第52回生命科学夏の学校

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生命科学夏の学校のワークショップで発表したスライドです。

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    1. 1. 文献情報活用術 山本泰智ライフサイエンス統合データベースセンター @yayamamo
    2. 2. In 1993 NCSA/University of Illinois第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
    3. 3. NCSA/University of Illinois第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
    4. 4. As We May ThinkDr. Vannevar Bush From The Atlantic Monthly, July 1945: 101-108.Mendels concept of the laws of genetics was lost tothe world for a generation because his publicationdid not reach the few who were capable of graspingand extending it;and this sort of catastrophe is undoubtedly beingrepeated all about us, as truly significant attainmentsbecome lost in the mass of the inconsequential. 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
    5. 5. 67年前からの課題研究課題は多い研究分野は細分化する研究者は他の多くの研究成果をしっかり吟味出来ない次々に論文が発表されており,一研究者が成果を十分活用出来ない 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
    6. 6. memex ©2011 ACM  0001-0782/11/0200第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
    7. 7. DBCLSでもこの課題に取り組んでいる 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
    8. 8. DBCLSテキスト処理サービス 主にこれらの文献関連データを利 用したサービス これらの辞書データなどを用いた 日本語対応 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
    9. 9. ライセンス再利用性を高めるためのライセンス選択DBCLSで構築した著作物はCreative Commons 表示 2.1 日本(CC BY 2.1) で公開原著作者のクレジットを表示する限り、自由に複製等可能(営利目的も含む) 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
    10. 10. Allie inMeXes文献で使われる略語 文献で使われる英語を検索 表現を検索 キュレーション支援 日本語 随時更新 無料 TogoDoc Suite 文献情報を管理 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
    11. 11. Allie略語とその展開形を検索 Allie http://allie.dbcls.jp/
    12. 12. danmachold第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
    13. 13. 生命科学分野の文献中には略語が多い 2200万件研究者により自由に略語が生み出されている発表文献数は増加 (PubMedには2000報以上追加/日) 5万6千略語多くの多義語・類義語が存在 (出現頻度10以上)読み手に誤解と混乱を生じさせる Year 2012PC: personal computer, primary care, prostate cancer, ...Alcoholic chronic pancreatitis: ACP, alcoholic CP, ... 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
    14. 14. 生命科学分野の文献中には略語が多い 2200万件研究者により自由に略語が生み出されている発表文献数は増加 (PubMedには2000報以上追加/日) 5万6千略語多くの多義語・類義語が存在 (出現頻度10以上)読み手に誤解と混乱を生じさせる Year 2012PC: personal computer, primary care, prostate cancer, ...Alcoholic chronic pancreatitis: ACP, alcoholic CP, ... 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
    15. 15. 生命科学系の略語を簡単に調 べる方法はないか? 新たに作られた略語も含めて
    16. 16. 計算機を用いて自動的に抽出 Lactate dehydrogenase - LDH 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
    17. 17. 約2200万件 reactive oxygen species ROShigh-performance liquid chromatography FTIR superoxide dismutase SOD MEDLINEに含まれる全文献情報を対象に抽出 約1200万ペア 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
    18. 18. Allie日本語訳があれば提示reactive oxygen species / 活性酸素種, 反応性酸素生成物よく使われる分野を提示、絞り込みも可Biochemistry / 生化学, 生物化学出現文献情報を提示ROS - (1980) Evidence for both oxygen and non-oxygen dependentmechanisms of antibody sensitized target cell lysis by human monocytes.同じ文献で使われている他の略語 (共起略語) も提示ROS -SOD, NO, NAC, ... 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
    19. 19. 発展的な利用自分でプログラムを書いて必要なデータを取得する人向けftpでデータベースのダウンロードが無料で可能 毎週更新APIにより利用者の開発したプログラムから検索可能 SOAP / REST / SPARQL http://data.allie.dbcls.jp/ 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
    20. 20. 生物化学分野で頻出する略語 略語 展開形 展開形 (和訳) 頻度ROS reactive oxygen species ((単複同形)) 活性酸素種, 反応性酸素生成物 23263 (カルシウムとジアシルグリセロールにより活性化されるタンパク質リンPKC protein kinase C 酸化酵素ファミリー) プロテインキナーゼC, リン脂質依存性タンパク質 18579 リン酸化酵素, リン脂質依存性タンパク質キナーゼLDL low-density lipoprotein 低密度リポタンパク質, 低比重リポ蛋白, 低比重リポタンパク質 16633WT wild-type 野生型 14845EGF epidermal growth factor 上皮増殖因子, 上皮細胞増殖因子, 上皮成長因子, 上皮細胞成長因子 14149 (活性酸素消去酵素) スーパーオキシドジスムターゼ, スーパーオキサイドSOD superoxide dismutase 13781 ジスムターゼHDL high-density lipoprotein 高密度リポタンパク質, 高比重リポタンパク質, 高比重リポ蛋白 11991ER endoplasmic reticulum (解剖) 小胞体 11715 mitogen-activated protein (細胞内シグナル伝達を担うリン酸化酵素) マイトジェン活性化プロテイMAPK 10870 kinase ンキナーゼ, 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ, MAPキナーゼ (代表的な細胞増殖抑制因子) トランスフォーミング増殖因子β, 形質転換TGF-beta transforming growth factor-beta 9833 増殖因子β, トランスフォーミング成長因子β 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
    21. 21. http://allie.dbcls.jp/ 略語のアリー 検索 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
    22. 22. 動画チュートリアル (統合TV)http://togotv.dbcls.jp/20100831.html#p01 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
    23. 23. inMeXes (インメクセズ)文献中に書かれている英語表現を検索 inMeXes http://docman.dbcls.jp/im/
    24. 24. 英作文をしていると出くわす悩みis associated に続く前置詞は何だったっけ?リン酸化に対応する英単語、phosの続きはどう綴ったかな?associated with を修飾する副詞、文献でよく使われているものは?thermodynamic parameters には the が付くことが多い?付いている場合の実際の文章は? is associated ... 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
    25. 25. inMeXes にお任せください! 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
    26. 26. inMeXes高速MEDLINEに含まれる全ての題目、要旨中の表現を高速に検索軽快4文字以上入力すると、キーを叩く毎に検索結果を表示便利結果は頻度順、気になる表現をクリックすると関連情報を表示 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
    27. 27. 少し進んだ使い方were _ correlated with の _ に当たる副詞はどんな語が多くMEDLINE中では使われているのだろう?正規表現フィルタを使うと検索可能検索に時間がかかる場合があるので注意 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
    28. 28. 発展的な利用API (JSONP) による検索が可能 ご自身のブログやホームページに検索サービスを埋め込めます API Keyなどの認証は不要 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
    29. 29. http://docman.dbcls.jp/im/ インメクセズ 検索 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
    30. 30. 動画チュートリアル (統合TV)http://togotv.dbcls.jp/20091216.html#p01 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
    31. 31. TogoDoc Suite文献情報とPDFファイルを効率良く整理http://docman.dbcls.jp/pubmed_recom
    32. 32. Lawrence Berkeley National Laboratory mteson 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
    33. 33. 日々流される情報の横必要な情報の取得が困難 電子ジャーナル、読後は DPFファイルがPCに蓄積 研究者の興味に基づく情報の取得・ 整理が可能な環境を実現出来ないか? 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
    34. 34. TogoDoc Suite TogoDoc TogoDocClient TogoDocMobile 文献の検索と整理の効率化研究活動の効率化、DB構築の効率化 TogoDocClientは東京大学との共同開発 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
    35. 35. TogoDocClient利用者のPCにインストールして利用するソフトウェア利用者 DBCLS TogoDoc TogoDocClientからの情報を処理して文献を推薦したり PDFファイルを保存するインターネット上のサーバーTogoDocMobile利用者のiOSデバイスにインストールして利用するアプリ 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
    36. 36. TogoDoc Suite自身のPCに散逸しがちなPDFファイルを簡単整理フォルダ指定で自動解析、ファイル名自動変更も可取得済みの文献情報を基にしたお薦め文献検索PubMed/MEDLINE中の文献情報から提示取得済みPDFファイルのDBCLS内サーバーへの保管複数のPCを利用していてもコピー不要 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
    37. 37. TogoDocClient使い方OpenIDを取得TogoDocClientのダウンロードとインストール普段PDFファイルが保存されるフォルダの確認と指定詳細は http://tdc.cb.k.u-tokyo.ac.jp/jinstall.html を参照 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
    38. 38. 注意点OpenIDは http:// から始まる標記がユーザーIDであること例 http://openid.dbcls.jp/user/your_user_nameOpenIDを入力する際に、your_user_name だけ入力するのは誤りOpenIDサーバー自体にログインする際 your_user_name を入力→ OpenIDサーバーにログインと、OpenIDを利用したサービスにログインの違いを認識するWindowsでは圧縮ファイルのダブルクリックでは解凍にならない→ 対象ファイルアイコンを右クリックして表示されるメニューから「全て展開(T)...」を選択する 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
    39. 39. TogoDocMobile使い方AppStoreでTogoDocMobileを検索 (iPhone, iPad, iPod touch)アプリのインストールOpenIDの設定 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
    40. 40. TogoDocMobile推薦文献の確認PubMed検索全文PDFファイルの取得、閲覧 (可能な環境であれば)お気に入り文献の登録ソーシャルサービスへの投稿 (Twitter、facebook、Evernote) 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
    41. 41. http://docman.dbcls.jp/pubmed_recom 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
    42. 42. 動画チュートリアル (統合TV)http://togotv.dbcls.jp/20110328.html#p01 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
    43. 43. DBCLSの各種開発サービスは以下のアドレスから http://biosciencedbc.jp/ 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
    44. 44. 終第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター

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