del poro según la concentración de agarosa contenida en
la disolución. Además, la migración de los fragmentos de ADN variarán dependiendo
del tamaño, conformación molecular (lineal, circular, superenrollado), concentración
de la agarosa en el gel, voltaje, dirección del campo eléctrico, presencia de colorantes
añadidos que se intercalan en el ADN (como el bromuro de etidio y SYBR-green) y de
la composición del buffer en el gel.

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Centro Nacional para la Investigación Biotecnológica (NCBI)
Más específicamente, el NCBI se ha encargado
de crear sistemas automatizadospara almacenar
y analizar conocimientos sobre biología
molecular, bioquímica y genética; facilitar el uso
de dichas bases de datos y software por parte
de la comunidad médica y de investigación;
coordinar esfuerzos para recopilar información
biotecnológica tanto a nivel nacional como
internacional; y realizar investigaciones sobre
métodos avanzados de procesamiento de
información por computadora para analizar la estructura y función de moléculas
biológicamente importantes.
GEN 16S
El gen ARNr 16S es un polirribonucleótido de aproximadamente 1500 nucleótidos
codificado por el gen rrs, también denominado ADN ribosomal 16S. Como
cualquier secuencia nucleotídica de cadena sencilla, el ARNr 16S se pliega y
adquiere una estructura secundaria que se caracteriza por tener segmentos de
doble cadena que permiten la formación de asas y hélices. Esta molécula ha sido
reconocida como un poderoso marcador universal debido a que se encuentra en
todos los organismos conocidos. Su estructura parece mantenerse por largos
periodos de tiempo y, como su función no ha cambiado, los cambios en la
secuencia probablemente son aleatorios.

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ADN Y ARN
Tanto el ADN como el ARN están formados por ácidos nucleicos y
contienen información genética.
Son moléculas relativamente sencillas, pero determinan en gran parte las
características que nos diferencian como especie y, hasta cierto punto,
como individuos. La organización básica de los nucleótidos que los
componen determinan la formación de proteínas.
Sin embargo, existen unas diferencias que hacen que ambos sean
necesarios. Al menos, en organismos con cierto nivel de complejidad. En
concreto, su composición – aunque parecida – es distinta. Esto provoca que
cumplan funciones también diferentes.
Secuenciación del ADN
La secuenciación de ADN es el proceso que determina la secuencia de bases de
los nucleótidos (As, Ts, Cs y Gs) de un fragmento de ADN. Hoy en día, con el
equipo y los materiales adecuados, secuenciar un fragmento pequeño de ADN es
relativamente sencillo.
Secuenciar un genoma completo (todo el ADN de un organismo) sigue siendo una
tarea compleja. El proceso requiere romper el ADN del genoma en muchos
pedazos más pequeños, secuenciar dichos pedazos y ensamblar las secuenciasen
una única y larga "secuencia consenso". Sin embargo, gracias a nuevos métodos
que se han desarrollado en las últimas dos décadas, ahora secuenciar un genoma
es mucho más rápido y menos costoso de lo que resultó en el Proyecto Genoma
Humano.

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4 METODOLOGÍA
 Empezaremos aperturando la página del NCBI https://www.ncbi.nlm.nih.gov/,
para descargaremos las siguientes secuencias de acuerdo al artículo
“Aislamiento de bacterias con potencial biorremediador y análisis de
comunidades bacterianas de zona impactada por derrame de petróleo en
Condorcanqui – Amazonas – Perú”
 Descargamos cada una de las secuencias mencionadas anteriormente,
clicando en Enviar a, expediente, formato FASTA y finalmente en crear un
archivo.

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 Ya guardada todas las secuencias
 Aperturamos el software SnapGene, click en Open, luego Open Files,
seleccionamos las secuencias guardadas, e insertamos.

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 Para añadir las otras secuencias restantes clicamos en “tools”, luego en Simulate
Agarose Gel. Esto nos llevará a una nueva ventana donde agregaremos las
demás secuencias.
 Aplicaremos el 1.0 % de agarosa.
 Adjuntamos las secuencias restantes haciendo click en los números, luego en
Choose DNA Sequences, abrimos la secuencia que sigue.

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5 RESULTADOS
 Luego de insertar las 13 especies estudiadas del artículo, gracias a la
simulación con gel de agarosa podemos apreciar el comportamiento de los 13
nucleótidos.

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6 CONCLUSIÓN
Se pudo conccretar la práctica, gracias a los comandos básicos aprendidos
del software. El programa contaba con una interfaz intuitiva el software nos
permite la visualización de secuencias de ADN, luego de una posterior
anotación de secuencias, la edición de secuencias, la clonación, la
visualizaciónde proteínas, nucleótidos.
Todas las moléculas de ADN tienen la misma cantidad de carga por masa.
Debido a esto, la electroforesis en gel separa los fragmentos de ADN
únicamente por su tamaño. La electroforesis nos permite ver cuántos
fragmentos diferentes de ADN están presentes en una muestra y cuán
grandes son unos con respecto a otros.
También podemos determinar el tamaño absoluto de un fragmento de ADN
examinándolo junto a una "escala" estándar de fragmentos de tamaño
conocido.

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7 CUESTIONARIO
 Indique diferencias entre el AND y ARN
1. El ADN está formado por cuatro distintas bases nitrogenadas, las cuáles son:
adenina (A), timina (T), guanina (G) y citosina (C), mientras que el ARN contiene
adenina (A), guanina (G), citosina (C) y uracilo (U), es decir, una de las
pirimidinas es diferente.
2. El ADN tiene un azúcar o pentosa diferente, la desoxirribosa, en lugar de la
ribosa que posee el ARN.
3. El ADN se localiza en el núcleo de las células, en la mitocondria (ADNmt) o en
el cloroplasto (ADN cloroplástico), dependiendo del tipo de organismo. En el
caso del ARN, el ARNm, mejor conocido como ARN mensajero, sale del núcleo
celular para moverse hacia el citoplasma. Ahí mismo en el citoplasma, igual se
halla el ARNt o ARN de transferencia.
4. El ADN posee forma de doble hélice o espiral, pero el ARN tiene forma lineal.
5. También pueden mencionarse diferencias en los procesos en los que participa
tanto el ADN como el ARN: El ADN se encarga de la replicación, es decir, de
hacer más ADN. El ARN está presente en varios puntos. También participa en la
replicación del ADN, pero se le conoce principalmente por su transcripción y su
traducción. Mediante esos dos procesos, el ARN se encarga de transformar la
cadena de ADN en un aminoácido. En el proceso de transcripción se pasa de
ADN a ARN mensajero y en el proceso de traducción se pasa de ARN
mensajero a aminoácido.

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 ¿Qué es el SnapGene y como nos serviría en ingeniería ambiental?
En la ingeniería ambiental nos serviría, por ejemplo, para disponer de de
microorganismos suficientes con potencial biorremediador, esto gracias
a la clonación como proceso estipulante del software en reconocimiento
 ¿Qué es el GEN 16s y para qué tipos de microorganismos sería útil?
Se trata de un gen común a todas las bacterias y arqueas, y contiene las
huellas de la deriva filogenética en la evolución de las especies (permite
reconocer la distancia filogenética entre especies).
El gen 16S rRNA se utiliza para estudios filogenéticos ya que su
secuencia está altamente conservada entre las distintas especies de
bacterias y arqueas. Carl Woese fue pionero en esta aplicación del 16S
rRNA.

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 Describir el proceso de electroforesis para ADN
A continuación se describe de manera resumida todo el proceso de la ectroforesis para
ADN, mediante un mapa de correlación.

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 ¿Qué es la agarosa?
La agarosa es un polímero lineal de galactosa y 3,6-anhidrogalactosa. El gel se
obtiene disolviendo la agarosa en un buffer de TAE o TBE y se funde usando
un microondas, hasta obtener una solución homogénea y transparente. La
disolución se vacía en un molde y se coloca un peine (el peine forma unos
pozos donde se depositan las muestras). Se deja enfriar para polimerizar para
formar una matriz porosa variando el tamaño del poro según la concentración
de agarosa contenida en la disolución. Además, la migración de los fragmentos
de ADN variarán dependiendo del tamaño, conformación molecular (lineal,
circular, superenrollado), concentración de la agarosa en el gel, voltaje,
dirección del campo eléctrico, presencia de colorantes añadidos que se
intercalan en el ADN (como el bromuro de etidio y SYBR-green) y de la
composición del buffer en el gel.
 ¿Qué es un marcador de peso molecular, cuáles son sus tipos?
Con referente a los marcadores de peso molecular para ADN, son una
herramienta utilizada durante la electroforesis para conocer el tamaño
estimado de un fragmento y es comúnmente usada en laboratorios de
biología molecular, al igual que, en áreascomo la medicina, la agricultura.
8 REFERENCIAS
Khan Academy. (s.f). Secuenciación de ADN.
https://es.khanacademy.org/science/ap-biology/gene-expression-and-
regulation/biotechnology/a/dna-sequencing
SnapGene. https://support.snapgene.com/hc/en-us/
Institulo Nacional de Salud. (2003). Manual de procedimientos de electroforesis
para proteínas y ADN.
https://bvs.ins.gob.pe/insprint/SALUD_PUBLICA/NOR_TEC/38.pdf

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