Successfully reported this slideshow.
We use your LinkedIn profile and activity data to personalize ads and to show you more relevant ads. You can change your ad preferences anytime.
ENCIMSKA KINETIKA Matej Huš, november 2009
POMEN POZNAVANJA <ul><li>nudi vpogled  v mehanizem delovanja  encima </li></ul><ul><li>nudi informacije  o vlogi encima  v...
PRIDOBIVANJE PODATKOV <ul><li>Iščemo hitrost  tvorbe produkta  ali  izginevanja substrata . </li></ul><ul><li>Variiramo: <...
PRIDOBIVANJE PODATKOV <ul><li>D-glukoza + ATP  D-glukoza 6-fosfat + ADP </li></ul><ul><li>Diskontinuirna metoda </li></ul>...
PRIDOBIVANJE PODATKOV <ul><li>Čistost vseh kemikalij </li></ul><ul><li>Brez encimskih kontaminacij </li></ul><ul><li>Stabi...
POTEK KATALIZIRANE REAKCIJE
POTEK KATALIZIRANE REAKCIJE
POTEK KATALIZIRANE REAKCIJE
POTEK KATALIZIRANE REAKCIJE
REAKCIJE Z ENIM SUBSTRATOM <ul><li>E + S  ES  E + P </li></ul><ul><li>1. obravnava  (Henri 1902, Michaelis in Menten 1913)...
REAKCIJE Z ENIM SUBSTRATOM
LINEARIZACIJA PODATKOV
DIREKTNI LINEARNI GRAF
PORAZDELITEV NAPAK
PORAZDELITEV NAPAK
PORAZDELITEV NAPAK
PARAMETRI <ul><li>k cat katalitična konstanta, pretvorbeno število  ( turnover number ) [s -1 ] </li></ul><ul><li>K m kons...
SPECIFIČNOST HEKSOKINAZ
IREVERZIBILNA INHIBICIJA <ul><li>Inhibitor permanentno deaktivira encim. </li></ul>E + I  EI  E’ k 1 k -1 k 2
REVERZIBILNA INHIBICIJA <ul><li>Kompetitivna inhibicija  (competitive inhibition) </li></ul><ul><li>Nekompetitivna inhibic...
KOMPETITIVNA INHIBICIJA <ul><li>Inhibitor se veže izključno z E v EI. </li></ul>
NEKOMPETITIVNA INHIBICIJA <ul><li>Inhibitor se veže z E ali ES v EI oz. EIS. </li></ul>
AKOMPETITIVNA INHIBICIJA <ul><li>Inhibitor se veže izključno z ES v EIS. </li></ul>
AKOMPETITIVNA INHIBICIJA <ul><li>Inhibitor se veže izključno z ES v EIS. </li></ul>
 
INHIBICIJA S SUBSTRATOM <ul><li>Neproduktivna vezava </li></ul><ul><li>Substratna inhibicija </li></ul><ul><li>Primer: 6-f...
ENCIMSKA AKTIVACIJA
VPLIV pH NA AKTIVNOST <ul><li>Ena ionizirajoča skupina </li></ul><ul><li>Dve ionizirajoči skupini </li></ul>E + H +   EH +...
VPLIV pH NA AKTIVNOST <ul><li>Ena ionizirajoča skupina </li></ul><ul><li>Dve ionizirajoči skupini </li></ul>
VPLIV T NA AKTIVNOST <ul><li>Pozitivna korelacija (Arrheniusova enačba) </li></ul><ul><li>Negativna korelacija (denaturaci...
VPLIV T NA AKTIVNOST
REAKCIJE Z 2 SUBSTRATOMA <ul><li>Encimska substitucija (ping-pong) </li></ul><ul><li>Trojni kompleks </li></ul><ul><ul><li...
REAKCIJE Z 2 SUBSTRATOMA <ul><li>Encimska substitucija (ping-pong) </li></ul><ul><li>Trojni kompleks </li></ul><ul><ul><li...
REAKCIJE Z 2 SUBSTRATOMA
REAKCIJE Z 2 SUBSTRATOMA
REAKCIJE Z 2 SUBSTRATOMA
MATEMATIČNA OBDELAVA
MATEMATIČNA OBDELAVA <ul><li>Trojni kompleks - primarni graf  (koncentracijo substrata B držimo konstantno) </li></ul>
MATEMATIČNA OBDELAVA <ul><li>Trojni kompleks - sekundarni graf (koncentracijo substrata B držimo konstantno) </li></ul>
MATEMATIČNA OBDELAVA <ul><li>Ping-pong mehanizem - primarni graf (koncentracijo substrata B držimo konstantno) </li></ul>
MATEMATIČNA OBDELAVA <ul><li>Ping-pong mehanizem - sekundarni graf (koncentracijo substrata B držimo konstantno) </li></ul>
PREGLED
UREJENI ALI NAKLJUČNI TERCIARNI KOMPLEKS
Upcoming SlideShare
Loading in …5
×

Kinetika encimov

1,732 views

Published on

Kinetika encimov

Published in: Education
  • Be the first to comment

  • Be the first to like this

Kinetika encimov

  1. 1. ENCIMSKA KINETIKA Matej Huš, november 2009
  2. 2. POMEN POZNAVANJA <ul><li>nudi vpogled v mehanizem delovanja encima </li></ul><ul><li>nudi informacije o vlogi encima v celicah in odzivu na spremembe koncentracije metabolitov </li></ul><ul><li>pomaga razumeti, kako lahko encim kontroliramo </li></ul>
  3. 3. PRIDOBIVANJE PODATKOV <ul><li>Iščemo hitrost tvorbe produkta ali izginevanja substrata . </li></ul><ul><li>Variiramo: </li></ul><ul><ul><li>koncentracijo substrata </li></ul></ul><ul><ul><li>pH </li></ul></ul><ul><ul><li>temperaturo </li></ul></ul><ul><ul><li>koncentracijo ligandov </li></ul></ul>
  4. 4. PRIDOBIVANJE PODATKOV <ul><li>D-glukoza + ATP D-glukoza 6-fosfat + ADP </li></ul><ul><li>Diskontinuirna metoda </li></ul><ul><ul><li>Vzorčenje, ustavitev reakcije, meritev koncentracije produkta (kromatografija) </li></ul></ul><ul><li>Kontinuirna metoda </li></ul><ul><ul><li>D-glukoza 6-fosfat + NADP + 6-fosfoglukonat + NADPH </li></ul></ul><ul><ul><li>Merjenje absorpcije NADPH pri 340 nm </li></ul></ul><ul><ul><li>Sklopljena reakcija ne sme biti počasna </li></ul></ul>
  5. 5. PRIDOBIVANJE PODATKOV <ul><li>Čistost vseh kemikalij </li></ul><ul><li>Brez encimskih kontaminacij </li></ul><ul><li>Stabilnost encimov </li></ul><ul><li>Stabilnost pogojev (temperatura, pH) </li></ul><ul><li>Hitrost reakcije v stacionarnem stanju konstantna in sorazmerna koncentraciji encima </li></ul><ul><li>Meritev začetne hitrosti reakcije </li></ul>
  6. 6. POTEK KATALIZIRANE REAKCIJE
  7. 7. POTEK KATALIZIRANE REAKCIJE
  8. 8. POTEK KATALIZIRANE REAKCIJE
  9. 9. POTEK KATALIZIRANE REAKCIJE
  10. 10. REAKCIJE Z ENIM SUBSTRATOM <ul><li>E + S ES E + P </li></ul><ul><li>1. obravnava (Henri 1902, Michaelis in Menten 1913) : </li></ul><ul><ul><li>hitra vzpostavitev ravnotežja </li></ul></ul><ul><li>2. obravnava (Briggs in Haldane 1925) : </li></ul><ul><ul><li>predpostavka stacionarnega stanja </li></ul></ul>k 1 k -1 k 2
  11. 11. REAKCIJE Z ENIM SUBSTRATOM
  12. 12. LINEARIZACIJA PODATKOV
  13. 13. DIREKTNI LINEARNI GRAF
  14. 14. PORAZDELITEV NAPAK
  15. 15. PORAZDELITEV NAPAK
  16. 16. PORAZDELITEV NAPAK
  17. 17. PARAMETRI <ul><li>k cat katalitična konstanta, pretvorbeno število ( turnover number ) [s -1 ] </li></ul><ul><li>K m konstanta afinitete [  mol L -1 ] </li></ul><ul><li>k cat / K m konstanta specifičnosti [M -1 s -1 ] </li></ul>
  18. 18. SPECIFIČNOST HEKSOKINAZ
  19. 19. IREVERZIBILNA INHIBICIJA <ul><li>Inhibitor permanentno deaktivira encim. </li></ul>E + I EI E’ k 1 k -1 k 2
  20. 20. REVERZIBILNA INHIBICIJA <ul><li>Kompetitivna inhibicija (competitive inhibition) </li></ul><ul><li>Nekompetitivna inhibicija (non-competitive inhibition) </li></ul><ul><li>Akompetitivna inhibicija (uncompetitive inhibition) </li></ul>
  21. 21. KOMPETITIVNA INHIBICIJA <ul><li>Inhibitor se veže izključno z E v EI. </li></ul>
  22. 22. NEKOMPETITIVNA INHIBICIJA <ul><li>Inhibitor se veže z E ali ES v EI oz. EIS. </li></ul>
  23. 23. AKOMPETITIVNA INHIBICIJA <ul><li>Inhibitor se veže izključno z ES v EIS. </li></ul>
  24. 24. AKOMPETITIVNA INHIBICIJA <ul><li>Inhibitor se veže izključno z ES v EIS. </li></ul>
  25. 26. INHIBICIJA S SUBSTRATOM <ul><li>Neproduktivna vezava </li></ul><ul><li>Substratna inhibicija </li></ul><ul><li>Primer: 6-fosfofruktokinaza </li></ul>
  26. 27. ENCIMSKA AKTIVACIJA
  27. 28. VPLIV pH NA AKTIVNOST <ul><li>Ena ionizirajoča skupina </li></ul><ul><li>Dve ionizirajoči skupini </li></ul>E + H + EH + Ka
  28. 29. VPLIV pH NA AKTIVNOST <ul><li>Ena ionizirajoča skupina </li></ul><ul><li>Dve ionizirajoči skupini </li></ul>
  29. 30. VPLIV T NA AKTIVNOST <ul><li>Pozitivna korelacija (Arrheniusova enačba) </li></ul><ul><li>Negativna korelacija (denaturacija) </li></ul>E E’ K
  30. 31. VPLIV T NA AKTIVNOST
  31. 32. REAKCIJE Z 2 SUBSTRATOMA <ul><li>Encimska substitucija (ping-pong) </li></ul><ul><li>Trojni kompleks </li></ul><ul><ul><li>nastane po urejeni poti </li></ul></ul><ul><ul><li>nastane po naključju </li></ul></ul>
  32. 33. REAKCIJE Z 2 SUBSTRATOMA <ul><li>Encimska substitucija (ping-pong) </li></ul><ul><li>Trojni kompleks </li></ul><ul><ul><li>nastane po urejeni poti </li></ul></ul><ul><ul><li>nastane po naključju </li></ul></ul>
  33. 34. REAKCIJE Z 2 SUBSTRATOMA
  34. 35. REAKCIJE Z 2 SUBSTRATOMA
  35. 36. REAKCIJE Z 2 SUBSTRATOMA
  36. 37. MATEMATIČNA OBDELAVA
  37. 38. MATEMATIČNA OBDELAVA <ul><li>Trojni kompleks - primarni graf (koncentracijo substrata B držimo konstantno) </li></ul>
  38. 39. MATEMATIČNA OBDELAVA <ul><li>Trojni kompleks - sekundarni graf (koncentracijo substrata B držimo konstantno) </li></ul>
  39. 40. MATEMATIČNA OBDELAVA <ul><li>Ping-pong mehanizem - primarni graf (koncentracijo substrata B držimo konstantno) </li></ul>
  40. 41. MATEMATIČNA OBDELAVA <ul><li>Ping-pong mehanizem - sekundarni graf (koncentracijo substrata B držimo konstantno) </li></ul>
  41. 42. PREGLED
  42. 43. UREJENI ALI NAKLJUČNI TERCIARNI KOMPLEKS

×