そろそろRStudioの話

そろそろRStudioの話
そろそろRStudioの話でもしてみようと思う 2012/08/04 Tokyo.R#25 和田計也サイバー系
サイバー系はじめに ※この発表は個人の見解であり、所属する組織の公式見解ではありません。 2012/8/4 1
サイバー系自己紹介  和田計也（@wdkz）  静岡県袋井市出身  サイバー系企業でデータマイニングエンジニア職  最近はレポーティング周りの仕事してます  前職はバイオベンチャー  バイオマーカ探索してた  学生時代は枯草菌の研究 2012/8/4 2
サイバー系私はこうしてRStudioに乗り換えました  従来  エディタ(EmEditor) + RGUI featuring コピペ  現在  RStudio  乗り換えた理由  括弧補完してくれたり、オブジェクトの一覧が表示されてるから迷子にならないし、data.frameの中を手軽に見れるし、plot図何枚も保持してくれてるし...  Rmarkdownで記述してknitrでknit htmlして簡単にレポーティングできるから 2012/8/4 3
サイバー系今日お伝えしたいこと 1. RStudio使いましょう！ 2. R Markdownでコード保存しましょう！ 3. knitrのknit HTMLでレポーティングしましょう！ 2012/8/4 4
サイバー系今日のお話 1. RStudioについて 2. R markdownとかknitrとかについて 3. チュートリアル 2012/8/4 5
サイバー系 RStudioとは？  RのIDE(Integrated Development Environment)です  サイト  http://rstudio.org/  スクショ→ 2012/8/4 7
サイバー系 Desktop版とServer版とあります  Desktop版  Server版・誰かがセットアップしてくれたら、みんな使える！・みんなでコードを共有できる！・linuxでしか使えない libraryも使える！ XML, RApache ... 2012/8/4 8
サイバー系インストール＿どっちか選んでね  Desktop版  自分の使ってるOS用のバイナリ落としてダブルクリック  Server版(のUbuntu版) sudo apt-get install r-base sudo apt-get install libssl0.9.8 http://rstudio.org/download/desktop sudo apt-get install libapparmor1 apparmor-utils wget http://download2.rstudio.org/rstudio-server-0.96.316- amd64.deb sudo dpkg -i rstudio-server-0.96.316-amd64.deb ＊RedHat/CentOSでもrpmでインストールできるよ。でもRのバージョンは新し目のにしてね！ http://rstudio.org/download/server 2012/8/4 9
サイバー系 RStudioを起動してみる  Desktop版  アイコンをダブルクリック  Server版  ブラウザでhttp://xxx.xxx.xxx.xxx:8787 ログイン画面 Firefox, Safari, Chrome以外のブラウザだと以下の表示が出て使えない＊ログインには、RStudioがインストールされたサーバのuserとpasswordを使う。 LDAPアカウントを使用する場合は後述。 2012/8/4 10
サイバー系 RStudio 画面_  Desktop版, Server版どちらでも同じです。「Tool」→「Options」 Workspaceとかで画面割は設定できます Source FilesとかPlotsとか Console 2012/8/4 11
サイバー系 RStudio_右上のとこ  Projectを選べるので便利です。 rm(list=ls()); setwd(“~/hogehoge/Prj3”) とかってやんなくていいから、さくさく切り替えられます。これ 2012/8/4 12
サイバー系 RStudio_Sourceパネル  Sourceの種類を選べるが有無を言わずR Markdown形式を選ぶ。(Markdownについては後述) これ 2012/8/4 13
サイバー系 RStudio_Sourceパネル  左下のクリックすると関数一覧が出現して、選択することで関数にjumpできます。これ 2012/8/4 14
サイバー系 RStudio_Sourceパネル  ソース中で実行したいところを選択してRunボタン押すと瞬時にConsoleにソースが転送されて実行されます ②Runボタン ①ここら辺のソースを選択して 2012/8/4 15
サイバー系 RStudio_Workspaceパネル  オブジェクト一覧が出てる(Consoleでls()したものと、その中見がなんとなくわかるようなのが常に表示されてるのはありがたい) 例えばこれクリックすると中見が手軽に見れます 2012/8/4 16
サイバー系 RStudio_FilesとかPlotsとか  デフォで右下のパネル  Plotsはplot()の内容が表示される。矢印ボタンで過去にplotした図に戻れるしZoomとかExportとか駆使して好きなサイズの絵で保存できる。  ?で出てくるHelpもここに出る。 helpはちょい見辛いかな  Filesはdir()の内容が表示されてる。 Server版はUpload機能もありわざわざscpとかしなくていいから便利 2012/8/4 17
サイバー系 (おまけ)RStudio Server特有の話  LDAP権限でログインしたい $sudo vi /etc/pam.d/rstudio #%PAM-1.0 auth requisite pam_succeed_if.so uid >= 500 quiet #追記 #auth required pam_unix.so nodelay #コメントアウト #account required pam_unix.so #コメントアウト auth required pam_ldap.so #追記 account required pam_ldap.so #追記 2012/8/4 18
サイバー系 (おまけ)RStudio Server特有の話  使用するR本体を指定したい $sudo vi /etc/rstudio/rserver.conf rsession-which-r=/usr/lib64/R/bin/R ↑ここで使いたいVersionのRの場所を指定  利用するメモリ量を増やしたい(デフォルトは2G byte) $sudo vi /etc/rstudio/rserver.conf rsession-memory-limit-mb=24000 #再起動 $sudo /usr/lib/rstudio-server/bin/rstudio-server restart ＊ここら辺に載ってます http://rstudio.org/docs/server/configuration 2012/8/4 19
サイバー系 Knitrとは？ knitr ≈ Sweave + cacheSweave + pgfSweave + weaver + animation::saveLatex + R2HTML::RweaveHTML + highlight::HighlightWeaveLatex + 0.2 * brew + 0.1 * SweaveListingUtils ／） + more ／／／）／,.=ﾞ''"／／ i f ,.r='"-‐'つ＿＿＿_ こまけぇこたぁいいんだよ！！ / / _,.-‐'~／⌒ ⌒＼／ ,i ,二ﾆ⊃（ ●）. （●）＼激しく優秀な / ﾉ ilﾞフ::::::⌒（__人__）⌒::::: ＼レポーティング ,ｲ｢ﾄ､ ,!,!| |r┬-| | ツール in R / iﾄヾヽ_/ｨ"＼ `ー'´ ／ 2012/8/4 21
サイバー系ちなみにKnitrを作った人、Yihui Xie Rでマインスイーパできるライブラリも作ってる！ library(fun); mine_sweeper(width = 10, height = 10, mines = 20, text.cex = 2, cheat = FALSE, seed = NULL) 2012/8/4 22
サイバー系 Reproducible Researchを心懸けるには 1. 「Reproducible Research」=「再現可能な研究」データ解析の手順(コード)と結果が一つのファイル内でまとまってるとHappy 参考）RでReproducible Research by @sfchaosさん 2. 簡単な実現方法 RStudioでコーディングして、ソースをR Markdown形式で保存 ↓↓↓↓↓↓↓↓ ↓↓↓↓↓↓↓↓ knit HTMLによりhtml形式で出力＊Markdown・・・軽量マークアップ言語のひとつである。「読みやすく書きやすいプレーンテキストで書け、そして構造的に妥当なXHTML（もしくはHTML）に変換することのできるフォーマット」として、John GruberとAaron Swartzによって考案された。 wikipediaより 2012/8/4 23
サイバー系 R Markdown記法例 ### 初めてのR Markdown レポートのタイトル ```{r} plot(1:10) ここの間にRのコードを書く ``` 記法の詳細は[ここ ](http://www.rstudio.org/docs/authoring/using_markdown)を見てねこんな風に、リンクを貼れたりもできる 2012/8/4 24
サイバー系 R MarkdownのFAQ 1. warningがウザすぎてレポートが見辛い ‘’’{r, warning=FALSE} 2. Rのコードがレポートに無いほうがいい(結果のみがいい) ‘’’{r, echo=FALSE} 3. ggplot2で出力したはずの図が無い print(qplot(1:10)) 4. for文の中でplot(もしくはggplot)を何度か呼び出したはずなのに1枚の図しか出力されてない ```{r, fig.keep=‘all’} 2012/8/4 25
サイバー系 R MarkdownのFAQ＿Table編 1. data.frameをhtmlのtableみたいに表示させたいこの場合はhwriter::hwrite()関数かxtable::xtable()関数がいいと思います。 ‘’’{r, results=‘asis’} print(xtable::xtable(iris), type=‘html’) ``` 2. テーブル中の値を左寄せ、もしくは右寄せにしたい xt <- xtable::xtable(iris) xtable::align(xt) <- rep("l", ncol(iris) + 1) print(xt, type="html") 3. テーブルの枠が表示されないこれはcssを設定しなければいけません →次ページへ 2012/8/4 26
サイバー系 R MarkdownのFAQ＿Table編_枠表示編テーブルの枠が表示されないデフォルトのmarkdown.cssのせいで表示されません。 Winの場合、C:¥Program Files¥RStudio¥resources¥markdown.css Linuxの場合、/usr/lib/rstudio-server/resources/markdown.css body, td { body { font-family: sans-serif; font-family: sans-serif; background-color: background-color: white; white; font-size: 12px; font-size: 12px; 書き換える margin: 8px; margin: 8px; } } td { ： font-family: sans-serif; ： font-size: 12px; table, td, th { margin: 8px; border: none; } } ：： table, td, th { もしくは別ファイルでcss保存しておいて border: solid; options(rstudio.markdownToHTML = } function(inputFile, outputFile) { require(markdown) markdownToHTML(file=inputFile, output=outputFile, stylesheet='my.css') } ) 2012/8/4 27
サイバー系 (参考)Knit HTMLボタン押した時にやられていること 1. knit関数でRmdファイル→mdファイル作成 require(knitr) knit(input=‘sample.Rmd’, output=‘sample.md’) 2. markdownToHTML関数でmdファイル→htmlファイル作成 require(markdown) markdownToHTML(file=‘sample.md’, output=‘sample.html’) 3. browseURL関数でブラウザ起動 utils::browseURL(paste('file://', file.path(getwd(),‘sample.html'), sep='')) 2012/8/4 28
サイバー系 Knit HTMLを実行  ソース書き上がったら「Knit HTML」ボタンを押す 2012/8/4 30
サイバー系 Knit HTML実行中...  暫く待つ 2012/8/4 31
サイバー系 Knit HTML実行結果  内蔵ブラウザでレポートが表示される！ htmlでsaveするかRPubsにpublishするか選びましょう！ htmlの保存ブラウザへ RPUBへ 2012/8/4 32
サイバー系 RPubへpublish  http://rpubs.com/wdkz/1076 コード及び結果はURL リンク先を見て下さい 2012/8/4 33
サイバー系チュートリアル其の弐（というか例）  http://rpubs.com/wdkz/1078 最終的なレポートがhtml形式なので、Rのplotやggplotじゃなくて Google Visualisation APIを利用するって手もあります。コード及び結果はURL リンク先を見て下さい 2012/8/4 34
サイバー系まとめ 1. RStudio使いましょう！ 2. R Markdownでコード保存しましょう！ 3. ＆knitrのknit HTMLでレポーティングしましょう！ 4. あわよくばRPubsで公開しましょう！ 2012/8/4 md 35

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