Ensayo gloriasarraga
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Ensayo gloriasarraga Ensayo gloriasarraga Document Transcript

  • Informática para la biodiversidad. (Biodiversity Informatics) Gloria Sárraga Rojas Filosofía e Historia de la Biología Facultad de Ciencias UNAMCuando escuchamos el término biología inmediatamente nuestro cerebro asocia esta palabra con laciencia, y esta a su vez, nos parece tan antigua que podemos pensar que desde el apogeo de lacivilización griega la biología como ciencia florecía y daba grandes aportaciones al progreso, sinembargo, los términos ciencia y biología acuñados a la disciplina que hoy en día conocemos sonvocablos relativamente nuevos. El primero fue utilizado por primera vez en siglo XVI y el segundo en laépoca moderna por Lamarck. A pesar de que la historia natural sí aportó grandes descubrimientos en laépoca antigua y moderna que incluso hoy en día son útiles para la biología (Barahona et al, 2001). Importantes conocimientos y aportaciones para desarrollar la ciencia se han producido a lo largode la historia, pero además cabe mencionar que en los últimos años la biología ha avanzado a grandessaltos, gracias a la tecnología implementada desde los años 90´s, que nos permiten tener unconocimiento mejor estructurado, organizado, difundido y de fácil acceso para la comunidad científica pormedio del Internet y la Web (Macías y Michán, 2009). Uno de estos avances tecnológicos más aclamados entonces es la informática, la cual seráabordada en este texto; vista desde su utilidad en el estudio de la biodiversidad. Este trabajo buscamostrar la historia de la informática para la biodiversidad mediante un análisis realizado con ayuda de labase de datos ISI Web of Knowledge para monitorear su evolución temporal y espacial a partir de suaparición como un término formal; tomando en cuenta la producción por autores, instituciones, revistas,años de publicación, artículos más citados e idioma. En esta base de datos se colocó en el espacio debúsqueda cibertaxonomia, e-ciencia o e-taxonomy; a continuación se muestran los resultados. Existen diferentes formas de definir a la informática para la biodiversidad las más sobresalientesla consideran una herramienta básica para la caracterización de especies que conforman la biodiversidady su conocimiento, por ejemplo: es una herramienta estandarizada para la gestión, e integración de datos 1  
  • y como un método e instrumento para el análisis de las especies-ocurrencia y caracteres que seexaminan; ya que el tener acceso directo a los datos primarios e imágenes esto tiene el poder detransformar el medio por el cual se practica la taxonomía y sus resultados se difunden a la comunidad engeneral más rápido y con mejor calidad (Johnson, 2007). Otra de ellas es: "la aplicación de tecnologías de la información a la gestión, la exploración dealgoritmos, análisis e interpretación de los datos primarios sobre la vida, sobre todo a nivel de especie deorganización" (Soberón y Townsend, 2004). Aunado a esto Guralnick y Hill en el 2009 mencionan que losrecursos informáticos, como son las bases de datos y los servicios de análisis, con información sobrebiodiversidad, genética y biología molecular y celular, pueden conjuntarse en aplicaciones flexibles parael mejor entendimiento de la biodiversidad que se puede interpretar también como informática para labiodiversidad (Ver anexo1).El término Informática para la Biodiversidad aparece por primera vez publicado de manera tácita, en larevista Conservation Biology, 1994 en el artículo And Ecologycal Evaluation of Proposed NewConservation áreas in Idaho: Evaluating proposed Idaho National Park por Wright; se utiliza el términorefiriéndose al uso de sistemas informáticos como el GIS para determinar áreas prioritarias para laconservación haciendo una comparación con el parque nacional Idaho. Además, en este texto se hacemención de bases de datos como la del Idaho Deparment of Water Resources (IDWR), que ha sidoprocesada con recursos informáticos para destinar las zonas prioritarias. Por este motivo podemosdarnos cuenta que en 1994 comienza de manera más seria la era de la informática aplicada a laBiodiversidad (Wright et al, 1994), aunque de forma incipiente. A partir de 1994, aparecieron una serie de publicaciones en diferentes revistas científicas conreferencia a informática para la biodiversidad, registrando un importante incremento en el 2007, para elaño 2009 el agregado de publicaciones llegó a su máximo, y por su supuesto la tendencia en el presenteaño es que este número aumente ya que es un área que se encuentra en la fascinación de la comunidadcientífica, por su facilidad de manejo, accesibilidad y competencia que representa. Estar actualizado en elmundo de la informática; no solo en biodiversidad, si no en lo que a cualquier campo científico se refierees una necesidad más que una mera formalidad que maravilla a todo el que la conoce (Ver anexo1). 2  
  • Cabe mencionar que a pesar de que es un tema relativamente nuevo; ya se han perfiladodiferentes investigadores como especialistas con respecto al número de publicaciones, como esGuralnick, Johnson y Chavan, por enunciar algunos, de los cuales se tienen artículos publicados inclusoen el 2009, y en donde se muestran aplicaciones claras de la informática en procesos medulares para laconservación, estructuración, conocimiento y difusión de la biodiversidad. El tipo de análisis que nos permite realizar bases de datos como ISI Web of Knowledge es elprocesamiento de la producción científica, como es el caso de la tabla de datos (anexo1), sobreinformación respecto a el país en que se está publicando mas; definir que universidades, centros deinvestigación, revistas o áreas de estudio se están publicando el mayor número de artículos sobre algúntema o disciplina. De acuerdo con lo anterior se encontró lo siguiente. El país que produjo el mayornúmero de publicaciones hasta el 2009 es EUA con un 55.88%, seguido por Inglaterra con un 13.24% yen último lugar México y Noruega con un 2.94% de todas las publicaciones. Con relación al idioma, como era de esperarse, el 100% de las publicaciones se hicieron enidioma Inglés y provinieron de instituciones Norte Americanas como la Universidad de Colorado y Ohioentre otras. Además, perfilan en la lista, con pocos números pero con grandes expectativas, países comoBélgica, India, Francia y sus respectivas Universidades más sobresalientes (ver anexo1). Los temas en lo que se ha publicado más sobre informática para la biodiversidad, es taxonomíaanimal, bioinformática, biodiversidad, conservación, ecología marina, y con menos resultadosbiogeografía. El área de estudio que más documentos abarca son ecología, biotecnología, conservacióny biodiversidad, seguidos de la estadística y la parasitología (Ver anexo 1). Se han realizado en los últimos años seis importantes revisiones con respecto al tema, en ellasmuestran los avances en informática que han sido canalizados a estrategias que complementan labiología moderna, y sobre todo los avances en comunicación y conocimiento de la vasta diversidad quealberga el planeta Tierra. Vale la pena revisar: Biodiversity informatics de Johnson en 2007 y Biodiversityinformatics: automated approaches for documenting global biodiversity patterns and processes deGuralnick y Hill en el 2009. Otra forma de identificar documentos que vale le pena leer sobre el tema sonlos mas citados, en esta categoría aparece: Biodiversity informatics: managing and applying primary 3  
  • biodiversity data de Soberon y Peterson en el 2004 y The quiet revolution: Biodiversity informatics and theinternet de Bisby del 2009. Existen otro tipo de estudios complementarios con respecto a informática para a biodiversidad enotras disciplinas como las sociales, es decir, como se están comportando este tipo de nuevos temas en elentorno social. En este caso encontramos dos artículos el primero de Heidorm et al 2002 y Shalck en el1998. A pesar de ser solo dos publicaciones no implica que este tema en el área social, reciba un pocointerés, considero que más bien refleja una gran oportunidad para investigadores en esta disciplina yanos proporcionaría un conocimiento integral de informática para la biodiversidad. En cuanto a los eventos históricos, sociedades e instituciones más importantes resaltan: la revista“Informatics Biodiversity” que es una revista electrónica especializada en el campo de la informática de labiodiversidad que parece en el 2004 como parte de la Universidad de Texas. A pesar de no tenerregistros claros de las sociedades o revistas que han surgido desde la aparición del término como tal; loque sí es un hecho, es que a partir de 2006 importantes revistas científicas de conservación y biología engeneral han dedicado espacios específicos para publicaciones basadas en la informática para labiodiversidad y grandes empresas dedicadas a desarrollar software han puesto sus ojos en implementossignificativos para que estas ramas amplíen sus horizontes. 4  
  • Tabla 1. En el recuadro de abajo podemos apreciar importantes recursos en la Web, confiables y respaldados por instituciones que realizan investigación de calidad, y en que podemos apreciar que este tipo de recursos están a la mano y a la vanguardia científica.(Graham et al 2005)   Por lo anterior podemos concluir que los implementos tecnológicos son medulares para eldesarrollo de técnicas de investigación en las ciencias biológicas. Pero no basta con saber que este tipode implementos existen, como comunidad científica tenemos el compromiso de conocerlos y aplicarlos enmedia de nuestra especialidad ya que facilitan y permiten un engrandecimiento en el conocimiento delcomportamiento de nuestro medio y la sociedad. 5  
  • Referencias:Barahona, A. Suarez, E. Martínez. (2001) Filosofía e Historia de la Biología. UNAMURLhttp://books.google.com.mx/books?id=vnzgLosEWwsC&printsec=frontcover&dq=HISTORIA+DE+LA+BIOLOGIA&ei=TG7fS5vZOZKykATNz5gd&cd=3#v=onepage&q&f=falseGoble, C. (2001). The low down on e-science and grids for biology. Comparative and FunctionalGenomics .URL http://downloads.hindawi.com/journals/cfg/2001/837674.pdfCatherine, & Peterson5, A. T. (2005). New developments in museum-basedinformatics and applicationsinbiodiversity analysis. TRENDS in Ecology and Evolution .URL http://www.humboldt.org.co/humboldt/homeFiles/inventarios/red/Grahaml_04_NatHistCollec.pdfGuralnick, R., & Hill, A. (2009). Biodiversity informatics: automated approaches for documenting globalbiodiversity patterns and processes. Bioinformatics ,25 (4), 421-428.URL http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/content/full/25/4/421Heidorn PB, M. B. (2002). Complementary user-centered methodologies for information seeking and use:Systems design in the biological information browsing environment.Heidorn PB, Mehra B, Lokhaiser MF .URL http://74.125.155.132/scholar?q=cache:17uIbPjfaGwJ:scholar.google.com/+Complementary+user-centered+methodologies+for+information+seeking+and+use:+Systems+design+in+the+biological+information+browsing+environment&hl=es&as_sdt=2000&as_vis=1Johnson, N. F. (2007). Biodiversity informatics. Annual Review of Entomology , 52 (1), 421-438.URL http://dx.doi.org/10.1146/annurev.ento.52.110405.091259Krasnogor, N., Shar, A. A., Barthel, D., Lukasiak, P., & Blazewicz, J. (2008). Web and grid technologies inbioinformatics, computational and systems biology: A review. Current Bioinformatics , 3 (1), 10-31.URL http://www.ingentaconnect.com/content/ben/cbio/2008/00000003/00000001/art00002Macias, L., & Michán, L. (2009). Los recursos de la web 2.0 para el manejo de informaciónacadémica. Fuente , 1 (1), 18-27.URL http://fuente.uan.edu.mx/publicaciones/01-01/los_recursos_de_la_web_2.0_para_el_manejo_de_informacion_academica.pdfSoberón, J. (2004). Biodiversity informatics: Managing and applying primary biodiversitydata. Philosophical Transactions: Biological Sciences, .URL http://www.jstor.org/sici?sici=0962-8436(200404)359:1444%3C689:BIMAAP%3E2.0.CO;2-L&origin=ISIWright Rg, M.J. (1994). And Ecoligycal Evaluation of Proposed New Conservation Areas in Idaho:Evaluating Proposed Idaho National Park.URLhttp://www.jstor.org/sici?sici=08888892%28199403%298%3A1%3C207%3AAEEOPN%3E2.0.CO%3B2-I&origin=ISI&cookieSet=1 6  
  • Anexo 1Autor Record %URALNICK, R 4 5.88%JOHNSON, NF 4 5.88%CHAVAN, V 3 4.41%COSTELLO, MJ 3 4.41%JONES, AC 3 4.41%MASNER, L 3 4.41%SARKAR, IN 3 4.41%VANDEN 3 4.41%BERGHE, EHILL, AW 2 2.94%HOBERG, EP 2 2.94%MEIRTE, D 2 2.94%MERGEN, P 2 2.94%PAGE, RDM 2 2.94%PATTERSON, DJ 2 2.94%PETERSON, AT 2 2.94%POLASZEK, A 2 2.94%PYLE, RL 2 2.94%RAJMOHANA, K 2 2.94%REMSEN, D 2 2.94%Tabla1: En la que se muestran los nombres delos principales autores de documentos eninformática para la biodiversidad, de acuerdo alnúmero y porcentaje que representan. Gráfica1 En esta gráfica podemos observar que el mayor porcentaje de publicaciones las tiene EUA y el menor México y Noruega.  7  
  • Grafica 2. En esta gráfica podemos observar que la Universidad de Colorado reporta el mayor número de publicaciones; cabe mencionar que en su mayoría son norteamericanas. Gráfica3. Esta grafica está basada en la aparición de primer artículo relacionado con el tema de informática para la biodiversidad y vemos un claro incremento en los últimos cuatro años, para este rubro no se toma en cuenta el 2010 por que es el año en curso; sin embargo se espera que supere el 2009. 8  
  • Gráfica 4. La revista en la que más se ha publicado es Zootaxa, seguida por BCM y la que menos reportes tiene es Zookeys.  Grafica 5. El área de estudio en la que más se publica es en ecología y la que menos publicaciones presenta es estadística, pero se espera que los números de las menores crezcan en los próximos años.  9  
  • Gráfica 6. Esta gráfica nos muestra que el número de citas se ha ido acrecentando, de igual forma que en otros rubros se esperan incrementos.La figura 1 El diagrama muestra el flujo de datos y las herramientas necesarias para crear el mapa mundial de diversidad biológica enevolución. Fuentes de datos distribuidas de la biodiversidad, incluyendo datos de observaciones, datos de los archivos digitales comofotografías, los sonidos o publicada sobre la literatura y la historia natural de datos las colecciones, se publican en una datos sobre labiodiversidad del portal en un formato común fomentar la agregación y el intercambio. Los nuevos datos son instantementealimentados en los portales. Georreferenciada datos sobre la biodiversidad puede ser presentada en el mapa mundial de diversidadbiológica. Los servicios externos de análisis se pueden acumular datos sin la diversidad biológica desde el portal, y genéticos conexos,los datos fenotípicos y ambientales, a fin de crear nuevos puntos de vista y conocimientos sobre diversidad biológica nueva, sí quepuede representarse de nuevo en el mapa. Cada una de estas capas está disponible para los usuarios interesados, quienes podrándesarrollar sus propios flujos de trabajo a fin de rastrear las regiones y los taxones de interés. (Guralnick y Hill, 2009) 10