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WhyFLOSS Conference 7ª edición
   Madrid Mayo 2009

         http://www.whyfloss.com/es/conference/madrid09




Organiza

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EpiLinux
Un entorno de trabajo para bioestadísticos



             Miguel Ángel Rodríguez Muíños
              soporte.ep...
Equipo de Trabajo




                                                        Xunta de Galicia
                           ...
Conceptos

- Epidemiología
        Disciplina científica
        Estudia relación causa-efecto entre exposición y enfermed...
Estudios Bioestadísticos y de Salud

- Necesidad de herramientas informáticas
- Software relativamente escaso, restrictivo...
Opciones?


- Buscar alternativas de Software Libre

 - Ventajas?
    - Entorno homogéneo
    - Gratuito
    - Abierto

 -...
Ejemplo: El caso de R


- Proyecto de Software Libre

- Software de referencia en el campo de la bioestadística, sobre
tod...
Ejemplo: El caso de PSPP



- Diseñado como una alternativa a SPSS (trabaja de forma nativa
con formatos y rutinas de SPSS...
PSPP (II)

- PSPPIRE: Entorno Gráfico de Usuario (GUI)

  -   Es necesario instalar PSPPIRE manualmente:

       -   Insta...
Otros Ejemplos:




- EpiGrass: Problemas con las librerías matlibplot, gdal y MySQldb

- Quantum GIS: Instalación de GRAS...
Qué es EpiLinux?


EpiLinux pretende aportar un sistema completo y autónomo, de sencillo
manejo y de utilidad para todas a...
Características Técnicas

-   Distribución completa de Linux.
-   Basado en Ubuntu GNU/Linux
-   Entorno de escritorio KDE...
Porqué así?




- Primera “versión”:
      - Ligera y pensada para ejecutar en equipos antiguos
            - Pros:
      ...
Cómo Funciona?



- Live DVD

- Posibilidad de instalarlo en disco

- Máquina virtual para VirtualBox
Cómo consigo EpiLinux?




Descarga Web DXSP

    - http://www.galiciasaude.es/dxsp

    - http://dxsp.sergas.es
EpiLinux en la Web de la DXSP
(http://www.galiciasaude.es/dxsp)
Blog de EpiLinux (http://epilinux.blogspot.com)
EpiLinux en la Web de PSPP
Material Prácticas Facultad Medicina (U. Sevilla)
Y ahora qué? (futuro)


- Ampliar el software a incluir
   Epidat 4 (nueva versión, pendiente de finalización)
   Nueva ...
Conclusión:




EpiLinux ofrece la posibilidad de disponer, en un entorno
homogéneo y de libre distribución, de las herram...
soporte.epilinux@sergas.es
09 epilinux: un entorno de trabajo para bioestadísticos   neurowork - why floss 2009
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09 epilinux: un entorno de trabajo para bioestadísticos neurowork - why floss 2009

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EpiLinux es un proyecto conjunto de la Dirección General de Salud Pública de Galicia y de la Unidad de Bioestadística de la Facultad de Medicina de la Universidad de Santiago de Compostela. Pretende aportar un sistema completo y autónomo, de sencillo manejo y de utilidad para todas aquellas personas, tanto profesionales como estudiantes, que desarrollen sus actividades en los campos de la epidemiología, la bioestadística y los estudios de salud, en general. Para ello, se ha recopilado en una misma distribución y con un entorno homogéneo el software necesario para realizar dichos estudios. Es una distribución completa de Linux, basada en Ubuntu, con entorno de escritorio KDE, en la que se incluyen una amplia recopilación de software.. desde herramientas ofimáticas (OpenOffice), software de Internet (FireFox), ... hasta programas específicos de bioestadística, de análisis de datos y epidemiológicos (PSPP, R, Sc¡Lab, Octave, QGIS, EpiGrass, WinBUGS, OpenStat, ...). Como complemento al software nativo, EpiLinux dispone del emulador WINE que permite ejecutar software diseñado para Windows. Funciona como un cargador para Linux de programas basados en las APis Win16 y Win32. EpiLinux se puede utilizar como un sistema Live y ejecutar directamente desde la unidad de CDROM/DVD evitando, así, la interacción con instalaciones previas de otros sistemas operativos. También se puede instalar en el disco duro del equipo. Web: http://dxsp.sergas.es/ Enlace de descarga directa: http://www.sergas.es/epilinux blog: http://epilinux.blogspot.com/

PONENTE
Miguel Angel Rodriguez Muiños, Dirección Xeral de Saúde Pública. Xunta de Galicia

Técnico Informático especializado en el campo de la Salud. Administración de Redes, Bases de Datos, Protección de Datos, Estudios bioestadísticos, Comunicaciones

http://www.neurowork.net

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09 epilinux: un entorno de trabajo para bioestadísticos neurowork - why floss 2009

  1. 1. WhyFLOSS Conference 7ª edición Madrid Mayo 2009 http://www.whyfloss.com/es/conference/madrid09 Organiza http://www.neurowork.net
  2. 2. EpiLinux Un entorno de trabajo para bioestadísticos Miguel Ángel Rodríguez Muíños soporte.epilinux@sergas.es WhyFLOSS Conference 2009 21 de Mayo de 2009 Madrid
  3. 3. Equipo de Trabajo Xunta de Galicia Consellería de Sanidade Dirección Xeral de Saúde Pública Servicio de Epidemioloxía Universidad de Santiago de Compostela Grupo Multidisciplinar de Investigación en Departamento de Estadística e IO Estadística, Computación, Unidad de Bioestadística Medicina y Biología
  4. 4. Conceptos - Epidemiología Disciplina científica Estudia relación causa-efecto entre exposición y enfermedad Determina políticas de Salud Pública Medicina Preventiva - Salud Pública Conjunto de actuaciones mejora salud de la población Protección Promoción Prevención - Bioestadística Aplicación de la estadística a la biomedicina Estudios de Salud
  5. 5. Estudios Bioestadísticos y de Salud - Necesidad de herramientas informáticas - Software relativamente escaso, restrictivo y elevado coste de licencias - empresa (spss, sas, stata, …) - particular (pirateo… gratis, ilegal) - Curva de aprendizaje - Estamos “viciando” el sistema - imponemos tendencias
  6. 6. Opciones? - Buscar alternativas de Software Libre - Ventajas? - Entorno homogéneo - Gratuito - Abierto - Inconvenientes? - Encontrar el software especializado - Instalación (principalmente GUI’s y dependencias). - PSPP, R, Epigrass, Octave, …
  7. 7. Ejemplo: El caso de R - Proyecto de Software Libre - Software de referencia en el campo de la bioestadística, sobre todo en entornos universitarios y de investigación. - Seria alternativa a los programas comerciales más extendidos (SPSS 17 soporta parcialmente R) - Multiplataforma (Windows, Linux, Mac, Solaris, .....) - Modular y colaborativo (+1785 packages oficiales hoy en CRAN) - Posibilidad de varios entornos gráficos   Página del Proyecto: http://www.r-project.org/
  8. 8. Ejemplo: El caso de PSPP - Diseñado como una alternativa a SPSS (trabaja de forma nativa con formatos y rutinas de SPSS) - Multiplataforma (Windows, Linux, Mac, FreeBSD, .....) - Junto con R y Octave, software de referencia - Potencia (admite mil millones de variables y mil millones de casos) - Todavía está “verde” en cuanto a la funcionalidades, pero se pueden realizar estudios estadísticos descriptivos, Regresión lineal y no paramétrica, …   Página del Proyecto: http://www.gnu.org/software/pspp/ Referencia en Wikipedia: http://en.wikipedia.org/wiki/PSPP
  9. 9. PSPP (II) - PSPPIRE: Entorno Gráfico de Usuario (GUI) - Es necesario instalar PSPPIRE manualmente: - Instalación previa (como superusuario) de las dependencias (paquetes adicionales necesarios): - $sudo apt-get install autoconf automake1.9 gnulib gettext gettext-base texinfo smake build- essential pkg-config subversion subversion-helper-scripts subversion-tools libgsl0 libgsl0-dbg libgsl0-dev libperl5.8 perl perl-base perl-modules libncurses5 libncurses5-dbg libncurses5-dev libreadline5 libreadline5-dbg libreadline5-dev libplot2c2 libplot-dev libplotutils libgtk2.0-dev libgtk +2.0-directfb-dev libglade2-dev cvs libcvsservice0 gcvs - Descarga del programa (desde cvs): - $ cvs -z3 -d:pserver:anonymous@cvs.savannah.gnu.org:/sources/pspp co pspp $ cvs -z3 -d:pserver:anonymous@cvs.savannah.gnu.org:/sources/gnulib co gnulib - Instalación del programa: - $cd pspp $make -f Smake $./configure $make $sudo make install
  10. 10. Otros Ejemplos: - EpiGrass: Problemas con las librerías matlibplot, gdal y MySQldb - Quantum GIS: Instalación de GRASS - Octave: Diversos entornos gráficos. Cuál elegir y porqué?
  11. 11. Qué es EpiLinux? EpiLinux pretende aportar un sistema completo y autónomo, de sencillo manejo y de utilidad para todas aquellas personas, tanto profesionales como estudiantes, que desarrollen sus actividades en los campos de la epidemiología, la bioestadística y los estudios de salud, en general. Para ello, se ha recopilado en una misma distribución y con un entorno homogéneo el software necesario para realizar estudios completos de salud, bioestadísticos y/o epidemiológicos eliminando, además, la necesidad de localizar e instalar cada uno de estos paquetes.
  12. 12. Características Técnicas - Distribución completa de Linux. - Basado en Ubuntu GNU/Linux - Entorno de escritorio KDE 3 - Software Genérico: • Herramientas ofimáticas (OpenOffice) • Software de Internet (Firefox, ….) • Software específico • R (http://www.r-project.org/) con el GUI Rkward (http://rkward.sourceforge.net/) • PSPP con GUI PSPPIRE • Octave • Quantum GIS • Epigrass • Emulador WINE (http://www.winehq.org/) • OpenBUGS / WinBUGS • OpenStat4 • Actualización Automática
  13. 13. Porqué así? - Primera “versión”: - Ligera y pensada para ejecutar en equipos antiguos - Pros: - Funcionamiento en equipos viejos - Facilidad de descarga (tiempo) - Contras: - No ofrecía un sistema completo - Entorno gráfico “pobre” - Conflictos dependecias
  14. 14. Cómo Funciona? - Live DVD - Posibilidad de instalarlo en disco - Máquina virtual para VirtualBox
  15. 15. Cómo consigo EpiLinux? Descarga Web DXSP - http://www.galiciasaude.es/dxsp - http://dxsp.sergas.es
  16. 16. EpiLinux en la Web de la DXSP (http://www.galiciasaude.es/dxsp)
  17. 17. Blog de EpiLinux (http://epilinux.blogspot.com)
  18. 18. EpiLinux en la Web de PSPP
  19. 19. Material Prácticas Facultad Medicina (U. Sevilla)
  20. 20. Y ahora qué? (futuro) - Ampliar el software a incluir  Epidat 4 (nueva versión, pendiente de finalización)  Nueva versión de EpiInfo para Linux  NetEpi  Incluir paquetes de R Epicalc Epitools …  Estudiar inclusión de software de producción propia del Grupo de Investigación  Considerar la actualización de versión de KDE 3 a KDE 4 o la migración a otro GUI
  21. 21. Conclusión: EpiLinux ofrece la posibilidad de disponer, en un entorno homogéneo y de libre distribución, de las herramientas necesarias para la realización de estudios de salud, epidemiológicos y/o bioestadísticos, sin necesidad de enfrentarse con las rutinas de instalación y actualización.
  22. 22. soporte.epilinux@sergas.es

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