Possibilities of material research repository “NIMS eSciDoc” as e-Science(Masao Takaku) Final

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  • まず、今回の演題として振られたキーワード eScience について、本発表での関わりを少し述べたいと思います。 eScience または eResearch とは、いろいろな定義があってさまざまな形で使われているのが現状です。 かなり広めの定義をとると、おおむね、「 インターネットをはじめとする分散情報環境の上での情報共有を通じて学術研究を推進」する活動として規定できる気がします。 この広い範囲をさらに大まかに軸を設定するとすると、 2 つの立ち位置があって、ミクロでの具体的な研究活動、つまりラボ内での情報共有を加速していくという話。と、一方で大規模共同研究プロジェクトや機関内もしくは機関横断的でマクロ的な大きな話がある。
  • Possibilities of material research repository “NIMS eSciDoc” as e-Science(Masao Takaku) Final

    1. 1. eScience としての材料研究リポジトリ“ NIMS eSciDoc” の可能性 高久雅生 物質・材料研究機構 科学情報室 [email_address] Open Access Friday 2009 2009-10-23
    2. 2. eScience / eResearch への関わり Open Access Friday 2009 2009-10-23 <ul><li>eScience/eResearch </li></ul><ul><ul><li>インターネットをはじめとする分散情報環境の上での情報共有を通じて学術研究を推進 </li></ul></ul><ul><li>情報共有の方法 </li></ul><ul><li>情報発信の方法 </li></ul><ul><li>機関の Visibility Up </li></ul><ul><li>成果公開、広報 </li></ul>ラボ内の情報共有ツール 機関リポジトリ
    3. 3. NIMS の紹介 <ul><li>物質・材料研究機構 (NIMS) </li></ul><ul><ul><li>物質・材料分野の研究型独立行政法人 </li></ul></ul><ul><ul><li>定年制研究職:約 420 名 </li></ul></ul><ul><ul><ul><li>研究者総数 :約 1,300 名 </li></ul></ul></ul><ul><ul><li>年間の研究発表 ( 2008 年) : 約 2,000 件強 </li></ul></ul><ul><li>デジタルライブラリー構想 </li></ul><ul><ul><li>eSciDoc 共同研究開発 (NIMS-MPDL) </li></ul></ul><ul><ul><li>MPDL (Max Planck Digital Library), Germany </li></ul></ul><ul><ul><li>eSciDoc ( eScience のための基盤ソフトウェア)の活用 </li></ul></ul>Open Access Friday 2009 2009-10-23
    4. 4. <ul><li>eSciDoc 共同研究開発 (NIMS-MPDL) </li></ul><ul><ul><li>2008 年度から 3 年間の共同研究開発契約 </li></ul></ul><ul><ul><li>MPDL (Max Planck Digital Library), Germany </li></ul></ul><ul><ul><li>eSciDoc ( eScience のための基盤ソフトウェア)の活用 </li></ul></ul><ul><ul><li>単一機関の枠を超えた連携可能性 </li></ul></ul><ul><li>-> 開発の場へコミットしながら、現場での運用を目指す </li></ul>Open Access Friday 2009 2009-10-23 NIMS におけるデジタルライブラリー構想
    5. 5. eSciDoc の特徴 <ul><li>オープンソースソフトウェア </li></ul><ul><li>eScience 情報の長期保存、発信 </li></ul><ul><li>MPDL, FIZ Karlsruhe (ドイツ)の共同開発 </li></ul><ul><li>SOA (Service-oriented architecture) </li></ul><ul><ul><li>公開 API の活用を前提とした相互運用 </li></ul></ul><ul><li>データストア: Fedora (リポジトリ基盤ソフトウェア) </li></ul><ul><ul><li>RDF をベースとした柔軟なアイテムレコード間の関連付けが可能 </li></ul></ul><ul><li>各種アプリケーション </li></ul><ul><ul><li>PubMan: 文献情報リポジトリ </li></ul></ul><ul><ul><li>FACES: 写真アーカイブ </li></ul></ul><ul><ul><li>ViRR: 書籍スキャン & 注釈 </li></ul></ul>Open Access Friday 2009 2009-10-23
    6. 6. PubMan: 論文・出版物の保存、公開 <ul><li>オープンアクセス論文・資料の保存、公開 </li></ul><ul><li>特長 </li></ul><ul><ul><li>研究者総覧 Researcher Portfolio </li></ul></ul><ul><ul><li>メタデータ・本文流用入力 Fetch </li></ul></ul><ul><ul><li>版管理 Versioning </li></ul></ul><ul><ul><li>派生資料関連付け Relations </li></ul></ul><ul><ul><li>ローカルタグ Local tagging </li></ul></ul><ul><ul><li>アクセス統計 Visualization of usage statistics </li></ul></ul><ul><ul><li>外部サービスとの多様なやり取り API </li></ul></ul>Open Access Friday 2009 2009-10-23
    7. 7. PubMan 版管理機能 Open Access Friday 2009 2009-10-23 メタデータ / 本文の改訂履歴を自動保存 初期版を登録 ページ番号を確定 公開日を確定 公開 ハンドアウト登録 発表前から発表後までの成果文献情報を一元管理
    8. 8. PubMan 派生資料関連付け Open Access Friday 2009 2009-10-23 原稿と他の文献との関連付け (翻訳資料と元原稿) (translation and original manuscript) 個別文献にとどまらない文献同士の関連付けを明示できる。 ※ 他にも、ユーザ参加によるキーワードタグ付けなどでの整理提示も可能
    9. 9. PubMan アクセス統計機能 Open Access Friday 2009 2009-10-23
    10. 10. PubMan アクセス統計機能 Open Access Friday 2009 2009-10-23 3 つの粒度でアクセス状況を可視化 ・論文単位 ・著者単位 ・機関単位
    11. 11. 外部サイトでのデータ再利用 (API) Open Access Friday 2009 2009-10-23 外部サイト上に PubMan 上の情報を 自動挿入、リンク付与 ( Wordpress (CMS) 対応) 自動的に年月順の発表論文アーカイブ 論文付与キーワードによるブラウジング
    12. 12. 外部サイトでのデータ再利用 (API) Open Access Friday 2009 2009-10-23 整形済み文献情報と PubMan へのリンク
    13. 13. Diamond-Faces <ul><ul><li>ダイアモンド画像データの蓄積と共有 </li></ul></ul>Open Access Friday 2009 2009-10-23
    14. 14. Open Access Friday 2009 2009-10-23 Diamond-Faces (Detail view) <ul><li>ダイアモンド画像のメタデータスキーマを属性定義 </li></ul><ul><li>元素、形、色、合成手法、実験条件、温度、説明、日付など </li></ul><ul><li>(-> 物質・対象に応じて柔軟に定義可能) </li></ul>
    15. 15. Diamond-Faces: eScience のための特長 <ul><li>属性定義 </li></ul><ul><ul><li>柔軟に属性(色・形・温度など)を定義可能 </li></ul></ul><ul><li>参照 URL </li></ul><ul><ul><li>固定 URL </li></ul></ul><ul><ul><li>複数の画像集合を単位としたひもづけ (Album) </li></ul></ul><ul><ul><li>-> 研究論文から対象データとして引用・参照でき、関連資料としてまとめた情報を共有できる。 </li></ul></ul>Open Access Friday 2009 2009-10-23
    16. 16. まとめ <ul><li>研究者の活動、ニーズによりそったリポジトリシステムの研究開発 </li></ul><ul><li>2 つのアプリケーションの運用を進めている </li></ul><ul><ul><li>PubMan: 文献資料 </li></ul></ul><ul><ul><ul><li>約 120 発表資料(テスト段階から本格稼働へ) </li></ul></ul></ul><ul><ul><li>Faces: 画像データ </li></ul></ul><ul><ul><ul><li>5 研究室の顕微鏡画像コレクション </li></ul></ul></ul><ul><li>機関内研究成果の効果的発信 </li></ul><ul><ul><li>走りながら考える実践への取り組み </li></ul></ul><ul><li>eScience 情報を発信していく試みの広がり </li></ul><ul><ul><li>多機関連携や気軽に試せる環境の構築と実践の蓄積 </li></ul></ul>Open Access Friday 2009 2009-10-23
    17. 17. 今後の予定(宣伝) <ul><li>図書館総合展 @ パシフィコ横浜 </li></ul><ul><ul><li>2009 年 11 月 10 日~ 12 日 </li></ul></ul><ul><ul><li>FIZ Karlsruhe の開発者責任者を招聘 </li></ul></ul><ul><ul><li>フォーラム開催予定 : 11 月 11 日(水) 13:30 ~ 14:30 </li></ul></ul><ul><ul><ul><li>eSciDoc/Fedora: e-Research のための機関リポジトリの新展開 -デジタルライブラリーから eScience へ向けて </li></ul></ul></ul><ul><li>研究談話会 @ 筑波大学知的コミュニティ基盤研究センター </li></ul><ul><ul><li>高久雅生 : 「 NIMS eSciDoc: eScience 向け基盤ソフトウェアの研究開発および実践の現場から」 2009 年 10 月 30 日(金) </li></ul></ul><ul><ul><li>Mathias Razum: &quot;eSciDoc: a Fedora-based e-Research Framework&quot; 2009 年 11 月 13 日(金) </li></ul></ul><ul><li>DRFIC 2009 (デジタルリポジトリ連合国際会議) @ 東工大 </li></ul><ul><ul><li>2009 年 12 月 3 ~ 4 日 </li></ul></ul><ul><ul><li>口頭発表およびポスター発表を予定 </li></ul></ul>Open Access Friday 2009 2009-10-23
    18. 18. NIMS におけるデジタルライブラリー構想 <ul><li>研究活動支援に向けて </li></ul><ul><ul><li>研究成果(論文、講演資料等)の発信ツール </li></ul></ul><ul><ul><li>研究者による実験データリポジトリとしての活用 </li></ul></ul><ul><ul><ul><li>実験ノート、生データ、画像データ </li></ul></ul></ul><ul><li>一般社会に向けて </li></ul><ul><ul><li>研究者自身による情報提供、情報公開 </li></ul></ul><ul><ul><li>物質・材料研究分野の研究資源、素材の集積所 </li></ul></ul><ul><li>機関内情報共有に向けて </li></ul><ul><ul><li>研究者総覧機能としての提供 </li></ul></ul><ul><ul><li>所内諸システムとの連携 </li></ul></ul><ul><ul><li>「ものづくり」資料等の情報共有 </li></ul></ul><ul><ul><li>機関広報素材としての活用 </li></ul></ul>Open Access Friday 2009 2009-10-23
    19. 19. eSciDoc の特徴 <ul><li>eScience 情報の長期保存、発信 </li></ul><ul><li>MPDL, FIZ Karlsruhe (ドイツ)の共同開発 </li></ul><ul><ul><li>オープンソースソフトウェア (Open source software) </li></ul></ul><ul><li>SOA (Service-oriented architecture) </li></ul><ul><ul><li>公開 API の活用を前提とした相互運用 </li></ul></ul><ul><ul><li>コアサービス (Coreservice) </li></ul></ul><ul><ul><ul><li>機能 : ログイン認証 , 検索 , データストア( DB ) , etc. </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><li>データストア: Fedora (リポジトリ基盤ソフトウェア) </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><li>RDF をベースとした柔軟なアイテムレコード間の関連付けが可能 </li></ul></ul></ul></ul><ul><li>各種アプリケーション </li></ul><ul><ul><li>PubMan: 文献情報リポジトリ </li></ul></ul><ul><ul><li>FACES: 写真アーカイブ </li></ul></ul><ul><ul><li>ViRR: 書籍スキャン &OCR </li></ul></ul>Open Access Friday 2009 2009-10-23
    20. 20. eScience / eResearch とは ? <ul><li>ネットワークを通じた学術研究活動の共有 </li></ul><ul><ul><li>データ </li></ul></ul><ul><ul><li>研究手法 </li></ul></ul><ul><ul><li>研究成果 </li></ul></ul><ul><ul><li>共同研究プロセス </li></ul></ul>Open Access Friday 2009 2009-10-23
    21. 21. NIMS eSciDoc アプリケーション <ul><li>論文文献資料の保存、公開 </li></ul><ul><ul><li>PubMan </li></ul></ul><ul><li>研究画像データの共有 </li></ul><ul><ul><li>Faces </li></ul></ul>Open Access Friday 2009 2009-10-23
    22. 22. NIMS eSciDoc アプリケーション <ul><li>論文文献資料の保存、公開 </li></ul><ul><ul><li>PubMan </li></ul></ul><ul><li>研究画像データの共有 </li></ul><ul><ul><li>Faces </li></ul></ul>Open Access Friday 2009 2009-10-23
    23. 23. NIMS デジタルライブラリー構想 Open Access Friday 2009 2009-10-23 デジタルな共同研究環境と社会一般に対する情報の提供・利用のサービスを目指す“材料科学 Wiki Library” ・学校生徒・一般市民から研究者・学生までを対象にしたインタラクティブなサービス ・著作権者の権利を尊重しつつ,特許申請等の促進・容易化への配慮も含めた情報蓄積サービス ・世界水準の研究機関として,研究データから学術論文まで幅広くライブラリ資料として発信・蓄積・保存 (構想趣旨)
    24. 24. Open Access Friday 2009 2009-10-23 学校教育や社会教育など,一般市民の利用を可能とする. 機関や国を超えたライブラリシステムの横断利用を可能とする. 自機関のライブラリに登録することによって知識や成果の発信,自己機関での蓄積を可能とする. 研究論文 執筆原稿 講演資料 学会発表 研究者の セルフアーカイブ 実験 Q&A など NIMS 材料データベース MPDL など参画する他機関 のリソース ラボノート 論文にならなかった研究資料等
    25. 25. Open Access Friday 2009 2009-10-23 著者IDリンク -> 研究者ポートフォリオ 著者に ID 付与すると、アイコンリンクが出現 研究者総覧
    26. 26. 研究者総覧 Open Access Friday 2009 2009-10-23 文献情報は自動挿入
    27. 27. Open Access Friday 2009 2009-10-23 著者 ID をたどると研究者プロフィールページ 文献情報は自動挿入
    28. 28. Open Access Friday 2009 2009-10-23 英語版研究者プロフィール (研究者プロフィールも多言語化可能)
    29. 29. PubMan ローカルタグ Open Access Friday 2009 2009-10-23
    30. 30. 外部サイトでのデータ利用 <ul><li>Research Page ( MyPage )の提供 </li></ul><ul><ul><li>研究文献情報をとりこんだ CMS </li></ul></ul><ul><ul><ul><li>Wordpress + PubMan plugin </li></ul></ul></ul><ul><ul><li>研究紹介等の研究室情報を随時更新可能な UI </li></ul></ul>Open Access Friday 2009 2009-10-23
    31. 31. PubMan メタデータ / 本文流用登録機能 <ul><li>登録を容易化し加速するための機能 </li></ul><ul><ul><li>(二度手間をなくす) </li></ul></ul><ul><li>対応外部サービス </li></ul><ul><ul><li>ArXiv </li></ul></ul><ul><ul><li>SPIRES </li></ul></ul><ul><ul><li>BioMedCentral </li></ul></ul><ul><ul><li>PubMedCentral </li></ul></ul><ul><li>今年度開発予定 : </li></ul><ul><ul><li>海外 : CrossRef (DOI) </li></ul></ul><ul><ul><li>国内 : CiNii </li></ul></ul>Open Access Friday 2009 2009-10-23
    32. 32. PubMan メタデータ / 本文流用登録機能 <ul><li>登録を容易化し加速するための機能 </li></ul><ul><ul><li>(二度手間をなくす) </li></ul></ul><ul><li>対応外部サービス </li></ul><ul><ul><li>ArXiv </li></ul></ul><ul><ul><li>SPIRES </li></ul></ul><ul><ul><li>BioMedCentral </li></ul></ul><ul><ul><li>PubMedCentral </li></ul></ul><ul><li>今年度開発予定 : </li></ul><ul><ul><li>海外 : CrossRef (DOI) </li></ul></ul><ul><ul><li>国内 : CiNii </li></ul></ul>Open Access Friday 2009 2009-10-23 CiNii から論文情報を抽出して、一括自動保存
    33. 33. 主題リポジトリ・多機関共同リポジトリ Open Access Friday 2009 2009-10-23 複数の国・機関をまたいだ、同居型共同リポジトリ (Cooperative repository) 今年度後半には国内での連携テストを開始予定 ・日本大学新学術創成プロジェクトにおける 4 研究分野 医学 (Medical) 、物性化学 (Chemistry) 、アートアーカイブ (Archives)
    34. 34. Open Access Friday 2009 2009-10-23 ダイアモンド画像の属性定義に沿った、フィールド検索も可能 Diamond-Faces (Search UI)

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