Successfully reported this slideshow.
We use your LinkedIn profile and activity data to personalize ads and to show you more relevant ads. You can change your ad preferences anytime.
Nagyszabású virtuális  gyógyszerkísérletek az újgenerációs web szolgáltatásalapú ClusterGrid rendszeren         Szalai Fer...
Bevezető●   Mi az a ClusterGrid?    –   Mitől grid?    –   Hogyan működik?    –   Mire használható?●   Mi az a virtuális g...
ClusterGrid●   Indulás: 2002, cél: production grid    rendszer akadémiai felhasználásra●   Eszközök: egyetemek, főiskolák ...
ClusterGrid architektúra
ClusterGrid szolgáltatások●   Belépési pontok: interaktív és nem    interaktív hozzáférés a védett    rendszerhez●   Elosz...
ClusterGrid grid szoftver●   Mitől lesz a ClusterGrid grid?    –   Klasztereket vituális egésszé összefogó        köztes r...
Grid Underground - előzmények●   3 év üzemeltetési tapasztalat valós    körülmények között●   Grid szabványosítási folyama...
Grid Underground - célok●   Szabványosság (GGF, megfelelő kritikai    szemlélettel), SOA alapelvek, nyílt forrás●   Standa...
GUG – szolgáltatások●   Feladat futtató rendszer: Grid ütemező    (szuper scheduler), job controller, exec    –   GGF JSDL...
GUG – fejlesztés●   Nyílt forrás, Sourceforge:    http://www.sf.net/projects/gug●   Közösségi protál: http://gug.grid.niif...
Jó grid feladatok●   Paraméter térképezés    –   bioinformatika, kombinatorika    –   evolúció dinamika    –   mérnöki ter...
Virtuális Gyógyszerkutatás -                háttér●   GUG éles pilont projekt●   Kiss Róbert Pód hallgató (SOTE)●   Felada...
Gyógyszerkutatás●   Gyógyszerkutatás kulcsa a fehérjék    megértése●   Feladat: olyan gyógysermolekulát találni    amivel ...
Virtuális screening●   Mi kell hozzá?    –   egy nagy molekula könyvtár    –   egy fehérje molekula modell (vagy        ho...
Virtual screening – konkrét eset●   humán hisztamin H4 receptor    (HHR4)    –   néhány éve fedezték fel (2001)    –   nin...
Feladat grid szempontból●   Tipikus paraméter terképezési feladat●   1 db molekula relatíve gyorsan megvan    (pár tíz per...
Futtatás menete
Köszönöm a figyelmet!
Upcoming SlideShare
Loading in …5
×

Nagyszabású virtuális gyógyszerkísérletek az új generációs web szolgáltatás alapú ClusterGrid rendszerben

774 views

Published on

ebből lett az mcule.com

Published in: Technology
  • Be the first to comment

  • Be the first to like this

Nagyszabású virtuális gyógyszerkísérletek az új generációs web szolgáltatás alapú ClusterGrid rendszerben

  1. 1. Nagyszabású virtuális gyógyszerkísérletek az újgenerációs web szolgáltatásalapú ClusterGrid rendszeren Szalai Ferenc NIIF Intézet
  2. 2. Bevezető● Mi az a ClusterGrid? – Mitől grid? – Hogyan működik? – Mire használható?● Mi az a virtuális gyógyszerkísérlet? – Hogyan segített a megvalósításban a ClusterGrid
  3. 3. ClusterGrid● Indulás: 2002, cél: production grid rendszer akadémiai felhasználásra● Eszközök: egyetemek, főiskolák kihasználatlan laborjai● Jellegzetesség: védett hálózati környezet (MPLS VPN), éjszaki-nappali üzemmód● Üzemeltetés: NIIF központ + helyi rendszergazdák● Számok: kb. 1000 PC, 30 klaszter, 1 TFLOPS, 20 Tb tároló
  4. 4. ClusterGrid architektúra
  5. 5. ClusterGrid szolgáltatások● Belépési pontok: interaktív és nem interaktív hozzáférés a védett rendszerhez● Elosztott tároló: 20 Tb elosztott replikált dedikált adattárolás● UI: parancssori programozható, többféle portál● Felhasználói támogatás: alkalmazás alkalmassá tétele egrid környezetre, algoritmus választás, tanácsadás● 24h Felügyelet, monitorozás
  6. 6. ClusterGrid grid szoftver● Mitől lesz a ClusterGrid grid? – Klasztereket vituális egésszé összefogó köztes rétegtől: erőforrás, felhasználó absztrakció és virtualizáció● ClusterGrid indulás (2002): nem volt haszálható grid köztes réteg rendszer (ma is kevés): – Saját fejlesztésű web alapú bróker rendszer● Új szelek (2005): Grid Underground (GUG)
  7. 7. Grid Underground - előzmények● 3 év üzemeltetési tapasztalat valós körülmények között● Grid szabványosítási folyamatok: OGSA, EGA, GGF, ipari nyomás● Grid rendszerek közötti átjárás probléma● Web szolgáltatás keretrendszerek: – GT4 – EGEE Glite, – Unicore, Unigrids
  8. 8. Grid Underground - célok● Szabványosság (GGF, megfelelő kritikai szemlélettel), SOA alapelvek, nyílt forrás● Standard web szolgáltatás technológiák (WSDL, SOAP/HTTP(S), XML)● Desktop felhasználhatóság, kicsi méret● Könnyű telepíthetőség és üzemeltethetőség● Általánosság: ne használja ki a ClusterGrid rendszer specialitásait● Gyors fejlesztés,
  9. 9. GUG – szolgáltatások● Feladat futtató rendszer: Grid ütemező (szuper scheduler), job controller, exec – GGF JSDL feladat leírás – GGF BES interfész● Alkalmazás fordítás, p2p információs rendszer● Elosztott katalógus, szolgáltatáas management● Elosztott tároló rendszer: állomány megosztás, tárolás, posix szerű interfész, egységes névtér a /grid alatt
  10. 10. GUG – fejlesztés● Nyílt forrás, Sourceforge: http://www.sf.net/projects/gug● Közösségi protál: http://gug.grid.niif.hu● Kezdet: 2005 november, első beveztetés 2006 február● Python programozási nyelv● Linux, FreeBSD, Solaris, Windows támogatás jelenleg● Ipari bevezetés és támogatás: Avaxio Kft.
  11. 11. Jó grid feladatok● Paraméter térképezés – bioinformatika, kombinatorika – evolúció dinamika – mérnöki tervezés● Egy klaszteren belül futtatható párhuzamos feladatok – kisebb CFD, statisztikus feladatok rácson
  12. 12. Virtuális Gyógyszerkutatás - háttér● GUG éles pilont projekt● Kiss Róbert Pód hallgató (SOTE)● Feladat: köb 7.5 millió molekula virtuális screeningje, zárt kereskedelmi (Biosolveit.de: Flexx) alkalmazással● Időfaktor: minél gyorsabban!
  13. 13. Gyógyszerkutatás● Gyógyszerkutatás kulcsa a fehérjék megértése● Feladat: olyan gyógysermolekulát találni amivel a fehérje enzimatikus vagy jelátviteli képességeit szabályozni lehet● Kétféle megközelítés: – ligandumtér: nem lényeges a fehérje szerkezet – szerkezet alapú: NMR mérésekre alapozva kötési pontok meghatározása
  14. 14. Virtuális screening● Mi kell hozzá? – egy nagy molekula könyvtár – egy fehérje molekula modell (vagy homológja)● Menet: dokkolás (molekula konformáció teszt 30 legjobb), score (2-féle optimalizáló függvény), biológiai tesztek● Időigényes: dokkolás, biológiai tesztek (ezen nem tudunk gyorsítani :)
  15. 15. Virtual screening – konkrét eset● humán hisztamin H4 receptor (HHR4) – néhány éve fedezték fel (2001) – nincs 3D szerkezet – G-Protein kapcsolat receptor (GPCR)● GPCR családba tartozó receptorok szerkezete nagyon hasonló – egyetlen ismert GPCR szerkezet: marha rhodopsin
  16. 16. Feladat grid szempontból● Tipikus paraméter terképezési feladat● 1 db molekula relatíve gyorsan megvan (pár tíz perc)● Egy grid feladatba 300-500 molekulányi dokkolási feladatot gyűjtöttünk – nincs állapot mentés visszaállítás (checkpont) – liscence szerver szűk keresztmetszet● Scriptek: a feladat előkészáítésere, eredmények összegyűjtésére, ellenőrzésére
  17. 17. Futtatás menete
  18. 18. Köszönöm a figyelmet!

×