Jmol 11.6                                                                             Grafit                              ...
Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz                                         JAK ZÍSKAT SOFTWARE Jmol 11.6.7?
JAK ZÍSKAT SOFTWARE Jmol 11.6.7?                                         http://jmol.sourceforge.net/download/Katedra chem...
Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz                                         JAK ZÍSKAT SOFTWARE Jmol 11.6.7?
SPUŠTĚNÍ PROGRAMU Jmol 11.6.7                                         Po stažení softwaru provedeme dekompresi souborů a  ...
SPUŠTĚNÍ PROGRAMU Jmol 11.6.7                                         okno samotného programu:Katedra chemie FP TUL | www....
PRÁCE S PROGRAMEM                                         Pro práci je potřeba stáhnout si modely. Jmol podporuje         ...
PRÁCE S PROGRAMEM                                               Ovládání základních funkcí programuKatedra chemie FP TUL |...
PRÁCE S PROGRAMEM                                         OVLÁDÁNÍ PŘES PRAVÉ TLAČÍTKO MYŠIKatedra chemie FP TUL | www.kch...
PRÁCE S PROGRAMEM                                         OVLÁDÁNÍ PŘES PRAVÉ TLAČÍTKO MYŠIKatedra chemie FP TUL | www.kch...
Animace                                         Vytváření animací a maker s animacemi je jednou z velkých                 ...
Skriptovací konzoleKatedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz                                         Příkazy se oddělují stře...
Příkazy animací                                         •   Jsou v angličtině a je jich obrovské množstvíKatedra chemie FP...
http://chemapps.stolaf.edu/jmol/docs/                                                                   Při pohledu na mno...
Příkazy animací                                         1. Jednoduché příkazy, vedou obvykle k vykonání                   ...
Některé jednoduché příkazy                                         Zobrazení os: „axes on/off“ případně pro zadání tloušťk...
Některé jednoduché příkazy                                         popisky prvků: „label %e“   vypnutí popisku „label off“...
Některé jednoduché příkazy                                         Styly zobrazení: výhodou Jmolu je možnost nastavení mír...
„Složité jednoduché“ příkazy                                         I jednoduché příkazy mohou být komplikované. Server  ...
„Složité jednoduché“ příkazy                                         c) Vyjádření atomu (atom expression) a procent, přípa...
Složité příkazy                                         Jedná se o příkazy, které vedou k plynulému pohybu                ...
Makra                                         Makro je sled příkazů, který se dá uložit a poté otevřít a spustitKatedra ch...
Makra                                         1. Vytvoření souboru s makremKatedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz         ...
Makra                                         2. Složka s makryKatedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz                     ...
Makra                                         2. Složka s makry – uložení makra                                         Po...
Makra                                         3. Spuštění makraKatedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz                     ...
Applet                                         Applet je součást softwaru, softwarová komponenta. FungujeKatedra chemie FP...
Applet                                              NevýhodaKatedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz                        ...
Verdikt                                         Jmol je jedním z nejmodernější vizualizačních programůKatedra chemie FP TU...
Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz                               To je vše, děkujeme za pozornost.
Zdroje:                                         Na několika místech jsme citovali:Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz  ...
Upcoming SlideShare
Loading in …5
×

Mineralogie jmol

1,080 views

Published on

Published in: Education
0 Comments
0 Likes
Statistics
Notes
  • Be the first to comment

  • Be the first to like this

No Downloads
Views
Total views
1,080
On SlideShare
0
From Embeds
0
Number of Embeds
5
Actions
Shares
0
Downloads
0
Comments
0
Likes
0
Embeds 0
No embeds

No notes for slide

Mineralogie jmol

  1. 1. Jmol 11.6 Grafit Molekulární orbitaly Vizualizační software Štěpán Horáček, Ch–AjKatedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz Vzdálenosti mezi vrstvami a atomy Kateřina Kvapilová, Ch–M Kateřina Lufinková, Ch–Aj Liberec, zimní semestr 2008 Lineární kombinace AO pz Elektrostatický potenciál Diamant Nanotrubice Fulleren
  2. 2. Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz JAK ZÍSKAT SOFTWARE Jmol 11.6.7?
  3. 3. JAK ZÍSKAT SOFTWARE Jmol 11.6.7? http://jmol.sourceforge.net/download/Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz
  4. 4. Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz JAK ZÍSKAT SOFTWARE Jmol 11.6.7?
  5. 5. SPUŠTĚNÍ PROGRAMU Jmol 11.6.7 Po stažení softwaru provedeme dekompresi souborů a spouštíme soubor:Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz jmol – Dávkový soubor pro systém MS – DOS Otevřou se dvě okna – okno programu a toto okno: Nesmíme ho zavřít, jinak se zavře celý program!
  6. 6. SPUŠTĚNÍ PROGRAMU Jmol 11.6.7 okno samotného programu:Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz
  7. 7. PRÁCE S PROGRAMEM Pro práci je potřeba stáhnout si modely. Jmol podporuje mnoho formátů, mimo jiné i formát *.cif popisujícíKatedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz krystalografické vlastnosti minerálů (tyto modely lze sehnat například na www.mindat.org). Modely je nutné uložit přímo do adresáře programu Jmol na místním disku PC !
  8. 8. PRÁCE S PROGRAMEM Ovládání základních funkcí programuKatedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz Přes pravé tlačítko myši Přes nástrojovou lištu programu
  9. 9. PRÁCE S PROGRAMEM OVLÁDÁNÍ PŘES PRAVÉ TLAČÍTKO MYŠIKatedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz pohled – program sám otočí molekulu do zvoleného náhledu (např. zleva) styl – obsahuje různé funkce, např.: zobrazení vazeb (včetně vodíkových a disulfidových můstků), popisků atomů, os molekuly umístění v prostoru, modely barva – výběr barev pro zobrazení různých komponentů modelu povrchy – zobrazení CPK, ball and sticks atd.
  10. 10. PRÁCE S PROGRAMEM OVLÁDÁNÍ PŘES PRAVÉ TLAČÍTKO MYŠIKatedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz symetrie – umožňuje zobrazit celou elementární buňku krystalu, nejen základní model odpovídající sumárnímu vzorci minerálu! lupa – přibližování, oddalování, stejně funguje scrollovací kolečko myši rotace – spustí automatickou rotaci podle os x, y, z, volíme rychlost měření – vazeb, úhlů atd. konzole – otevře konzoli ke skriptování animací
  11. 11. Animace Vytváření animací a maker s animacemi je jednou z velkých výhod programu.Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz Animace se programují ve skriptovací konzoli: Možnosti otevření konzole:
  12. 12. Skriptovací konzoleKatedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz Příkazy se oddělují středníkem Konzole nabízí několik operací (Undo = zrušit minulou akci Redo = zopakovat akci)
  13. 13. Příkazy animací • Jsou v angličtině a je jich obrovské množstvíKatedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz • Seznam příkazů s vysvětlením použití a někdy i ukázkou lze najít na: 1) http://chemapps.stolaf.edu/jmol/docs/ vyčerpávající rejstřík všech příkazů s podrobným popisem použití 2)http://www.callutheran.edu/Academic_Programs/Departm ents/BioDev/omm/scripting/molmast.htm méně podrobný web, ale kromě popisu příkazů zde najdete appletové okno, kde si můžete pustit příklady využití jednotlivých příkazů
  14. 14. http://chemapps.stolaf.edu/jmol/docs/ Při pohledu na množstvíKatedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz a propracovanost jednotlivých příkazů se dá bez nadsázky říci, že se v Jmolu dá naprogramovat snad cokoliv… S jakými příkazy se v Jmolu obecně setkáme?
  15. 15. Příkazy animací 1. Jednoduché příkazy, vedou obvykle k vykonání rychlé, jednorázové akce, například ke změně styluKatedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz zobrazení modelu, okamžitému otočení modelem apod. 2. Složité příkazy. Ty provádějí plynulý pohyb modelem, kdy pomocí číselných parametrů definujeme, jak dlouho má pohyb trvat a jak má přesně vypadat.
  16. 16. Některé jednoduché příkazy Zobrazení os: „axes on/off“ případně pro zadání tloušťky např. axes 5Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz přiblížení/oddálení: „zoom a procenta“, např. zoom 70 pauza v animaci: „delay a číslo“, např delay 0.5 rotace: „rotate (x,y,z) a počet stupňů“, např. „rotate 0 0 1 90“ otočí modelem o 90 stupňů podél osy z..protože netočíme podél os x ani y, musíme na jejich místo zadat nuly..“rotate 0 1 0 – 30“ otočí podél osy y o 30 stupňů ale opačným směrem (tj. po směru hodinových ručiček)
  17. 17. Některé jednoduché příkazy popisky prvků: „label %e“ vypnutí popisku „label off“Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz vodíkové můstky: „hbonds on/off“ – u některých modelů nemusí být vodíkové můstky vypočítané; to se dá obejít příkazem „connect 0.9 1.8 (oxygen) (hydrogen) HBOND create“, který spojí atomy vodíku a kyslíku, které mají mezi sebou definovanou vzdálenost Hraniční box (pro zvýraznění třech rozměrů modelu): „boundbox“/“boundox off“
  18. 18. Některé jednoduché příkazy Styly zobrazení: výhodou Jmolu je možnost nastavení míry zobrazení jednotlivých stylů, jde nastavit třeba tloušťka vazeb neboKatedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz míra zobrazení Van der Waalsovských ploch (kalotový model) „spacefill 150; wireframe 100“ „spacefill“ (defaultní nastavení (wireframe upravuje míry zobrazení) „spacefill 300“ tloušťku vazby)
  19. 19. „Složité jednoduché“ příkazy I jednoduché příkazy mohou být komplikované. Server http://chemapps.stolaf.edu/jmol/docs podrobně popisujeKatedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz možnosti jednotlivých příkazů. Pro demonstraci se podívejme na možnosti zoomování: a) Zadání procent - přiblíží/oddálí model NA zadaný počet procent původní velikosti modelu. Např. „zoom 30“ oddálí model NA 30% původní velikosti b) Zadání procent a znaménka přiblíží/oddálí model O zadaný počet procent od současné velikosti Např. zoom -30 oddálí model O 30 procent
  20. 20. „Složité jednoduché“ příkazy c) Vyjádření atomu (atom expression) a procent, případně procent a znaménka přiblíží/oddálí model a otočí jím tak, abyKatedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz zadaný byl ve středu obrazovky. - Zadání atomu: (anglický název prvku)[pořadové číslo požadovaného druhu prvku v modelu] Např. „zoom (hydrogen)[4] 50“ zmenší model na 50% původní velikosti, v popředí bude čtvrtý atom vodíku modelu
  21. 21. Složité příkazy Jedná se o příkazy, které vedou k plynulému pohybu modelem.Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz Příkladem takového příkazu je příkaz „moveto“. Základní příkaz moveto může vypadat takto: „moveto 3 0 0 1 90 50 20 0“ Příkaz za tři sekundy vykoná rotaci podle osy z (osa x ne = 0, osa y ne = 0, osa z ano = 1) o 90 stupňů a zmenšení na 50%, a nakonec přesunutí modelu po obrazovce podle osy x o 20 bodů a podle osy y o 0 bodů.
  22. 22. Makra Makro je sled příkazů, který se dá uložit a poté otevřít a spustitKatedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz jedním kliknutím v nástrojové nabídce Jmolu Jak na to? 1. Vytvoření souboru s makrem 2. Uložení do složky macros v PC 3. Spouštění maker v programu
  23. 23. Makra 1. Vytvoření souboru s makremKatedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz Ve WordPadu (nikoli Poznámkovém bloku!) vytvoříme dvouřádkový textový soubor. Na prvním řádku si zvolíme název, pod kterým se makro objeví v nabídce programu. Na druhém řádku budou jednotlivé příkazy oddělené středníky. Příklad: Title=Ball and Stick Script=select all; cartoon off; trace off; ribbon off; color cpk; wireframe 40; spacefill 120; boundbox on; moveto 5 0 0 0 0 200; label %a; Povinné „formální“ součásti makra, nezbytné pro funkčnost
  24. 24. Makra 2. Složka s makryKatedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz Na místním disku počítače musí být v adresáři uživatele počítače vytvořená složka "macros". Příklad cesty k takovému adresáři: "C:Documents and SettingsJan Novák.jmol". Pokud tam není, je možné ji tam prostě vytvořit. Ověření existence složky a její funkčnosti: v druhém otevřeném oknu Jmolu
  25. 25. Makra 2. Složka s makry – uložení makra Pokud je makro zdárně napsáno a složka macros existuje, nezbývá než makro uložit a spustit. Ve Wordpadu zvolímeKatedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz uložit jako Textový soubor a za název makra (který je bez diakritiky) přidáme „.macro“
  26. 26. Makra 3. Spuštění makraKatedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz Pokud máme otevřený program Jmol, zavřeme ho a znovu spustíme, aby se vytvořené makro přidalo do nabídky Makra; otevřeme model, pro který jsme makro vytvořili, klikneme na Makra, zvolíme makro a pokud nedošlo k nějaké chybě, makro se rozeběhne.
  27. 27. Applet Applet je součást softwaru, softwarová komponenta. FungujeKatedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz v rámci internetového prohlížeče. Pro svou funkčnost požaduje jen nainstalování Java Runtime Environmentu (JRE), Jmol je totiž naprogramovaný v Javě. Výhodou appletu je možné využití jako součást webových stránek – elektronických encyklopedií, informačních webů nebo elektronických výukových prostředí (například Moodle). K trojrozměrné vizualizaci tak může mít lehce přístup i laik.
  28. 28. Applet NevýhodaKatedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz Menší pracovní okno Výhoda Možnost přizpůsobení appletu – tvorba tlačítek, případně jejich vymazání…
  29. 29. Verdikt Jmol je jedním z nejmodernější vizualizačních programůKatedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz současnosti. Mezi jeho přednosti patří: Programovatelnost animací a jejich obrovská flexibilita Možnost spuštění Jmolu jako appletu na internetu Program je ke stažení zcela zdarma Nedostatky: Program modely pouze zobrazuje, není možné modely tvořit Nevhodný, pokud požadujeme extrémně kvalitní grafický výstup (nepoužívá vyhlazování)
  30. 30. Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz To je vše, děkujeme za pozornost.
  31. 31. Zdroje: Na několika místech jsme citovali:Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz [Vizualizace_2007] SLAVÍK, Martin, GRÉGR, Jan, JODAS, Bořivoj. Vizualizace chemických struktur na webu. [s.l.] : [s.n.], [2007?]. 6 s. Dostupný z WWW: <http://tinyurl.com/mschem3w>. Katedra chemie FP TUL: http://www.kch.tul.cz Studentská prezentace pro předmět: Mineralogie Vyvěsil: Jan Grégr & Martin Slavík

×