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Githubを用いたオープンバイオ(Bioruby)プロジェクトへの参加

第12回オープンバイオ研究会
http://open-bio.jp/?meeting12

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Githubを用いたオープンバイオ(Bioruby)プロジェクトへの参加

  1. 1. Github を用いた オープンバイオ (Bioruby) プロジェクトへの参加 @kozo_ni
  2. 2. 発表の目的 <ul><li>オープンバイオプロジェクトへの参加は難しくないことを伝える </li></ul><ul><li>Github のようなプロジェクトホスティングサービスの登場により,各人のソースをプロジェクト本体に取り込んでもらい易くなったことを示す </li></ul><ul><li>プロジェクトに貢献するための簡単なソースコード例を示す </li></ul>
  3. 3. オープンバイオプロジェクト への参加は難しくない <ul><li>下記も立派な貢献 </li></ul><ul><ul><li>バグレポート </li></ul></ul><ul><ul><li>機能リクエスト </li></ul></ul><ul><ul><li>ドキュメント作成 </li></ul></ul><ul><ul><li>クックブック作成 </li></ul></ul><ul><ul><li>ユニットテスト ( 今回はこの例を示す ) </li></ul></ul><ul><li>上記の作業を経ると本体のソースにも手を入れることが可能なレベルになっている </li></ul>
  4. 4. Github とは <ul><li>Git を用いたプロジェクトホスティングサービス </li></ul><ul><li>各人が簡単にプロジェクトの folk を作成し,変更を加えたものをプロジェクト本体に取り込んでもらえるように </li></ul><ul><li>下記オープンバイオプロジェクトはメインリポジトリを Github に移行 </li></ul><ul><ul><li>Biopython </li></ul></ul><ul><ul><li>Bioruby </li></ul></ul>
  5. 5. 作業の流れ (1) <ul><li>Github で bioruby メインリポジトリの folk を作る </li></ul><ul><li>git clone [email_address] : ユーザ名 /bioruby.git でローカルにソースを </li></ul><ul><li>bioruby/test/unit/bio 下のテストスクリプトにテストメソッドを追加,もしくはテストスクリプトを自作 </li></ul>click
  6. 6. 作業の流れ (2) <ul><li>ruby runner.rb でテストが通るかどうかを確認 </li></ul><ul><li>git commit, git push で folk したリポジトリの変更を更新 </li></ul><ul><li>Github で folk した bioruby のページから pull request を送る </li></ul>click
  7. 7. テストメソッドの例 ( KEGG REACTION エントリのパーサ ) <ul><li>エントリ中には </li></ul><ul><li>反応名 </li></ul><ul><li>反応式 </li></ul><ul><li>Pathway </li></ul><ul><li>などの情報が存在 </li></ul><ul><li>これら各情報を取得するメソッドとその結果が等しいかを </li></ul><ul><li>assert_equal() で書けば良い </li></ul>
  8. 8. テストを書くことで得られるメリット <ul><li>ライブラリの使用方法に対する理解が深まる </li></ul><ul><li>ドキュメントとしての役割も果たす </li></ul><ul><li>欲しいメソッドがなかった場合に、所望の挙動をコメントアウトしてテストに書いておくと他の誰かが実装しやすい </li></ul>
  9. 9. 謝辞 <ul><li>後藤直久 氏 (大阪大学 微生物病研究所) </li></ul><ul><ul><li>拙いコードのpull requestに対しても親切なアドバイスを頂きました </li></ul></ul>

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