1. Abstract
In de natuur leven veel bacteriën in oppervlakte geassocieerde
gemeenschappen of biofilms. Biofilms aanwezig op de intertidale sedimenten
in de Paulinapolder worden reeds enkele jaren bestudeerd door de
onderzoeksgroep Protistologie en Aquatische Ecologie (PAE) van de Ugent
met vooral aandacht voor de diatomeeën aanwezig in deze biofilm. De
bacteriële aanwezigheid werd tot nu toe grotendeels buiten beschouwing
gelaten. Maar nu duidelijk is dat bacteriën wel degelijk van groot belang zijn in
deze omgeving is er, in samenwerking met het laboratorium voor
Microbiologie, onderzoek gestart waarbij naast de diatomeeën ook de
bacteriën aandacht krijgen. In de toekomst wil men de moleculaire
mechanismen die instaan voor de vorming en communicatie van deze
gemeenschappen in kaart brengen. Om de interacties tussen de verschillende
micro-organismen te onderzoeken is het noodzakelijk dat de bacteriën
geassocieerd met diatomeeën in deze biofilm worden geïdentificeerd en
geïsoleerd. Dit is het doel van dit project. Voor de isolatie wordt gebruik
gemaakt van specifieke media met als koolstofbron EPS (extracellulaire
polymere substanties) geproduceerd door de diatomeeën. Als voorbereiding
op de bacteriële identificatie wordt gebruik gemaakt van MALDI TOF
massaspectrometrie (matrix assisted laser desorption ionisation time of flight),
dit geeft op een snelle manier een overzicht van de diversiteit van de
bacteriën. Deze techniek stelt ons in staat om identieke isolaten te herkennen.
Daarna zullen de isolaten geïdentificeerd worden met 16S rRNA. Er wordt
uitgegaan van de veronderstelling dat er veel isolaten zullen worden
teruggevonden. De coloniepikkerrobot is hierbij een handig hulpmiddel om de
isolaten op te pikken en over te enten.
geel = structuur, coherentie
groen = bondigheid en academische stijl
blauw = woordenschat
grijs = grammatica en spelling