Successfully reported this slideshow.
Your SlideShare is downloading. ×

Gen - Siddhartha Mukherjee / Nature Physics /

Ad
Ad
Ad
Ad
Ad
Ad
Ad
Ad
Ad
Ad
Ad
Upcoming SlideShare
Raydan Çıkanlar
Raydan Çıkanlar
Loading in …3
×

Check these out next

1 of 6 Ad

Gen - Siddhartha Mukherjee / Nature Physics /

Download to read offline

20. yüzyıla şekil vermiş üç büyük bilimsel fikrin yapı taşları: 'atom, bayt ve gen'
Atomu ve Geni manipüle etmek

'Bir kez düğmeye basıldı'

20. yüzyıla şekil vermiş üç büyük bilimsel fikrin yapı taşları: 'atom, bayt ve gen'
Atomu ve Geni manipüle etmek

'Bir kez düğmeye basıldı'

Advertisement
Advertisement

More Related Content

More from menemenazdacorba (20)

Recently uploaded (20)

Advertisement

Gen - Siddhartha Mukherjee / Nature Physics /

  1. 1. Atom – Bayt – Gen (Siddhartha Mukherjee (Gen) - Nature Physics) 19 Şubat 2021 * (Mukherjee, S., 2018, Gen, 3. Baskı, Domingo yayınevi , s. 9) 20. yüzyıla şekil vermiş üç büyük bilimsel fikrin yapı taşları: atom, bayt ve gen.* Mukherjee, Gen adlı kitabının giriş kısmında atomu ve genleri manipüle ederek neler yapabileceğimizi anlatır, buradan rahat okunur-görünür bir şema oluşturabiliriz. Bazı şeyleri bilsek bile, onları bir arada şematik bir resimle göstermek ilişkileri, benzerlikleri farketmek açısından kolaylık sağlar. • Atom ve gen ile ilgili şemayı göreceğiz. (Yazarın da dediği gibi bir noktadan sonra atom sadece fizikçileri gen de sadece biyologları-genetikçileri ilgilendirir diyemeyiz; hepimizi ilgilendirir.) • Günlük dilde atom kadar yaygınlaşmış ve biliniyor olsa da kısaca gen nedir'i biraz hatırlayacağız. • Kitapta bayt ile ilgili benzer vurgu tam yok. Ama, artık ücretsiz erişime de açılan, Nature Physics'in bu ay ki sayısındaki ilgili bir makaleden birkaç şeyi paylaşacağım. • "Bir kez düğmeye basıldı, artık dönüş yok" 'u, Terminatör filmini hatırlatan; Umberto Eco'nun Çirkinliğin Tarihi adlı kitabından bir resim ile bitireceğim.
  2. 2. 19 Şubat 2021 Atomu ve Geni manipüle etmek Atom ve gen, bir bütünün yapı taşları olduğundan, kavramsal bir benzerliğe sahipler. Hiyerarşik bir organizasyonla maddeyi ve organizmayı oluşturuyorlar. Artık sürekli bu ifade ile karşılaşıyoruz; "bütün parçalarından daha fazla anlam ifade eder". Bu doğru olsa da önce atomu ve geni anlamak zorundayız. Şema, ilgili sayfalardan oluşturulmuştur, daha fazla ayrıntıyı o sayfalarda bulabilirsiniz. MR veya temiz enerji örneği kitapta geçmiyor, paralellik olması için eklenmiştir. (Mukherjee, S., 2018, Gen, 3. Baskı, Domingo yayınevi , ss. 9-14)
  3. 3. 19 Şubat 2021 Gen Genler protein yapımı için gerekli tarif gibi düşünülebilir. Proteinler de enzim, hormon, sinyal iletici vs. gibi organizmadaki birçok işlev için gereklidir. Hücrenin çekirdeğindeki bir kromozom, çifte sarmal yapıdaki DNA'dan oluşur. DNA'nın bir ipliğini ayırdığınızda A, T, G, C bazları (nükleotitleri) ard arda belli bir sıraya göre dizilir ve her bir özel dizilim de belli bir proteini kodlar (kaba bir anlatımla). İhtiyaç olunan proteine göre RNA aracılığı ile DNA'dan o proteini üretecek gen, yani dizilim kısmı için okuma yapılır vs. --------------------------------------------------------------------------- Sol yanda tersten giderek "Gen" i basit-kaba bir anlatımla vermeye çalıştım. Gerçekte çok çok daha karışık ve akılalmaz miktarda ayrıntı vardır. Aynı atomu anlamaya çalıştığınızda kuantum mekaniğinde veya nöronu incelerken beyni anlamaya çalıştığınızda karşılaştığınız gibi. Anladıkça daha karmaşık bir noktaya da geliyoruz gibi. Hatta sistemi anlayınca da sanki bozuyoruz !? Heisenberg belirsizlik ilkesinin benzerleri bunlar için de var mı, merak ediyor insan. İnsan bu sorulara da cevap bulabilir. "Düğmeye basmak" böyle bir şey; iyisi ve kötüsü ile :)
  4. 4. 19 Şubat 2021 Bayt – Dördüncü R, AlgoRitma (Kodlama) Nature Physics dergisi bu ay, genel okuyucuya da hitap eden bir ön (thesis) yazı ile yayınlandı. Mark Buchanan'ın "Hello, school!" başlıklı yazısından, bayt başlığı altına da uygun olarak birkaç görüşünü aktaracağım. (Bu bir atom bombası yaratma ya da yazgımızın başkaları tarafından kontrol edilmesi kadar ürkütücü olmayacak.) Buchanan çok daha eski geçmişte temel eğitim için kullanılan 3-R kısaltmasına gönderme yaparak, dördüncü R'yi eklesek bu da kodlama (algoritma) olurdu diyor. 3-R (Reading, wRiting and aRithmetic) 4. R "algoRithm" (~kodlama) Okuma, yazma, temel matematik ve kodlama. Algoritma yazmayı öğrenmenin önemi için güzel bir örnek olarak da protein katlanmasını veriyor. (Bir önceki sayfada çok kısa bahsedilmişti) Proteinler zincir halinde üretildikten sonra işlev görebilmek için 3-boyutlu bir yapıya kendilerini getirirler, katlanırlar. Tıp ve biyoteknoloji için; bu mekanizmanın sonucunda 3-boyutlu şeklin nasıl, ne kadar sürede vs. oluştuğunu öngörmenin çok önemli faydaları vardır. https://en.wikipedia.org/wiki/Amylase Tükürükte etkili olan amilaz enziminin katlanmış gösterimi https://www.nature.com/articles/s41567-021-01173-8
  5. 5. 19 Şubat 2021 Çok pahalıya mal olabilecek deneysel yöntemlerle bu şekilleri, biçimleri tahmin etmek yerine; yapay zeka, algoritmalar sayesinde oluşturulmuş AlphaFold2 programı ile (şu an için belli bir sınıf proteinle sınırlı olsa da) proteinin katlanması sonucu oluşturacağı biçimi tahmin edebiliyorsunuz. Buchanan çocuklara kodlama öğretilmesi ile ilgili bir-iki kitap-makale örneği veriyor ve kısaca tartışıyor. "Kod yazmayı öğrenmek önemli ve çocuklar kod yazmayı öğrenerek bilişsel becerilerini geliştirebilirler. Ama diğer birçok etkinlikte de bunu yapabilirler; hikaye anlatırken, şarkı söylerken, soru sorarken, top oynarken, şaka yaparken de bilişsel yeteneklerini geliştirebilirler. Hesaplamalı yöntemler bilim için çok önemli, çocuklara da algoritmik düşünme yeteneğini kazandırmalıyız. Ama istediğimiz tek tip ihtiyaçlar (için), tek tip insan olmasa gerek." https://www.nature.com/articles/s41567-021-01173-8 Yine bu ayki sayıda tam da atom ve gen den konuşmuşken, genel okuyucu için uygun olan bu yazıya da bakabilirsiniz. https://www.nature.com/articles/s41567-020-01132-9 Bayt – Dördüncü R, AlgoRitma (Kodlama)
  6. 6. Bir kez düğmeye basıldı - Şaşı bakan (dijital) gözler - Terminatör atom - bayt - gen Bu üçüne tekrar baktığımızda, 2 nolu sayfadaki atom- gen şemasına baktığımızda akla şunlar geliyor: Terminatör filmi Serinin bir tanesinin sonunda söylenen; "bir kez düğmeye basıldı" anlamındaki ifade "Şaşı bakan dijital gözler" Şaşı bakan dans maskı "bir kez düğmeye basıldı" (Eco, U., 2019, Çirkinliğin Tarihi, 4. Baskı, Doğan Egmont Yayıncılık, s. 11) Dans Maskı, Ekoi (Doğu Nijerya), tarihsiz 19 Şubat 2021

×