Atelier sur Pubmed à destination d'internes en médecine, décembre 2012

1. Perrine Helly - Service Commun de Documentation - UBO
BU Santé
Medline via l’interface
Pubmed
Décembre 2012
Décembre 2012 1

2. Objectifs de la séance
 Connaître les principes de constitution de la
base Medline
 Se repérer dans Pubmed
 Savoir effectuer une requête pertinente dans
la base
 Savoir mettre en place des alertes sur un
thème

3. Medline, quelques principes
Spots – Loop_oh Flickr CC-BY-SA

4. Ne pas confondre
Medline ≠ Pubmed
Le contenu L'interface
(la base de données) d'interrogation

5. Bases de données
 Un éditeur privé ou un
organisme institutionnel
 Un référencement humain
 Un thésaurus organisé
 Une interface d'interrogation

6. Medline
 Qui? National Library of Medicine
Etats-Unis)
20 M de références
 Quoi? d'articles biomédicaux,
issues de 5200 périodiques
depuis 1948
 Thésaurus MESH
 Interface PUBMED
(il en existe d'autres)

7. Pubmed, quelques repères
(interface web)
Compass Study – Calsidyrose – Flickr CC-BY

8. Vos premiers pas dans
Pubmed
 Recherche libre sur la grippe H1N1
chez les femmes enceintes
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed

9. Présentation de la liste des
résultats

10. Quelques filtres
 Triez vos résultats pour n'afficher que
les articles écrits en anglais ou en
français
 Précisez votre recherche en ne
sélectionnant que les revues de la
littérature

11. Types d'articles : rappel
 Case report / étude de cas
 Clinical Trial / essai clinique
 Randomized Controlled Trial / essai clinique
en aveugle avec groupe contrôle
 Practice guideline / recommandation de
bonne pratique
 Review / revue de la littérature
 Systematic Review / revue systématique
 Meta-analysis / méta-analyse (Cochrane)

12. Pour des recherches fines : le Mesh
Needle and Thread – Incurable Hippie – Flickr CC-BY-NC

13. S'il te plaît, dessine-moi...
Vocabulaire normalisé
Descripteurs
Hiérarchie
...un thésaurus

14. Plusieurs synonymes, un seul
descripteur officiel
Syndrome, Down
Down's Syndrome
Downs Syndrome
Syndrome, Down's
Mongolism
Down Syndrome
Trisomy 21
Trisomy 21, Meiotic Nondisjunction
Trisomy 21, Mitotic Nondisjunction
Down Syndrome, Partial Trisomy 21
Partial Trisomy 21 Down Syndrome

15. Le thésaurus de Medline :
le MeSH
Medical Subject Headings
Mots-clefs uniquement en anglais
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mesh

16. Le MESH
 Descripteurs (>25 000)
 Qualificatifs (83)
 « L'affiliation Descripteur / Qualificatif est la clé
de l'interrogation de Medline »*
*(citation de Philippe Eveillard dans « Comment faire ses premiers pas sur
Pubmed » La Revue du praticien. Médecine générale A. 2007, n° 766-67,
pp. 411-412)

17. Les opérateurs booléens
.

18. Recherche libre vs. Équation de recherche
Les facteurs environnementaux
de la sclérose en plaques
multiple Multiple
sclerosis Sclerosis/etiology"[Mesh]
environmental AND
factors environment[Mesh]
1213 résultats – pas 378 résultats pertinents
tous pertinents

19. Un exemple de recherche
Articles en français et en anglais sur le
toucher dans la relation soignant-soigné
publiés les 10 dernières années

20. Un exemple de recherche
Articles en français et en anglais sur le
toucher dans la relation soignant-
soigné publiés les 10 dernières années
"Touch"[Mesh] AND "Professional-Patient
Relations"[Mesh]
+ Filters : English, French, published in the
last 10 years

22. Correspondances Mesh français –
Mesh anglais
=> « Mesh bilingue de l’INSERM » :
http://mesh.inserm.fr/mesh/
ou
=> « Portail terminologique de santé »
(CISMEF)
http://pts.chu-rouen.fr/

23. Bref
« Une recherche
bibliographique ne se fait
pas dans les couloirs de
l’hôpital ou entre 2 stations
de métro avec son
smartphone ou sa tablette. »
Philippe Eveillard
Love & Mathematics – Lost Archetype – CC BY-NC-SA sur Flickr

24. Exercices
1- Rechercher les affiliations
descripteurs/qualificatifs correspondant :
 à la chirurgie de l’ostéochondrite
de hanche
 à l’épidémiologie de la maladie
de Crohn

25. Réponses
1- Rechercher les affiliations
descripteurs/qualificatifs correspondant :
 à la chirurgie de l’ostéochondrite de hanche
"Legg-Calve-Perthes Disease/surgery"[Mesh]
 à l’épidémiologie de la maladie de Crohn
"Crohn Disease/epidemiology"[Mesh]

26. 3 façons d'entrer une
requête dans Pubmed
1)À partir d'un mots-clef MESH ( boîte
d'équation de recherche et rebond)

27. 3 façons d'entrer une
requête dans Pubmed
2) À partir du moteur de recherche
avancée (« Advanced »)

28. 3 façons d'entrer une
requête dans Pubmed
3) Directement dans la barre de
recherche simple

29. La veille dans Pubmed : services
personnalisés
Low-flying harrier – Wolfpix – CC-BY-SA flickr

30. My NCBI : votre Pubmed
personnalisé
 Ouvrir un compte sur My NCBI
 « Sign in »
 « Register for an account »

31. Paramétrer dans votre
compte les filtres suivants
 Anglais
 Français
 Texte intégral gratuit
 BU Santé Brest

32. Filtre « BU Santé Brest »

33. Icône UBO pour l'accès
direct au texte intégral

34. Exercice
2 - Saignement de nez et hypertension
Recherche de références à partir des mots MESH et
sauvegarder des références dans MY NCBI

36. Exercice
3 - Les traitements du syndrome coronarien aigu.
Exclure les traitements médicamenteux et la
chirurgie.
Limiter aux recommandations de bonne pratique
publiées ces deux dernières années

37. Exercice
3-
("Acute Coronary
Syndrome/therapy"[Mesh])
NOT
( "Acute
Coronary Syndrome/drug
therapy"[Mesh] OR "Acute
Coronary Syndrome/surgery"[Mesh] )

38. Du problème de la veille
équation de recherche ≠ équation de veille

39. Des mots MESH ?
.
Ne contient pas de
mots MESH
Contient des mots MESH

40. Exercice
4 - Trouvez les articles les plus récents
sur le diagnostic de la
mucoviscidose
(sans utiliser les mots Mesh)

41. Solution : le champ
Title/abstract ou [tiab]
Équation de recherche
« cystic
(pour des résultats les plus
fibrosis/diagnosis »[Mesh]
pertinents possibles)
(« cystic fibrosis »[tiab] OR
Équation de veille
« mucoviscidosis »[tiab]OR
(pour des articles récents / pas
« fibrocystic disease »[tiab])
forcément aussi pertinents)
AND diagnos*[tiab]

42. Créer une alerte dans MyNCBI

44. Retrouvez le support en
ligne sur
http://formation.scd.univ-brest.fr/internes_medecine

45. Ateliers BU Santé 2013
Inscription libre sur
http://formation.scd.univ-brest.fr/internes_medecine
 autres ressources en Santé (parce qu'il n'y a pas que
Pubmed dans la vie...) mercredi 16 et 23 janvier 2013
 Sudoc
 Cochrane Library
 Pascal
 BDSP
 Cismef
 EM-Premium
 Zotero les mercredi 30 janvier, 13 et 20 février 2013