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「データベース構築・維持・管理 の現場から」BMB2010フォーラム 「私たちの論文以外の活動はどう評価されている? ~既存の評価軸に乗りづらい研究者の活動をどう評価するか~」
- 1. データベース構築・維持・管理
の現場から
私たちの論文以外の活動はどう評価されている?
∼既存の評価軸に乗りづらい研究者の活動をどう評価するか∼
大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構(ROIS)
ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)
坊農 秀雅
© ライフサイエンス統合データベースセンター/大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構
- 2. 坊農秀雅(ぼうのうひでまさ)
ライフサイエンス統合データベースセンター特任准教授
埼玉医科大学ゲノム医学研究センター助教授(03/4-07/6)
その前の3年間、理化学研究所ゲノム科学総合研究センター
基礎科学特別研究員(00/4-03/3)
マウスの遺伝子機能アノテーション(FANTOM)
京都大学化学研究所@宇治で大学隠棲院生時代(-00/3)
代謝経路のデータベース(KEGG)を使ったゲノム解析
D.melanogaster H.sapiens
H.influenzae Synechocystis S.cerevisiae C.elegans A.thaliana draft M.musculus H.sapiens P.troglodytes
95 大学院 00 理研 03 埼玉 07 10
DBCLS
医大
- 3. データベースセンターの役割
• 浄水処理場
• (例えば)出された配列データを
‒データベースとして貯える(Bank)
‒使いやすく加工して流通させる(Circulate)
SRR001356.1 2023DAAXX:5:1:123:563 length=33
TGTCGGTCCAGCTCGGCCTTGGGCTCCGTTTTC
+SRR001356.1 2023DAAXX:5:1:123:563 length=33
-IIIIIIII8IIIIIIIIIII6IIIIIIIII9I
DB
@SRR001356.2 2023DAAXX:5:1:123:476 length=33
TCTGAACCCGACTCCCTTTCGATCGGCCGCGGG
+SRR001356.2 2023DAAXX:5:1:123:476 length=33
IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIGIIIIIII-III
@SRR001356.3 2023DAAXX:5:1:121:746 length=33
GTGGCAGCGTTTTTGGGCCCGCCGCTTGCCGTT
+SRR001356.3 2023DAAXX:5:1:121:746 length=33
IIIII&IIIIIIIIIIIIIIIIHI1IIIIIIII
3
- 5. DBCLS: Database Center for Life Science
• ライフサイエンス統合データベースセンター
‒ 特務機関:ライフサイエンス分野のデータベース統合化の拠点
‒ @東京大学本郷キャンパス内(理1号館別館 工12号館)
•が、東大の機関ではありません
‒ 2011年度以降も継続して存続
http://dbcls.rois.ac.jp/
5
- 6. DBCLS構成員(2010/12現在)
• 長・教授: 2人 •常勤合計: 38人
• 直接雇用(特任) • RA(アルバイト): 20人
‒研究員(PhD): 15人
→ 総計: 58人
‒技術専門員: 5人
‒技術補佐員: 1人
• 外来研究員: 10人
• SE: 2人
• 事務: 3人
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- 8. 論文以外の活動:ぼうのうの場合
• 外部発表 • システム維持
‒学会発表 ‒ウェブサイト維持
‒講演 ‒後進の指導
‒統合DB講習会 •「研究員」の後輩
•RA(アルバイト)
• コンテンツ作成
‒統合TV作成
‒翻訳、監訳
‒ブログ
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