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Curso Herramientas Avanzadas de Apoyo a la Investigación (versión 2011)

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Curso impartido en el Programa de Formación de la Universidad Autónoma de Madrid en el curso 2010-2011.

Published in: Education
  • Hola Noé,

    PrimoPDF incrusta las fuentes en cualquier plataforma windows :-)

    Me alegra saber que poner esto en la web sirve para algo.

    Saludos,

    -M
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  • Hola, Soy Noe de Mexico. Estaba a punto de saltar de un puente, porque no conseguia incrustar la fuente times new roman correctamente en mi pdf, a fin de que este pasase el requerimiento de http://www.pdf-express.org/ la conferencia a la que va este pdf me pide que asi sea. Mil gracias por el tip del primo PDF, fue el modo en que consegui hacer la conversion de manera satisfactoria, despues de haber gastado muchas horas con programas como dvips, pdf2ps, ps2pdf, etc. etc. El articulo lo escribi en SWP 5.0, pero parece que el problema de las fuentes lo ocasiona el hecho de que lo tengo en windows 7. Reitero mi agradecimiento

    saludos
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Curso Herramientas Avanzadas de Apoyo a la Investigación (versión 2011)

  1. 1. Herramientas Informáticas de Apoyo a la Investigación (HIAI) Mariano Rico. UAM 2011
  2. 2. Índice• Parte 1: Buscando referencias bibliográficas y documentos• Parte 2: Gestores de referencias• Parte 3: Creando artículos con gestión automática de referencias• Parte 4: Reutilización de gráficos
  3. 3. Parte 1: Buscando referenciasbibliográficas y documentos
  4. 4. http://biblioteca.uam.es/
  5. 5. Buscando artículos• http://biblioteca.uam.es  Biblioteca Politécnica  Recursos de …  Guías temáticas
  6. 6. ISI Web of Knowledge• Ministerio (http://www.accesowok.fecyt.es/) – Pincha “Acceso a la WOK”• Bibliotecas UAM – http://biblioteca.uam.es/  Politécnica Recursos de…  Bases de datos Web of Knowledge
  7. 7. Registro “desde dentro”• Pincha en “log in”• Sigue las instrucciones
  8. 8. Acceso a ISI sin estar en laUAM• Opción 1: Usar VPN (“El atajo”) – Simula estar en la UAM – Suele dar problemas de instalación – Ver las instrucciones en http://groups.google.com/group/cursoHerramInformUAM/web/acceso-a- la-uam-con-vpn• Opción 2: (desde sept 07) – Identificación manual (si falla la automática) • http://www.accesowok.fecyt.es • Usuario: univ.autmad.wok • Contraseña: h7qmkya5pf (la misma para todos los usuarios) • Correo UAM (@uam.es)
  9. 9. Creación de consultas en ISI
  10. 10. Ejemplos• TS=myoblast* AND AU=Zimmermann R*• SO=(Journal of Ecology OR Ecology Letters) AND TI=birch• #2 AND #4• (#1 OR #2) NOT #3• TS=lactose AND #1
  11. 11. Nuevos formatos de búsqueda (Jul2006)
  12. 12. Novedades marzo 2011• Truncamiento a mano izquierda de un término. (*hydroxy* recupera Dihydroxylation, Dihydroxylations, Dihydroxylated, etc.).• Recuperación de las distintas variaciones de una palabra– recupera la palabra singular y plural ( mice y mouse) la palabra en inglés británica o americana (colour o color) y otras variaciones de una palabra.• Buscar los nombres completos de los autores.• Los resultados se ordenarán automáticamente por año de publicación y no por la fecha de indexación.• Más opciones para ordenar los resultados.• Eliminación del límite de resultados de búsquedas• Visualización de los abstracts en la página de resultados.• Crear un informe de citas de la lista marcada.• Las veces que ha sido citado un articulo, ahora incluye las citas de todas las fuentes de citas en la WOK (Web of Science, Biosis Citation Index y Chinese Citation Index). Se puede ver el total de citas de todas las bases y el total por la base individual.• Buscar artículos con el Researcher ID de autores (visita www.researcherid.com)• Más información sobre WOK 5.2 en http://www.accesowok.fecyt.es/?page_id=2633
  13. 13. Ordenando• Por fecha (por defecto)• Por número de citas
  14. 14. Refinando• Por Subject Area, Document Type, Authors…• Mira todos en “more options/values”• Al final está “Analyze Result” (también debajo del desplegable de “sort by”.
  15. 15. Exportando (1/2)• A “Endonote, RefMan, Procite” – Genera un fichero .cgi – Las referencias son añadidas a ese fichero • Lo puede leer JavRef• A “Other Reference Software” – BibTeX (lo saca mal (muchas llaves))
  16. 16. Exportando (2/2)• Si ya tienes EndNote instalado, puede ser que EndNote “capture” el fichero, esto es, se abra la aplicación EndNote en lugar de descargar el fichero• Para evitarlo hay que deshacer la vinculáción entre el tipo de archivo “.ciw” y EndNote
  17. 17. ISI Proceedings• No aparece núm refs, pero sí “relevancia” – ¡OJO! Esta “relevancia” es realmente “grado de ajuste de cada referencia a los datos de la consulta”. Esto es: • Número de términos de la consulta • Número de veces que el término aparece • Grado de proximidad de los términos
  18. 18. ISI Proceedings. Cited vs. Citing• ¡OJO! Una vez seleccionada la referencia, no confundid: – “Cited references”: el num. Refs. citadas en el/por artículo) con – “Citing Articles”: los artículos que mencionan a este. Sólo en Web of Science, aunque a veces ponen un enlace directo desde la referencia de ISI Proceedings
  19. 19. Salvando la historia de búsquedas
  20. 20. Novedad (Jul 2006): RSS
  21. 21. Análisis en ISI Proceedings• No hay análisis por “Subject category”• Interesante análisis por “Source Title”
  22. 22. Related Records• Si dos artículos tienen referencian a las mismas fuentes, se asume que están relacionados, aunque sus títulos, abstracts o palabras clave no hagan referencia a los mismos términos
  23. 23. Citation alerts• Te envían un mail cada vez que aparece un artículo citando uno de los de tu lista• Se añaden elementos a la “Cited Articles List” pinchando “Create citation alert” cuando se está viendo un Full Record.
  24. 24. Índice de impacto de una revista• En ISI ir a Journal Citation Report (JCR)• Buscar revista – Con un año de retraso• Se muestra en detalle – Cálculo del índice de impacto de la revista – Tendencia del índice de impacto• Revistas parecidas a una dada• Búsqueda de revistas por área de conocimiento
  25. 25. Factor-h (1/2)• Cálculo preciso del impacto de las publicaciones de un autor – Se basa en el número de veces que son citados tus artículos – ANECA/ACAP no usa este índice (aún), sino el impacto de la revista en la que se publican tus artículos – Usado ya en España para conceder (o no) proyectos según el h del investigador principal/es. Proyectos Consolider piden h> 5• Significado del factor h: Un h = 40 (media de los últimos premios nobel) significa 40 artículos con más de 40 referencias• Más información en – http://www.elpais.com/articulo/futuro/factor/h/clasificacion/cientificos/siglo/XXI/elpfutpor/2005122 1elpepifut_5/Tes – http://www.nature.com/nature/journal/v448/n7155/full/448737a.html – http://www.nature.com/nature/journal/v436/n7053/full/436900a.html
  26. 26. Factor-h. (2/2)• Ejemplo – Búsqueda de AU=Rico M AND OG=Aut* – Selecciono Gomez JM, Rico M, Garcia-Sanchez F, et al. – Click en Rico M – Saca todos los artículos de ese autor (no de todos los autores Rico M). Click en “Citation Report” – Se obtiene un análisis detallado del cálculo del factor-h
  27. 27. Más información
  28. 28. SI NO ESTÁ EN ISI
  29. 29. DICE• Ver http://dice.cindoc.csic.es/• Usado por la ANECA• Impacto de las revistas de Humanidades, Ciencias Sociales, y Jurídicas
  30. 30. Biblioteca del CSIC• Bases de datos gratuitas • http://bddoc.csic.es:8080/index.jsp• Bases de datos por suscripción (enviar formulario que aparece en sitio web. Misma URL pero 80808085. ¿Mejoras respecto a la gratuita?)• La mejor para humanidades (Sumarios ISOC Ciencias Sociales y Humanidades)• Aplicación Web en castellano
  31. 31. Humanidades• CSIC para Humanidades: Summaries ISOC - database on Social Sciences and Humanities• RESH http://resh.cindoc.csic.es/index.php – Equivalente al JCR para para revistas españolas de humanidades• LATINDEX http://www.latindex.unam.mx/ – Lista de revistas hispano-americanas y españolas• DIALNET http://dialnet.unirioja.es/ – Revistas de Ciencias y Humanidades. Tiene suscripciones tipo ISI• PsycINFO http://www.apa.org/psycinfo/ – Para Psicología
  32. 32. DIALNET• Búsqueda de revistas de Derecho• Búsqueda de artículos – Bajas pdf (si registrado) – Bajas referencia bibliográfica • Un poco escondido
  33. 33. Registro en DIALNET• Rellenar formulario y nos envía un mail para confirmar registro (unos 10 min)• “Mi Dialnet” (sólo usuarios registrados)
  34. 34. Búsqueda en DIALNET (1/2)• Para usuarios registrados – Para no registrados hay una búsqueda peor
  35. 35. Búsqueda en DIALNET (2/2)• Ejemplo: – Términos de la búsqueda: “leyes” – Resultado:
  36. 36. Referencias en DIALNET (1/2)• Seleccione los artículos y pulse “Selección”. Esto se añade al “carrito”.
  37. 37. Referencias en DIALNET (2/2)• Para salvar las referencias del carrito – “Selección” y seleccionar formato
  38. 38. Google Scholar• Buscar en Google Scholar (GS) (http://scholar.google.com) – Agrupa no sólo artículos de revistas sino también libros (ISI no tiene libros) – Por ejemplo, este artículo apareció en GS y nos llevó al portal de la ACM
  39. 39. Google Scholar (1/4)• A partir del título del artículo obtenemos – Pinchando el enlace nos lleva al pdf – Agrupaciones (posiblemente el mismo artículo) – Autores. Útil para ver publicaciones del autor – Cited by. Los artículos que lo citan (aparecen típicamente más que en ISI) – Related articles. En ISI son artículos con las mismas referencias, en GS son artículos “similares” (¿palabras?) – Pueden aparecer enlaces a la BL (British Library, para comprarlo) o a bibliotecas que tienen una copia en papel
  40. 40. Google Scholar (2/4)• Si seleccionamos “cited by” nos sale la lista de artículos ordenada a su vez por número de citas. – Útil para ver la evolución de una idea a través de distintos autores.
  41. 41. Google Scholar (3/4)• Si seleccionamos autor – Saca las publicaciones del autor ordenadas por número de “cited by”
  42. 42. Google Scholar (4/4)• Autores con el mismo apellido
  43. 43. Google Scholar (4/5)• El secreto mejor guardado – Pinchar en “Scholar Preferences”• No aparece seleccionado inicialmente – Seleccionar el formato de exportación – No olvidar salvar las preferencias
  44. 44. DBLP• También gratis – Más de 960.000 publicaciones (Nov 07) • Revistas, congresos, libros…• http://www.informatik.uni-trier.de/~ley/db/index.html
  45. 45. DBLP. Búsqueda por Autor• Dado el apellido saca todos los nombres completos (nombre + apellido)• Búsqueda avanzada
  46. 46. DBLP. Características (1/2)• EE: Es el enlace al DOI – En el ejemplo es http://dx.doi.org/10.1007/11531371_45 – Si pinchamos en él nos lleva a la fuente • En este ejemplo nos lleva a http://www.springerlink.com/content/5mkjjkmb9ch1kq8u/ – El DOI es interesante guardarlo (en JabRef, por ejemplo) para tener el enlace “oficial” al documento
  47. 47. DBLP. Características (1/2)• Si pinchamos el número – En este ejemplo “4” – Nos lleva a la referencia BibTex • Que podemos meter en JabRef
  48. 48. DBLP. Otros criterios de búsqueda• Título del artículo• Nombre de la conferencia• Journal (Nombre abreviado)
  49. 49. INSPEC• Accesible desde la UAM• Rápido: http://web.ebscohost.com
  50. 50. Nueva interfaz
  51. 51. INSPEC. Búsqueda avanzada
  52. 52. INSPEC. Resultados
  53. 53. INSPEC. Búsqueda Visual
  54. 54. Otras fuentes. Science Direct• Exporta formato RIS (leíble por JabRef y EndNote) y RefWorks
  55. 55. Otras fuentes. Scopus• La UAM no tiene licencia
  56. 56. Referencias de libros• Amatex (http://www.2ndminute.org:8080/amatex/pages/main.jsp) – Libros de Amazon  Bibtex
  57. 57. Referencias de libros• Lead2Amazon (http://http://lead.to/amazon/en/) – Libros de Amazon  Bibtex
  58. 58. MENDELEY
  59. 59. Mendeley• mendeley.com página web de tus publicaciones• Gestor de referencias (web y local)• Plugin para Word• Red social
  60. 60. Mendeley. Plugin Word (1/2)
  61. 61. Mendeley. Plugin Word (2/2)
  62. 62. Mendeley. Web Importer
  63. 63. MICROSOFT ACADEMIC
  64. 64. http://academic.research.microsoft.com
  65. 65. Búsqueda por dominio
  66. 66. Visual Explorer
  67. 67. Co-author path
  68. 68. Lista de Organizaciones poráreas de conocimiento
  69. 69. Lista de Personas poráreas de conocimiento
  70. 70. Lista de revistas poráreas de conocimiento
  71. 71. Lista de congresos poráreas de conocimiento
  72. 72. Lista de congresos poráreas de conocimiento
  73. 73. PUBLISH OR PERISH
  74. 74. Publica o perece•El título lo dice todo•Aplicación gratuita•Calcula • El factor-h máximo (usa Google Scholar) de un autor • El impacto de cualquier revista (incluso no ISI)
  75. 75. Parte 2:Gestores de Referencias
  76. 76. ¿Para qué vale? (1/2)• Para tener un “cajón de referencias” – Al escribir nuestros artículos citamos siempre a los artículos de nuestro “cajón”. – Mis “amadas” referencias (se les coge cariño) • Se refinan con el tiempo, con más info en “Review” (JabRef), más detalles, … •Se clasifican y reclasifican •Tienen un “ciclo de vida” hasta quedar obsoletas – Cajón único  información centralizada
  77. 77. ¿Para qué vale? (2/2)• Para formatear las referencias según lo indicado por la editorial – Formatos más comunes (ver monash.edu.au) • AIP American Institute of Physics • APA American Psychological Association • Chicago or notes-bibliography • Harvard or author-date • IEEE Institute of Electrical and Electronics Engineers • Turabian • Vancouver or numeric or footnote-endnote, for Biomedical publications
  78. 78. ¿Qué gestor uso?• Los más populares son – EndNote (de pago) – RefWorks (licencia UAM)• El mejor (el que yo uso) – JabRef (gratis)
  79. 79. JABREF
  80. 80. JabRef• Es una aplicación Java Web Start (JWS) – Multiplataforma (Windows, Linux, Mac…) – Actualizaciones automáticas• Es open source – En SourceForge. Muy activo. – Página web: http://jabref.sourceforge.net• Exporta a muchos formatos – EndNote, bibTeXML, OpenOffice bibliography, …• Importa – ISI, MedLine, y otros muchos – … y Refer/EndNote• Requiere Java 1.5
  81. 81. JabRef.Instalación http://jabref.sourceforge.net/documentation.php• Vía Java Web Start (JWS). La mejor opción para estar actualizado 1.- Ir a una página web con JNLP. • Lo más sencillo. Sin instalación. Click & Run. Necesita JRE instalado. • Crea un icono de acceso en el escritorio 2.- Usar el javaws de JRE (Java Runtime Env.) • Agrupa todas las aplicaciones JWS • Recomendable: Poner un icono de acceso a javaws en Start• Instalación en local – Bajar JabRef-2.2b.jar (o la versión que sea) • Ir a http://sourceforge.net/projects/jabref/ • Buscar página de Dowload y navegar hasta llegar al .jar (o .exe).Descargarlo – Ejecutarlo. Un doble clic al .jar (o .exe) debería arrancar la aplicación (o el instalador).
  82. 82. JabRef. Ventajas• Gestiona un fichero .bib – Mismo fichero que Bibtex  útil para usuarios de Latex y CiteMaker (Adobe)• Java  Multiplataforma – Windows, Unix (Linux), Mac …• Inserta referencias en el procesador de texto – Led, WinEd, Lyx/Kile , emacs…• Comprobación de links huérfanos a ficheros• Comprobaciones de integridad – Tools  Scan Database Integrity Check• Excelente gestión de grupos (clasificación de las referencias)
  83. 83. JabRef. Revisión• Permite insertar nuestros comentarios acerca del artículo• La búsqueda incluye el texto de Revisión• No se puede cargar en EndNote
  84. 84. JabRef. Búsqueda• Búsqueda por “todo” (cualquier campo)• Búsqueda por campos. Ejemplos: – author = Rico – title = “Web Semántica”• Operadores lógicos y paréntesis – (author = miller or title|keywords = "image processing") and not author = brown• Expresiones Regulares – author = G.mez (para Gómez y Gomez)
  85. 85. JabRef. Grupos• Mejor una demostración
  86. 86. JabRef. Gestión de duplicados Herramienta de gestión deEn la importación duplicados
  87. 87. JabRef. DOI• www.doi.org• Sistema para asignar una URL permanente a los documentos – Aunque los documentos cambien de ubicación • Su DOI seguirá apuntando al documento• Basado en “Agencias Registradoras”• http://dx.doi.org/ Para doi  URL
  88. 88. JabRef y Word• No diseñado para Word. No se pueden comunicar directamente.• Comunicación indirecta: – Se puede convertir a EndNote y de ahí a Word http://www.uoguelph.ca/~gardnerw/research/bib.htm • Se puede usar un plugin para Word llamado Write-N-Cite (de RefWorks (http://www.refworks.com)) – Se puede cargar en RefWorks • No carga citedreferences, owner, pdf, review, timestamp • Antes obliga a generar la bibliografía en un formato intermedio (fichero .rwt). En la versión moderna ya no es necesario
  89. 89. JabRef vs. EndNote (1/2)• JabRef gestiona mejor la clasificación – Permite clasificar por keyword, añadiendo/borrando mis keywords (para clasificación) al meter/sacar referencias de los grupos – En EndNote se debe hacer una a una – Detección de pertenencia a varios grupos • Para un grupo seleccionado permite saber qué referencias tienen al menos una keyword común – Permite crear un conjunto de keywords “más frecuentes” útiles para clasificar (Tools -> Manage Content Selectors)• JabRef permite anotaciones (pestaña Review) de cada referencia. EndNote no. – Se permite búsqueda
  90. 90. JabRef vs. EndNote (2/2)• EndNote muestra el aspecto final (en el documento) de la referencia. – JabRef no lo muestra, dejando esta tarea a • bibtex en el caso de Latex • EndNote o Write-N-Cite (RefWorks) en el caso de Word
  91. 91. JabRef. Detalles útiles (1/2)• Directorio de archivos pdf por omisión – En pestaña “General”  Campo “Pdf” Browse: Abrirá ese directorio inicialmente – Se almacena únicamente el nombre del fichero pdf (sin el path completo) – Útil si cambiamos el directorio de archivos pdf
  92. 92. JabRef. Detalles útiles (2/2)• Búsqueda en Bases de Datos Bibliográficas – MedLine. Para medicina – CiteSeer. Para Computer Science (no me funciona a veces) – IEEEXplore. Ciencias e ingeniería• Incorpora los resultados encontrados a nuestra BD
  93. 93. Datos XMP en el pdf (1/2)• XMP es un formato de datos• JabRef permite insertar los datos de una referencia en el pdf asociado a la referencia.
  94. 94. Datos XMP en el pdf (2/2)• Si no se desean escribir todos los datos (por ejemplo, la review) se puede indicar• A partir del pdf con los datos XMP se puede crear la referencia completa en JabRef – Arrastra el pdf a la lista de referencias
  95. 95. JabRef.Export BibtexEndNote• La conversión de tipos es la siguiente: BibTeX -> Endnote misc, other -> Generic unpublished -> Manuscript manual -> Computer Program article -> Journal Article book -> Book booklet -> Personal Communication inbook,incollection -> Book Section inproceedings -> Conference Proceedings techreport -> Report mastersthesis, phdthesis -> Thesis Ver http://jabref.sourceforge.net/help/EndNoteFilters.html
  96. 96. Cargar en JabRef referenciasde EndNote• EndNote no exporta bibtex.• Refworks sí lee ficheros y librerías EndNote.• Solución – Cargar desde Refworks la librería (o fichero) EndNote – Exportar desde Refworks en formato BibTex. – Cargar en JabRef el fichero bibtex
  97. 97. ISI odia a BibTeX• Si en ISI exportamos referencias en formato BibTeX obtenemos campos con dobles llaves – Esto pasa desde 2008• Solución – Activar una opción en JabRef que elimina las llaves de más • OptionsPreferences
  98. 98. ENDNOTE
  99. 99. EndNote. Web vs. Local• Versión Web accesible desde ISI – Para EndNote < “versión X” hay que usar un plug-in (“Cite-While-You-Write”) para Word • No confundir con Write-N-Cite de RefWorks • La instalación no deja un “ejecutable”, sino una nueva barra de herramientas en Word • Pide identificación (email y contraseña)• Versión local. Un instalador convencional.
  100. 100. EndNote Local. Instalación• EndNote es de Thomson (creadora de ISI)• Es de pago• Para Windows y Mac (no para Unix(Linux))• Sitio web: http://www.endnote.com• Descarga directa de una versión de evaluación (30 días) de última versión (X4): http://download1.isiresearchsoft.com/demos/ENX401Inst.exe – (Últimas versiones en http://download1.isiresearchsoft.com/demos)• Si está instalado Word, le añade un conjunto de botones
  101. 101. EndNote. Usándolo en Word• Aparece una barra de herramientas nueva Word 2003 Word 2007
  102. 102. EndNote Local. Ventana principal Aspecto de la referencia Mis referencias “Formato de revista” seleccionada (en azul), selecionado usando el “formato de revista” selecionado
  103. 103. EndNote. Cargando referenciasde JabRef• Exporta desde JabRef (todas o sólo las refs releccionadas) en formato “Endnote(.txt)”• Importa desde EndNote con “Import Option = EndNote Import” (¡ojo!, no confundir con EndNote Library)
  104. 104. Clasificación en EndNote• Editar la referencia. Añadir “keywords”. – Se mantienen las keywords originales – Se añaden las nuevas keywords (en rojo) Para saber cuáles son las tuyas, usa namespaces
  105. 105. Enlace a archivos• Pueden ser .pdf, imágenes, .doc, etc. El icono indica fichero adjunto
  106. 106. Subject Bibliography• Tools -> Subject Bibliography• Subject Fields: típicamente “keywords”• Subject terms: los valores
  107. 107. Cambiando tus keywords• Cambiemos myStatus.unread por myStatus.read
  108. 108. URL, Link to pdf e Image (1/2)• No confundirlos. Puede haber varias: externas o internas. Indica la referencia bibliográfica (no el artículo en sí) Puede haber varias: externas o internas. Indica la hubicación del artículo en sí. Sólo pdf’s. Sólo una: externa o interna Puede ser cualquier tipo de archivo
  109. 109. URL, Link to pdf e Image (2/2) Esto añade (link To…), o abre (Open Link) la URL Esto lleva al web site de ISI y muestr los datos de esta referencia
  110. 110. Listas de términos (LT)• LTs para keywords, autores, y revistas• Se pueden hacer otras LTs• Se pueden indicar otros delimitadores – Útil para rehacer la lista de keywords “,” no es un delimitador salvo que se indique
  111. 111. Import• Casi cualquier formato – Usando “filtros” para programas comerciales – ¡¡¡Pero no .bib !!!• Ejemplos: – ISI CD (Citation indexes) – ISI CE (Referencias) – PubMed
  112. 112. Export• Fatal. Sólo formatos propietarios – XML – Rtf – Txt – HTML• No puede generar .bib
  113. 113. EndNote. Soporte• Sitio web (www.endnote.com) muy completo – Parches – Nuevos “output styles” (por ejemplo, LNCS) – Nuevos “Import filters” – Nuevos “Word Templates”
  114. 114. EndNote. ¡Ojo!• EndNote pasa la información a Word mediante “campos ocultos”. – La pega: si se modifica la referencia en EndNote  No se actualiza en Word. – La ventaja: Word es autosuficiente  no depende de EndNote una vez insertada la referencia• Verlo con un ejemplo
  115. 115. REFWORKS
  116. 116. Registro en RefWorks• www.refworks.com• Pincha en login
  117. 117. Desde fuera de la UAM• ID UAM: “RWUAutoMadrid”
  118. 118. Librerías EndNote• Refworks puede cargar librerías EndNote – Y luego guardarlas en formatos que entiende JabRef
  119. 119. Importando referencias JabRef• Ha dejado de funcionar el filtro “JabRef Open Source Bibliography”• Usa el filtro BibTex
  120. 120. RefWorks. Instalación (1/2)• RefWorks NO es una aplicación de escritorio – Es una aplicación web  “No net, no fun”• Usa un “añadido” (plug-in) para Word llamado Write-N-Cite (WNC) – WNC III para Windows Vista/7 y Word 2007, ó Windows XP y Word 2003. (www.refworks.com/appupdate/wnc3inst.exe) – WNC 2.5 para Mac (http://www.refworks.com/Refworks/WNCDownload.asp) – WNC para los demás (www.refworks.com/appupdate/wncinstall.exe)
  121. 121. RefWorks. Instalación (2/2)• En la instalación se puede marcar “Allow working Offline” – Esto permite trabajar sin estar conectado a Internet – La pega: no se pueden cambiar los datos, sólo insertar referencias – Es de esperar que se mejore y permita edición y sincronización automática
  122. 122. Import en RefWorks• Importa EndNote y bibTeX (JabRef) directamente• Multitud de otros filtros
  123. 123. Utilidad “Output Style Preview”• El formato de la revista
  124. 124. Write-N-Cite• Plug-in para Word – Añade una ventana flotante (no es una nueva barra de tareas como en EndNote) – Gestiona dos ficheros • Fuente con refs {{ }} • Generado con el formato adecuado
  125. 125. Backup• Permite hacer backup/restore de toda la información almacenada en RefWorks
  126. 126. Ventajas e inconvenientes• Exporta a EndNote, Bibtex, y básicos• Importa EndNote, Bibtex y muchos otros• Online: ubicuidad. Pega: “No net, no fun”• Backup / Restore. Ficheros propietarios (.rwb)• Write-N-Cite para Word• ¿Ventaja?: clasificación básica basada en carpetas• ¿Utilidad?: Gestión de listas de RSS Feeds• Genera página web con todas las referencias
  127. 127. Donde no llega la tecnologíaPROBLEMAS ABIERTOS
  128. 128. Tipos de documento• JabRef usa BibTex internamente. – Bibtex define varios tipos de documentos – Cada tipo tiene unos campos obligatorios • En JabRef se ve si una ref es completa• EndNote define otro conjunto de documentos – No hay manera de saber si una ref es completa – La conversión bibtexEndNote es delicada (suele funcionar bien, pero si falla es muy complicado cambiarlo en EndNote)
  129. 129. Tipos de documentos. Caso real• Un artículo publicado en Lecture Notes in Computer Science (LNCS) BibTex / EndNote – ¿Es un article / Journal Article? • En contra: No es un journal (publicación periódica) • A favor: tiene ISSN como las revistas (journals) – ¿Es un Proceeding / Conference Proceedings? • A favor: son fruto de una conferencia – ¿Es un InBook / Book Section? • A favor: tiene ISBN, editores, y el Publisher es la editorial Springer) • En contra: no es igual que un libro-libro – ¿Es un Book / Book? • Seguro que no. Si acaso, el editor del congreso podría decir que es un libro.
  130. 130. El contenido. Estilo• Guías de estilo (para Ciencias) – IEEE • Buscar en Google “IEEE Style Guide Special Sections” (La URL es variable) • Buscar “Article Preparation and Submission” en www.ieee.org – ACM • http://www.acm.org/pubs/submissions/submission. htm• Errores comunes: Buscar “preparation of papers for IEEE Transactions and Journals” en Google
  131. 131. El contenido. Revisoresprofesionales de estilo• http://www.prof-editing.com/ (recomendación IEEE)• http://www.journalexperts.com (recomendación Elsevier)• http://www.journalexperts.com/ (usado CNB)• http://www.bostonbioedit.com/• http://www.internationalscienceediting.com/• http://www.asiascienceediting.com/• http://www.bioscsiencewriters.com/• http://www.biomeditor.com/• http://www.oleng.com.au/• http://davidherron.tripod.com/index-6.html• http://documentclinic.com
  132. 132. Parte 3:Creando artículos con gestión automática de referencias
  133. 133. Latex vs. Word• Latex es abierto – Word no• Empezar a escribir – En Word es sencillo – Con Latex cuesta más• Documento complejo – Word se lía • Referencias, figuras… – Latex funciona • Converge a 0 bugs (última versión: 3.141592 / Diciembre 2002) – Desde 1980 http://www.ifs.hr/~mpinter/miktex.html
  134. 134. Gracias a http://ltx.blogspot.com/2007/11/he-visto-cosas.html MS Word. “He visto cosas…”• “He visto cosas en Word que vosotros no creeríais...” – He visto listas de items formateadas a base de espacios en blanco. – He visto docenas de retornos de carro seguidos al final de una página, para forzar el cambio a la página siguiente. – He visto una tabla de contenidos de un documento de 300 páginas, generada totalmente a mano «para evitar problemas». – He visto documentos llenos de imágenes en formato bitmap, ocupando gigas y que tardan minutos en «repaginarse». – He visto menús desplegables de «Estilos» con centenares de estilos definidos, ninguno usado de forma consistente en el documento. – He visto siete tipos diferentes de «bullets» en el mismo documento, con niveles de indentación inconsistentes. – He visto documentos impresos llenos de «¡Error! Marcador no definido» – He visto intentos de crear documentos multi-archivo con Word. Nunca he visto uno que funcionara. – He visto horas de trabajo desaparecidas por un súbito cuelgue, y copias de respaldo irrecuperables. – He visto listas de enumerables cuya numeración, en lugar de comenzar en 1, continuaba de otras de capítulos anteriores, sin que el autor lo notara hasta después de imprimir. – He visto documentos impresos que no se parecen a lo que se veía en pantalla. – He visto documentos que, al cambiar de ordenador, cambian completamente su paginación debido a que se usa una impresora diferente. – He visto el mensaje «¿Desea guardar los cambios efectuados en el documento?» sin haber hecho ningún cambio. – He visto un documento que, al avanzar tras la última página, se copiaba y pegaba a sí mismo en ese punto, de forma recursiva, aumentando su tamaño hasta colapsar el sistema.• “Todos esos momentos se perderán en el tiempo, como lágrimas de alegría en la lluvia. Es hora de LaTeX”.
  135. 135. WORD
  136. 136. Usando WORD• Todo el mundo sabe usar Word• ¿O no? – Plantillas de editoriales – Estilos dentro de las plantillas • Corta y pega de texto  mezcla de estilos – Editor integrado de fórmulas – Referencias cruzadas – Generadores de “Índice”, “Tabla de contenidos”, y “Lista de Figuras”
  137. 137. LATEX
  138. 138. Aprendiendo Latex• Tutorial de SlideShare – http://www.slideshare.net/XEmacs/latex- introduction-for-word-users• Latex para documentos en castellano – http://www.aq.upm.es/Departamentos/Fisica/a gmartin/webpublico/latex/FAQ- CervanTeX/FAQ-CervanTeX.html#toc3
  139. 139. Herramientas para Latex• En Windows. Opciones: – Miktex (gratuito) + LatexEditor (LEd) (gratuito) http://www.latexeditor.org/ – Miktex (gratuito) + WinEdt (vers. evaluación) • Miktex: – http://www.miktex.org/ – http://docs.miktex.org/manual/ • WinEdt: – http://www.winedt.com/ – De pago: Scientific WorkPlace, etc.
  140. 140. Una prueba de Latex• Poner el siguiente texto en el editor documentclass{article} begin{document} My first TeX~document. end{document}• Guardarlo con el nombre prueba.tex• Compilar el documento prueba.tex  prueba.dvi• Generar pdf Prueba.dvi  prueba.pdf
  141. 141. Insertando referencias en latex• Desde JabRef – Insertar referencias en Led / WinEdt• Poner código latex para leer la bibliografía – Uso de plantillas bibliográficas • named.bst (tipo Harvard, i.e. Autor, año)• Invocar bibtex – .bib  .bbl• Invocar latex – .tex + .bbl  .dvi  pdf
  142. 142. Conversión latex  rft (Word)• Ver http://www.tug.org/utilities/texconv/textopc.html• Conversión de fórmulas, tablas… difícil• No conozco ninguno que funcione bien
  143. 143. Parte 4:Reutilización de gráficos
  144. 144. La pega de la Suite MS Office• Una gráfica no puede escalarse – Los tamaños de letra han quedado fijados por el usuario – Si se re-escala se mantiene el tamaño de letra Skills in new – Grosor de línea no cambia technologies 100 0 7 13 0 80 40 0 40 %users 207 60 27 7 33 0 73 53 80 73 0 N.A 40 27 7 20 33 13• Un bloque de texto sí 20 0 0 0 027 0 33 27 7 20 7 27 33 20 0 20 7 . AJAX… Flash… HTML
  145. 145. Gráficos vectoriales vs. bitmaps• A cierto nivel de zoom parecen lo mismo• Vectorial • Bitmap/raster
  146. 146. Herramientas para gestión degráficos vectoriales y bitmaps• Vectoriales – Corel Draw (de pago). Descarga pesada: ~250 MB • Gráfico Office a CorelDraw: Edit  Paste SpecialPicture (Enhanced Metafile) para tener un objeto Corel. • Demo, ejemplo con póster (http://mariano.rico.googlepages.com/poster_ISWC04.ok.cdr) – MS Visio (licencia UAM) • Muy cerrado (pocos formatos de entrada/salida) – Adobe Ilustrator (de pago). CNB tiene licencia.• Bitmaps – Photoshop (NO licencia UAM) • Demo, ejemplo con imagen (http://mariano.rico.googlepages.com/Bio_Figure2.jpg) – GIMP (gratis y muy completo) – MS Picture Manager (Viene con la Suite Office)
  147. 147. Vectoriales con Power Point (1/2)• Pegas – Si reescalo el dibujo • El grosor de las líneas no cambia • El texto sí, si se ha hecho con cuidado• Ventajas – Entorno conocido (más vales malo...) – Hay gente que hace pósters con PP • Feos, muy feos ;-)
  148. 148. Vectoriales con Power Point (2/2)• El copia y pega de Office – Si creo un gráfico vectorial con PowerPoint, lo selecciono, lo “copio”, y lo “pego” en Word... – Aparece en Word, pero... NO ES VECTORIAL • Haz zoom sobre el gráfico y lo verás pixelado – Motivo: el “pegado” por defecto convierte la imagen vectorial en un bitmap – Solución: Inicio PegarPegado especial  Pegar como “Imagen (metarchivo de Windows)”
  149. 149. Conversiones• GhostView – La mejor conversión (vectorial  vectorial/bitmap) • ps  pdf • ps  eps (para usar en Latex o Corel) • ps  png, gif, jpeg…• Para generar un archivo postscript (.ps). Lo mejor: – Una impresora postscript genérica • Aunque no la tengas físicamente (no es fácil engañar a Windows) • Configura como impresora Color o Escala de Grises • Descargar Drivers de Adobe (“generic postscript printer” en Google)• Para generar ficheros pdf: – Soluciones Adobe (de pago): Acrobat (no el Reader) – Desde Word: Instalar el generador de pdf (Guardar Como  PDFo XPS) – PdfCreator (gratuito) • Crea una nueva impresora “virtual” que “imprime” ficheros pdf – Con PrimoPDF (gratuito) • Crea una nueva impresora “virtual” que “imprime” ficheros pdf
  150. 150. Resolución: pixels, dpi, ppp• dpi = dots per inch = puntos por pulgada (ppp)• Ejemplo con una foto digital – Tamaño en pixels: 3072 x 2304 (jpeg 1.76MB) • Para un artículo. Debe ocupar 4’’ y tener 300dpi – 1 pulgada = 2.52 cm – 4´´ son 4´´ x 300dpi = 1200 puntos (pixels) – Hay que reducir la imagen en un factor 3072/1200 = 2.56 – Imagen óptima: 1200 x 2304/2.56 = 1200 x 900 • Para un póster. Debe ocupar 20cm y tener 300dpi – 20 cm = 8’’ a 300dpi = 2400 pixels (el doble que antes) – Imagen óptima: 2400 x 1800
  151. 151. Gráficos en artículos• Vectoriales para “cajas y flechas” – Reutilizables (para pósters, por ejemplo) – Resolución infinita – Formatos (eps, ps, cdr..) • ps (eps), tiff , pdf, etc permiten vectores + bitmaps• Bitmaps para fotos o captura de pantalla – ¿A qué resolución? • Resolución de imagen • Resolución de impresión – ¿En qué formato? (jpeg, gif, png, tiff…) • Formatos con pérdida (jpeg)  fotos – Compresión variable  mayor o menor calidad • Formatos sin pérdida (gif, png)  figuras con líneas, pantallazos – Compresión fija
  152. 152. Fuentes incrustadas en PDF(1/3)• El formato pdf no es tan sólido como parece – Las fuentes pueden no ir incrustadas en el fichero• Ejemplo de generación sin fuentes incrustadas – De .tex a .dvi con dvi2ps (caso de Led, WinEdt) – De .ps a .pdf con ghostview
  153. 153. Fuentes incrustadas en PDF(2/3)• Propiedades del pdf generado (abrir en adobe reader y Fichero  Propiedades  Fuentes)• Solución: incrustar fuentes Fuente incrustada – Con PrimoPDF (en grupo Google archivo Freeware_PrimoPDF.executable renombrado a .exe) • A partir de un pdf se envía a la “impresora” PrimoPDF, de ahí sale un diálogo para generar el Fuente NO incrustada ¡¡Fuentes incrustadas!! nuevo pdf • Las propiedades del pdf serán estas: – Ver ejemplo RicoAICOMM2010.pdf y RicoAICOMM2010.primopdf.pdf
  154. 154. Fuentes incrustadas en PDF(3/3)• Word 2007 puede generar pdf – No viene activado inicialmente – Ver “Guardar como” • Seguir las instrucciones para instalar formatos pdf y xps – Ventajas: • Si el fichero Word tiene las fuentes incrustadas genera un pdf con las fuentes incrustadas • Mantiene los enlaces (links internos y externos) en el pdf generado.
  155. 155. SPSS y ficheros vectoriales .eps• Desde SPSS se puede exportar una gráfica en formato eps
  156. 156. Ejercicio• Documento a partir de plantilla (TRANS- JOUR.doc en Google Group)• Añadir imágenes vectoriales y de bitmap (EjemploImagen*.jpg en Google Group)• Poner referencias del cajón• Generar pdf con fuentes incrustadas
  157. 157. Parte 5:Extras
  158. 158. “Trucos” de Word• Referencias cruzadas – Para figuras, tablas, secciones…• Guionado – Para partir las palabras por el sitio adecuado – En Word 2007: Diseño de página  Guiones• Word 2007 tiene su propio gestor de referencias – Es muy simple• Incrustar fuentes – Guarda como “PDF o XPS”
  159. 159. “Trucos” de PowerPoint• Incrustar fuentes (distinto de Word)• Paste Special – Imágenes: Windows Metafile – Texto: Unformatted Text• Autoformas  Conectores
  160. 160. “Trucos” de pdf• Uso de gráficas generadas (e.g. de Excel) – Para generar un fichero en formato vectorial (eps) • Genera un pdf (que se vea entera la gráfica) • Recorta la “página” con Adobe Acrobat (DocumentCrop Pages) hasta tener sólo la figura • Exporta en formato eps (FileExportPostscript)
  161. 161. Utilidades gratuitas• Google Notebook – Registrarse. Sólo desde aquí se puede descargar la extensión de Firefox• Del.icio.us – Gestión de bookmarks. Hay extensión para Firefox.• Google Sites – 100 MB para crear sitios (páginas) web – WYSIWYG de verdad• Wuala – Sincronización de archivos y backup – En Wuala puedes cambiar espacio de tu disco por espacio en la web  ¡¡todo el espacio que quieras!!  – Dropbox ofrece menos sitio y menos funcionalidad
  162. 162. ¿Alguna pregunta?• ¿Alguna curiosidad? – Herramientas – Cómo hacer…
  163. 163. FINGracias por vuestra atención Mariano.Rico@uam.es

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