Introduction à la programmation

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Introduction à la programmation pour les étudiants de la filière biologie informatique de l'université Paris Diderot - Paris 7

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Introduction à la programmation

  1. 1. Introduction à la programmation Pierre Poulain pierre.poulain@univ-paris-diderot.fr 09/2011
  2. 2. Programmer ?
  3. 3. Donner des ordres
  4. 4. Pourquoi ?
  5. 5. Stocker
  6. 6. Trier
  7. 7. Répéter
  8. 8. Exemple
  9. 9. Combien y a-t-il dalaninesdans cette protéine ?GWGAWILAGAGA
  10. 10. Combien y a-t-il dalaninesdans cette protéine ?GWGAWILAGAGA 1 2 3 4
  11. 11. Et dans celle-ci ?MRARPRPRPLWATVLALGALAGVGVGGPNICTTRGVSSCQQCLAVSPMCAWCSDEALPLGSPRCDLKENLLKDNCAPESIEFPVSEARVLEDRPLSDKGSGDSSQVTQVSPQRIALRLRPDDSKNFSIQVRQVEDYPVDIYYLMDLSYSMKDDLWSIQNLGTKLATQMRKLTSNLRIGFGAFVDKPVSPYMYISPPEALENPCYDMKTTCLPMFGYKHVLTLTDQVTRFNEEVKKQSVSRNRDAPEGGFDAIMQATVCDEKIGWRNDASHLLVFTTDAKTHIALDGRLAGIVQPNDGQCHVGSDNHYSASTTMDYPSLGLMTEKLSQKNINLIFAVTENVVNLYQNYSELIPGTTVGVLSMDSSNVLQLIVDAYGKIRSKVELEVRDLPEELSLSFNATCLNNEVIPGLKSCMGLKIGDTVSFSIEAKVRGCPQEKEKSFTIKPVGFKDSLIVQVTFDCDCACQAQAEPNSHRCNNGNGTFECGVCRCGPGWLGSQCECSEEDYRPSQQDECSPREGQPVCSQRGECLCGQCVCHSSDFGKITGKYCECDDFSCVRYKGEMCSGHGQCSCGDCLCDSDWTGYYCNCTTRTDTCMSSNGLLCSGRGKCECGSCVCIQPGSYGDTCEKCPTCPDACTFKKECVECKKFDRGALHDENTCNRYCRDEIESVKELKDTGKDAVNCTYKNEDDCVVRFQYYEDSSGKSILYVVEEPECPKGPDILVVLLSVMGAILLIGLAALLIWKLLITIHDRKEFAKFEEERARAKWDTANNPLYKEATSTFTNITYRGT Glycoprotéine plaquettaire humaine ß3
  12. 12. Un ordinateur
  13. 13. très rapide
  14. 14. beaucoupde mémoire
  15. 15. mais bête
  16. 16. décomposerun problème complexe
  17. 17. en éléments simples
  18. 18. Algorithme
  19. 19. Algorithme humain GWGAWILAGAGA 1 2 3 4Pour chaque acide aminé de la séquence,si lacide aminé est Aalors on compte une alanine de plus.
  20. 20. Algorithme Pythonsequence = "GWGAWILAGAGA"nombre_ala = 0for acide_amine in sequence: if acide_amine == "A": nombre_ala = nombre_ala + 1print nombre_ala
  21. 21. Autres langages ?
  22. 22. Javapackage comptagealanines;public class Main { public static void main(String[] args) { String sequence = "GWGAWILAGAGA"; int nombre_ala = 0 ; for (int i = 0 ; i < sequence.length(); i++ ){ if (sequence.charAt( i ) == A){ nombre_ala = nombre_ala + 1; } } System.out.println(nombre_ala); }}
  23. 23. Perlmy @sequence = split(,GWGAWILAGAGA);my $nombre_ala = 0 ;foreach my $acide_amine (@sequence){ if ($acide_amine eq A) { $nombre_ala = $nombre_ala + 1; }}print "$nombre_alan";
  24. 24. Javascript<script>var sequence = "GWGAWILAGAGA";var nombre_ala = 0;for(i=0; i<sequence.length; i++) { if(sequence[i].toUpperCase() == "A") { nombre_ala = nombre_ala + 1; }}window.alert("Nombre de A : " + nombre_ala);</script>
  25. 25. PHP<?php $sequence = "GWGAWILAGAGA"; $nombre_ala = 0; for($i=0; $i<strlen($sequence); $i++) { if(strtoupper($sequence[$i]) == "A") { $nombre_ala = $nombre_ala + 1; } } echo "Nombre de A : ".$nombre_ala;?>
  26. 26. C#using System;using System.Collections.Generic;using System.Linq;using System.Text;namespace ConsoleApplication1{ class Program { static void Main(string[] args) { string sequence = "GWGAWILAGAGA"; int nombre_ala = 0; for (int i = 0; i < sequence.Length; i++) { if (sequence[i].ToString().ToUpper() == "A") { nombre_ala = nombre_ala + 1; } } Console.WriteLine("Nombre de A : " + nombre_ala.ToString()); } }}
  27. 27. Points communs
  28. 28. 1. Variables
  29. 29. 2. Tests
  30. 30. 3. Boucles
  31. 31. Différences
  32. 32.  ; { } @ $using public classstatic void
  33. 33. CompilationC, C++, C#, Fortran code langage programmesource machine exécutable
  34. 34. Interprétation (bytecode)Java, Python, Perl code bytecode source (caché)
  35. 35. InterprétationBash, Javascript, PHP code source (ligne par ligne)
  36. 36. Illustration bioinfo 1
  37. 37. Ensembldétection de gènes
  38. 38. Illustration bioinfo 2
  39. 39. sHSPP. Poulain, J.-C. Gelly, and D. Flatters, Detection and Architecture of Small Heat Shock Protein Monomers, PLoS ONE 5: e9990 (2010).
  40. 40. Biologie Informatique @ P7 Unix (bash), R, C L3 Python, C, (R) M1 Python, Java, C, (R) M2
  41. 41. Conclusion
  42. 42. Investissez !
  43. 43. Forgez !
  44. 44. Facilitez-vous la vie !
  45. 45. Amusez-vous !
  46. 46. bio informatique
  47. 47. Crédits graphiques PPDIGITAL (Flickr) TurboMilk (Findicons) Katherine Donaldson (Flickr) Wilsoninc (Findicons) Ralphbijker (Flickr) fe2cruz (Flickr) Olivcris (Flickr) 713 Avenue (Flickr) Nicobunu (Openclipart.org) K Lee (Wikipedia) VisualPharm (Findicons) selva (Flickr)
  48. 48. Crédits graphiques (2) Nardino (Flickr) Ennor (Flickr) AlanHeitz (Flickr) Dahon (Flickr) Foxymoron (Flickr) Joe Rollerfan (Flickr) JoeShlabotnik (Flickr) Liz Marion (Flickr) doi:10.1371/ journal.pone.0009990.g001 beeeeeker (Flickr) JoshuaDavisPhotography (Flickr)

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