Ajacs33 文献の検索とその整理方法

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2012/8/7に農業・食品産業技術総合研究機構 果樹研究所にて開催の「統合データベース講習会:AJACS筑波2」で使用のスライドです。

http://events.biosciencedbc.jp/training/ajacs33

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Ajacs33 文献の検索とその整理方法

  1. 1. 文献情報関連サービスの活用法ライフサイエンス統合データベースセンター山本泰智 ライフサイエンス統合データベースセンター
  2. 2. PubMed検索最新情報 インターフェースが変化し続けている http://pubmed.gov/ ライフサイエンス統合データベースセンター
  3. 3. 効率的な検索を可能にする機能• 柔軟なフィルタ機能を検索結果ページに配置( NCBIによるチュートリアル:http://www.youtube.com/watch?v=KGs547njZ7U )• 発表年による絞り込みを容易にする対話的なグラフを配置• より詳細な条件設定を可能にするフォームを配置 ライフサイエンス統合データベースセンター
  4. 4. 例: MeSHタームCitrusを主要項目に持つ文献群 ライフサイエンス統合データベースセンター
  5. 5. ライフサイエンス統合データベースセンター
  6. 6. MeSHタームを利用していますか? ライフサイエンス統合データベースセンター
  7. 7. Citrus/genetics* ライフサイエンス統合データベースセンター
  8. 8. MeSH (Medical Subject Headings) ターム• 概念階層関係を持つ統制語彙 (語彙数は約2万6千) で毎年更新される• MEDLINE収録の全文献に対しNational Library of Medicine (NLM) の約100人の 専門スタッフがMeSHタームを用いた注釈付けを行う• 全員が生命科学関係の学士以上の学位を有す• PubMed検索時に利用することで効率良く目的の文献を見つけられる• MEDLINEの代表的な特徴 ライフサイエンス統合データベースセンター
  9. 9. MeSHデータベースを利用したPubMed検索 ライフサイエンス統合データベースセンター
  10. 10. ライフサイエンス統合データベースセンター
  11. 11. ① ③② ライフサイエンス統合データベースセンター
  12. 12. ライフサイエンス統合データベースセンター
  13. 13. MeSHツリー ライフサイエンス統合データベースセンター
  14. 14. 下記の語を入力して試す jillmottsorange, lemon, grapefruit, tangerine Dave Lifson ライフサイエンス統合データベースセンター
  15. 15. Allie inMeXes文献で使われる略語 文献で使われる英語を検索 表現を検索 キュレーション支援 日本語 随時更新 無料 TogoDoc Suite 文献情報を管理 ライフサイエンス統合データベースセンター
  16. 16. Allie (アリー)文献で使われる略語とその展開系を検索 Allie http://allie.dbcls.jp/ ライフサイエンス統合データベースセンター
  17. 17. danmacholdライフサイエンス統合データベースセンター
  18. 18. 生命科学分野の文献中には略語が多い• 研究者により自由に略語が生み出されている発表文献数は増加の一途 (PubMedには2000報以上追加/日)• 多くの多義語・類義語が存在• 読み手に誤解と混乱を生じさせる 2200万件PC: personal computer, primary care, prostate cancer, ...Alcoholic chronic pancreatitis: ACP, alcoholic CP, ... 5万6千略語 (出現頻度10以上) Year 2012 ライフサイエンス統合データベースセンター
  19. 19. 生命科学分野の文献中には略語が多い• 研究者により自由に略語が生み出されている発表文献数は増加の一途 (PubMedには2000報以上追加/日)• 多くの多義語・類義語が存在• 読み手に誤解と混乱を生じさせる 2200万件PC: personal computer, primary care, prostate cancer, ...Alcoholic chronic pancreatitis: ACP, alcoholic CP, ... 5万6千略語 (出現頻度10以上) Year 2012 ライフサイエンス統合データベースセンター
  20. 20. 生命科学系の略語を簡単に調べる方法はないか? 新たに作られた略語も含めて ライフサイエンス統合データベースセンター
  21. 21. 計算機を用いて自動的に抽出 complementary DNA - cDNA ライフサイエンス統合データベースセンター
  22. 22. 約2200万件 reactive oxygen species ROShigh-performance liquid chromatography FTIR superoxide dismutase SOD MEDLINEに含まれる全文献情報を対象に抽出 約1200万ペア ライフサイエンス統合データベースセンター
  23. 23. Allie• 日本語訳があれば提示 reactive oxygen species / 活性酸素種, 反応性酸素生成物• よく使われる分野を提示、絞り込みも可能 Biochemistry / 生化学, 生物化学• 出現文献情報を提示 ROS - (1980) Evidence for both oxygen and non-oxygen dependent mechanisms of antibody sensitized target cell lysis by human monocytes.• 同じ文献で使われている他の略語 (共起略語) も提示 ROS -SOD, NO, NAC, ... ライフサイエンス統合データベースセンター
  24. 24. 発展的な利用• ftpでデータベースのダウンロードが無料で可能 • 毎週更新• APIにより利用者の開発したプログラムから検索可能 • SOAP / REST / SPARQL • http://data.allie.dbcls.jp/ ライフサイエンス統合データベースセンター
  25. 25. http://allie.dbcls.jp/ 略語のアリー 検索 ライフサイエンス統合データベースセンター
  26. 26. 動画チュートリアル(統合TV) http://togotv.dbcls.jp/20100831.html#p01 ライフサイエンス統合データベースセンター
  27. 27. Citrusに関する文献群によく出る略語集略語 展開系(英語表記) 和訳 出現頻度ROS reactive oxygen species ((単複同形)) 活性酸素種, 反応性酸素生成物 23263HPLC high-performance liquid chromatography 高速液体クロマトグラフィー, ((俗)) 高速液クロ 19082SOD superoxide dismutase (活性酸素消去酵素) スーパーオキシドジスムターゼ, スーパーオキサイドジスム 13781 ターゼMDA malondialdehyde (過酸化脂質からの生成物) マロンジアルデヒド 9974PKA protein kinase A (細胞内シグナル伝達系酵素) プロテインキナーゼA, サイクリックAMP依存性タン 7234 パク質リン酸化酵素, サイクリックAMP依存性タンパク質キナーゼPBMCs peripheral blood mononuclear cells 末梢血単核球 5241DFT density functional theory (電子系のエネルギーを電子密度から計算する理論) 密度汎関数理論, 密度汎関数法 5227FDA Food and Drug Administration (アメリカ合衆国) 食品医薬品局, 食品医薬品庁 5073CAT catalase (酵素) カタラーゼ 4587GC-MS gas chromatography-mass spectrometry ガスクロマトグラフィー質量分析 4142CREB cAMP response element-binding protein cAMP応答配列結合タンパク質, サイクリックAMP応答配列結合タンパク質 2701AMPK AMP-activated protein kinase (肝細胞で糖・脂質代謝酵素をリン酸化調節する酵素) AMP活性化タンパク質キ 2509 ナーゼ, AMP活性化プロテインキナーゼMAPKs mitogen-activated protein kinases (細胞内シグナル伝達を担うリン酸化酵素) マイトジェン活性化プロテインキナー 2163 ゼ, 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ, MAPキナーゼSTAT signal transducer and activator of transcription シグナル伝達性転写因子 1869SPME solid-phase microextraction (環境分析) 固相マイクロ抽出, 固相マイクロ抽出法 1703VOCs volatile organic compounds 揮発性有機化合物 1652Al aluminum (元素) アルミニウム 1253HFD high-fat diet 高脂肪食 1108 ライフサイエンス統合データベースセンター
  28. 28. 試す• CATを略語とする展開形を検索• 共起略語をみて、Citrus関連文献でより多く使われているものは何か確認する• 目的の展開形について、詳細情報として実際に利用されている表現や文献リストを確認する ライフサイエンス統合データベースセンター
  29. 29. inMeXes (インメクセズ)文献中に書かれている英語表現を検索 inMeXes http://docman.dbcls.jp/im/ ライフサイエンス統合データベースセンター
  30. 30. 英作文をしていると出くわす悩み• is associated に続く前置詞は何だったっけ?• リン酸化に対応する英単語、phosの続きはどう綴ったかな?• associated with を修飾する副詞、文献でよく使われているものは何だろう?• thermodynamic parameters には the が付くことが多い? 付いている場合の実際の文章は? is associated ... ライフサイエンス統合データベースセンター
  31. 31. inMeXes にお任せください! ライフサイエンス統合データベースセンター
  32. 32. inMeXes• 高速 MEDLINEに含まれる全ての題目、要旨中の表現を高速に検索• 軽快 4文字以上入力すると、キーを叩く毎に検索結果を表示• 便利 結果は頻度順、気になる表現をクリックすると関連情報を表示 ライフサイエンス統合データベースセンター
  33. 33. 発展的な利用• API (JSONP) による検索が可能 • ご自身のブログやホームページに検索サービスを埋め込めます • API Keyなどの認証は不要 ライフサイエンス統合データベースセンター
  34. 34. http://docman.dbcls.jp/im/ インメクセズ 検索 ライフサイエンス統合データベースセンター
  35. 35. 動画チュートリアル(統合TV) http://togotv.dbcls.jp/20091216.html#p01 ライフサイエンス統合データベースセンター
  36. 36. 試す• ‘contribute’と入力して続く前置詞を確認する• ‘information’と入力して下記の表現の利用頻度をみる • information of • information on • information about• 以上の表現について、実際の文章を確認する ライフサイエンス統合データベースセンター
  37. 37. TogoDoc Suite (統合ドック)文献情報とPDFファイルを効率良く整理 http://docman.dbcls.jp/pubmed_recom ライフサイエンス統合データベースセンター
  38. 38. Lawrence Berkeley National Laboratory mteson ライフサイエンス統合データベースセンター
  39. 39. 日々流される情報の横必要な情報の取得が困難 電子ジャーナル、読後は DPFファイルがPCに蓄積 研究者の興味に基づく情報の取得・ 整理が可能な環境を実現出来ないか? ライフサイエンス統合データベースセンター
  40. 40. TogoDoc TogoDocClient TogoDocMobile 文献の検索と整理の効率化研究活動の効率化、DB構築の効率化 TogoDocClientは東京大学との共同開発 ライフサイエンス統合データベースセンター
  41. 41. TogoDocClient利用者のPCにインストールして利用するソフトウェア @DBCLS 利用者 TogoDoc TogoDocClientからの情報を処理して文献を推薦したり PDFファイルを保存するインターネット上のサーバーTogoDocMobile利用者のiOSデバイスにインストールして利用するアプリ ライフサイエンス統合データベースセンター
  42. 42. TogoDoc Suite• 自身のPCに散逸しがちなPDFファイルを簡単整理 フォルダ指定で自動解析、ファイル名自動変更も可• 取得済みの文献情報を基にしたお薦め文献検索 PubMed/MEDLINE中の文献情報から提示• 取得済みPDFファイルのDBCLS内サーバーへの保管 複数のPCを利用していてもコピー不要 ライフサイエンス統合データベースセンター
  43. 43. TogoDocClient使い方• OpenIDを取得• TogoDocClient のダウンロードとインストール• 普段PDFファイルが保存されるフォルダの確認と指定• 詳細は http://tdc.cb.k.u-tokyo.ac.jp/jinstall.html を参照 ライフサイエンス統合データベースセンター
  44. 44. TogoDocMobile使い方• TogoDocMobileを検索 (iPhone, iPad, iPod touch)• アプリのインストール• OpenIDの設定 ライフサイエンス統合データベースセンター
  45. 45. TogoDocMobile• 推薦文献の確認• PubMed検索• 全文PDFファイルの取得、閲覧• お気に入り文献の登録• ソーシャルサービスへの投稿 ライフサイエンス統合データベースセンター
  46. 46. TogoDochttp://docman.dbcls.jp/pubmed_recom ライフサイエンス統合データベースセンター
  47. 47. 動画チュートリアル(統合TV) http://togotv.dbcls.jp/20110328.html#p01 ライフサイエンス統合データベースセンター
  48. 48. 文献登録 - PubMedIDのリストを用いる場合 ライフサイエンス統合データベースセンター
  49. 49. 文献登録 - RIS形式のファイルを用いる場合 ライフサイエンス統合データベースセンター
  50. 50. 文献登録 - PubMed検索結果を用いる場合 ライフサイエンス統合データベースセンター
  51. 51. ライフサイエンス統合データベースセンター
  52. 52. ライフサイエンス統合データベースセンター
  53. 53. 文献登録 - PubMed検索結果で200件以下の場合 ライフサイエンス統合データベースセンター
  54. 54. ライフサイエンス統合データベースセンター
  55. 55. 全部のPubMedIDを選択してコピーMacの場合は⌘とAを同時に押し、 次に⌘とCを同時に押す Winの場合はコントロールキー (Ctrl)とAを同時に押し、 次にCtrlキーとCを同時に押す ライフサイエンス統合データベースセンター
  56. 56. 1 この辺りを 2 クリック Macは⌘とVを同時に押すWinはCtrlキーとVを同時に押す ライフサイエンス統合データベースセンター
  57. 57. TogoDochttps://docman.dbcls.jp/pubmed_recom TogoDocClient http://tdc.cb.k.u-tokyo.ac.jp/ 情報交換 http://twitter.com/togodoc TogoDoc 検索 ライフサイエンス統合データベースセンター
  58. 58. 終 ライフサイエンス統合データベースセンター

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