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Oracle で SPARQL!
日本オラクル株式会社
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以下の事項は、弊社の一般的な製品の方向性に関する概要を説明する
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データベースの作成
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表領域とユーザーの作成
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エンドポイントの構築
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SPARQL 実行!
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RDF データのアップロード(青空文庫のデータ)
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公共の RDF データを取得します。
青空文庫 LO...
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SPARQL クエリの実行(青空文庫のデータ)
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RDF データのアップロード(ChEMBL のデータ)
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公共の RDF データを取得します。
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Oracle で SPARQL!

  1. 1. Copyright © 2016 Oracle and/or its affiliates. All rights reserved. Oracle で SPARQL! 日本オラクル株式会社 クラウド・テクノロジー事業統括 Cloud/Big Data/DISプロダクト本部 2016年5月17日更新
  2. 2. Copyright © 2016 Oracle and/or its affiliates. All rights reserved. 以下の事項は、弊社の一般的な製品の方向性に関する概要を説明する ものです。また、情報提供を唯一の目的とするものであり、いかなる 契約にも組み込むことはできません。以下の事項は、マテリアルや コード、機能を提供することをコミットメント(確約)するものでは ないため、購買決定を行う際の判断材料になさらないで下さい。オラ クル製品に関して記載されている機能の開発、リリースおよび時期に ついては、弊社の裁量により決定されます。 Oracle と Java は、Oracle Corporation 及びその子会社、関連会社の米国及びその他の国に おける登録商標です。文中の社名、商品名等は各社の商標または登録商標である場合があります。 2
  3. 3. Copyright © 2016 Oracle and/or its affiliates. All rights reserved. Oracle で SPARQL! 3 ここでは、Oracle データベースを使用して、 既存の RDF データに対して SPARQL クエリを 実行するためのエンドポイントを構築する 方法を解説しています。 ・ クラウド上にデータベースを作成 ・ RDF オプションを有効化 ・ 表領域とユーザーの作成 ・ エンドポイントの構築 ・ RDF データのアップロード ・ SPARQL クエリの実行
  4. 4. Copyright © 2016 Oracle and/or its affiliates. All rights reserved. 4 セットアップ
  5. 5. Copyright © 2016 Oracle and/or its affiliates. All rights reserved. データベースの作成 5 Oracle Database Cloud Service(DBCS)で データベースを起動します。 ・ High Performance Edition を選択 ・ 詳細設定はデフォルトの値を使用 ・ TCP ポート 3030 を開放します。 後の手順にて、以下の情報が必要となります。 ・ DBCS の Identity Domain ・ サービスの Public IP アドレスとホスト名 ・ プラガブル・データベース(PDB)の SID(デフォルトは pdb1) nslookup コマンドなどを用いて IP アドレスから oraclecloud.com で終わるホスト名を確認します。
  6. 6. Copyright © 2016 Oracle and/or its affiliates. All rights reserved. RDF オプションを有効化 6 $ sqlplus / as sysdba SQL> ALTER SESSION SET CONTAINER=pdb1; プラガブル・データベースにログインします。 SQL> @?/md/admin/catsem.sql SQL> SELECT value FROM mdsys.rdf_parameter; VALUE ------------------------- INSTALLED INSTALLED INSTALLED 12.1.0.2.0 RDF オプションを有効化するスクリプトを実行し、 インストールされたことを確認します。
  7. 7. Copyright © 2016 Oracle and/or its affiliates. All rights reserved. 表領域とユーザーの作成 7 SQL> CREATE BIGFILE TABLESPACE rdftbs DATAFILE '/u02/app/oracle/oradata/ORCL/PDB1/rdftbs01.dbf' SIZE 5G; プラガブル・データベース上に RDF 格納用の表領域を作成します。 SQL> EXECUTE SEM_APIS.CREATE_SEM_NETWORK('rdftbs'); 上で作成した表領域を RDF 格納領域として設定します。 SQL> CREATE USER rdfuser IDENTIFIED BY rdfuser DEFAULT TABLESPACE rdftbs TEMPORARY TABLESPACE temp; SQL> GRANT connect, resource, unlimited tablespace TO rdfuser; ユーザーを作成します。
  8. 8. Copyright © 2016 Oracle and/or its affiliates. All rights reserved. エンドポイントの構築 8 Oracle Support for Apache Jena and Fuseki を こちら から入手し、 クラウド上にアップロードしておきます。 $ unzip oracle_support_..._4.3.zip -d rdf $ chmod +w ~/rdf/fuseki/config-oracle.ttl $ vi ~/rdf/fuseki/config-oracle.ttl oracle:jdbc ... (SERVICE_NAME=pdb1.<identity_domain>.oraclecloud.internal)))"; 解凍して、設定ファイルを編集します。 $ cd ~/rdf/fuseki $ ./fuseki-server --config config-oracle.ttl --port 3030 エンドポイントを起動します。 $ scp oracle_support_..._4.3.zip oracle@<ip_address>:
  9. 9. Copyright © 2016 Oracle and/or its affiliates. All rights reserved. 9 SPARQL 実行!
  10. 10. Copyright © 2016 Oracle and/or its affiliates. All rights reserved. RDF データのアップロード(青空文庫のデータ) 10 公共の RDF データを取得します。 青空文庫 LOD のサイトの こちら から青空文庫に関する RDF データを ダウンロードすることができます。 エンドポイントにアクセスします。 http://<host_name>:3030/ 「Control Panel」でファイルを選択 してアップロードします。
  11. 11. Copyright © 2016 Oracle and/or its affiliates. All rights reserved. SPARQL クエリの実行(青空文庫のデータ) 11 PREFIX rdf:<http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> PREFIX dcterms:<http://purl.org/dc/terms/> PREFIX dcndl:<http://ndl.go.jp/dcndl/terms/> SELECT DISTINCT ?title_value ?transcription WHERE { ?s dcterms:title [ dcndl:transcription ?transcription ; rdf:value ?title_value ] . } LIMIT 100 確認のため、次の SPARQL クエリを実行します。
  12. 12. Copyright © 2016 Oracle and/or its affiliates. All rights reserved. RDF データのアップロード(ChEMBL のデータ) 12 公共の RDF データを取得します。 ChEMBL のサイトの こちら から細胞株に関する RDF データを ダウンロードすることができます。 エンドポイントにアクセスします。 http://<host_name>:3030/ 「Control Panel」でファイルを選択 してアップロードします。
  13. 13. Copyright © 2016 Oracle and/or its affiliates. All rights reserved. SPARQL クエリの実行(ChEMBL のデータ) 13 PREFIX chembl: <http://rdf.ebi.ac.uk/terms/chembl#> SELECT (?o AS ?Organism) (STR(COUNT(?s)) AS ?Count) WHERE {?s chembl:organismName ?o} GROUP BY ?o ORDER BY DESC(COUNT(?s)) 確認のため、次の SPARQL クエリを実行します。 -------------------------------------- | organism | count | ====================================== | "Homo sapiens" | "1058" | | "Mus musculus" | "139" | | "Rattus norvegicus" | "46" | | "Cricetulus griseus" | "22" | | "Chlorocebus aethiops" | "5" | | "Sus scrofa" | "4" | | "Canis lupus familiaris" | "4" |
  14. 14. Copyright © 2016 Oracle and/or its affiliates. All rights reserved.

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