100527-TogoWS_REST

939 views

Published on

Published in: Education
0 Comments
0 Likes
Statistics
Notes
  • Be the first to comment

  • Be the first to like this

No Downloads
Views
Total views
939
On SlideShare
0
From Embeds
0
Number of Embeds
6
Actions
Shares
0
Downloads
0
Comments
0
Likes
0
Embeds 0
No embeds

No notes for slide

100527-TogoWS_REST

  1. 1. 2010/05/27   kaneko.satoko(at)ocha.ac.jp   
  2. 2. Web API   Web API (TogoWS)  EMBOSS Dotplot  
  3. 3. Web API    Web API    Google Chart API    Google Chart API    Google Chart API    
  4. 4. Web API   A P I   Web API HTTP Google Chart API       Google Chart API ( ) URL    
  5. 5. Google Chart API       :  ? &     chs: Chart size  *   chs=< >x< >  *:   (pixel)      chd: Chart data    chd=t:< >    chd=t:< >|< >|< >  1 X Y   chd=t:< 1 X >|< 1 Y >|< 2 X >|< 2 Y > 
  6. 6. Google Chart API       :                ( )    ( )    ( )     ( )     ( )               
  7. 7. Google Chart API     chco:Colors  chco=FF0000,00FF00  *         ( ) * .
  8. 8. Google Chart API 1  (Y )   h[p://chart.apis.google.com/chart?chs=300x300&chd=t:10,15,4,60,45|30,23,73,24,87  &cht=lc&chco=ff0000,00ff00  Safari URL   | [enter]      
  9. 9. Google Chart API 2    h[p://chart.apis.google.com/chart?chs=200x200&chd=t:20,40,60|15,25,40&cht=s 20 15 40 25 60 40   20 40 60 15 25 40  X |Y |     20 40 60 15 25 40|25,50,75 
  10. 10. Google Chart API 3    h[p://chart.apis.google.com/chart?chs=300x300&chd=t:50,25,15,6,4&cht=p  3D   h[p://chart.apis.google.com/chart?chs=300x300&chd=t:50,25,15,6,4&cht=p3  3D   chl=< 1>|< 2>|< n>  chl=Italy|Spain|France|Germany|Greece|UK  h[p://chart.apis.google.com/chart?chs=460x230&chd=t:35,34,12,12,6,1&cht=p  &chl=Italy|Spain|France|Germany|Greece|UK ( )
  11. 11. Google Chart API 4    7   3 3 (A B C )   4 A B   5 A C   6 B C   7   h[p://chart.apis.google.com/chart?chs=200x200&chd=t:100,80,50,20,20,10,5&cht=v                                                                                              (A,  B,   C,   AB, AC, BC, ABC)        o "h[p://chart.apis.google.com/chart?chs=200x200&chd=t: 100,100,50,20,20,10,5&cht=v"  ( )
  12. 12. 1) X Y     1 0 10    2 0 30    3 0 20             25 15           3 23          20 50             50 4            6 73          40  30             8 60             9 24          9 50   1,2,3   2)  B A C      1)  2 2 |0,20,40,90|20,50,30,50 lxy 11 99 ,0034ff  2) h[p://chart.apis.google.com/chart?chs=300x300&chd=t:40,100,20,50,0,50,50&cht=v
  13. 13. Web API TogoWS   TogoWS     SOAP( ( ) )/REST  REST  
  14. 14. TogoWS   NCBI Ensembl  
  15. 15. TogoWS Services: TogoWS SOAP: Simple Object Access Protocol    →   REST: Representalonal State Transfer  URL    
  16. 16. TogoWS: REST  –Entry retrieval‐ xml: Extensible Markup Language   tag   json: JavaScript Object Notalon  JavaScript   gff: 'Gene‐Finding Format' or 'General Feature Format'  CDS molf h[p://togows.dbcls.jp/entry/   database   h[p://togows.dbcls.jp/entry/ncbi‐nucleolde?fields    ( definilon, features, references, seq ) 
  17. 17. TogoWS: REST  Entry retrieval (1) LOCUS  h[p://togows.dbcls.jp/entry/ebi‐uniprot/MKRN1_MOUSE,MKRN1_HUMAN  h[p://togows.dbcls.jp/entry/ebi‐uniprot/MKRN1_MOUSE,MKRN1_HUMAN.fasta  h[p://togows.dbcls.jp/entry/ncbi‐nucleolde/MKRN1_MOUSE/seq  ACCESSION Number  h[p://togows.dbcls.jp/entry/ncbi‐nucleolde/NM_173335  h[p://togows.dbcls.jp/entry/ncbi‐nucleolde/NM_173335.fasta  h[p://togows.dbcls.jp/entry/ncbi‐nucleolde/NM_173335/seq  GI (GenInfo Idenlfier)  h[p://togows.dbcls.jp/entry/ncbi‐nucleolde/27545435 
  18. 18. TogoWS: REST  Entry retrieval (2) PubMed    &   PMID:1840504  h[p://togows.dbcls.jp/entry/ncbi‐pubmed/1840504  h[p://togows.dbcls.jp/entry/ncbi‐pubmed/1840504/au  h[p://togows.dbcls.jp/entry/ncbi‐pubmed/1840504/abstract  h[p://togows.dbcls.jp/entry/ncbi‐pubmed/1840504/mesh   PMID:17438280  h[p://togows.dbcls.jp/entry/ncbi‐pubmed/17438280  h[p://togows.dbcls.jp/entry/ncbi‐pubmed/17438280/au  h[p://togows.dbcls.jp/entry/ncbi‐pubmed/17438280/abstract    h[p://togows.dbcls.jp/entry/ncbi‐pubmed/17438280/mesh            * mesh   MeSH (Medical Subject Headings) NLM   NLM MEDLINE 10 15 MeSH           
  19. 19. TogoWS: REST  –Database search‐ keyword   h[p://togows.dbcls.jp/search/   database   query     offset, limit hit  
  20. 20. TogoWS: REST  Database search h[p://togows.dbcls.jp/search/[database]/[query+string]/[offset, limit]    h[p://togows.dbcls.jp/search/ebi‐uniprot/olfactory/  h[p://togows.dbcls.jp/search/ebi‐uniprot/olfactory/count  h[p://togows.dbcls.jp/search/ebi‐uniprot/olfactory+rat/  h[p://togows.dbcls.jp/search/ebi‐uniprot/olfactory+rat/1,20   h[p://togows.dbcls.jp/search/ebi‐biomodels/olfactory  h[p://togows.dbcls.jp/search/ncbi‐omim/olfactory  h[p://togows.dbcls.jp/search/kegg‐enzyme/carboxylesterase  h[p://togows.dbcls.jp/search/ncbi‐omim/carboxylesterase  h[p://togows.dbcls.jp/search/kegg‐orthology/carboxylesterase  h[p://togows.dbcls.jp/search/kegg‐reaclon/carboxylesterase  h[p://togows.dbcls.jp/search/ebi‐go/carboxylesterase  h[p://togows.dbcls.jp/search/ncbi‐cdd/carboxylesterase              (cdd: conserved domain database) 
  21. 21. Dotplot (2) Dotplot (2)      dotplot  Dotplot (3)   
  22. 22. Dotplot 5' alignment   1 alignment 10kb pairwise alignment   rat 7 Olr1082 60kb(12192676‐12231066)   dotplot Olr1082  
  23. 23. FTP $ cd ~/bin  $lyp yp://yp.ensembl.org/pub/current_fasta/ra[us_norvegicus/dna/  lyp> mget  Ra[us_norvegicus.RGSC3.4.57.dna.chromosome.7.fa.gz  lyp>quit  $gzip –d Ra[us_norvegicus.RGSC3.4.57.dna.chromosome.7.fa.gz  (60kb)   ruby   CotEditor .rb                                      .rb  $ruby 
  24. 24.   #ruby   #         1   #   # genome_seq   # 12192676  # 60000  #  #genome_seq [ ,  ] geneseq *ruby 0 ‐1   #geneseq   Chr7_Olr1082   # Chr7_Olr1082   #geneseq   out.close
  25. 25. $cd ~/bin  $ruby get_seq.rb Ra[us_norvegicus.RGSC3.4.57.dna.chromosome.7.fa  2 ruby   Ra[us_norvegicus.RGSC3.4.57.dna.chromosome.7.fa   get_seq.rb   $less Ra[us_norvegicus.RGSC3.4.57.dna.chromosome.7.fa   less    fp.gets( )   q  
  26. 26. dotmatcher  dotmatcher   dotplot   Ensembl annotalon   $cd ~/bin  $ 610 Chr7_Olr1082  Chr7_Olr1082 50 50 Olr1082.out   #
  27. 27. Olr1082   Olr1082 40kb Olr1083   annotalon   Olr1082   2 2         Olr1082 Olr1083 1            2       3            4  1                       4  Delelon  1            2       3            4  1             2     3            2    3            4  Duplicalon 
  28. 28. Dotplot (3) dotplot   mouse 7 synteny   rat human   rearrangement  
  29. 29. Makorin1 mouse, rat, human     ‐Makorin1 Rab19 50kb(human 80kb) dotmatcher   Makorin1    ‐Localon Synteny   (Makorin1 annotalon )  mouse  chromosome[       ]: (          )  rat  chromosome[       ]: (          )  human  chromosome[    ]: (          )  get_seq.rb       mouse rat mouse human dotmatcher   (windowsize 100 threshold 30 plot ) 
  30. 30. mouse rat exon, intron   mouse human CDS   intron exon     human  rat  mouse  mouse 
  31. 31.  Web API (Google Chart API, TogoWS (REST))   ruby   dotplot   TogoWS(SOAP)  

×