Galaxy Developer Conference 2010 レポート

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第一回 Galaxy 開発者会議
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Galaxy Developer Conference 2010 レポート

  1. 1. mn@dbcls.jp DBCLS, ROIS, Japan 10 9 13 1
  2. 2. • 2010/05/15-17 • • Biology of Genome • 65 • 13 talks • 9 lightning talks • 6 breakout sesstions • http://bitbucket.org/galaxy/galaxy-central/wiki/DevConf2010 10 9 13 2
  3. 3. • Galaxy PSU, Emory • Galaxy • Harvard Dana-Faver .., CHOP, MGH • Biology of Genome 2010 • NGS JGI, modENCODE • NGS 10 9 13 3
  4. 4. • Galaxy • • • 10 9 13 4
  5. 5. • • • • • 10 9 13 5
  6. 6. 10 9 13 6
  7. 7. • UCSC • BioMart • • • EMBOSS • • 10 9 13 7
  8. 8. • GUI • Ensembl Biomart UCSC • 10 9 13 8
  9. 9. • Data Library • Trackstar • Pages • Galaxy Cloud Console • • 10 9 13 9
  10. 10. • • • • • 10 9 13 10
  11. 11. 10 9 13 11
  12. 12. http://main.g2.bx.psu.edu/u/jgoecks/h/pileup-analysis-for-mouse-brain-data-on-sample-e18 • • 10 9 13 12
  13. 13. • UCSC • • HTML5 canvas, jQuery, Ajax • 10 9 13 13
  14. 14. 10 9 13 14
  15. 15. 10 9 13 15
  16. 16. 10 9 13 15
  17. 17. • • • 10 9 13 16
  18. 18. 10 9 13 17
  19. 19. • • 10 9 13 18
  20. 20. • Amazon EC2 East • Worker • •o •x 24/7 10 9 13 19
  21. 21. http://community.g2.bx.psu.edu/ 10 9 13 20
  22. 22. • • • 10 9 13 21
  23. 23. • DB sqlite3 mysql postgresql • IO • 10 9 13 22
  24. 24. • • XML 10 9 13 23
  25. 25. • • • • 10 9 13 24
  26. 26. http://bitbucket.org/galaxy/galaxy-central/wiki/DevConf2010 • NGS • SOAP/REST Web service • NGS • Composite datatype • Bowtie • FMI • • JGI • i18n • Cistrome • EVA • CHOP • PerM, Clippers, ComB 10 9 13 25
  27. 27. • • 10 9 13 26
  28. 28. • 50 + • Solexa GUI • LIMS • Galaxy UI 10 9 13 27
  29. 29. • 67 • • • 10 9 13 28
  30. 30. • • • • • • 10 9 13 29
  31. 31. • 100 • ChIP-chip/seq • 600 ChIP-* 500 modENCODE 10 9 13 30
  32. 32. • • CNV ChIP-seq RNA-seq • Galaxy • 10 9 13 31
  33. 33. • • http://galaxy.fml.mpg.de/ • • Quota Galaxy 10 9 13 32
  34. 34. • Biocatalogue 1500 WS • WADL REST • WSDL SOAP 10 9 13 33
  35. 35. • 150 • • 10 9 13 34
  36. 36. • • GUI • GUI 10 9 13 35
  37. 37. • • TogoDB TogoWS • • • 125 350 9000 47MB 10 9 13 36
  38. 38. • • • • ASCII • 10 9 13 37
  39. 39. • Documentation • API • Workflow • NGS 10 9 13 38
  40. 40. • • • Pages 10 9 13 39
  41. 41. http://genomebiology.com/2010/11/8/R86 accessibility of computational tools reproducibility 10 9 13 40
  42. 42. • 5,000 jobs / day • CSHL DOI-JGI • - 10 9 13 41
  43. 43. 10 9 13 42
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  45. 45. • admin SaaS • • Data Library • 10 9 13 44
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