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Ecrire un article scientifique

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-Methodologie-

Comment rédiger un bon article scientique

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Ecrire un article scientifique

  1. 1. Ecrire un article scientifique Dr Bernard Faye
  2. 2. Pourquoi publier? • Pour faire connaître mes travaux de recherche • Pour justifier mon travail (évaluation) auprès de mon institution (écriture = production) • Pour être connu par la communauté nationale et internationale • Pour confronter mes résultgats à ceux des autres chercheurs
  3. 3. « To publish or to perish »
  4. 4. Strategie de valorisation Quel type de publication ? • Quel est le public visé par ma publication: chercheurs, étudiants, techniciens, professionnels, grand public? • Quel public peut être impliqué par mes résultats en cas de publication scientifique? Quel type de journal? • Quel langue? (langue maternelle, français ou angalis??) Publications (journal, livre,…): Quel journal? Actes de séminaires Rapports d’expertises Publications de transfert et de vulgarisation Journaux professionnels
  5. 5. Les types de publication • • • • • • • • • • • • • • • • PhD and MSci reports Publication in International journal with impact factor Publication in national journal with reading committee Publication in national journal without reading commitee Communication in international conferences Communication in national conferences Books and chapter in books Short communication in scientific meetings Technical report Transfer and extension report Leaflets and brochures Newspapers Teaching documents Multimedia tools Website Large public publications
  6. 6. Facteur d’impact et bases de données • Le facteur d'impact estime indirectement la visibilité d'une revue scientifique. C’est le nombre moyen de citations de chaque article publié dans ce journal. • Une revue indexée est un article répertorié dans les bases de données internationales (Scopus, ISI,….) donc accessible à la communauté scientifique.
  7. 7. Quelques règles de publications • Choisir la revue cible • Télécharger et lire les instructions aux auteurs (références, unités de mesure (/ml ou /mL ou mL-1, forme des paragraphes…..) • Commencer par rédiger le plus facile (matériel et méthodes par exemple) • Soumission en ligne ou papier (de plus en plus rare) • Qui sont les co-auteurs???
  8. 8. Quelques règles de publication • Les types d’articles de périodiques: – Articles originaux (expérimentations, enquêtes,…) – Communications courtes (observations, cas cliniques,…) – Revue de synthèse – Méta-analyses
  9. 9. Les auteurs • Ceux qui ont collecté les données et à les analyser • Ceux qui ont contribué aux analyses de laboratoire (nontechniciens?) • Ceux qui ont contribué à l’écriture • Ceux qui ont inspiré le travail (directeur de thèse, chef de laboratoire) Les techniciens, les agents de terrain sont dans les remerciements Les co-auteurs de convenance sont à éviter
  10. 10. Quelques règles de publication • TITRE • Doit inclure les mots-clefs afin de faciliter les interrogations pertinentes dans lmes bases de données internationales (ex. Camelus inclut les espèces dromadaire et autruche…) • Doit être clair, précis et pas trop long • Demande parfois un « titre courant »
  11. 11. Exemple • Je veux comparer la composition globale du lait (MG, protéines, lactose, minéraux, matière sèche) du lait de dromadaire et du Bactriane du Kazakhstan en utilisant une analyse discriminante sur des échantillons de lait réalisés à 4 saisons dans différentes régions du pays. • Quel est le titre????
  12. 12. The titre est…. • Faye B., Konuspayeva G., Messad S., Loiseau G., 2008. Discriminant milk components of Bactrian camel (Camelus bactrianus), dromedary (Camelus dromedarius) and hybrids. Dairy Sci. Technol., 88, 607-617 • Le titre courant est: Discriminant milk’s components of camel species
  13. 13. Quelques règles de publication • ABSTRACT (Résumé) • Doit être rédigé avec beaucoup d’attention (Base de données): il doit donner l’envie de lire le papier • Il doit fournir les principaux résultats • Il doit être court (nombre de mots généralement fixé) • Il doit éviter les généralités • En principe, il est rédigé en dernier.
  14. 14. Exemple de résumé • In Kazakhstan, the cohabitation of Bactrian, dromedary and their hybrids is a common feature even within farms. The physico-chemical composition of 147 milk samples from 57 Bactrians, 70 dromedaries and 20 hybrids was determined. The samples came from 4 different regions and were collected at 4 different seasons within a year. Compared to dromedary, Bactrian camel’s milk had significantly higher fat (6.67 vs 5.94%), vitamin C (177 vs 152 mg.L-1), calcium (1.30 vs 1.16 g.L-1), and phosphorus (1.07 vs 0.91 g.L-1). Iodine index value was significantly higher in dromedary milk (16.69) than in Bactrian’s (14.99). To distinguish Bactrian milk from dromedary milk, a discriminant analysis was carried out after discarding seasonal and regional variability. The discriminant parameters were phosphorus (linear discriminant coefficient = -1.00), pH (-0.408), vitamin C (-0.377) and fat content (-0.226), in higher concentrations in Bactrian milk than in dromedary’s. Iodine index (0.287) was higher in dromedary milk. After quadratic discriminant analysis, milk composition can predict species with 75.4% well-classed. The milk composition of the hybrids was intermediary but with a low discriminant power.
  15. 15. Quelques règles de publication • INTRODUCTION • Doit rappeler les objectifs de l’étude et son contexte (background) • Eviter la confusion entre objectifs, question de recherche, hypothèse et méthodologie. • L’introduction doit être courte • EVITER LES GENERALITES!!!! (“Le dromadaire est une espèce adaptée aux régions arides……”)* * Sauf si l’article parle des mécanismes d’adaptation
  16. 16. INTRODUCTION • Hypothèse: Il y a une différence dans la composition globale du lait entre le dromadaire et le Bactriane car ce sont des espèces différentes • Question de recherche: Est-il possible de déterminer l’origine spécifique d’un lait de chamelle (dromadaire ou Bactriane) par la seule analyse de sa composition globale? • Objectif: Identifier les composants les plus discriminants du lait afin de pouvoir distinguer les espèces de camélidés
  17. 17. Quelques règles de publication • MATERIEL ET METHODES • Souvent, le plus facile à écrire • Les moyens et la méthodologie pour répondre aux objectifs, et les étapes (milestones) pour les réaliser • Spécifier clairement le matériel utilisé et les (combien d’élevage, combien d’animaux, quels types d’animaux, méthodes d’échantillonnage, description des variables, types d’analyses statistiques, analyses de laboratoire) afin de juger de la pertinence des méthodes.
  18. 18. Quelques règles de publication • Animaux: type et statut (race, stade physiologique, âge, état sanitaire ou non, traitement ou non,…) • Produits: origine, qualité, mode of préparation • Echantillonnage: type (sang, lait, eau, sol,….), nombre, rythme, place, procédure d’échantillonnage • Analyses: type de détermination, appareil, méthodes utilisés (référence ou description) • Analyses statistiques: procédure, type d’analyses, logiciel utilisé
  19. 19. Exemple (1) • Procédure d’échantillonnage: “The samples were randomly collected among Bactrian (n = 57), dromedary (n=70) and hybrid (n=20) lactating she-camel at the milking time in one private farm per region” • Analyses de laboratoire: « Nitrogen (N) was determined by the Kjeldahl method (Ref: ISO5983) and the conversion N x 6.38 was used to quantify the total protein. The density, skimmed dry matter and fat matter were quantified using middle-infra-red spectrophotometry equipment (Lactan-4). The iodine index was measured by the Margoshes method [1]. The iodine index expressed the mass of diiodin (I2) in gram fixed by addition on 100 g of lipids”.
  20. 20. Example (2) • Procédure statistique: “Because of the important number of • parameters describing the chemical composition of milk samples, their various geographical and seasonal origins, and a secondary aim concerning the comparison with hybrids, the statistical procedure followed 3 steps: (i) The physico-chemical parameters candidates to the discrimination by factor “species” were selected after the results of the adjustment of each parameter by a simple linear model according to factors “species”, “region” and “season” and the interactions of order one. (ii) For discarding those effects, a data table including 127 milk samples from Bactrian camels and dromedaries described by a set of parameters linked to species effect was prepared. The elimination of regional and seasonal effects was achieved with similar method described in detail by Doledec and Chessel [9]; (iii) As the within-species covariance matrices were not equal, a quadratic discriminant analysis was performed [30]. A discriminant function was obtained. This function was a combination of the physicochemical parameters calculated so as to catch the maximum of proportion of between-species variance” “Statistical analyses were achieved with the MASS package [30] used with the R statistical software [2]”.
  21. 21. Quelques règles de publication • RESULTATS • Doivent être précis sans excès (Eviter les doubles informations texte/graphique/table). • Doivent donner les points les plus importants (commentaires sur les résultats statistiques par exemple) • Doivent fournir des pistes d’interprétation des résultats • Les références bibliographiques ne sont pas admises dans le chapitre « résultats » • Eviter « les résultats sont rapportés dans le tableau X…. »!!
  22. 22. Exemple  Composition du lait selon les espèces  Selection des variables indépendantes pour l’analyse discriminante  Analyse discriminante prédictive  Ananlyse discriminante incluant les hybrides 6,8 Parame ter s FM.% Bactrian 6.67 2.93 Dromeda ry 5.94 2.26 Hybrid P value * 6,6 6,4 6.09 0.04 1.81 6,2 FM% 6 5,8 5,6 5,4 Bactrian Drom. Hybrid
  23. 23. Exemple • Mean and standard error of principal components in camel raw milk in Kazakhstan according to the species and probability level from ANOVA are reported in table II • The Bactrian milk had significantly higher fat, vitamin C, calcium and phosphorus contents than the dromedary’s (Tab. II).
  24. 24. Quelques règles de publication • DISCUSSION • Ne pas rappeler les résultats (avec les seuil de signification!) sinon pour resituer avec ceux de la littérature • Comparer avec les résultats de la littérature pour aider à l’interprétation de vos résultats • Faire une analyse critique de mes résultats • Faire une analyse critique des résultats de la litérature • Interpréter mes résultats (ne pas se contenter des aspects “factuels” • Vous discutez VOS resultats
  25. 25. Exemple (1) • Comparer vos résultats à ceux de la littérature: « On average, milk production is higher in dromedary than in Bactrian camel (Faye, 2004), especially in the Arvana breed, well-known for its high dairy potential (Cherzekov and Saparov, 2004). So, the lower concentrations of components in dromedary milk could be attributed to a dilution effect”
  26. 26. Exemple (2) • Faire une analyse critique de vos résultats: “The positioning of the “hybrid” group and its low well-classed percentage could be linked to the high heterogeneousness of this group. In our study, the hybridizing level was not known. The hybrids included F1 (Iner or Nar) as well as F2 (Kospak or kurt) or F3 animals. The crossbreeding of F1 animals being achieved with pure breed (dromedary or Bactrian), it was not surprising to find a high part of F2 hybrids closely related to one or other species”.
  27. 27. Exemple (3) • Faire une analyse critique des résultats de la littérature: “According to Farah [12], the reported range was 25-60 mg.L-1 which was lower than our results in the both species. Ascorbic acid concentration differed significantly between Sudanese camel breeds [23]. Ascorbic acid is highly unstable (especially with temperature change). In our study, vitamin C was determined in fresh milk, contrarily to the other authors [13, 23] who had analyzed frozen milk. So, the observed differences in vitamin C milk concentration could be partly explained by the analytical conditions, and probably also by the used methods”.
  28. 28. Quelques règles de publication • REFERENCES • Réaliser la bibliographie la plus complète possible (mais pas forcément la plus ancienne) • Limiter le nombre de références (sauf pour des articles de revue ou des méta-analyses) • Choisir les références pertinentes (ne pas citer les synthèse biblio des étudiants!!!) • Limiter les autocitations • Respecter les instructions aux auteurs
  29. 29. Exemple • Elamin F.M., Wilcox C.J., Milk composition of Majahim camels, J. Dairy Sci. 75 (1992) 31553157 • Elamin, FM and Wilcox, CJ, 1992, Milk composition of Majahim camels, J. Dairy Sci. 75: 3155-3157 • FM Elamin, CJ Wilcox. 1992. Milk composition of Majahim camels. Journal of Dairy Sciences, 75, 3155-3157 • [1] Elamin F.M., Wilcox C.J., (1992). Milk composition of Majahim camels, J. Dairy Sci. 75, 3155-3157
  30. 30. Cas particuliers • Communication personnelle • Citations en cascade (auteur x cité par auteur y)
  31. 31. Quelques règles de publication CONCLUSION • Une conclusion n’est pas un résumé • Une conclusion ouvre une perspective, donne les limites des résultats • Eviter les phrases « bateau » du type «Further analysis are necessary for… » • Eviter les références dans la conclusion
  32. 32. Exemple “In similar environment and farming conditions, Bactrian and dromedary camels’ milk had a slight difference in their gross composition. The most discriminating parameters concerned chemical (main minerals, vitamin C, and fat matter, iodine index) and physical (acidity) aspects. Those results confirm that the establishment of standard for camel milk must take into account the different species”
  33. 33. Quelques règles de publication ILLUSTRATIONS • Les graphiques les plus clairs ne sont pas les plus beaux (3D par exemple) • Le graphique doit apporter une information complémentaire du texte, mais la légende doit être claire et exhaustive (elle doit se suffire à elle-même). • Un tableau est plus exhaustif qu’un graphique mais souvent moins « lisible »
  34. 34. Exemple: Les graphiques les plus clairs ne sont pas les plus beaux Stockage selenium Stockage selenium 12000000 12000000 10000000 muscle 10000000 cerveau 8000000 foie rein pancréas 6000000 rate poumon 4000000 cœur 8000000 Se organe Se organe ovaire poumon rate 6000000 pancréas 4000000 muscle cœur foie ovaire 2000000 pancréas 2000000 poumon 0 0 mg 2 mg 0 0 mg 2 mg 4 mg 8 mg niveau de supplementation 12 mg 4 mg 8 mg 16 mg niveau de supplementation foie 12 mg 16 mg rein ovaire cerveau muscle
  35. 35. Example: Un graphique doit apporter des informations complémentaires au texte Discriminant limit Texte: The function discriminated by plotting the distribution of individual (milk sample) scores according each group could be visualized (Fig. 2). Figure 2. Distribution of the discriminant scores of Bactrian (group bactri) and dromedary milk’s samples (group drom) around the discriminant limit (black line).
  36. 36. Exemple: un tableau est plus exhaustif qu’un graphique mais moins lisible Feces Urine Serum 7000 6000 1554,478 518,523 844,127 309,453 4 1188,812 1366,253 413,206 8 3186,434 1435,464 426,187 12 3938,633 1389,390 5000 500 4000 400 3000 300 2000 200 100 120,745 565,588 excretion in ng/day 2 637,920 600 1000 0 700 0 0 0 2 4 8 12 Supplementation level (in mg/day) 16 4084,365 1795,977 623,522 Feces Urine Serum 16 Se serum Se
  37. 37. Communications courtes • Moins de pages (texte plus court) • Résultats et discussion • Moins de références Cas typique des cas cliniques « un cas de babésiose généralisée chez un dromadaire »
  38. 38. Revues de synthèse • Souvent à la demande des éditeurs pour des auteurs connus • Quasi-exhaustivité des références bibliographiques • Nécessite une bonne connaissance globale du sujet • Très lues
  39. 39. Méta-analyses • Compilation de résultats publiés • Demande une bonne maîtrise des analyses statistiques • Demande une lecture approfondie des références sur le plan des méthodes utilisées
  40. 40. Thèse - PhD • Une thèse n’est pas un super article scientifique • C’est une exercice où le postulant doit défendre une THESE (une idée, un paradigme, un message) • C’est un exercice où le postulant doit donner son point de vue et prendre part à la discussion (notamment sur les points objets de débat….) • La soutenance n’est pas un tribunal mais le postulant doit faire la preuve de son engagement!
  41. 41. Livre • Investissement individuel ou collectif • Effort de synthèse • Compilation d’un grand nombre de références (érudition vs plagiat)
  42. 42. Powerpoint • Un powerpoint doit inclure peu de texte (c’est un support au discours parlé, il ne doit pas se substituer au discours) • Pas trop d’animations (Cela devient trop lourd à la présentation) • Ne soyez pas fier de la forme si le contenu est pauvre….
  43. 43. Powerpoint A éviter….. • • Because of the important number of parameters describing the chemical composition of milk samples, their various geographical and seasonal origins, and a secondary aim concerning the comparison with hybrids, the statistical procedure followed 3 steps: (i) The physico-chemical parameters candidates to the discrimination by factor “species” were selected after the results of the adjustment of each parameter by a simple linear model according to factors “species”, “region” and “season” and the interactions of order one. (ii) For discarding those effects, a data table including 127 milk samples from Bactrian camels and dromedaries described by a set of parameters linked to species effect was prepared. The elimination of regional and seasonal effects was achieved with similar method described in detail by Doledec and Chessel [9]; (iii) As the within-species covariance matrices were not equal, a quadratic discriminant analysis was performed [30]. A discriminant function was obtained. This function was a combination of the physico-chemical parameters calculated so as to catch the maximum of proportion of between-species variance Statistical analyses were achieved with the MASS package [30] used with the R statistical software [2]. On lit plus vite que l’orateur……!!!!
  44. 44. Powerpoint Suggestion: • Sélection des paramètres • Ecarter les effets saisonnier et régionaux • Paramètres discriminants Fonction discriminante • Modèle linéaire simple •Analyse factorielle sous contraintes (Doledec and Chessel, 2002) •Analyse discriminante quadratique
  45. 45. Conclusion • Publier, c’est – Souffrir ? – Exister ? – Faire mon travail ? – Se soumettre au jugement des pairs ? – Vouloir être connu/reconnu ? – Justifier mon salaire ? – Etre évaluer ? – Une obligation ? – Autre???

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