Software para la BioDiversidad

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Presentación de los proyectos de software para la BioDiversidad de la Organización para Estudios Tropicales (herbarium, flórula y jardín botánico).

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  • Durante años, científicos y estudiantes han venido desarrollando investigaciones en las estaciones biológicas de la OET. Por otra parte, propio de su quehacer diario, en las estaciones biológicas se desarrollan trabajos de investigación, catalogación y recolección de muestras que se ven reflejadas en jardines botánicos, herbarium, y flórula.En el espíritu de fortalecer la investigación en los trópicos, y de hacer accesible al público en general, así como a estudiantes y científicos el producto de ese trabajo, y utilizando las tecnologías actuales, es que se ha querido desarrollar la plataforma de sistemas de software para la BioDiversidad.Los sistemas en el marco de software para la BioDiversidad, deberán de beneficiar de diferentes maneras a científicos, estudiantes, público en general y a las estaciones biológicas.
  • El producto de la recolección de datos está a disposición de la comunidad científica y público en general desde el momento en el que la información es agregada al sistemaEl mantenimiento de los datos de taxonomía es realizado por especialista científicos de la OET, manteniendo un ‘core’ de datos actualizadoSe facilita la estandarización de los procesos de recolección y registros de datosLos módulos dentro del software sirven como vitrina para mostrar el producto del trabajo en las diferentes estaciones biológicas y facilitan la interacción con dichos proyectosLa administración, mantenimiento y utilización de los datos en el sistema es efectuado por los especialistas de cada proyecto.Al ser desarrollado en la OET, permite futuras actualizaciones y mejoras
  • Darwin core como punto de partida para el diseño de las bases de datos para almacenamiento de informaciónBases de datos integradas en un solo ‘core’ de datosSoftware tipo web para ser accesible desde cualquier parte vía internetMantenimiento de datos por usuarios científicos autenticados desde las diferentes aplicaciones o módulos del sistemaGalería de imágenes de las muestras de las colecciones. Diferentes tamaños de imágenesVistas diferenciadas para usuario autenticado y para usuario invitado
  • Darwin core como punto de partida para el diseño de las bases de datos para almacenamiento de informaciónBases de datos integradas en un solo ‘core’ de datosSoftware tipo web para ser accesible desde cualquier parte vía internetMantenimiento de datos por usuarios científicos autenticados desde las diferentes aplicaciones o módulos del sistemaGalería de imágenes de las muestras de las colecciones. Diferentes tamaños de imágenesVistas diferenciadas para usuario autenticado y para usuario invitado
  • Grupos o perfiles de usuarios con autenticaciónGeolocalización de las muestras y/o colecciones de datosBúsquedas de colecciones por los diferentes campos de las tablasPosibilidad de compartir datos mediante diferentes vías (RSS, RDF/OWL (web semántica), etc.) Aseguramiento de la calidad de los datos
  • Grupos o perfiles de usuarios con autenticaciónGeolocalización de las muestras y/o colecciones de datosBúsquedas de colecciones por los diferentes campos de las tablasPosibilidad de compartir datos mediante diferentes vías (RSS, RDF/OWL (web semántica), etc.) Aseguramiento de la calidad de los datos
  • Grupos o perfiles de usuarios con autenticaciónGeolocalización de las muestras y/o colecciones de datosBúsquedas de colecciones por los diferentes campos de las tablasPosibilidad de compartir datos mediante diferentes vías (RSS, RDF/OWL (web semántica), etc.) Aseguramiento de la calidad de los datos
  • Grupos o perfiles de usuarios con autenticaciónGeolocalización de las muestras y/o colecciones de datosBúsquedas de colecciones por los diferentes campos de las tablasPosibilidad de compartir datos mediante diferentes vías (RSS, RDF/OWL (web semántica), etc.) Aseguramiento de la calidad de los datos
  • Bases de datos Oracle 10gR2Servidores SunSolaris 10Servidor web Apache 2.2.13Tecnologías implicadas en el desarrollado PHP 5.2.9, AJAX, jQuery, javascript, CSS, XML, Oracle 10gR2
  • Un core de datos compartido y actualizadoVistas de datos y reglas de negocios separadas para cada aplicación del sistema
  • Autenticación base de datosAutenticación al sistema para poder hacer cambios
  • Diferentes perfiles de usuarios (administrator, collector, system, ViewAdmin)Validación del ingreso de información para evitar inyección de código en los formulariosCAPTCHA para evitar ataque de BOTs (pendiente)
  • Diferentes perfiles de usuarios (administrator, collector, system, ViewAdmin)Validación del ingreso de información para evitar inyección de código en los formulariosCAPTCHA para evitar ataque de BOTs (pendiente)
  • Búsqueda de colecciones de datos simple (un término se busca en cualquier campo)
  • Búsqueda de colecciones detallada (se busca un término diferente en cada campo que se desee)
  • Búsqueda a través de navegación por árbol taxonómico
  • Vistas de colecciones en forma de listas de datos (usuario autenticado y usuario invitado)
  • Vistas de colecciones en forma de galerías de imágenes (usuario autenticado y usuario invitado)Navegación por árbol taxonómico (usuario autenticado)
  • Filtros por búsquedasNavegación a través de galeríaSoporte para visualizar diferentes tamaños en las imágenes cargadas (zoom)Carga de imágenes y transformación automática a diferentes tamañosCarga, y borrado de imágenes cargadas a la galería.Capacidad de seleccionar cualquier imagen de la galería como imagen principal de la colección (thumbnail)
  • Filtros por búsquedasNavegación a través de galeríaSoporte para visualizar diferentes tamaños en las imágenes cargadas (zoom)Carga de imágenes y transformación automática a diferentes tamañosCarga, y borrado de imágenes cargadas a la galería.Capacidad de seleccionar cualquier imagen de la galería como imagen principal de la colección (thumbnail)
  • TaxonomíaDatos de científicosCaracterísticas de los datos en las colecciones
  • Elementos de identificación del registro o colecciónEventos de la colecta de datosTaxonomía
  • Elementos de localización y geoespacialesElementos biológicos y de georeferencia
  • Elementos biológicos y de ambientalesCarga de imágenes de colecciones
  • Herbarium Las CrucesJardín Botánico WilsonFlorula Palo Verde
  • Herbarium Las CrucesJardín Botánico WilsonFlorula Palo Verde
  • Software para la BioDiversidad

    1. 1. Presentación libro de marca OET 2009<br />Software para la Biodiversidad<br />Pablo Aviles<br />Desarrollo de Software y Bases de Datospara la Biodiversidad<br />Manejo de Información<br />
    2. 2. ¿Qué se quería?<br />
    3. 3. Objetivos<br /><ul><li>Fortalecer la investigación en los trópicos, y hacer accesible al público, estudiantes y científicos el producto de ese trabajo, y utilizando las tecnologías actuales
    4. 4. Permitir la estandarización en los procesos de recolección y almacenamiento de datos, y muestras
    5. 5. Servir como vitrina de los proyectos realizados en las estaciones biológicas a la comunidad científica y público
    6. 6. Fortalecer el espacio de diálogo y retroalimentación entre la comunidad científica, estudiantes y público en materia de los proyectos relacionados con el software para la BioDiversidad</li></li></ul><li>Beneficios<br /><ul><li>Datos en línea desde que se agregan al sistema
    7. 7. Mantenimiento de datos por científicos de la OET (‘core’ de datos actualizado)
    8. 8. Estandarización de procesos de recolección y registro
    9. 9. Vitrina virtual para los proyectos de las estaciones biológicas involucrados en el sistema
    10. 10. Se facilita el entorno de interacción con los proyectos
    11. 11. Validación y actualización de datos por especialistas
    12. 12. Las aplicaciones, bases de datos y lógica permiten ser actualizadas y mejoradas</li></li></ul><li>Requerimientos<br /><ul><li>Diseño de bases de datos usando DwC (Darwin core)
    13. 13. Un único repositorio de información
    14. 14. Software web accesible desde cualquier parte
    15. 15. Mantenimiento de datos por usuarios científicos autenticados
    16. 16. Galería de imágenes de las muestras
    17. 17. Vistas de datos diferentes para usuario autenticado y para usuario invitado</li></li></ul><li>Requerimientos<br /><ul><li>Diseño de bases de datos usando DwC (Darwin core)
    18. 18. Un único repositorio de información
    19. 19. Software web accesible desde cualquier parte
    20. 20. Mantenimiento de datos por usuarios científicos autenticados
    21. 21. Galería de imágenes de las muestras
    22. 22. Vistas de datos diferentes para usuario autenticado y para usuario invitado</li></ul>Estándarinformático de datospara la Biodiversidad, diseñadoparafacilitar el intercambio de información (definiciones de referencia, ejemplos y comentarios). Se basa, principalmente en taxones, incidencia en la naturalezadocumentadapor la observación, especímenes y muestras.<br />
    23. 23. Requerimientos (cont.)<br /><ul><li>Grupos o perfiles de usuarios con autenticación
    24. 24. Geolocalización de las muestras y/o colecciones
    25. 25. Búsqueda de colecciones por diferentes campos de las tablas
    26. 26. Posibilidad de compartir datos mediante diferentes vías (RSS, RDF/OWL (web semántica), etc.)
    27. 27. Aseguramiento de la calidad de los datos</li></li></ul><li>Requerimientos (cont.)<br /><ul><li>Grupos o perfiles de usuarios con autenticación
    28. 28. Geolocalización de las muestras y/o colecciones
    29. 29. Búsqueda de colecciones por diferentes campos de las tablas
    30. 30. Posibilidad de compartir datos mediante diferentes vías (RSS, RDF/OWL (web semántica), etc.)
    31. 31. Aseguramiento de la calidad de los datos</li></ul>Really Simple Syndication 2.0. Familia de formatos de difusión de datos web codificados en XML. Se utiliza para suministrar información a suscriptores, que se actualiza frecuentemente. El formato permite distribuir contenido sin necesidad de un navegador, utilizando un software diseñado para leer estos contenidos RSS (agregador)<br />
    32. 32. Requerimientos (cont.)<br />ResourceDescription Framework. Framework para metadatos en la web, desarrollado por la W3C. Basado en la idea de convertir declaraciones de recursos en expresiones con la forma sujeto-predicado-objeto (tripletes). El sujeto es el recurso (lo que se está describiendo). El predicado es la propiedad o relación a establecer sobre el recurso. El objeto es el valor de la propiedad o el recurso con el que se establece la relación. La combinación de RDF con RDF Schema y OWL permite añadir significado a las páginas.<br /><ul><li>Grupos o perfiles de usuarios con autenticación
    33. 33. Geolocalización de las muestras y/o colecciones
    34. 34. Búsqueda de colecciones por diferentes campos de las tablas
    35. 35. Posibilidad de compartir datos mediante diferentes vías (RSS, RDF/OWL (web semántica), etc.)
    36. 36. Aseguramiento de la calidad de los datos</li></li></ul><li>Requerimientos (cont.)<br /><ul><li>Grupos o perfiles de usuarios con autenticación
    37. 37. Geolocalización de las muestras y/o colecciones
    38. 38. Búsqueda de colecciones por diferentes campos de las tablas
    39. 39. Posibilidad de compartir datos mediante diferentes vías (RSS, RDF/OWL (web semántica), etc.)
    40. 40. Aseguramiento de la calidad de los datos</li></ul>Ontology Web Language. Lenguaje de representación de conocimiento para ontologías (términos utilizados para describir y representar un área de conocimiento, para compartir un dominio de información y hacer que el conocimiento sea reutilizable). OWL está codificado en XML<br />
    41. 41. ¿Cómo se Solucionó?<br />
    42. 42. Plataforma<br /><ul><li>Bases de datos Oracle 10gR2
    43. 43. Servidores SunSolaris 10
    44. 44. Servidor web Apache 2.2.13
    45. 45. Tecnologías implicadas
    46. 46. PHP 5.2.9
    47. 47. AJAX / jQuery / Javascript
    48. 48. CSS
    49. 49. XML
    50. 50. Oracle 10gR2</li></li></ul><li>Manejo de Datos<br /><ul><li>Un core de datos compartido y actualizado
    51. 51. Vistas de datos y reglas de negocios separadas para cada aplicación del sistema</li></li></ul><li>Seguridad<br /><ul><li>Autenticación base de datos
    52. 52. Autenticación al sistema para poder hacer cambios</li></li></ul><li>Seguridad (cont.)<br /><ul><li>Diferentes perfiles de usuarios (administrador, colector, sistema, consulta)</li></li></ul><li>Seguridad (cont.)<br /><ul><li>Validación del ingreso de información para evitar inyección de código en los formularios (PHP)
    53. 53. CAPTCHA para evitar ataque de BOTs (pendiente)</li></li></ul><li>Búsquedas<br /><ul><li>Búsqueda de colecciones de datos simple (un término se busca en cualquier campo)</li></li></ul><li>Búsquedas (cont.)<br /><ul><li>Búsqueda de colecciones detallada (se busca un término diferente en cada campo que se desee)</li></li></ul><li>Búsquedas (cont.)<br /><ul><li>Búsqueda a través de navegación por árbol taxonómico</li></li></ul><li>Interfaz<br /><ul><li>Vistas de colecciones en forma de listas de datos (usuario autenticado y usuario invitado)</li></li></ul><li>Interfaz (cont.)<br /><ul><li>Vistas de colecciones en forma de galerías de imágenes (usuario autenticado y usuario invitado)</li></li></ul><li>Galería de Imágenes<br /><ul><li>Filtros por búsquedas
    54. 54. Navegación a través de galería
    55. 55. Soporte para visualizar diferentes tamaños en las imágenes cargadas (zoom)
    56. 56. Carga de imágenes y transformación automática a diferentes tamaños
    57. 57. Carga, y borrado de imágenes cargadas a la galería.
    58. 58. Capacidad de seleccionar cualquier imagen de la galería como imagen principal de la colección (thumbnail)</li></li></ul><li>Galería de Imágenes<br />
    59. 59. Edición de Datos<br /><ul><li>Taxonomía
    60. 60. Datos de científicos
    61. 61. Características de los datos en las colecciones</li></li></ul><li>Edición de Colecciones<br /><ul><li>Elementos de identificación del registro o colección
    62. 62. Eventos de la colecta de datos
    63. 63. Taxonomía </li></li></ul><li>Edición de Colecciones<br /><ul><li>Elementos de localización y geoespaciales</li></li></ul><li>Edición de Colecciones<br /><ul><li>Elementos biológicos y de entorno
    64. 64. Carga de imágenes de colecciones</li></li></ul><li>Módulos Actuales<br /><ul><li>Herbarium Las Cruces http://www.ots.ac.cr/herbarium
    65. 65. Jardín Botánico Wilson http://www.ots.ac.cr/jbw
    66. 66. Florula Palo Verde http://www.ots.ac.cr/florulapv</li></li></ul><li>Sistemas Relacionados<br /><ul><li>Meteorología http://www.ots.ac.cr/meteoro
    67. 67. Gpshttp://www.ots.ac.cr/gps</li></li></ul><li>Referencias<br /><ul><li>Darwin Corehttp://rs.tdwg.org/dwc/index.htm
    68. 68. RSS http://www.rssboard.org/rss-specificationhttp://cyber.law.harvard.edu/rss/rss.html
    69. 69. Web Semánticahttp://www.w3c.es/Divulgacion/Guiasbreves/WebSemantica
    70. 70. RDF http://www.w3.org/RDF/
    71. 71. OWL http://www.w3.org/TR/owl2-overview/</li></li></ul><li>Pablo Aviles<br />Presentación libro de marca OET 2009<br />Desarrollo de Software y Bases de Datos para la Biodiversidad<br />Área de Manejo de Información<br />Pablo.aviles@ots.ac.cr<br />www.ots.ac.cr<br />

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