Biotechno2005

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Biotechno2005

  1. 1. Biotechno 2005 Pierre Lindenbaum Integragen lindenb @ integragen . com
  2. 2. Integragen <ul><li>Le société </li></ul><ul><li>Technologies </li></ul><ul><li>Réalisations </li></ul><ul><li>Place des doctorants </li></ul>
  3. 3. Integragen <ul><li>Fondée en Juillet 2000 </li></ul><ul><li>Spin-off du Centre National G é noty page ( Evry ) </li></ul><ul><li>Basée à Evry. </li></ul><ul><li>Levée de fonds € 11.8 M </li></ul><ul><li>27 employés </li></ul><ul><li>Collaborations & Partenariats avec Aventis, Jurilab, Affirm … </li></ul>
  4. 4. Activités <ul><ul><li>Genome-wide Hybridization Identity Profiling ( GenomeHIP™ ) </li></ul></ul><ul><li>Cartographie physique de loci partagés par des familles affectées à une résolution de 1Mb. </li></ul><ul><li>Production d’haplotypes à haut debit (SNPLEX) </li></ul><ul><li>Statistiques </li></ul><ul><li>LIMS. </li></ul><ul><li>Identification & confirmation de l’association de gènes à des maladies en moins de 8 mois. </li></ul>
  5. 5. Identification de G è ne s Approches Mol é cula i r e (I) <ul><li>Mod é l e s </li></ul><ul><ul><li>Monog é ni que </li></ul></ul><ul><ul><li>Polyg é ni que </li></ul></ul>
  6. 6. Identification de G è ne s Approches Mol é cula i r e (II) <ul><li>Polymorphi smes </li></ul><ul><ul><li>Micro-satellites </li></ul></ul><ul><ul><li>SNPs </li></ul></ul><ul><li>Haplotypes </li></ul><ul><li>Etudes d’association </li></ul>
  7. 7. IBD (I)
  8. 8. IBD (II) OK OK OK OK
  9. 9. Genomic Hybrid Identity Profiling (GenomeHIP) (I) Les ADN de deux individus apparentés sont coupés sous la forme d’ADN simple brin et sont marqués.
  10. 10. Genomic Hybrid Identity Profiling (GenomeHIP) (II) Les fragments marqués sont mélangés. Les morceaux complémentaires vont pouvoir s’hybrider
  11. 11. Genomic Hybrid Identity Profiling (GenomeHIP) (III) Suppression des homohybrid e s portant un seul marqueur Elimination des fragments h é t é rohybrid e s non-IBD
  12. 12. Genomic Hybrid Identity Profiling (GenomeHIP) (IV) La localisation des fragments sur une puce à ADN ( BAC array ) 5’ 3’ 1Mb
  13. 13. Genomic Hybrid Identity Profiling (GenomeHIP) (V) La localisation des fragments se fait sur une puce à ADN ( BAC array ) <ul><li>Identification des régions génomiques communes. </li></ul><ul><li>Fragments d’ADNdb ayant un brin de chacun des individus représentant une section partagée du génome. Cette section peut contenir un gène lié à la maladie. </li></ul>
  14. 14. Genomic Hybrid Identity Profiling (GenomeHIP) (VI) L’expérience est réalisée sur de nombreuses familles. Identification des régions impliquées dans la maladie.
  15. 15. De GenomeHip aux gènes. 12ZG02 68.1 68.3 q2.13 23 100 14 0.61 5.5e-01 12ZG03 74.2 74.4 q1.31 23 100 17 0.74 1.0e-01 20ZC07 75.3 75.6 q1.32 22 96 17 0.77 4.8e-02 12ZH04 77.5 77.5 q1.32 23 100 17 0.74 1.0e-01 20ZD07 80.6 80.7 q1.33 23 100 23 1.00 1.9e-06 26ZB01 81.0 81.1 q1.33 22 96 20 0.91 5.6e-04 12ZF06 81.6 81.8 q2.1 23 100 20 0.87 2.7e-03 20ZE07 83.1 83.3 q2.2 23 100 18 0.78 4.0e-02 12ZC08 85.5 85.6 q2.31 23 100 14 0.61 5.5e-01 Clone Pos N info Score  p values CHR * Linked Region : 77 500 000 – 79 700 000 Genes : Name Product Draft Chr Start End BXX-1 B XXXXXX gene 1 34 * 77797585 77798773 XXE1 XXXXX-like enhancer protein 1 34 * 79655717 79760715
  16. 16. SNPlex ™ Genotyping System
  17. 17. Identification des Alleles IBD Grandchild (GC) Grandparent (GP) GC + GP hybrid IBD-enriched DNA
  18. 18. Aires thérapeutiques I <ul><li>Obésité </li></ul><ul><li>Diabete de Type 2 </li></ul><ul><li>Bi-Polarité </li></ul><ul><li>Autisme </li></ul>
  19. 19. Aires thérapeutiques II <ul><li>Molecular Psychiatry advance online publication 19 July 2005 </li></ul><ul><li>Haplotypes in the gene encoding protein kinase c-beta (PRKCB1) on chromosome 16 are associated with autism </li></ul><ul><li>A Philippi, E Roschmann, F Tores 1 , P Lindenbaum , A Benajou, L Germain-Leclerc, C Marcaillou, K Fontaine, M Vanpeene, S Roy, S Maillard, V Decaulne, J P Saraiva, P Brooks, F Rousseau and J Hager </li></ul><ul><li>IntegraGen SA, Genopole, Evry, France </li></ul>
  20. 20. Les équipes
  21. 21. Place des doctorants. <ul><li>5 doctorants Français </li></ul><ul><li>3 doctorant étrangers </li></ul><ul><li>27 employés. </li></ul>
  22. 22. Francis Rousseau Director Genomics <ul><li>DUT biologie appliquée (1987) </li></ul><ul><li>DEA Génétique Humaine Paris VI (1993) </li></ul><ul><li>Doctorat Génétique Humaine (1996): gènes du nanisme: 5 publications (Nature, Nature Genetics) </li></ul><ul><li>Aventis Evry Genomic Center (Chercheur) 1997-2000 (Thèse en cours). </li></ul><ul><li>Genodyssée (directeur plate-forme de génotypage) 200-2002 </li></ul><ul><li>Integragen 2002 </li></ul>
  23. 23. Frederic Tores <ul><li>Maîtrise de mathématiques. </li></ul><ul><li>DEA biomathématique (Paris VI) </li></ul><ul><li>Doctorat Biomatémathiques Génétique Humaine. (INSERM). </li></ul><ul><li>Thèse abandonnée au bout de 5 ans. </li></ul><ul><li>Contrats CNRS, Infobiogen, Inserm </li></ul><ul><li>Integragen. </li></ul>
  24. 24. Jerome Carayol <ul><li>DEA s ant é publique specialit é G é n é tique statistique Paris XI ( 2000 ): INSERM U521 </li></ul><ul><li>D octorat Sante publique specialite genetique statistique (2004):  INSERM U535. «  methode d`estimation du risque de cancer dans les syndromes de predisposition h é r é ditaire » . F inancement de la fondation de France et 6 mois par la Ligue Nationale contre le cancer. </li></ul><ul><li>Pas de post-doc . </li></ul><ul><li>CDD 6 mois a l`INSERM ( ing é nieur d` é tude .) </li></ul><ul><li>Integragen en Mars 2005 </li></ul>
  25. 25. Nathalie Vionnet <ul><li>Doctorat en génétique et endocrinologie. </li></ul><ul><li>Chercheur à l’ INSERM. </li></ul>
  26. 26. Pierre Lindenbaum (I) <ul><li>DEA de microbiologie 1995 (Paris XI) </li></ul><ul><li>Doctorat de virologie (Paris XI): INRA Jouy-en-Josas. Interactions Rotavirus / Cellule hôte. Juin 2000 </li></ul><ul><li>Formation PPP INRA. </li></ul>
  27. 27. Pierre Lindenbaum (II)
  28. 29. Pierre Lindenbaum (III) <ul><li>Centre National de Génotypage. 2000. CDD Bioinformaticien </li></ul>
  29. 30. Pierre Lindenbaum (IV) <ul><li>Integragen. 2001- </li></ul>
  30. 34. <ul><li>RESEAU </li></ul>
  31. 35. Inconvénients du secteur privé (I) <ul><li>Compartimentation de l’information. </li></ul><ul><li>Prestation. </li></ul><ul><li>Peu d’interaction </li></ul>
  32. 36. Secteur privé (II) <ul><li>Rapidité de décision </li></ul><ul><li>Moyen </li></ul><ul><li>Rédaction de cahier des charges. </li></ul><ul><li>Travail en groupe </li></ul><ul><li>Publication / travail de recherche possible. </li></ul>
  33. 37. MERCI

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