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2016.7.9
FOSS4G2016 Hokkaido
CartoDBを使った
インフルエンザ患者数推移の可視化
新潟大学医歯学総合病院
鈴木 翼
2016.6 信濃川のほとりにて
JUST IN!!
2016.7.9
FOSS4G2016 Hokkaido
CartoDBを使った
インフルエンザ患者数推移の可視化
新潟大学医歯学総合病院
鈴木 翼
2016.6 信濃川のほとりにて
CARTO
自己紹介
• 鈴木 翼(すずき・つばさ)
• 大学病院で地域医療を担う医学生・研修医教育をしてます
• 医師、博士(医学)
– 学位論文テーマ:小児に対するインフルエンザワクチンの有効性
• 専門:公衆衛生学、疫学(特に感染症、社会疫学分野)
...
参加の動機
• 保健医療分野ではGISはまだまだこれから
• 仕事ではA○c使いだがFOSS4Gにも興味アリ
• 宴会部長のK保女史に日本酒で釣られた
• 専門分野を生かして何か貢献ができないだろ
うか・・・
4/49http://pictog...
今日のお話
• WebGIS初心者の私が、初めてCARTOを
使ってみた話
• 毎冬の話題になるインフルエンザの流行
を、公開データを使って可視化しようと
した話
• 医療分野の地域課題とかなんとか
2/49
• インフルエンザウイルスによる感染症
• 流行時期:12~3月頃(北半球の温帯地域)
• 症状:38℃以上の発熱、頭痛、関節痛、
筋肉痛、のどの痛み、鼻汁、咳 など
• 乳幼児や高齢者では肺炎や急性脳症を併発
することも
• 日本での推定患者...
インフルエンザ、それは人類と感染症の戦いの歴史
“The Burden of Disease and the Changing Task of Medicine” http://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJ...
流行はどこから来てどこへ行くのか?
可視化の取り組みはいろいろあるが…
MLインフルエンザ流行前線情報DB
(全国の医師有志による)
△あくまで注意喚起のためのマップ △情報量に偏りが…
国立感染症研究所
感染症情報センター
そもそも可視化する...
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た
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使用データ
• 北海道感染症情報センター
2015-16シーズン(2015.10~2016.4)の
保健所管区別・定点医療機関*当たりインフ
ルエンザ患者報告数
http://www.iph.pref.hokkaido.jp/kansen/50...
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Sign UpもGoogleアカウントで簡単。
11/49
CARTO上で、保健所管区shpファイルと
報告数Excelファイルを結合
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2015年第43週
2015年第44週
2015年第45週
2015年第49週
2015年第49週
2015年第49週
2015年第49週
2015年第50週
2015年第51週
2015年第52週
2015年第53週
2016年第01週
2016年第02週
2016年第03週
2016年第04週
2016年第05週
2016年第06週
2016年第07週
2016年第08週
2016年第09週
2016年第10週
2016年第11週
2016年第12週
2016年第13週
2016年第14週
2016年第15週
2016年第16週
流行を色分けしてみた。
• 流行地域が道内を行ったり来たりする様子
• 一般的に、
– 人が多い地域から人が少ない地域へ幹線に沿って
– 平均気温が低い地域から高い地域へ
動くといわれているのだが・・・
40/49
流行がピークになる週をとってみた
• 西部から北東部に流行が広がる動きが
ありそうだ。
札幌市保健所管区 稚内保健所管区
釧路保健所管区
流行ピークになるまで
約1か月半のブランク
2月初旬にピーク 3月中旬にピーク
3月中旬にピーク
42/49
まとめ
• 公開されているインフルエンザ患者数
データを使って、流行を可視化できた!
• 道路・鉄道網、人の流れとの関連
• 気象条件との関連
(´-`).。oO(今度は全国規模で
やりたいなぁ…)
43/49
そう思った皆様、他県の現状をご覧...
先生、PDFしかありません!
http://www2.pref.iwate.jp/~hp1353/kansen/pdf/2016/i2016-05.pdf 44/49
先生、過去のデータが消されてます!
http://www.pref.niigata.lg.jp/kenko/1232492573101.html
45/49
ということで。
• 厚労省にガツンと一言言ってくださる方
今年の秋から来年春にかけて、全国各地
の感染症情報センターに散らばっている
患者数データの収集をお手伝いしてくだ
さる方、勧募。
tsubasas@med.niigata-u.ac.jp...
もうひとこと言わせて
• 「地域課題の発見・解決」は、
地域医療・地域保健でも重要なフレーズ
• しかし現状、一部の医療者でしか対応で
きていない。
– 個人情報を含むデータの問題
– ツールがない、知らない
– 非医療者に助けを求めることへの...
データの問題
⇒オープンデータがあるじゃないか!
ツールがない、知らない
⇒FOSS4Gがあるじゃないか!
非医療者に助けを求めることへの抵抗感
逆に非医療者が手を伸ばすことの抵抗感
⇒そんなもの幻想です!
医療者は助けを求めています!
48/...
一緒にやりませんか!
• 医療だからって及び
腰にならないで!
• 外からの新しい発想
大歓迎!
• 大学の人間として、
人つなぎやデータ出
しは協力できる範囲
でお手伝いします
49/49
ご清聴ありがとうございました。
米とアイドルの街、新潟に来なせや♡
あなたに炊かれたい♡
新潟ライスガールズ『米色の片想い』
YouTubeにて絶賛公開中!
https://youtu.be/u21J9a8zzZM
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Cartoを使ったインフルエンザ患者数推移

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2016.7.9 FOSS4G Hokkaido発表資料

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Cartoを使ったインフルエンザ患者数推移

  1. 1. 2016.7.9 FOSS4G2016 Hokkaido CartoDBを使った インフルエンザ患者数推移の可視化 新潟大学医歯学総合病院 鈴木 翼 2016.6 信濃川のほとりにて
  2. 2. JUST IN!!
  3. 3. 2016.7.9 FOSS4G2016 Hokkaido CartoDBを使った インフルエンザ患者数推移の可視化 新潟大学医歯学総合病院 鈴木 翼 2016.6 信濃川のほとりにて CARTO
  4. 4. 自己紹介 • 鈴木 翼(すずき・つばさ) • 大学病院で地域医療を担う医学生・研修医教育をしてます • 医師、博士(医学) – 学位論文テーマ:小児に対するインフルエンザワクチンの有効性 • 専門:公衆衛生学、疫学(特に感染症、社会疫学分野) – GISを使った感染症の空間疫学、救急搬送患者データ解析、etc • 日本医師会認定産業医、日本旅行医学会認定医 @hane_fuwa2 • 副業:新潟交響楽団打楽器奏者 中学校の部活で楽器のトレーナー 3/49
  5. 5. 参加の動機 • 保健医療分野ではGISはまだまだこれから • 仕事ではA○c使いだがFOSS4Gにも興味アリ • 宴会部長のK保女史に日本酒で釣られた • 専門分野を生かして何か貢献ができないだろ うか・・・ 4/49http://pictogram2.com/
  6. 6. 今日のお話 • WebGIS初心者の私が、初めてCARTOを 使ってみた話 • 毎冬の話題になるインフルエンザの流行 を、公開データを使って可視化しようと した話 • 医療分野の地域課題とかなんとか 2/49
  7. 7. • インフルエンザウイルスによる感染症 • 流行時期:12~3月頃(北半球の温帯地域) • 症状:38℃以上の発熱、頭痛、関節痛、 筋肉痛、のどの痛み、鼻汁、咳 など • 乳幼児や高齢者では肺炎や急性脳症を併発 することも • 日本での推定患者数:年間約1600万人 – 国民の15%が罹る(小児では30%!) – ピーク時には1週間で約200万人 インフルエンザ 5/49
  8. 8. インフルエンザ、それは人類と感染症の戦いの歴史 “The Burden of Disease and the Changing Task of Medicine” http://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMp1113569 スペイン風邪(1918) 全世界で5000万人が死亡 インフルエンザウイルスの 発見(1933) 医療・衛生環境の発達 ワクチンの普及 100年前の 死因第1位は インフルエンザ ・近年も世界的パンデミック(2009) ・中国でのH7N9型流行(2013) ・高病原性鳥インフルエンザなど、 未だに大流行への危機は潜在 6/49
  9. 9. 流行はどこから来てどこへ行くのか? 可視化の取り組みはいろいろあるが… MLインフルエンザ流行前線情報DB (全国の医師有志による) △あくまで注意喚起のためのマップ △情報量に偏りが… 国立感染症研究所 感染症情報センター そもそも可視化するために必要なデータはどこに? 7/49
  10. 10. あ る じ ゃ ん ! と い う こ と で イ ン ス パ イ ア さ せ て い た だ き ま し た 。 8/49
  11. 11. 使用データ • 北海道感染症情報センター 2015-16シーズン(2015.10~2016.4)の 保健所管区別・定点医療機関*当たりインフ ルエンザ患者報告数 http://www.iph.pref.hokkaido.jp/kansen/501/data.html *定点医療機関:感染症法に基づく感染症発生 動向調査の観測用として定めた医療機関 道内におよそ120カ所(非公表) 9/49
  12. 12. 10/49
  13. 13. Sign UpもGoogleアカウントで簡単。 11/49
  14. 14. CARTO上で、保健所管区shpファイルと 報告数Excelファイルを結合 12/49
  15. 15. 2015年第43週
  16. 16. 2015年第44週
  17. 17. 2015年第45週
  18. 18. 2015年第49週
  19. 19. 2015年第49週
  20. 20. 2015年第49週
  21. 21. 2015年第49週
  22. 22. 2015年第50週
  23. 23. 2015年第51週
  24. 24. 2015年第52週
  25. 25. 2015年第53週
  26. 26. 2016年第01週
  27. 27. 2016年第02週
  28. 28. 2016年第03週
  29. 29. 2016年第04週
  30. 30. 2016年第05週
  31. 31. 2016年第06週
  32. 32. 2016年第07週
  33. 33. 2016年第08週
  34. 34. 2016年第09週
  35. 35. 2016年第10週
  36. 36. 2016年第11週
  37. 37. 2016年第12週
  38. 38. 2016年第13週
  39. 39. 2016年第14週
  40. 40. 2016年第15週
  41. 41. 2016年第16週
  42. 42. 流行を色分けしてみた。 • 流行地域が道内を行ったり来たりする様子 • 一般的に、 – 人が多い地域から人が少ない地域へ幹線に沿って – 平均気温が低い地域から高い地域へ 動くといわれているのだが・・・ 40/49
  43. 43. 流行がピークになる週をとってみた
  44. 44. • 西部から北東部に流行が広がる動きが ありそうだ。 札幌市保健所管区 稚内保健所管区 釧路保健所管区 流行ピークになるまで 約1か月半のブランク 2月初旬にピーク 3月中旬にピーク 3月中旬にピーク 42/49
  45. 45. まとめ • 公開されているインフルエンザ患者数 データを使って、流行を可視化できた! • 道路・鉄道網、人の流れとの関連 • 気象条件との関連 (´-`).。oO(今度は全国規模で やりたいなぁ…) 43/49 そう思った皆様、他県の現状をご覧ください。
  46. 46. 先生、PDFしかありません! http://www2.pref.iwate.jp/~hp1353/kansen/pdf/2016/i2016-05.pdf 44/49
  47. 47. 先生、過去のデータが消されてます! http://www.pref.niigata.lg.jp/kenko/1232492573101.html 45/49
  48. 48. ということで。 • 厚労省にガツンと一言言ってくださる方 今年の秋から来年春にかけて、全国各地 の感染症情報センターに散らばっている 患者数データの収集をお手伝いしてくだ さる方、勧募。 tsubasas@med.niigata-u.ac.jp @hane_fuwa2 46/49
  49. 49. もうひとこと言わせて • 「地域課題の発見・解決」は、 地域医療・地域保健でも重要なフレーズ • しかし現状、一部の医療者でしか対応で きていない。 – 個人情報を含むデータの問題 – ツールがない、知らない – 非医療者に助けを求めることへの抵抗感 – 逆に非医療者が手を伸ばすことの抵抗感 47/49
  50. 50. データの問題 ⇒オープンデータがあるじゃないか! ツールがない、知らない ⇒FOSS4Gがあるじゃないか! 非医療者に助けを求めることへの抵抗感 逆に非医療者が手を伸ばすことの抵抗感 ⇒そんなもの幻想です! 医療者は助けを求めています! 48/49
  51. 51. 一緒にやりませんか! • 医療だからって及び 腰にならないで! • 外からの新しい発想 大歓迎! • 大学の人間として、 人つなぎやデータ出 しは協力できる範囲 でお手伝いします 49/49
  52. 52. ご清聴ありがとうございました。 米とアイドルの街、新潟に来なせや♡ あなたに炊かれたい♡ 新潟ライスガールズ『米色の片想い』 YouTubeにて絶賛公開中! https://youtu.be/u21J9a8zzZM

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