100422-intro,setup

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100422-intro,setup

  1. 1. 2010/04/22   kaneko.satoko(at)ocha.ac.jp   
  2. 2. 10
  3. 3.     PC  
  4. 4.       (1):   
  5. 5. 1953 DNA   1966 ( )   1972   1975‐7   1985 PCR   1986   1993   1995 DNA   1997 E.coli ( ) (4.6Mb)  2000   2003  (3.3Gb) 
  6. 6. 1972   1975‐7 (Sanger Maxam‐Gilbert )  1985 PCR                   (6kb = 6000bp/day)  1986 DNA   1993   2000     (600kb = 600,000bp/day)  2007 Microarray like sequence      (600Mb = 600,000,000bp/day)  2010 ?      (100Gb = 100,000,000,000bp/hour)  (3.3Gb) 4
  7. 7. 1971  MEDLINE   1980 DNA        EMBL(European Molecular Biology Laboratory)   1982 DNA GenBank   1985 FASTA   1986  Swiss‐Prot   1988 NCBI(Na[onal Center for Biotechnology Informa[on)       Human Genome Ini[a[ve Bioinforma[cs       CLUSTAL   1990 BLAST   1991 World Wide Web   2000 Ensembl , 2001 UCSC  
  8. 8. 1991 Linda B. Buck and Richard Axel (The Nobel Prize in Physiology or Medicine for 2004)    G primer PCR (a) (b)   (c) (18 loci)  (a) (b) (c) (from   &  ) 1992 1998  
  9. 9.     1999 Richard Axel John Carlson           2007 Drosophila 12 Genomes Consor[um   Drosophila melanogaster( ) 11     12      (812 loci)   (from  )
  10. 10. (1) ATGC 35   1946 (DNA )         8/20=40% 16/19=84%
  11. 11. DNA   (2):    ‐ (omics)‐    
  12. 12. 1958 Francis Crick   (DNA)   DNA RNA   RNA   replica[on  transcrip[on  transla[on  ( ) ( ) ( ) reverse transcrip[on  ( ) splicing  ( )  RNA (non‐coding RNA)   
  13. 13. (2):  exon1 exon2 exon3 exon4 exon5 exon6 5' 3' intron1 intron2 intron5 intron3 intron4 exon:  ( )  intron: exon( ) exon   5' UTR: 5' mRNA ( )  3' UTR: 3' mRNA ( )  coding sequence (CDS):   ( )                ( )     1)  exon1 exon6 mRNA (transcrip[on)   2) exon ( splicing )   3)  (transla[on)   alterna[ve splicing:  exon splicing           exon   exon1+2+3+4+5+6 exon1+2+5+6 exon1+2+3+6  
  14. 14. ‐ (omics)‐   (omics) (genome) (DNA)     (transcpritome) (mRNA) gene + ome   transcript + ome     omics (proteome) ( )     (metabolome) ( ) (phenome) ( )
  15. 15.   DNA   GenBank( ) EMBL( ) DDBJ( ) UCSC( )  (SNPs)  dbSNP( ) JSNP( )   OMIM( ) Muta[on database( ) SWISS‐PROT( ) PIR( ) Pfam( ) PROSITE( ) BLOCKS( ) PDB( ) SCOP( ) CATH( ) KEGG( ) MEDLINE( ) NCBI( ) Ensembl( )
  16. 16. PC Mac OS     MacBook Pro  – ‐   Dock   gcc (Xcode)   X11       CotEditor    MacPorts    Unarchiver 
  17. 17. Mac OS   Mac   OS        
  18. 18.  (1)                    
  19. 19.  (2)                     ( 10~20 ) 
  20. 20. Mac OS  ( )     Mac   OS  
  21. 21. Finder Finder  Macintosh HD   Finder   Finder     :     :     :    
  22. 22. Mac Mac OS X dock   dock dock Finder Safari  ( ) Safari
  23. 23.  (1)   Machintosh HD/ /Symantec Solu[ons Live Update    
  24. 24.  (2)   Symantec Scheduler        
  25. 25.  (3) Mac   Symantec An[Virus 10.1.1 for Macintosh    
  26. 26.  (4)
  27. 27.  (5) 3
  28. 28.  (1) Machintosh HD/ /Symantec Solu[ons Symantec An[virus   Macintosh HD  
  29. 29.  (2)             Symantec An[Virus Symantec An[Virus  
  30. 30. MacBook Pro – ‐ Dock   Dock Finder
  31. 31. Dock Macintosh HD/ /   Dock (                                                                                                                                 Dock ) 
  32. 32. gcc (Xcode)  (1) MacBook Pro   MacBook Pro Mac OS X Install Disc 1   MacBook Pro Mac OS X Install DVD   Xcode (IDE)    gcc (GNU Compiler Collec[on)   gcc  C C++ Java  
  33. 33. gcc (Xcode)  (2‐1)       Op[onal Installs → Xcode Tools → Xcode Tools.mpkg  Xcode Tools.mpkg  
  34. 34. gcc (Xcode)  (2‐2)  ( MacBook Pro )        → Xcode Tools → Xcode Tools  Xcode Tools    
  35. 35. gcc (Xcode)  (3‐1)  
  36. 36. gcc (Xcode)  (3‐2)  ( MacBook Pro )     
  37. 37. gcc (Xcode)  (4)                                          
  38. 38. X11  (1‐1) MacBook Pro Mac OS X Install Disc 1   (Xcode   )  Op[onal Installs → Op[onal Installs.mpkg   X11 MacOSX X Window System X Window System XWS UNIX GUI X
  39. 39. X11  (1‐2)  ( MacBook Pro )  MacBook Pro Mac OS X Install Disc 1   (Xcode   )  → Op[onal Installs   X11 MacOSX X Window System X Window System XWS UNIX GUI X
  40. 40. X11  (2)  
  41. 41. X11  (3‐1)   X11   *      
  42. 42. X11  (3‐2) hop://xquartz.macosforge.org/  XQuartz 2.5.0 released ‐> Download X11‐2.5.0.dmg (Leopard)  
  43. 43. X11  (4)          
  44. 44.  (CotEditor)  (1) (CotEditor)     5     (2009 5 1 CotEditor 1 0 1)
  45. 45.  (CotEditor)  (2) 101 CotEditor
  46. 46. MacPorts  (1) UNIX MacPorts       (2010 4 19 MacPorts‐1.8.2)
  47. 47. MacPorts  (2)
  48. 48. MacPorts  (3)   PATH     $echo $PATH   [enter return ]   $      /opt/local/bin   (:)   PATH   $ export PATH=$PATH:/opt/local/bin      ( page  , page )  $echo $PATH  PATH  
  49. 49. MacPorts  (4) port   /opt/local/bin/ /opt/local/bin/                 OS   *  
  50. 50.  (1)     tg04  
  51. 51.  (2) Unarchiver                                                                                         8    
  52. 52. PC   ‐    ‐    UNIX (NCBI Ensembl) viewer  

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