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Marcadores genéticos citogenetica

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Marcadores genéticos citogenetica

  1. 1. Universidad de ChileFacultad de MedicinaEscuela de Tecnología MédicaCitogenética 2011Marcadores genéticos; locis polimórficos. Utilidad diagóstica Alumnos: Rodrigo Bustos Fica Nolberto Zúñiga Contreras
  2. 2. Marcadores genéticos Segmentos de DNA identificables físicamente en un cromosoma y rastreables a través de la herencia Se considera como marcador genético a un segmento de DNA al mostrar una variación experimentalmente detectable entre los individuos de una población, y un modo de herencia predecible según las leyes de Mendel
  3. 3. Locis polimórficos• Secuencias de DNA distribuidas en el genoma con ocurrenciade alelos múltiples en un mismo locus Altamente variables• Variaciones en la secuencia de un locus entre la población• Mayoritariamente están ubicadas en regiones no codificantes•Se utilizan polimorfismos de repetición y de restricción
  4. 4. Polimorfismos de repetición VNTR (Variable Number of Tandem Repeats) VNTR minisatélites Repeticiones en tándem de pocas decenas de nucleótidos Presentan muchos alelos distintos de acuerdo al número de repeticiones No se distribuyen por todo el genoma
  5. 5. VNTR Microsatélites Repetición en tándem de 2 a 5 nucleótidos Distribuidos homogéneamente por todo el genoma Número elevado de alelos con frecuencias de repetición similares Alta heterocigosidad
  6. 6. Diagnóstico indirecto Estudio de la segregación conjunta del gen de la enfermedad y secuencias polimórficas ligadas Se debe conocer la localización cromosómica del locus implicado Segregación conjunta de la enfermedad y secuencias polimórficas ligadas al locus de la misma A menor distancia entre ambas secuencias, menor frecuencia de recombinación
  7. 7. Enfermedad recesiva ligada al cromosoma X, (Distrofia muscular de Duchenne por ejemplo) 1 2 3Análisis de 3 alelos del marcador polimórfico con ligamiento al gencodificante mediante PCR.1 = 6 repeticiones2 = 4 repeticiones3= 2 repeticiones
  8. 8. Detección de alelos polimórficos microsatélites mediante PCR. Los números indicanla cantidad de repeticiones del dinucleótido CA
  9. 9. = Alelo enfermedad = Alelo normalLos números indicanla cantidad derepeticionesdel dinucleótido CA
  10. 10.  El marcador genético a elegir debe ser un locus altamente polimórfico y que se encuentre íntimamente ligado a la enfermedad Si en una enfermedad la distancia que los separa es de 5 cM (frecuencia de recombinación del 5%) el diagnóstico será de un 95% de probabilidad de que el hijo resulte afectado y de un 5% de que el hijo haya heredado el alelo normal.
  11. 11. Diagnóstico directo Se estudian cambios en la secuencia, propiedades físico químicas de la molécula de DNA o bien cambios en los productos génicos Patologías ocasionados por deleciones desde un exón hasta genes completos Se usan marcadores polimórficos presentes en los intrones mayoritariamente La deleción se observa por ausencia de un alelo
  12. 12. Segregación de alelos para una familia analizada. Se observa una deleciónen la afectada evidenciada por la falta del alelo materno
  13. 13. Polimorfismos.
  14. 14. Repetidos dispersos SINEs Acrónimo del inglés Short Interspersed Nuclear Elements. Constituyen el 13% del genoma humano Su longitud varía entre 100 y 400 pares de base Principal subtipo: Inserciones ALU polimórficas (300 pb)
  15. 15. Alu polimórficos. Derivan su nombre de la endonucleasa Alu Fragmentos de DNA de 100 – 300 pb Se encuentran en Bandas G- Su composición nucleotídica es de C-G Derivan probablemente del gen 7SL ARN, que forma parte del complejo ribosomal Utilidad en estudio de teoría evolutivas
  16. 16.  Inserciones Alu en sectores erróneos, pueden producir deleciones de genes codificantes. Enfermedades asociadas: Hemofilia A y B Cáncer de mama Neurofibromatosis tipo 1 Hipercolesterolemia familiar
  17. 17. LINEs Acrónimo de Long Interspersed Nuclear Elements. Consituyen el 20% del genoma humano. Tamaño cercano a 6 Kb Principal subtipo: LINE - 1
  18. 18. LINE - 1 Fragmentos de DNA de 6 a 8 kb Se encuentra en Bandas G + Composición nucleotídica : A – T 800,000 copias, la mayoría incompletas por retrotranscripción errónea. Debido a esto sus promotores están inactivos. 5000 copias completas, solo 90 activas Poseen un promotor de la ARN polimerasa II Diversos estudios han mostrado que las secuencias LINE pueden tener importancia en la regulación de la expresión génica, habiéndose comprobado que los genes próximos a LINE presentan un nivel de expresión inferior
  19. 19. SNPs: single nucleotide polymorphism. Variación de un solo nucleótido Los SNP constituyen hasta el 90% de todas las variaciones genómicas humanas. Una de estas variaciones debe darse al menos en un 1% de la población Aparecen cada 1,300 bases en promedio
  20. 20. Bibliografía http://www.multilingualarchive.com/ma/enwiki/es/Alu_sequence#Alu _insertions_and_human_disease http://www.didac.ehu.es/antropo/14/14-3/Gomez.pdf Batzer M. A. y Deininger P. L. (2002) Alu Repeats and Human Genomic Diversity. Nature Reviews: Genetics 3: 370-379. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16527433 http://www.caicyt.gov.ar/files/coteca/Tes_Intro_Ferreiro_doc.pdf http://www.gfmer.ch/Educacion_medica_Es/Pdf/Analisis_genetica_ molecular.pdf http://web.udl.es/usuaris/e4650869/docencia/segoncicle/genclin98/t emes_teoria/diagostic_mol/diagno2.html http://bvs.sld.cu/revistas/gin/vol25_2_99/gin11299.htm

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