100520_dotplot

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100520_dotplot

  1. 1. 2010/05/20   kaneko.satoko(at)ocha.ac.jp   
  2. 2. BLAST   EMBOSS Dotplot  
  3. 3. BLAST  BLAST (BLASTN)   FTP     BLAST         /formatdb   BLAST /BLAST   CotEditor alignment   BLAST (BLASTX)
  4. 4. BLAST   BLAST FTP   FTP File Transfer Protocol         FTP   lKp MacPorts   lKp FTP     $sudo /opt/local/bin/port –d install lKp # lKp    10 15   $which lKp    #lKp   opt/local/bin/lKp
  5. 5. BLAST   NCBI BLAST Kp://Kp.ncbi.nih.gov/blast/executable/release/[version number]   2010 5 2.2.23  OS   Mac MacOSX   ( )     $cd    #   $ bin/     # bin work $ bin/ /   # work blast $ bin/work/    # blast $ lKp Kp://Kp.ncbi.nih.gov/    #NCBI FTP   lKp > cd blast/executables/release/2.2.23  #BLAST   lKp > mget blast‐2.2.23‐universal‐macosx.tar.gz    #BLAST   lKp > quit   #FTP   $ tar zxvf blast‐2.2.23‐universal‐macosx.tar.gz    #BLAST  
  6. 6. Ensembl [species name] [ , pep]     DNA   ~/bin/work/     # blast // /    #Ensembl FTP / / / /    #mouse DNA 37.57 6    #DNA    #FTP   37.57 6     #
  7. 7.   ( ) ( )   formatdb   Mus_musculus.NCBIM37.57.dna.chromosome.6.fa    $ ./blast‐2.2.23/bin/formatdb –i Mus_musculus.NCBIM37.57.dna.chromosome.6.fa ‐p F  ‐o T formatdb   ‐i <Mulb Fasta >   ‐p [T/F] T F   ‐o [T/F] /   formatdb.log   ( )  $  / 2.2.23/ / 37.57 6   ( )  $  / 2.2.23/ / 37.57 T    ( )  $  / 2.2.23/ / ‐help 
  8. 8. BLAST   BLAST blastall   blastp blastx   makorin.fasta BLAST query 37 57 6 blastn   makorin.out    mv ~/bin/makorin.fasta ~/bin/work/blast  / 2.2.23/b / 37.57 6   #     ‐p:  ,‐d:  , ‐i:  ,‐o:  BLAST   (blastn )  / 2.2.23/ / 37.57 6   (tblastn ) / 2.2.23/ / t 37.57 6
  9. 9. CotEditor alignment   Courier     courier    
  10. 10. BLAST 1082 CDS query     BLAST 1082.blastx     *format BLAST            query Olr1082.fasta    mv ~/bin/[ ] ~/bin/work/blast  $ ~/bin/work/   lKp Kp://Kp.ensembl.org/    #Ensembl FTP   lKp> cd pub/current_fasta/rafus_norvegicus/pep/    lKp> mget Rafus_norvegicus.RGSC3.4.57.pep.all.fa.gz  lKp> quit   #FTP   $ gzip ‐d Rafus_norvegicus.RGSC3.4.57.pep.all.fa.gz E‐value (1.0)e‐100  
  11. 11. Dotplot (1) Dotplot /Dotplot   EMBOSS /EMBOSS   Dotmatcher /Dotmatcher  
  12. 12. A (CATTCGAGCT) B (TATTCGCGCT)   dot C A T T C G A G C T T dotplot   1 1 10bp A 100bp window size threshold( :  T ) dot   T C G C   G C T
  13. 13. Dotplot   dotplot alignment       dotplot EMBOSS   dotmatcher
  14. 14. EMBOSS   hfp://emboss.sourceforge.net/  The European Molecular Biology Open SoKware Suite     dotplot   100   EMBOSS (FTP)  2010 5 6.2.0   6.1.0   $cd   $cd bin  $lKp Kp://emboss.open‐bio.org/pub/EMBOSS/old/6.1.0  lKp >mget EMBOSS‐6.1.0.tar.gz    lKp >quit  $tar zxvf EMBOSS‐6.1.0.tar.gz  $cd EMBOSS‐6.1.0  $./configure  $make 
  15. 15. NCBI  (1)  NCBI Makorin   All links from this record Nucleobde   = ->
  16. 16. NCBI  (2)  5 [makorin 1 (MKRN1) mRNA, complete cds] fasta   Homo Sapiens (human), Mus musculus (mouse), Macropus eugenii (wallaby),   Gallus gallus (chicken), Drosophila melanogaster (fruit fly)  accession number   (mRNA mRNA )  FASTA FASTA CotEditor   Makorin1_ .fasta (  Makorin1_human.fasta)   Macintosh HD/ /tg03/bin  
  17. 17. Dotmatcher   dotmatcher    dotmatcher     [‐asequence]   ( : Makorin1_human.fasta)    [‐bsequence]   ( : Makorin1_human.fasta)  ‐graph      ps (postscript)   ‐windowsize    window size 3  [10]  ‐threshold    0 [23]        ( dot)  $cd ~/bin  $ 610 M n1_human  ( )  M n1_human 40 dot.out   hfp://emboss.sourceforge.net/apps/release/5.0/emboss/apps/dotmatcher.html 
  18. 18. Dotmatcher  
  19. 19.   Makorin1 human dotmatcher dotplot       dotplot       7 8 3 1 5000 8000          
  20. 20.     human:  , mouse: AF192785, wallaby: AF192786, chicken: AF192787, drosophila: AF192788
  21. 21.  EMBOSS Dotplot (Dotmatcher )   ruby Dotplot Web API (Google Chart API, TogoWS  (REST))  

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