Presentatie stage

626 views

Published on

0 Comments
0 Likes
Statistics
Notes
  • Be the first to comment

  • Be the first to like this

No Downloads
Views
Total views
626
On SlideShare
0
From Embeds
0
Number of Embeds
2
Actions
Shares
0
Downloads
0
Comments
0
Likes
0
Embeds 0
No embeds

No notes for slide

Presentatie stage

  1. 1. Stage bij Janssen Pharmaceutica<br />Toon Borgers<br />Kevin Deyne<br />Veerle Verheyen<br />
  2. 2. Inhoudsopgave<br />Over het bedrijf<br />Opdracht<br />Plan van aanpak<br />Planning<br />Uitwerking<br />Nodes met demo's<br />Kevin<br />Toon<br />Veerle<br />
  3. 3. Janssen Pharmaceutica<br />Belgisch farmaceutisch bedrijf<br />Opgericht in 1953, door Dr. Paul Janssen<br />Deel van groep Johnson & Johnson<br />Hoofdkwartier in Beerse<br />
  4. 4. Janssen Pharmaceutica<br />Voornaamste bezigheid:<br />Research naar nieuwe medicatie<br />Neurowetenschappen<br />Infectieziekten<br />Immunologie<br />Oncologie (kanker behandelingen)<br />Cardiovasculaire aandoeningen (hart aandoeningen)<br />Productie medicatie <br />Vooral zolang patenten geldig zijn<br />
  5. 5.
  6. 6. Janssen Pharmaceutica<br />Eigen ondersteunend softwarepakket<br />  PHAEDRA<br />Uitbreiden met Knime workflow met eigen nodes!<br />
  7. 7. Opdracht<br />Knime nodes crëeren<br />Data snel en duidelijk te beschikking<br />Grafisch weergegeven<br />Verschillende bestandsformaten<br />Resultaten cytometrie<br />Later integreren in PHAEDRA<br />
  8. 8. Plan van aanpak<br />Het doel is een reeks nodes te maken die het bestaande aanbod sterk uitbreid<br />Met deze nodes kunnen complexe gehelen worden gevormd, genaamd workflows<br />Het is de bedoeling dat deze workflows de routineonderzoeken gaan ondersteunen<br />
  9. 9. FlowCytometry<br />Techniek voor het tellen en bestuderen van in een stromende vloeistof voorkomende microscopisch kleine deeltjes<br />Bloedcellen<br />Cellen worden door een buis <br /> gebracht en met licht bestraald<br />
  10. 10. Onze inbreng<br />Deze nodes creëren<br />Integreren met bestaand PHAEDRA systeem<br />Zal als open source software worden gereleaset<br />
  11. 11. Planning<br />Korte opdrachten<br />Volgende opdrachten op korte termijn<br />Individueel plannen<br />Uitwerking met behulp van<br />Source code<br />Nodes van anderen<br />Documentatie: e-books, internet, …<br />
  12. 12. Uitwerking<br />
  13. 13. Onderzoek (Kevin)<br />Beperkt gewerkt met R<br />Functionaliteit bekijken<br />Mede stagiair Kris gaat zich hier nu in verdiepen<br />
  14. 14. KNIME Nodes (Kevin)<br />I/O (Week 1 & 2)<br />Readers<br />ASCII reader<br />Gating ML (xml -> tabel)<br />FCS (fcs -> tabellen)<br />ACS (acs/zip, table of content -> tabellen)<br />Writers<br />GatingWriters (tabel -> xml)<br />ACS GatingWriter (tabel -> updated ACS, updated TOC)<br />
  15. 15. KNIME Nodes (Kevin)<br />Plots (Week 2 & 3)<br />ExtendenLineplot<br />Snel, uiteindelijk niet flexibel genoeg<br />Extenden Histogram<br />Veel functionaliteit, blijft behouden<br />Omzetten naar lineplot<br />“Smoothen” met spline<br />Range gates aanduiden<br />Data omrekenen naar tabel<br />
  16. 16. KNIME Nodes (Kevin)<br />Filestreams<br />ZipEntry<br />DOM parsing<br />Extenden van nodes<br />Structuur van complexe nodes<br />visualisatie model, drawingpane, properties<br />
  17. 17. KNIME Nodes (Kevin)<br />Demonstratie<br />
  18. 18. KNIME Nodes (Toon)<br />Define gates<br />Eerste versie: mbvKnimeScatter Plot node<br /><ul><li>Veel zoekwerk naar klassen, methodes,…</li></ul>Tweede versie: zelf helemaal gemaakt<br />Beter kennis van structuur: gemakkelijker aanpasbaar<br />Meer controle<br />
  19. 19. KNIME Nodes (Toon)<br />Database:<br />Wachtwoord van file server halen + decryptie<br /> Security policy van Johnson&Johnson<br />Read welldatabyplateid<br />Search plate information bybarcode<br />
  20. 20. KnimeNodes (Toon)<br />Calculatepopulations<br />Welk event hoort bij welke gate?<br />AggregateFCS<br />Allerlei statistieken (gemiddelde waarde, mediaan,…)<br />Scatter gate executor<br />Visualisatie van set gates op dataset<br />
  21. 21. KnimeNodes (Toon)<br />Gate Reader<br />Speciale poorten nodig om objecten door te geven<br />Onze manier: Gating ML XML String in een cel<br />Alternatief: Base64 encoderen<br /><ul><li>Binaire data naar ASCII omzetten</li></ul>Klein snelheidsverschil<br /> Wordt groter bij herhalen over meerdere platen<br />
  22. 22. KnimeNodes (Toon)<br />Demonstratie<br />
  23. 23. Knime Nodes (Veerle)<br />ZIP Extractor<br />Database:<br />Read plates by experiment name<br />Read wells by plate id<br />Filter wells via GUI<br />
  24. 24. Knime Nodes – BIRT (Veerle)<br />Single well histogram<br />Multiple well histogram<br />Overlay histogram<br />Naar pdf<br />Export wizard report<br />
  25. 25. Onderzoek (Veerle)<br />Knime report designer<br />Geïmplementeerde BIRT nodes<br />BIRT API<br />Geen source code beschikbaar<br />Exporteren van rapporten<br />Van rpt.design naar pdf<br />
  26. 26. Demonstratie (Veerle)<br />Demonstratie<br />Pdf<br />

×