Spotfire_8

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Spotfire_8

  1. 1. 次世代シークエンサから得られる 大規模データにおける Spotfireを用いた解析手法 第8回スポットファイアーユーザ総会 ライフサイエンス統合データベースセンター  リサーチアシスタント  奥田裕樹
  2. 2. 今日お話すること 大量のデータ を Spotfireで どのように処理するのか 次世代シークエンサから出る
  3. 3. 自己紹介 • 奥田裕樹 • DBCLS リサーチアシスタント • 新世代DNA塩基配列解析技術の開発 http://g86.dbcls.jp/~yag/wordpress/twitter id : yag_ays
  4. 4. 自己紹介 • Spotfireとの関わり • Spotfire 3.0から • 個人的な解析のみ • これまで第7回ユーザ総会および第9回ユー ザ会ワークショップに参加
  5. 5. 次世代シークエンサ • サンガー法などの従来の方法とは異な るゲノム解読装置 • 短い塩基配列を大量に読む • 利用方法 ・de novoアセンブリ ・RNA-Seq ・ChIP-Seq ・エピゲノム ・SNP探索
  6. 6. 次世代シークエンサのスペック read length (base) day / run base/run (Gb) Solexa (50bp) SOLiD3 454 FLX Ti (330bp) 75 9.5 20.5 - 25 50 6 - 7 20 - 30 400 0.4 0.4 - 0.6 http://spreadsheets.google.com/pub?key=tQ5PDSBsSTkLXhDQFugandg&output=html
  7. 7. 遺伝子発現解析 発現量 発現領域 • 発現量の絶対定量 • わずかな発現量も検出できる • 発現領域決定(高解像度) http://g86.dbcls.jp/mtblm/b/NM_133977
  8. 8. Cell RNA fragments mRNA AAAAA AAAAA AAAAA Mapping
  9. 9. ORF gt ag ag or
  10. 10. 発現領域・発現量の推定 • 読んだ配列をマッピング • エキソン・イントロン領域を推定 • FPKM (Fragments Per Kilobase of exon model per Million mapped fragments)   で正規化 遺伝子ID 発現領域 発現量
  11. 11. 今回使用するデータ Refseq id diff FPKM...etc
  12. 12. Reference Analyzed data diff
  13. 13. Spotfire解析画面 組織1 組織2 組織3
  14. 14. 発現量が高く 発現領域の差が大きい
  15. 15. 外部データベースの活用 • 大量のデータから絞り込んだ特定の  遺伝子の特徴などを外部データベース で検索する
  16. 16. Spotfireからブラウザへ • レンダラーの設定
  17. 17. http://g86.dbcls.jp/mtblm/
  18. 18. 今後の予定 • 次世代シークエンサの解析パイプライ ンを作成し,Spotfire側で用意したフ レームワークと連携 http://g86.dbcls.jp/~yag/spotfire.pdf スライド

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